[日本語] English
万見
- EMDB-8658: VCP like ATPase from T. acidophilum (VAT) - conformation 1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8658
タイトルVCP like ATPase from T. acidophilum (VAT) - conformation 1
マップデータVAT hexamer in stacked-ring conformation
試料
  • 複合体: Structural basis for substrate unfolding by the VCP like ATPase from T. Acidophilum
    • タンパク質・ペプチド: VCP-like ATPase
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


retrograde protein transport, ER to cytosol / polyubiquitin modification-dependent protein binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
AAA ATPase, CDC48 family / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / CDC48 domain 2-like superfamily / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain ...AAA ATPase, CDC48 family / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / CDC48 domain 2-like superfamily / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性) / Thermoplasma acidophilum (strain ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165) (好酸性)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Ripstein ZA / Huang R / Augustyniak R / Kay LE / Rubinstein JL
資金援助 カナダ, 2件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-81294 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-133408 カナダ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structure of a AAA+ unfoldase in the process of unfolding substrate.
著者: Zev A Ripstein / Rui Huang / Rafal Augustyniak / Lewis E Kay / John L Rubinstein /
要旨: AAA+ unfoldases are thought to unfold substrate through the central pore of their hexameric structures, but how this process occurs is not known. VAT, the homologue of eukaryotic CDC48/p97, works in ...AAA+ unfoldases are thought to unfold substrate through the central pore of their hexameric structures, but how this process occurs is not known. VAT, the homologue of eukaryotic CDC48/p97, works in conjunction with the proteasome to degrade misfolded or damaged proteins. We show that in the presence of ATP, VAT with its regulatory N-terminal domains removed unfolds other VAT complexes as substrate. We captured images of this transient process by electron cryomicroscopy (cryo-EM) to reveal the structure of the substrate-bound intermediate. Substrate binding breaks the six-fold symmetry of the complex, allowing five of the six VAT subunits to constrict into a tight helix that grips an ~80 Å stretch of unfolded protein. The structure suggests a processive hand-over-hand unfolding mechanism, where each VAT subunit releases the substrate in turn before re-engaging further along the target protein, thereby unfolding it.
履歴
登録2017年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年4月26日-
マップ公開2017年4月26日-
更新2020年1月15日-
現状2020年1月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5vc7
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8658.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8658.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈VAT hexamer in stacked-ring conformation
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.45 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.25 / ムービー #1: 0.25
最小 - 最大-0.6932421 - 1.1776209
平均 (標準偏差)-0.0007511465 (±0.041298486)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 371.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.451.451.45
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z371.200371.200371.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-36
NX/NY/NZ528549
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.6931.178-0.001

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Structural basis for substrate unfolding by the VCP like ATPase f...

全体名称: Structural basis for substrate unfolding by the VCP like ATPase from T. Acidophilum
要素
  • 複合体: Structural basis for substrate unfolding by the VCP like ATPase from T. Acidophilum
    • タンパク質・ペプチド: VCP-like ATPase
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

-
超分子 #1: Structural basis for substrate unfolding by the VCP like ATPase f...

超分子名称: Structural basis for substrate unfolding by the VCP like ATPase from T. Acidophilum
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Stacked-ring state, ATPgS loaded N-terminal domain removed
由来(天然)生物種: Thermoplasma acidophilum (好酸性)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: PPROEX
分子量理論値: 380 KDa

-
分子 #1: VCP-like ATPase

分子名称: VCP-like ATPase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermoplasma acidophilum (strain ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165) (好酸性)
株: ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165
分子量理論値: 62.996246 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MEVSRISYED IGGLSEQLGK IREMIELPLK HPELFERLGI TPPKGVILYG PPGTGKTLIA RAVANESGAN FLSINGPEIM SKYYGQSEQ KLREIFSKAE ETAPSIIFID EIDSIAPKRE EVQGEVERRV VAQLLTLMDG MKERGHVIVI GATNRIDAID P ALRRPGRF ...文字列:
MEVSRISYED IGGLSEQLGK IREMIELPLK HPELFERLGI TPPKGVILYG PPGTGKTLIA RAVANESGAN FLSINGPEIM SKYYGQSEQ KLREIFSKAE ETAPSIIFID EIDSIAPKRE EVQGEVERRV VAQLLTLMDG MKERGHVIVI GATNRIDAID P ALRRPGRF DREIEIGVPD RNGRKEILMI HTRNMPLGMS EEEKNKFLEE MADYTYGFVG ADLAALVRES AMNALRRYLP EI DLDKPIP TEILEKMVVT EDDFKNALKS IEPSSLREVM VEVPNVHWDD IGGLEDVKRE IKETVELPLL KPDVFKRLGI RPS KGFLLY GPPGVGKTLL AKAVATESNA NFISIKGPEV LSKWVGESEK AIREIFKKAK QVAPAIVFLD EIDSIAPRRG TTSD SGVTE RIVNQLLTSL DGIEVMNGVV VIGATNRPDI MDPALLRAGR FDKLIYIPPP DKEARLSILK VHTKNMPLAP DVDLN DIAQ RTEGYVGADL ENLCREAGMN AYRENPDATS VSQKNFLDAL KTIRPSVDEE VIKFYRTLSE TMSKSVSERR KQLQDQ GLY L

-
分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度20 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Electron Microscopy Sciences M400 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 400 / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 30.0 nm
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: Blot for 4 seconds before plunging.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 246 / 平均露光時間: 15.0 sec. / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 倍率（公称値）: 25000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 171381
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Initial model generated by stochastic gradient descent algorithm in CryoSPARC
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.2) / 使用した粒子像数: 75205
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.2)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.2)
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.2)
ソフトウェア - 詳細: Ab intio with multiple classess

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-5vc7:
VCP like ATPase from T. acidophilum (VAT) - conformation 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る