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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8222 | |||||||||
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タイトル | MicroED structure of thermolysin at 2.5 A resolution | |||||||||
![]() | Thermolysin | |||||||||
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![]() | Hydrolase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
![]() | de la Cruz MJ / Hattne J | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Atomic-resolution structures from fragmented protein crystals with the cryoEM method MicroED. 著者: M Jason de la Cruz / Johan Hattne / Dan Shi / Paul Seidler / Jose Rodriguez / Francis E Reyes / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Simon C Weiss / Sun Kyung Kim / Cynthia S Hinck / Andrew P ...著者: M Jason de la Cruz / Johan Hattne / Dan Shi / Paul Seidler / Jose Rodriguez / Francis E Reyes / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Simon C Weiss / Sun Kyung Kim / Cynthia S Hinck / Andrew P Hinck / Guillermo Calero / David Eisenberg / Tamir Gonen / ![]() 要旨: Traditionally, crystallographic analysis of macromolecules has depended on large, well-ordered crystals, which often require significant effort to obtain. Even sizable crystals sometimes suffer from ...Traditionally, crystallographic analysis of macromolecules has depended on large, well-ordered crystals, which often require significant effort to obtain. Even sizable crystals sometimes suffer from pathologies that render them inappropriate for high-resolution structure determination. Here we show that fragmentation of large, imperfect crystals into microcrystals or nanocrystals can provide a simple path for high-resolution structure determination by the cryoEM method MicroED and potentially by serial femtosecond crystallography. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16 KB 16 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 302.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.7 KB | ||
Filedesc structureFactors | ![]() | 1.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 572.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 571.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5k7tMC ![]() 8216C ![]() 8217C ![]() 8218C ![]() 8219C ![]() 8220C ![]() 8221C ![]() 8472C ![]() 5k7nC ![]() 5k7oC ![]() 5k7pC ![]() 5k7qC ![]() 5k7rC ![]() 5k7sC ![]() 5ty4C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Thermolysin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X: 0.80759 Å / Y: 0.80759 Å / Z: 0.82371 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 178 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Thermolysin
全体 | 名称: Thermolysin |
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要素 |
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-超分子 #1: Thermolysin
超分子 | 名称: Thermolysin / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 34.634 KDa |
-分子 #1: Thermolysin
分子 | 名称: Thermolysin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: thermolysin |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 34.360336 KDa |
配列 | 文字列: ITGTSTVGVG RGVLGDQKNI NTTYSTYYYL QDNTRGNGIF TYDAKYRTTL PGSLWADADN QFFASYDAPA VDAHYYAGVT YDYYKNVHN RLSYDGNNAA IRSSVHYSQG YNNAFWNGSQ MVYGDGDGQT FIPLSGGIDV VAHELTHAVT DYTAGLIYQN E SGAINEAI ...文字列: ITGTSTVGVG RGVLGDQKNI NTTYSTYYYL QDNTRGNGIF TYDAKYRTTL PGSLWADADN QFFASYDAPA VDAHYYAGVT YDYYKNVHN RLSYDGNNAA IRSSVHYSQG YNNAFWNGSQ MVYGDGDGQT FIPLSGGIDV VAHELTHAVT DYTAGLIYQN E SGAINEAI SDIFGTLVEF YANKNPDWEI GEDVYTPGIS GDSLRSMSDP AKYGDPDHYS KRYTGTQDNG GVHINSGIIN KA AYLISQG GTHYGVSVVG IGRDKLGKIF YRALTQYLTP TSNFSQLRAA AVQSATDLYG STSQEVASVK QAFDAVGVK UniProtKB: Thermolysin |
-分子 #2: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #3: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #4: DIMETHYL SULFOXIDE
分子 | 名称: DIMETHYL SULFOXIDE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: DMS |
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分子量 | 理論値: 78.133 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-DMS: |
-分子 #5: ISOPROPYL ALCOHOL
分子 | 名称: ISOPROPYL ALCOHOL / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: IPA |
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分子量 | 理論値: 60.095 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-IPA: |
-分子 #6: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 21 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 3D array |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 721 / 回折像の数: 721 / 平均露光時間: 4.1 sec. / 平均電子線量: 0.004 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 1750 mm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |