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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8860 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the T2SS secretin XcpQ from Pseudomonas aeruginosa | |||||||||
マップデータ | T2SS secretin XcpQ from Pseudomonas aeruginosa | |||||||||
試料 |
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キーワード | T2SS / Secretin / Type 2 secretion system / Pentadecamer / GspD / XcpQ / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / protein secretion / cell outer membrane / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å | |||||||||
データ登録者 | Hay ID / Belousoff MJ | |||||||||
資金援助 | オーストラリア, 2件
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引用 | ジャーナル: mBio / 年: 2017 タイトル: Structural Basis of Type 2 Secretion System Engagement between the Inner and Outer Bacterial Membranes. 著者: Iain D Hay / Matthew J Belousoff / Trevor Lithgow / 要旨: Sophisticated nanomachines are used by bacteria for protein secretion. In Gram-negative bacteria, the type 2 secretion system (T2SS) is composed of a pseudopilus assembly platform in the inner ...Sophisticated nanomachines are used by bacteria for protein secretion. In Gram-negative bacteria, the type 2 secretion system (T2SS) is composed of a pseudopilus assembly platform in the inner membrane and a secretin complex in the outer membrane. The engagement of these two megadalton-sized complexes is required in order to secrete toxins, effectors, and hydrolytic enzymes. has at least two T2SSs, with the ancestral nanomachine having a secretin complex composed of XcpQ. Until now, no high-resolution structural information was available to distinguish the features of this -type secretin, which varies greatly in sequence from the well-characterized -type and -type secretins. We have purified the ~1-MDa secretin complex and analyzed it by cryo-electron microscopy. Structural comparisons with the -type secretin complex revealed a striking structural homology despite the differences in their sequence characteristics. At 3.6-Å resolution, the secretin complex was found to have 15-fold symmetry throughout the membrane-embedded region and through most of the domains in the periplasm. However, the N1 domain and N0 domain were not well ordered into this 15-fold symmetry. We suggest a model wherein this disordering of the subunit symmetry for the periplasmic N domains provides a means to engage with the 6-fold symmetry in the inner membrane platform, with a metastable engagement that can be disrupted by substrate proteins binding to the region between XcpP, in the assembly platform, and the XcpQ secretin. How the outer membrane and inner membrane components of the T2SS engage each other and yet can allow for substrate uptake into the secretin chamber has challenged the protein transport field for some time. This vexing question is of significance because the T2SS collects folded protein substrates in the periplasm for transport out of the bacterium and yet must discriminate these few substrate proteins from all the other hundred or so folded proteins in the periplasm. The structural analysis here supports a model wherein substrates must compete against a metastable interaction between XcpP in the assembly platform and the XcpQ secretin, wherein only structurally encoded features in the T2SS substrates compete well enough to disrupt XcpQ-XcpP for entry into the XcpQ chamber, for secretion across the outer membrane. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8860.map.gz | 122 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8860-v30.xml emd-8860.xml | 13.2 KB 13.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8860_fsc.xml | 11.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8860.png | 84.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-8860.cif.gz | 5.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8860 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8860 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8860_validation.pdf.gz | 544.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8860_full_validation.pdf.gz | 543.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8860_validation.xml.gz | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_8860_validation.cif.gz | 16.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8860 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8860 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8860.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | T2SS secretin XcpQ from Pseudomonas aeruginosa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Type 2 secretion system outer membrane secretin XcpQ
全体 | 名称: Type 2 secretion system outer membrane secretin XcpQ |
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要素 |
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-超分子 #1: Type 2 secretion system outer membrane secretin XcpQ
超分子 | 名称: Type 2 secretion system outer membrane secretin XcpQ タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 1 MDa |
-分子 #1: Type II secretion system protein D
分子 | 名称: Type II secretion system protein D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 |
分子量 | 理論値: 66.485656 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: ENSGGNAFVP AGNQQEAHWT INLKDADIRE FIDQISEITG ETFVVDPRVK GQVSVVSKAQ LSLSEVYQLF LSVMSTHGFT VVAQGDQAR IVPNAEAKTE AGGGQSAPDR LETRVIQVQQ SPVSELIPLI RPLVPQYGHL AAVPSANALI ISDRSANIAR I EDVIRQLD ...文字列: ENSGGNAFVP AGNQQEAHWT INLKDADIRE FIDQISEITG ETFVVDPRVK GQVSVVSKAQ LSLSEVYQLF LSVMSTHGFT VVAQGDQAR IVPNAEAKTE AGGGQSAPDR LETRVIQVQQ SPVSELIPLI RPLVPQYGHL AAVPSANALI ISDRSANIAR I EDVIRQLD QKGSHDYSVI NLRYGWVMDA AEVLNNAMSR GQAKGAAGAQ VIADARTNRL IILGPPQARA KLVQLAQSLD TP TARSANT RVIRLRHNDA KTLAETLGQI SEGMKNNGGQ GGEQTGGGRP SNILIRADES TNALVLLADP DTVNALEDIV RQL DVPRAQ VLVEAAIVEI SGDIQDAVGV QWAINKGGMG GTKTNFANTG LSIGTLLQSL ESNKAPESIP DGAIVGIGSS SFGA LVTAL SANTKSNLLS TPSLLTLDNQ KAEILVGQNV PFQTGSYTTN SEGSSNPFTT VERKDIGVSL KVTPHINDGA ALRLE IEQE ISALLPNAQQ RNNTDLITSK RSIKSTILAE NGQVIVIGGL IQDDVSQAES KVPLLGDIPL LGRLFRSTKD THTKRN LMV FLRPTVVRDS AGLAALSGKK YSDIRVIDGT RGPEGRPSIL PTNANQLFDG QAVDLRELMT E UniProtKB: Secretin XcpQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 / 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.6 µm / 倍率(補正後): 130000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-5wln: |