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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9005 | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | CryoEM reconstruction of IST1-CHMP1B copolymer filament bound to ssDNA at 2.9 Angstrom resolution | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | Post processed map with imposed helical symmetry | |||||||||||||||||||||||||||
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![]() | ESCRT-III / CHMP1B / IST1 / ssDNA / DNA BINDING PROTEIN / PROTEIN FIBRIL | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() viral capsid secondary envelopment / MIT domain binding / abscission / amphisome membrane / multivesicular body-lysosome fusion / vesicle fusion with vacuole / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule ...viral capsid secondary envelopment / MIT domain binding / abscission / amphisome membrane / multivesicular body-lysosome fusion / vesicle fusion with vacuole / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / cytoskeleton-dependent cytokinesis / regulation of centrosome duplication / collateral sprouting / nuclear membrane reassembly / positive regulation of collateral sprouting / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / midbody abscission / multivesicular body sorting pathway / membrane coat / plasma membrane repair / membrane fission / late endosome to vacuole transport / multivesicular body membrane / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / multivesicular body assembly / regulation of mitotic spindle assembly / Flemming body / mitotic metaphase chromosome alignment / nucleus organization / viral budding via host ESCRT complex / autophagosome membrane / positive regulation of proteolysis / autophagosome maturation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral release from host cell / nuclear pore / multivesicular body / viral budding from plasma membrane / establishment of protein localization / kinetochore / autophagy / nuclear envelope / azurophil granule lumen / protein localization / protein transport / midbody / endosome membrane / cadherin binding / protein domain specific binding / cell division / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / Neutrophil degranulation / chromatin / protein-containing complex binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | Talledge N / Frost A | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The ESCRT-III proteins IST1 and CHMP1B assemble around nucleic acids 著者: Talledge N / McCullough J / Wenzel DM / Nguyen HC / Lalonde M / Bajorek M / Skalicky JJ / Frost A / Sundquist WI | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 54 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.8 KB 20.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 207.5 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 193.6 MB 193.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Post processed map with imposed helical symmetry | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.838 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_9005_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_9005_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Helical assembly of IST1 and CHMP1B protein bound to ssDNA
全体 | 名称: Helical assembly of IST1 and CHMP1B protein bound to ssDNA |
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要素 |
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-超分子 #1: Helical assembly of IST1 and CHMP1B protein bound to ssDNA
超分子 | 名称: Helical assembly of IST1 and CHMP1B protein bound to ssDNA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: IST1 homolog
分子 | 名称: IST1 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 36 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 40.024711 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MLGSGFKAER LRVNLRLVIN RLKLLEKKKT ELAQKARKEI ADYLAAGKDE RARIRVEHII REDYLVEAME ILELYCDLLL ARFGLIQSM KELDSGLAES VSTLIWAAPR LQSEVAELKI VADQLCAKYS KEYGKLCRTN QIGTVNDRLM HKLSVEAPPK I LVERYLIE ...文字列: MLGSGFKAER LRVNLRLVIN RLKLLEKKKT ELAQKARKEI ADYLAAGKDE RARIRVEHII REDYLVEAME ILELYCDLLL ARFGLIQSM KELDSGLAES VSTLIWAAPR LQSEVAELKI VADQLCAKYS KEYGKLCRTN QIGTVNDRLM HKLSVEAPPK I LVERYLIE IAKNYNVPYE PDSVVMAEAP PGVETDLIDV GFTDDVKKGG PGRGGSGGFT APVGGPDGTV PMPMPMPMPM PS ANTPFSY PLPKGPSDFN GLPMGTYQAF PNIHPPQIPA TPPSYESVDD INADKNISSA QIVGPGPKPE ASAKLPSRPA DNY DNFVLP ELPSVPDTLP TASAGASTSA SEDIDFDDLS RRFEELKKKT UniProtKB: IST1 homolog |
-分子 #2: Charged multivesicular body protein 1b
分子 | 名称: Charged multivesicular body protein 1b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 36 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 22.140354 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSNMEKHLFN LKFAAKELSR SAKKCDKEEK AEKAKIEKAI QKGNMEVARI HAENAIRQKN QAVNFLRMSA RVDAVAARVQ TAVTMGKVT KSMAGVVKSM DATLKTMNLE KISALMDKFE HQFETLDVQT QQMEDTMSST TTLTTPQNQV DMLLQEMADE A GLDLNMEL ...文字列: MSNMEKHLFN LKFAAKELSR SAKKCDKEEK AEKAKIEKAI QKGNMEVARI HAENAIRQKN QAVNFLRMSA RVDAVAARVQ TAVTMGKVT KSMAGVVKSM DATLKTMNLE KISALMDKFE HQFETLDVQT QQMEDTMSST TTLTTPQNQV DMLLQEMADE A GLDLNMEL PQGQTGSVGT SVASAEQDEL SQRLARLRDQ V UniProtKB: Charged multivesicular body protein 1b |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 292.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III 詳細: 0 mm offset with 10 sec wait time and 2-4 sec blot. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-32 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2980 / 平均露光時間: 6.2 sec. / 平均電子線量: 62.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.6 mm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 52.5 |
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得られたモデル | ![]() PDB-6e8g: |