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万見
- EMDB-8761: CryoEM structure of rhinovirus B14 in complex with C5 Fab (4 degr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8761
タイトルCryoEM structure of rhinovirus B14 in complex with C5 Fab (4 degrees Celsius, molar ratio 1:3, full particle)
マップデータInner density masked out. The map has been sharpened.
試料
  • ウイルス: Human rhinovirus B14 (ライノウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: viral protein 1ウイルス性
    • タンパク質・ペプチド: viral protein 3ウイルス性
    • タンパク質・ペプチド: viral protein 2ウイルス性
    • タンパク質・ペプチド: viral protein 4ウイルス性
    • タンパク質・ペプチド: C5 antibody variable heavy domain
    • タンパク質・ペプチド: C5 antibody variable light domain
  • リガンド: water水
機能・相同性
機能・相同性情報


lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA複製 / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / virus-mediated perturbation of host defense response / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HRV-14, Human rhinovirus B14 / Mouse (ネズミ) / Human rhinovirus B14 (ライノウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Liu Y / Dong Y / Rossmann MG
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI011219 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017
タイトル: Antibody-induced uncoating of human rhinovirus B14.
著者: Yangchao Dong / Yue Liu / Wen Jiang / Thomas J Smith / Zhikai Xu / Michael G Rossmann /
要旨: Rhinoviruses (RVs) are the major causes of common colds in humans. They have a nonenveloped, icosahedral capsid surrounding a positive-strand RNA genome. Here we report that the antigen-binding (Fab) ...Rhinoviruses (RVs) are the major causes of common colds in humans. They have a nonenveloped, icosahedral capsid surrounding a positive-strand RNA genome. Here we report that the antigen-binding (Fab) fragment of a neutralizing antibody (C5) can trigger genome release from RV-B14 to form emptied particles and neutralize virus infection. Using cryo-electron microscopy, structures of the C5 Fab in complex with the full and emptied particles have been determined at 2.3 Å and 3.0 Å resolution, respectively. Each of the 60 Fab molecules binds primarily to a region on viral protein 3 (VP3). Binding of the C5 Fabs to RV-B14 results in significant conformational changes around holes in the capsid through which the viral RNA might exit. These results are so far the highest resolution view of an antibody-virus complex and elucidate a mechanism whereby antibodies neutralize RVs and related viruses by inducing virus uncoating.
履歴
登録2017年6月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年6月21日-
マップ公開2017年7月12日-
更新2019年12月11日-
現状2019年12月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 10.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 10.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5w3l
  • 表面レベル: 10.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5w3l
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8761.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8761.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Inner density masked out. The map has been sharpened.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 672 pix.
= 672. Å		1 Å/pix.
x 672 pix.
= 672. Å		1 Å/pix.
x 672 pix.
= 672. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 10.8 / ムービー #1: 10.8
最小 - 最大-53.73968 - 71.794525
平均 (標準偏差)0.025925875 (±2.6715336)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ672672672
Spacing672672672
セルA=B=C: 672.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z672672672
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z672.000672.000672.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-36
NX/NY/NZ528549
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS672672672
D min/max/mean-53.74071.7950.026

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添付データ

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ハーフマップ: Unmasked, unsharpened half map #1

ファイルemd_8761_half_map_1.map
注釈Unmasked, unsharpened half map #1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unmasked, unsharpened half map #2

ファイルemd_8761_half_map_2.map
注釈Unmasked, unsharpened half map #2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human rhinovirus B14

全体名称: Human rhinovirus B14 (ライノウイルス)
要素
  • ウイルス: Human rhinovirus B14 (ライノウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: viral protein 1ウイルス性
    • タンパク質・ペプチド: viral protein 3ウイルス性
    • タンパク質・ペプチド: viral protein 2ウイルス性
    • タンパク質・ペプチド: viral protein 4ウイルス性
    • タンパク質・ペプチド: C5 antibody variable heavy domain
    • タンパク質・ペプチド: C5 antibody variable light domain
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Human rhinovirus B14

超分子名称: Human rhinovirus B14 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 / 詳細: Viruses were grown in HeLa-H1 cells. / NCBI-ID: 12131 / 生物種: Human rhinovirus B14 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: viral protein 1

分子名称: viral protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HRV-14, Human rhinovirus B14
分子量理論値: 32.560549 KDa
配列文字列: GLGDELEEVI VEKTKQTVAS ISSGPKHTQK VPILTANETG ATMPVLPSDS IETRTTYMHF NGSETDVECF LGRAACVHVT EIQNKDATG IDNHREAKLF NDWKINLSSL VQLRKKLELF TYVRFDSEYT ILATASQPDS ANYSSNLVVQ AMYVPPGAPN P KEWDDYTW ...文字列:
GLGDELEEVI VEKTKQTVAS ISSGPKHTQK VPILTANETG ATMPVLPSDS IETRTTYMHF NGSETDVECF LGRAACVHVT EIQNKDATG IDNHREAKLF NDWKINLSSL VQLRKKLELF TYVRFDSEYT ILATASQPDS ANYSSNLVVQ AMYVPPGAPN P KEWDDYTW QSASNPSVFF KVGDTSRFSV PYVGLASAYN CFYDGYSHDD AETQYGITVL NHMGSMAFRI VNEHDEHKTL VK IRVYHRA KHVEAWIPRA PRALPYTSIG RTNYPKNTEP VIKKRKGDIK SY

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分子 #2: viral protein 3

分子名称: viral protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HRV-14, Human rhinovirus B14
分子量理論値: 26.236754 KDa
配列文字列: GLPTTTLPGS GQFLTTDDRQ SPSALPNYEP TPRIHIPGKV HNLLEIIQVD TLIPMNNTHT KDEVNSYLIP LNANRQNEQV FGTNLFIGD GVFKTTLLGE IVQYYTHWSG SLRFSLMYTG PALSSAKLIL AYTPPGARGP QDRREAMLGT HVVWDIGLQS T IVMTIPWT ...文字列:
GLPTTTLPGS GQFLTTDDRQ SPSALPNYEP TPRIHIPGKV HNLLEIIQVD TLIPMNNTHT KDEVNSYLIP LNANRQNEQV FGTNLFIGD GVFKTTLLGE IVQYYTHWSG SLRFSLMYTG PALSSAKLIL AYTPPGARGP QDRREAMLGT HVVWDIGLQS T IVMTIPWT SGVQFRYTDP DTYTSAGFLS CWYQTSLILP PETTGQVYLL SFISACPDFK LRLMKDTQTI SQTVALTE

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分子 #3: viral protein 2

分子名称: viral protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HRV-14, Human rhinovirus B14
分子量理論値: 28.501361 KDa
配列文字列: SPNVEACGYS DRVQQITLGN STITTQEAAN AVVCYAEWPE YLPDVDASDV NKTSKPDTSV CRFYTLDSKT WTTGSKGWCW KLPDALKDM GVFGQNMFFH SLGRSGYTVH VQCNATKFHS GCLLVVVIPE HQLASHEGGN VSVKYTFTHP GERGIDLSSA N EVGGPVKD ...文字列:
SPNVEACGYS DRVQQITLGN STITTQEAAN AVVCYAEWPE YLPDVDASDV NKTSKPDTSV CRFYTLDSKT WTTGSKGWCW KLPDALKDM GVFGQNMFFH SLGRSGYTVH VQCNATKFHS GCLLVVVIPE HQLASHEGGN VSVKYTFTHP GERGIDLSSA N EVGGPVKD VIYNMNGTLL GNLLIFPHQF INLRTNNTAT IVIPYINSVP IDSMTRHNNV SLMVIPIAPL TVPTGATPSL PI TVTIAPM CTEFSGIRSK SIVPQ

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分子 #4: viral protein 4

分子名称: viral protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HRV-14, Human rhinovirus B14
分子量理論値: 7.183863 KDa
配列文字列:
GAQVSTQKSG SHENQNILTN GSNQTFTVIN YYKDAASTSS AGQSLSMDPS KFTEPVKDLM LKGAPALN

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分子 #5: C5 antibody variable heavy domain

分子名称: C5 antibody variable heavy domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 11.989335 KDa
配列文字列:
AVQLAESGPA LVAPSQALSI TCTVAGFSLT AYGVAWVRQP PGAGLEWLGA IWAAGATDYN AALKSRASIA KDNSKSQVFL AMASLATAD TAAYYCAREW DAYGDYWGQG TTVTVSA

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分子 #6: C5 antibody variable light domain

分子名称: C5 antibody variable light domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 10.897161 KDa
配列文字列:
DIVLTQSPAA LSAAAGATVA ATCRASGNIH NALAWYQQKA GKSPQLLVYA AAALAAGVPS RFSGSGSGTA YALAINSLAA DDFGAYYCQ HFWSTPYTFG GGTKLEIK

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 166 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM Tris, 120 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, pH 8.0
グリッドモデル: Ted Pella, Ultrathin lacey carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 3.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.02 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 4-49 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 537 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 26759
CTF補正ソフトウェア - 名称: jspr
詳細: On-the-fly CTF correction during 2D alignment and 3D reconstruction
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Particle orientations were randomly assigned.
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: jspr
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
詳細: 23090 particles were selected after 2D classification.
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Angular sampling: 0.5 degrees
ソフトウェア - 名称: jspr
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: jspr / 使用した粒子像数: 16100
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細A combination of the following approaches was used: (1) model rebuilding using Coot, (2) real space refinement using Phenix, (3) reciprocal space refinment using Phenix (as in standard crystallographic refinement).
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coeffcient
得られたモデル

PDB-5w3l:
CryoEM structure of rhinovirus B14 in complex with C5 Fab (4 degrees Celsius, molar ratio 1:3, full particle)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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