+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8706 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of yeast cytoplasmic dynein with Walker B mutation at AAA3 in presence of ATP-VO4 | |||||||||
マップデータ | Yeast cytoplasmic dynein with Walker B mutation at AAA3 in presence of ATP-VO4 | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 microtubule sliding / karyogamy / astral microtubule / establishment of mitotic spindle localization / nuclear migration along microtubule / minus-end-directed microtubule motor activity / cytoplasmic dynein complex / dynein light intermediate chain binding / nuclear migration / spindle pole body ...microtubule sliding / karyogamy / astral microtubule / establishment of mitotic spindle localization / nuclear migration along microtubule / minus-end-directed microtubule motor activity / cytoplasmic dynein complex / dynein light intermediate chain binding / nuclear migration / spindle pole body / microtubule associated complex / dynein intermediate chain binding / dynein complex binding / cytoplasmic microtubule / establishment of mitotic spindle orientation / mitotic sister chromatid segregation / cytoplasmic microtubule organization / Neutrophil degranulation / mitotic spindle organization / spindle pole / cell cortex / microtubule / cell division / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Cianfrocco MA / DeSantis ME / Htet ZM / Tran PT / Reck-Peterson SL / Leschziner AE | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2017 タイトル: Lis1 Has Two Opposing Modes of Regulating Cytoplasmic Dynein. 著者: Morgan E DeSantis / Michael A Cianfrocco / Zaw Min Htet / Phuoc Tien Tran / Samara L Reck-Peterson / Andres E Leschziner / 要旨: Regulation is central to the functional versatility of cytoplasmic dynein, a motor involved in intracellular transport, cell division, and neurodevelopment. Previous work established that Lis1, a ...Regulation is central to the functional versatility of cytoplasmic dynein, a motor involved in intracellular transport, cell division, and neurodevelopment. Previous work established that Lis1, a conserved regulator of dynein, binds to its motor domain and induces a tight microtubule-binding state in dynein. The work we present here-a combination of biochemistry, single-molecule assays, and cryoelectron microscopy-led to the surprising discovery that Lis1 has two opposing modes of regulating dynein, being capable of inducing both low and high affinity for the microtubule. We show that these opposing modes depend on the stoichiometry of Lis1 binding to dynein and that this stoichiometry is regulated by the nucleotide state of dynein's AAA3 domain. The low-affinity state requires Lis1 to also bind to dynein at a novel conserved site, mutation of which disrupts Lis1's function in vivo. We propose a new model for the regulation of dynein by Lis1. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8706.map.gz | 7.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-8706-v30.xml emd-8706.xml | 15.3 KB 15.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8706.png | 58 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8706 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8706 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8706_validation.pdf.gz | 405 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_8706_full_validation.pdf.gz | 404.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8706_validation.xml.gz | 5.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_8706_validation.cif.gz | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8706 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8706 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8706.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Yeast cytoplasmic dynein with Walker B mutation at AAA3 in presence of ATP-VO4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex between yeast dynein (AAA3 Walker B) with Lis1 in the pre...
全体 | 名称: Complex between yeast dynein (AAA3 Walker B) with Lis1 in the presence of ATP.VO4 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Complex between yeast dynein (AAA3 Walker B) with Lis1 in the pre...
超分子 | 名称: Complex between yeast dynein (AAA3 Walker B) with Lis1 in the presence of ATP.VO4 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 実験値: 444 KDa |
-分子 #1: Dynein heavy chain, cytoplasmic
分子 | 名称: Dynein heavy chain, cytoplasmic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 272.66625 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: VQFYWLDLYG ILGENLDIQN FLPLETSKFK SLTSEYKMIT TRAFQLDTTI EVIHIPNFDT TLKLTIDSLK MIKSSLSTFL ERQRRQFPR FYFLGNDDLL KIIGSGKHHD QVSKFMKKMF GSIESIIFFE DSITGVRSVE GEVLNLNEKI ELKDSIQAQE W LNILDTEI ...文字列: VQFYWLDLYG ILGENLDIQN FLPLETSKFK SLTSEYKMIT TRAFQLDTTI EVIHIPNFDT TLKLTIDSLK MIKSSLSTFL ERQRRQFPR FYFLGNDDLL KIIGSGKHHD QVSKFMKKMF GSIESIIFFE DSITGVRSVE GEVLNLNEKI ELKDSIQAQE W LNILDTEI KLSVFTQFRD CLGQLKDGTD IEVVVSKYIF QAILLSAQVM WTELVEKCLQ TNEFSKYWKE VDMKIKGLLD KL NKSSDNV KKKIEALLVE YLHFNNVIGQ LKNCSTKEEA RLLWAKVQKF YQKNDTLDDL NSVFISQSGY LLQYKFEYIG IPE RLIYTP LLLVGFATLT DSLHQKYGGC FFGPAGTGKT ETVKAFGQNL GRVVVVFNCD DSFDYQVLSR LLVGITQIGA WGCF DEFNR LDEKVLSAVS ANIQQIQNGL QVGKSHITLL EEETPLSPHT AVFITLNPGY NGRSELPENL KKSFREFSMK SPQSG TIAE MILQIMGFED SKSLASKIVH FLELLSSKCS SMNHYHFGLR TLKGVLRNCS PLVSEFGEGE KTVVESLKRV ILPSLG DTD ELVFKDELSK IFDSAGTPLN SKAIVQCLKD AGQRSGFSMS EEFLKKCMQF YYMQKTQQAL ILVGKAGCGK TATWKTV ID AMAIFDGHAN VVYVIDTKVL TKESLYGSML KATLEWRDGL FTSILRRVND DITGTFKNSR IWVVFDSDLD PEYVEAMN S VLDDNKILTL PNGERLPIPP NFRILFETDN LDHTTPATIT RCGLLWFSTD VCSISSKIDH LLNKSYEALD NKLSMFELD KLKDLISDSF DMASLTNIFT CSNDLVHILG VRTFNKLETA VQLAVHLISS YRQWFQNLDD KSLKDVITLL IKRSLLYALA GDSTGESQR AFIQTINTYF GHDSQELSDY STIVIANDKL SFSSFCSEIP SVSLEAHEVM RPDIVIPTID TIKHEKIFYD L LNSKRGII LCGPPGSGKT MIMNNALRNS SLYDVVGINF SKDTTTEHIL SALHRHTNYV TTSKGLTLLP KSDIKNLVLF CD EINLPKL DKYGSQNVVL FLRQLMEKQG FWKTPENKWV TIERIHIVGA CNPPTDPGRI PMSERFTRHA AILYLGYPSG KSL SQIYEI YYKAIFKLVP EFRSYTEPFA RASVHLYNEC KARYSTGLQS HYLFSPRELT RLVRGVYTAI NTGPRQTLRS LIRL WAYEA WRIFADRLVG VKEKNSFEQL LYETVDKYLP NQDLGNISST SLLFSGLLSL DFKEVNKTDL VNFIEERFKT FCDEE LEVP MVIHESMVDH ILRIDRALKQ VQGHMMLIGA SRTGKTILTR FVAWLNGLKI VQPKIHRHSN LSDFDMILKK AISDCS LKE SRTCLIIDES NILETAFLER MNTLLANADI PDLFQGEEYD KLLNNLRNKT RSLGLLLDTE QELYDWFVGE IAKNLHV VF TICDPTNNKS SAMISSPALF NRCIINWMGD WDTKTMSQVA NNMVDVVPME FTDFIVPEVN KELVFTEPIQ TIRDAVVN I LIHFDRNFYQ KMKVGVNPRS PGYFIDGLRA LVKLVTAKYQ DLQENQRFVN VGLEKLNESV SLTFEKERWL NTTKQFSKT SQELIGNCII SSIYETYFGH LNERERGDML VILKRLLGKF AVKYDVNYRF IDYLVTLDEK MKWLECGLDK NDYFLENMSI VMNSQDAVP FLLDPSSHMI TVISNYYGNK TVLLSFLEEG FVKRLENAVR FGSVVIIQDG EFFDPIISRL ISREFNHAGN R VTVEIGDH EVDVSGDFKL FIHSCDPSGD IPIFLRSRVR LVHFVTNKES IETRIFDITL TEENAEMQRK REDLIKLNTE YR LKLKNLE KRLLEELNNS QGNMLENDEL MVTLNNLKKE AMNIEKKLSE SEEFFPQFDN LVEEYSIIGK HSVKIFSMLE KFG QFHWFY GISIGQFLSC FKRVFIKKSR ETRAARTRVD EILWLLYQEV YCQFSTALDK KFKMIMAMTM FCLYKFDIES EQYK EAVLT MIGVLSESSD GVPKLTVDTN DDLRYLWDYV TTKSYISALN WFKNEFFVDE WNIADVVANS ENNYFTMASE RDVDG TFKL IELAKASKES LKIIPLGSIE NLNYAQEEIS KSKIEGGWIL LQNIQMSLSW VKTYLHKHVE ETKAAEEHEK FKMFMT CHL TGDKLPAPLL QRTDRVVYED IPGILDTVKD LWGSQFFTGK ISGVWSVYCT FLLSWFHALI TARTRLVPHG FSKKYYF ND CDFQFASVYL ENVLATNSTN NIPWAQVRDH IATIVYGGKI DEEKDLEVVA KLCAHVFCGS DNLQIVPGVR IPQPLLQQ S EEEERARLTA ILSNTIEPAD SLSSWLQLPR ESILDYERLQ AKEVASSTEQ LLQEM |
-分子 #2: Nuclear distribution protein PAC1
分子 | 名称: Nuclear distribution protein PAC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 40.645449 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: LKWIPRNLPS CLINVESSVT SVKLHPNLPI VFVATDHGKL YAFDLFNYTI PLASLQSHTK AITSMDVLFT NYTNSSKKNY LVIVTASKD LQIHVFKWVS EECKFQQIRS LLGHEHIVSA VKIWQKNNDV HIASCSRDQT VKIWDFHNGW SLKTFQPHSQ W VRSIDVLG ...文字列: LKWIPRNLPS CLINVESSVT SVKLHPNLPI VFVATDHGKL YAFDLFNYTI PLASLQSHTK AITSMDVLFT NYTNSSKKNY LVIVTASKD LQIHVFKWVS EECKFQQIRS LLGHEHIVSA VKIWQKNNDV HIASCSRDQT VKIWDFHNGW SLKTFQPHSQ W VRSIDVLG DYIISGSHDT TLRLTHWPSG NGLSVGTGHE FPIEKVKFIH FIEDSPEIRF RTPSTDRYKN WGMQYCVSAS RD RTIKIWE IPLPTLMAHR APIPNPTDSN FRCVLTLKGH LSWVRDISIR GQYLFSCADD KSVRCWDLNT GQCLHVWEKL HTG FVNCLD LDVDFDSNVT PRQMMVTGGL DCKSNVFM |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.23 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil UltrAuFoil 1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 詳細: No grid pretreatment |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 276 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4826 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 36000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 27807 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 800 |
---|---|
得られたモデル | PDB-5vlj: |