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万見
- PDB-6e8g: CryoEM reconstruction of IST1-CHMP1B copolymer filament bound to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e8g
タイトルCryoEM reconstruction of IST1-CHMP1B copolymer filament bound to ssDNA at 2.9 Angstrom resolution
要素
  • Charged multivesicular body protein 1b
  • IST1 homolog
キーワードDNA BINDING PROTEIN / PROTEIN FIBRIL / ESCRT-III / CHMP1B / IST1 / ssDNA
機能・相同性
機能・相同性情報


MIT domain binding / multivesicular body-lysosome fusion / amphisome membrane / vesicle fusion with vacuole / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / cytoskeleton-dependent cytokinesis ...MIT domain binding / multivesicular body-lysosome fusion / amphisome membrane / vesicle fusion with vacuole / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / cytoskeleton-dependent cytokinesis / collateral sprouting / regulation of centrosome duplication / nuclear membrane reassembly / positive regulation of collateral sprouting / multivesicular body sorting pathway / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / membrane coat / midbody abscission / membrane fission / plasma membrane repair / late endosome to vacuole transport / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / multivesicular body membrane / multivesicular body assembly / regulation of mitotic spindle assembly / Flemming body / mitotic metaphase chromosome alignment / nucleus organization / viral budding via host ESCRT complex / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / positive regulation of proteolysis / autophagosome membrane / autophagosome maturation / nuclear pore / multivesicular body / viral budding from plasma membrane / establishment of protein localization / kinetochore / autophagy / azurophil granule lumen / intracellular protein localization / nuclear envelope / protein transport / midbody / endosome membrane / cadherin binding / protein domain specific binding / lysosomal membrane / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / chromatin / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vacuolar protein sorting-associated protein Ist1 / Vacuolar protein sorting-associated protein IST1-like / Regulator of Vps4 activity in the MVB pathway / Snf7 family / Snf7
類似検索 - ドメイン・相同性
IST1 homolog / Charged multivesicular body protein 1b
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Talledge, N. / Frost, A. / McCullough, J.
資金援助 米国, 8件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD020054 米国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10OD021741 米国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10OD021596-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1DP2GM110772-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)3P50GM082545-07S1 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
American Asthma Foundation 米国
Chan Zuckerberg Biohub 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2018
タイトル: The ESCRT-III proteins IST1 and CHMP1B assemble around nucleic acids
著者: Talledge, N. / McCullough, J. / Wenzel, D.M. / Nguyen, H.C. / Lalonde, M. / Bajorek, M. / Skalicky, J.J. / Frost, A. / Sundquist, W.I.
履歴
登録2018年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9005
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S: IST1 homolog
T: Charged multivesicular body protein 1b
A: IST1 homolog
B: Charged multivesicular body protein 1b
C: IST1 homolog
D: Charged multivesicular body protein 1b
E: IST1 homolog
F: Charged multivesicular body protein 1b
G: IST1 homolog
H: Charged multivesicular body protein 1b
I: IST1 homolog
J: Charged multivesicular body protein 1b
K: IST1 homolog
L: Charged multivesicular body protein 1b
M: IST1 homolog
N: Charged multivesicular body protein 1b
O: IST1 homolog
P: Charged multivesicular body protein 1b
Q: IST1 homolog
R: Charged multivesicular body protein 1b
V: IST1 homolog
W: Charged multivesicular body protein 1b
X: IST1 homolog
Y: Charged multivesicular body protein 1b
Z: IST1 homolog
AA: Charged multivesicular body protein 1b
BA: IST1 homolog
CA: Charged multivesicular body protein 1b
DA: IST1 homolog
EA: Charged multivesicular body protein 1b
FA: IST1 homolog
GA: Charged multivesicular body protein 1b
HA: IST1 homolog
IA: Charged multivesicular body protein 1b
JA: IST1 homolog
KA: Charged multivesicular body protein 1b
LA: IST1 homolog
MA: Charged multivesicular body protein 1b
NA: IST1 homolog
OA: Charged multivesicular body protein 1b
PA: IST1 homolog
QA: Charged multivesicular body protein 1b
RA: IST1 homolog
SA: Charged multivesicular body protein 1b
TA: IST1 homolog
UA: Charged multivesicular body protein 1b
VA: IST1 homolog
WA: Charged multivesicular body protein 1b
XA: IST1 homolog
YA: Charged multivesicular body protein 1b
ZA: IST1 homolog
AB: Charged multivesicular body protein 1b
BB: IST1 homolog
CB: Charged multivesicular body protein 1b
DB: IST1 homolog
EB: Charged multivesicular body protein 1b
FB: IST1 homolog
GB: Charged multivesicular body protein 1b
HB: IST1 homolog
IB: Charged multivesicular body protein 1b
JB: IST1 homolog
KB: Charged multivesicular body protein 1b
LB: IST1 homolog
MB: Charged multivesicular body protein 1b
NB: IST1 homolog
OB: Charged multivesicular body protein 1b
PB: IST1 homolog
QB: Charged multivesicular body protein 1b
RB: IST1 homolog
SB: Charged multivesicular body protein 1b
TB: IST1 homolog
UB: Charged multivesicular body protein 1b


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,237,94272
ポリマ－2,237,94272
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, Purified recombinant protein was verified by mass spectrometry verification.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area347580 Å2
ΔGint-2205 kcal/mol
Surface area543190 Å2
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 36 / Rise per n subunits: 3.17 Å / Rotation per n subunits: 21.16 °)

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要素

#1: タンパク質 ...
IST1 homolog / hIST1 / Putative MAPK-activating protein PM28


分子量: 40024.711 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IST1, KIAA0174 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIPL / 参照: UniProt: P53990
#2: タンパク質 ...
Charged multivesicular body protein 1b / CHMP1.5 / Chromatin-modifying protein 1b / CHMP1b / Vacuolar protein sorting-associated protein 46- ...CHMP1.5 / Chromatin-modifying protein 1b / CHMP1b / Vacuolar protein sorting-associated protein 46-2 / hVps46-2


分子量: 22140.354 Da / 分子数: 36 / Mutation: K37E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHMP1B, C18orf2 / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIPL / 参照: UniProt: Q7LBR1

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Helical assembly of IST1 and CHMP1B protein bound to ssDNA
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: cytoplasm
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: BL21(DE3) RIPL
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1125 mMsodium chlorideNaCl1
225 mMTrisC4H11NO31
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 292.15 K / 詳細: 0 mm offset with 10 sec wait time and 2-4 sec blot

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 29000 X / Cs: 2.6 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 6.2 sec. / 電子線照射量: 62 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2980
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 3-32

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION2.1粒子像選択Manual helix picking was used to determine the filaments helical path.
3SerialEM画像取得
5Gctf1.06CTF補正High resolution refinement between 15 and 4 Angstroms was performed.
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
9Cootモデルフィッティング
13RELION2.1初期オイラー角割当relion_refine
15RELION2.1最終オイラー角割当
17RELION2.1分類
19RELION2.1３次元再構成
21PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 21.16 ° / 軸方向距離/サブユニット: 3.17 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 224252
詳細: Helical particle segments were selected using RELION manualpick and extracted using overlapping segments with an asymmetric unit of 17 subunits with a 3.0 Angstrom rise (51 Angstrom total).
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 101990 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築B value: 52.5 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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