+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8402 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Methicillin sensitive Staphylococcus aureus 70S ribosome | |||||||||
マップデータ | Methicillin sensitive Staphylococcus aureus 70S ribosome | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) / Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Eyal Z / Ahmed T / Belousoff N / Mishra S / Matzov D / Bashan A / Zimmerman E / Lithgow T / Bhushan S / Yonath A | |||||||||
資金援助 | オーストラリア, European Union, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: mBio / 年: 2017 タイトル: Structural Basis for Linezolid Binding Site Rearrangement in the Ribosome. 著者: Matthew J Belousoff / Zohar Eyal / Mazdak Radjainia / Tofayel Ahmed / Rebecca S Bamert / Donna Matzov / Anat Bashan / Ella Zimmerman / Satabdi Mishra / David Cameron / Hans Elmlund / Anton Y ...著者: Matthew J Belousoff / Zohar Eyal / Mazdak Radjainia / Tofayel Ahmed / Rebecca S Bamert / Donna Matzov / Anat Bashan / Ella Zimmerman / Satabdi Mishra / David Cameron / Hans Elmlund / Anton Y Peleg / Shashi Bhushan / Trevor Lithgow / Ada Yonath / 要旨: An unorthodox, surprising mechanism of resistance to the antibiotic linezolid was revealed by cryo-electron microscopy (cryo-EM) in the 70S ribosomes from a clinical isolate of This high-resolution ...An unorthodox, surprising mechanism of resistance to the antibiotic linezolid was revealed by cryo-electron microscopy (cryo-EM) in the 70S ribosomes from a clinical isolate of This high-resolution structural information demonstrated that a single amino acid deletion in ribosomal protein uL3 confers linezolid resistance despite being located 24 Å away from the linezolid binding pocket in the peptidyl-transferase center. The mutation induces a cascade of allosteric structural rearrangements of the rRNA that ultimately results in the alteration of the antibiotic binding site. The growing burden on human health caused by various antibiotic resistance mutations now includes prevalent resistance to last-line antimicrobial drugs such as linezolid and daptomycin. Structure-informed drug modification represents a frontier with respect to designing advanced clinical therapies, but success in this strategy requires rapid, facile means to shed light on the structural basis for drug resistance (D. Brown, Nat Rev Drug Discov 14:821-832, 2015, https://doi.org/10.1038/nrd4675). Here, detailed structural information demonstrates that a common mechanism is at play in linezolid resistance and provides a step toward the redesign of oxazolidinone antibiotics, a strategy that could thwart known mechanisms of linezolid resistance. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8402.map.gz | 239.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-8402-v30.xml emd-8402.xml | 62.8 KB 62.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8402.png | 145.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8402 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8402 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8402_validation.pdf.gz | 579.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_8402_full_validation.pdf.gz | 579.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8402_validation.xml.gz | 7.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_8402_validation.cif.gz | 8.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8402 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8402 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8402.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 262.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Methicillin sensitive Staphylococcus aureus 70S ribosome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.96 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Methicillin sensitive Staphylococcus aureus 70S ribosome (ATCC 35556)
+超分子 #1: Methicillin sensitive Staphylococcus aureus 70S ribosome (ATCC 35556)
+分子 #1: 16S RRNA
+分子 #20: mRNA
+分子 #21: P-site tRNA CHAIN
+分子 #22: E-site tRNA CHAIN
+分子 #23: 23S RRNA
+分子 #24: 5S rRNA CHAIN
+分子 #2: 30S ribosomal protein S3
+分子 #3: 30S ribosomal protein S4
+分子 #4: 30S ribosomal protein S5
+分子 #5: 30S ribosomal protein S6
+分子 #6: 30S ribosomal protein S7
+分子 #7: 30S ribosomal protein S8
+分子 #8: 30S ribosomal protein S9
+分子 #9: 30S ribosomal protein S10
+分子 #10: 30S ribosomal protein S11
+分子 #11: 30S ribosomal protein S12
+分子 #12: 30S ribosomal protein S13
+分子 #13: 30S ribosomal protein S14 type Z
+分子 #14: 30S ribosomal protein S15
+分子 #15: 30S ribosomal protein S16
+分子 #16: 30S ribosomal protein S17
+分子 #17: 30S ribosomal protein S18
+分子 #18: 30S ribosomal protein S19
+分子 #19: 30S ribosomal protein S20
+分子 #25: 50S ribosomal protein L2
+分子 #26: 50S ribosomal protein L3
+分子 #27: 50S ribosomal protein L4
+分子 #28: 50S ribosomal protein L5
+分子 #29: 50S ribosomal protein L6
+分子 #30: 50S ribosomal protein L13
+分子 #31: 50S ribosomal protein L14
+分子 #32: 50S ribosomal protein L15
+分子 #33: 50S ribosomal protein L16
+分子 #34: 50S ribosomal protein L17
+分子 #35: 50S ribosomal protein L18
+分子 #36: 50S ribosomal protein L19
+分子 #37: 50S ribosomal protein L20
+分子 #38: 50S ribosomal protein L21
+分子 #39: 50S ribosomal protein L22
+分子 #40: 50S ribosomal protein L23
+分子 #41: 50S ribosomal protein L24
+分子 #42: 50S ribosomal protein L25
+分子 #43: 50S ribosomal protein L27
+分子 #44: 50S ribosomal protein L28
+分子 #45: 50S ribosomal protein L29
+分子 #46: 50S ribosomal protein L30
+分子 #47: 50S ribosomal protein L32
+分子 #48: 50S ribosomal protein L33 1
+分子 #49: 50S ribosomal protein L34
+分子 #50: 50S ribosomal protein L35
+分子 #51: 50S ribosomal protein L36
+分子 #52: 50S ribosomal protein L31 type B
+分子 #53: PAROMOMYCIN
+分子 #54: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.6 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 20.0 nm |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 126000 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
---|---|
得られたモデル | PDB-5tcu: |