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万見
- EMDB-9012: Sub-2 Angstrom Ewald Curvature Corrected Single-Particle Cryo-EM ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9012
タイトルSub-2 Angstrom Ewald Curvature Corrected Single-Particle Cryo-EM Reconstruction of AAV-2 L336C
マップデータFinal map reconstructed with a box of 800, clipped to 360, and then resampled to 720 pixels
試料
  • ウイルス: Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
  • リガンド: water
キーワードAAV-2 L336C / Gene therapy / Ewald sphere curvature correction / Per particle CTF / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / host cell nucleolus / T=1 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Adeno-associated virus 2 Srivastava/1982 (アデノ随伴ウイルス) / Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Tan YZ / Aiyer S
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI136680-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM109524 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM033050 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Sub-2 Å Ewald curvature corrected structure of an AAV2 capsid variant.
著者: Yong Zi Tan / Sriram Aiyer / Mario Mietzsch / Joshua A Hull / Robert McKenna / Joshua Grieger / R Jude Samulski / Timothy S Baker / Mavis Agbandje-McKenna / Dmitry Lyumkis /
要旨: Single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) provides a powerful methodology for structural biologists, but the resolutions typically attained with experimentally determined structures ...Single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) provides a powerful methodology for structural biologists, but the resolutions typically attained with experimentally determined structures have lagged behind microscope capabilities. Here, we exploit several technical advances to improve resolution, including per-particle contrast transfer function (CTF) refinement and correction for Ewald sphere curvature. The latter is demonstrated with several experimental samples and should become more standard as resolutions increase or at lower microscope accelerating voltages. The combined application of the described methods to micrographs recorded on a Titan Krios enables structure determination at ~1.86-Å resolution of an adeno-associated virus serotype 2 variant (AAV2), an important gene-delivery vehicle. The resulting structural details provide an improved model for understanding the biology of AAV that will guide future vector development for gene therapy.
履歴
登録2018年7月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月15日-
マップ公開2018年8月15日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6e9d
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6e9d
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9012.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9012.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final map reconstructed with a box of 800, clipped to 360, and then resampled to 720 pixels
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.39 Å/pix.
x 720 pix.
= 283.68 Å		0.39 Å/pix.
x 720 pix.
= 283.68 Å		0.39 Å/pix.
x 720 pix.
= 283.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.394 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.22251815 - 0.41616842
平均 (標準偏差)0.0019748327 (±0.02993493)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ720720720
Spacing720720720
セルA=B=C: 283.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.3940.3940.394
M x/y/z720720720
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z283.680283.680283.680
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS720720720
D min/max/mean-0.2230.4160.002

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添付データ

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追加マップ: Raw 3D FSC volume generated from the half maps

ファイルemd_9012_additional.map
注釈Raw 3D FSC volume generated from the half maps
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Second half map reconstructed with a box of...

ファイルemd_9012_half_map_1.map
注釈Second half map reconstructed with a box of 800, clipped to 360 pixels
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: First half map reconstructed with a box of 800, clipped to 360 pixels

ファイルemd_9012_half_map_2.map
注釈First half map reconstructed with a box of 800, clipped to 360 pixels
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Adeno-associated virus - 2

全体名称: Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス)
要素
  • ウイルス: Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
  • リガンド: water

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超分子 #1: Adeno-associated virus - 2

超分子名称: Adeno-associated virus - 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 10804 / 生物種: Adeno-associated virus - 2 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.9 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Icosahedral capsid / 直径: 250.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Adeno-associated virus 2 Srivastava/1982 (アデノ随伴ウイルス)
分子量理論値: 82.021336 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAADGYLPDW LEDTLSEGIR QWWKLKPGPP PPKPAERHKD DSRGLVLPGY KYLGPFNGLD KGEPVNEADA AALEHDKAYD RQLDSGDNP YLKYNHADAE FQERLKEDTS FGGNLGRAVF QAKKRVLEPL GLVEEPVKTA PGKKRPVEHS PVEPDSSSGT G KAGQQPAR ...文字列:
MAADGYLPDW LEDTLSEGIR QWWKLKPGPP PPKPAERHKD DSRGLVLPGY KYLGPFNGLD KGEPVNEADA AALEHDKAYD RQLDSGDNP YLKYNHADAE FQERLKEDTS FGGNLGRAVF QAKKRVLEPL GLVEEPVKTA PGKKRPVEHS PVEPDSSSGT G KAGQQPAR KRLNFGQTGD ADSVPDPQPL GQPPAAPSGL GTNTMATGSG APMADNNEGA DGVGNSSGNW HCDSTWMGDR VI TTSTRTW ALPTYNNHLY KQISSQSGAS NDNHYFGYST PWGYFDFNRF HCHFSPRDWQ RLINNNWGFR PKRLNFKLFN IQV KEVTQN DGTTTIANNC TSTVQVFTDS EYQLPYVLGS AHQGCLPPFP ADVFMVPQYG YLTLNNGSQA VGRSSFYCLE YFPS QMLRT GNNFTFSYTF EDVPFHSSYA HSQSLDRLMN PLIDQYLYYL SRTNTPSGTT TQSRLQFSQA GASDIRDQSR NWLPG PCYR QQRVSKTSAD NNNSEYSWTG ATKYHLNGRD SLVNPGPAMA SHKDDEEKFF PQSGVLIFGK QGSEKTNVDI EKVMIT DEE EIRTTNPVAT EQYGSVSTNL QRGNRQAATA DVNTQGVLPG MVWQDRDVYL QGPIWAKIPH TDGHFHPSPL MGGFGLK HP PPQILIKNTP VPANPSTTFS AAKFASFITQ YSTGQVSVEI EWELQKENSK RWNPEIQYTS NYNKSVNVDF TVDTNGVY S EPRPIGTRYL TRNL

UniProtKB: Capsid protein VP1

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分子 #2: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 11820 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
2.0 mMMgCl2magnesium chloride
50.0 mMC8H18N2O4SHEPES
グリッドモデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 5 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Double blotting was used to increase particle concentration. Sample was added to a plasma-cleaned (Gatan Solarus) grid and blotted away using Whatman grade 4 filter paper after 20 second wait time..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細Beam tilt in 8 directions +/- 5 mrad
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 5-19 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1317 / 平均露光時間: 3.5 sec. / 平均電子線量: 22.5 e/Å2 / 詳細: Stage shift mode for data collection
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 37000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細super-resolution mode
粒子像選択選択した数: 78194
詳細: Template-based picking by generating template from a 2-D classification of an initial subset of data.
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Ab initio model generated using CryoSPARC.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11) / 詳細: Frequency limited refinement / 使用した粒子像数: 30515
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.65)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1lp3


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 61.9
当てはまり具合の基準: Correlation coefficient, EM ringer score
得られたモデル

PDB-6e9d:
Sub-2 Angstrom Ewald Curvature-Corrected Single-Particle Cryo-EM Reconstruction of AAV-2 L336C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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