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- EMDB-7472: CryoEM structure of herpes simplex virus 1 capsid with associated... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7472
タイトルCryoEM structure of herpes simplex virus 1 capsid with associated tegument protein complexes.
マップデータIcosahedral reconstruction of HSV-1 capsid with associated tegument proteins.
試料
  • ウイルス: Human herpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Small capsomere-interacting protein
    • タンパク質・ペプチド: Triplex capsid protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Triplex capsid protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Capsid vertex component 1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid vertex component 2
    • タンパク質・ペプチド: Large tegument protein deneddylase
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome organization => GO:0051276 / T=16 icosahedral viral capsid / deNEDDylase activity / viral genome packaging / viral tegument / viral capsid assembly / viral DNA genome replication / viral release from host cell / viral process / viral penetration into host nucleus ...chromosome organization => GO:0051276 / T=16 icosahedral viral capsid / deNEDDylase activity / viral genome packaging / viral tegument / viral capsid assembly / viral DNA genome replication / viral release from host cell / viral process / viral penetration into host nucleus / viral capsid / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus large tegument protein deneddylase / Herpesvirus UL36 tegument protein / Herpesvirus UL35 / Herpesvirus UL35 family / Large tegument protein deneddylase / Herpesvirus tegument ubiquitin-specific protease (htUSP) domain profile. / Herpesvirus large tegument protein, USP domain / Herpesvirus tegument protein, N-terminal conserved region / Herpesvirus capsid vertex component 1 / Herpesvirus UL17 protein ...Herpesvirus large tegument protein deneddylase / Herpesvirus UL36 tegument protein / Herpesvirus UL35 / Herpesvirus UL35 family / Large tegument protein deneddylase / Herpesvirus tegument ubiquitin-specific protease (htUSP) domain profile. / Herpesvirus large tegument protein, USP domain / Herpesvirus tegument protein, N-terminal conserved region / Herpesvirus capsid vertex component 1 / Herpesvirus UL17 protein / Herpesvirus UL25 / Herpesvirus UL25 family / Herpesvirus capsid shell protein 1 / Herpesvirus capsid shell protein VP19C / Herpesvirus capsid protein 2 / Herpesvirus VP23 like capsid protein / Herpesvirus major capsid protein / Herpesvirus major capsid protein, upper domain superfamily / Herpes virus major capsid protein / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Triplex capsid protein 1 / Capsid vertex component 1 / Triplex capsid protein 2 / Major capsid protein / Capsid vertex component 2 / Large tegument protein deneddylase / Small capsomere-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種HHV-1 (ヘルペスウイルス) / Human herpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Dai XH / Zhou ZH
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE025567 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094386 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1U24GM116792 米国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10OD018111 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Structure of the herpes simplex virus 1 capsid with associated tegument protein complexes.
著者: Xinghong Dai / Z Hong Zhou /
要旨: Herpes simplex viruses (HSVs) rely on capsid-associated tegument complex (CATC) for long-range axonal transport of their genome-containing capsids between sites of infection and neuronal cell bodies. ...Herpes simplex viruses (HSVs) rely on capsid-associated tegument complex (CATC) for long-range axonal transport of their genome-containing capsids between sites of infection and neuronal cell bodies. Here we report cryo-electron microscopy structures of the HSV-1 capsid with CATC up to 3.5-angstrom resolution and atomic models of multiple conformers of capsid proteins VP5, VP19c, VP23, and VP26 and tegument proteins pUL17, pUL25, and pUL36. Crowning every capsid vertex are five copies of heteropentameric CATC, each containing a pUL17 monomer supporting the coiled-coil helix bundle of a pUL25 dimer and a pUL36 dimer, thus positioning their flexible domains for potential involvement in nuclear capsid egress and axonal capsid transport. Notwithstanding newly discovered fold conservation between triplex proteins and bacteriophage λ protein gpD and the previously recognized bacteriophage HK97 gp5-like fold in VP5, HSV-1 capsid proteins exhibit extraordinary diversity in forms of domain insertion and conformational polymorphism, not only for interactions with tegument proteins but also for encapsulation of large genomes.
履歴
登録2018年2月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年3月14日-
マップ公開2018年3月14日-
更新2019年11月27日-
現状2019年11月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6cgr
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7472.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7472.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Icosahedral reconstruction of HSV-1 capsid with associated tegument proteins.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 1280 pix.
= 1318.4 Å		1.03 Å/pix.
x 1280 pix.
= 1318.4 Å		1.03 Å/pix.
x 1280 pix.
= 1318.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.5 / ムービー #1: 2.5
最小 - 最大-10.389175 - 14.209248
平均 (標準偏差)-0.00000203136 (±0.9994727)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-640-640-640
サイズ128012801280
Spacing128012801280
セルA=B=C: 1318.3999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z128012801280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1318.4001318.4001318.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-640-640-640
NC/NR/NS128012801280
D min/max/mean-10.38914.209-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human herpesvirus 1 strain KOS

全体名称: Human herpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス)
要素
  • ウイルス: Human herpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Small capsomere-interacting protein
    • タンパク質・ペプチド: Triplex capsid protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Triplex capsid protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Capsid vertex component 1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid vertex component 2
    • タンパク質・ペプチド: Large tegument protein deneddylase

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超分子 #1: Human herpesvirus 1 strain KOS

超分子名称: Human herpesvirus 1 strain KOS / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Cultured in Vero cells. / NCBI-ID: 10306 / 生物種: Human herpesvirus 1 strain KOS / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 200 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 1300.0 Å / T番号(三角分割数): 16

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分子 #1: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HHV-1 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 149.229047 KDa
配列文字列: MAAPNRDPPG YRYAAAMVPT GSLLSTIEVA SHRRLFDFFS RVRSDANSLY DVEFDALLGS YCNTLSLVRF LELGLSVACV CTKFPELAY MNEGRVQFEV HQPLIARDGP HPIEQPTHNY MTKIIDRRAL NAAFSLATEA IALLTGEALD GTGIGAHRQL R AIQQLARN ...文字列:
MAAPNRDPPG YRYAAAMVPT GSLLSTIEVA SHRRLFDFFS RVRSDANSLY DVEFDALLGS YCNTLSLVRF LELGLSVACV CTKFPELAY MNEGRVQFEV HQPLIARDGP HPIEQPTHNY MTKIIDRRAL NAAFSLATEA IALLTGEALD GTGIGAHRQL R AIQQLARN VQAVLGAFER GTADQMLHVL LEKAPPLALL LPMQRYLDNG RLATRVARAT LVAELKRSFC ETSFFLGKAG HR REAVEAW LVDLTTATQP SVAVPRLTHA DTRGRPVDGV LVTTAPIKQR LLQSFLKVED TEADVPVTYG EMVLNGANLV TAL VMGKAV RSLDDVGRHL LEMQEEQLDL NRQTLDELES APQTTRVRAD LVSIGEKLVF LEALEKRIYA ATNVPYPLVG AMDL TFVLP LGLFNPVMER FAAHAGDLVP APGHPDPRAF PPRQLFFWGK DRQVLRLSLE HAIGTVCHPS LMNVDAAVGG LNRDP VEAA NPYGAYVAAP AGPAADMQQL FLNAWGQRLA HGRVRWVAEG QMTPEQFMQP DNANLALELH PAFDFFVGVA DVELPG GDV PPAGPGEIQA TWRVVNGNLP LALCPAAFRD ARGLELGVGR HAMAPATIAA VRGAFDDRNY PAVFYLLQAA IHGSEHV FC ALARLVVQCI TSYWNNTRCA AFVNDYSLVS YVVTYLGGDL PEECMAVYRD LVAHVEALAQ LVDDFTLTGP ELGGQAQA E LNHLMRDPAL LPPLVWDCDA LMRRAALDRH RDCRVSAGGH DPVYAAACNV ATADFNRNDG QLLHNTQARA ADAADDRPH RGADWTVHHK IYYYVMVPAF SRGRCCTAGV RFDRVYATLQ NMVVPEIAPG EECPSDPVTD PAHPLHPANL VANTVNAMFH NGRVVVDGP AMLTLQVLAH NMAERTTALL CSAAPDAGAN TASTTNMRIF DGALHAGILL MAPQHLDHTI QNGDYFYPLP V HALFAGAD HVANAPNFPP ALRDLSRQVP LVPPALGANY FSSIRQPVVQ HVRESAAGEN ALTYALMAGY FKISPVALHH QL KTGLHPG FGFTVVRQDR FVTENVLFSE RASEAYFLGQ LQVARHETGG GVNFTLTQPR GNVDLGVGYT AVVATATVRN PVT DMGNLP QNFYLGRGAP PLLDNAAAVY LRNAVVAGNR LGPAQPVPVF GCAQVPRRAG MDHGQDAVCE FIATPVSTDV NYFR RPCNP RGRAAGGVYA GDKEGDVTAL MYDHGQSDPS RAFAATANPW ASQRFSYGDL LYNGAYHLNG ASPVLSPCFK FFTSA DIAA KHRCLERLIV ETGSAVSTAT AASDVQFKRP PGCRELVEDP CGLFQEAYPL TCASDPALLR SARNGEAHAR ETHFAQ YLV YDASPLKGLA L

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分子 #2: Small capsomere-interacting protein

分子名称: Small capsomere-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HHV-1 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 12.108655 KDa
配列文字列:
MAVPQFHRPS TVTTDSVRAL GMRGLVLATN NSQFIMDNNH PHPQGTQGAV REFLRGQAAA LTDLGLAHAN NTFTPQPMFA GDAPAAWLR PAFGLRRTYS PFVVREPSTP GTP

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分子 #3: Triplex capsid protein 1

分子名称: Triplex capsid protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HHV-1 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 50.328281 KDa
配列文字列: MKTNPLPATP SVWGGSTVEL PPTTRDTAGQ GLLRRVLRPP ISRRDGPGLP RGSGPRRAAS TLWLLGLDGT DAPPGALTPN DDTEQALDK ILRGTMRGGA ALIGSPRHHL TRQVILTDLC QPNADRAGTL LLALRHPADL PHLAHQRAPP GRQTERLGEA W GQLMEATA ...文字列:
MKTNPLPATP SVWGGSTVEL PPTTRDTAGQ GLLRRVLRPP ISRRDGPGLP RGSGPRRAAS TLWLLGLDGT DAPPGALTPN DDTEQALDK ILRGTMRGGA ALIGSPRHHL TRQVILTDLC QPNADRAGTL LLALRHPADL PHLAHQRAPP GRQTERLGEA W GQLMEATA LGSGRAESGC TRAGLVSFNF LVAACAASYD ARDAADAVRA HVTANYRGTR VGARLDRFSE CLRAMVHTHV FP HEVMRFF GGLVSWVTQD ELASVTAVCA GPQEAAHTGH PGRPRSAVIL PACAFVDLDA ELGLGGPGAA FLYLVFTYRQ RRD QELCCV YVIKSQLPPR GLEPALERLF GRLRITNTIH GTEDMTPPAP NRNPDFPLAG LAANPQTPRC SAGQVTNPQF ADRL YRWQP DLRGRPTART CTYAAFAELG MMPEDSPRCL HRTERFGAVS VPVVILEGVV WRPGEWRACA

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分子 #4: Triplex capsid protein 2

分子名称: Triplex capsid protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HHV-1 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 34.301617 KDa
配列文字列: MLADGFETDI AIPSGISRPD AAALQRCEGR VVFLPTIRRQ LTLADVAHES FVSGGVSPDT LGLLLAYRRR FPAVITRVLP TRIVACPLD VGLTHAGTVN LRNTSPVDLC NGDPISLVPP VFEGQATDVR LDSLDLTLRF PVPLPSPLAR EIVARLVARG I RDLNPSPR ...文字列:
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分子 #5: Capsid vertex component 1

分子名称: Capsid vertex component 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HHV-1 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 74.699258 KDa
配列文字列: MNAHLANEVQ YDLGHGPGRP SSLVHVIISS ECLAAAGIPL AALMRGRPGL GTAANFQVEI QTRAHATGDC TPWCTAFAAY VPADAVGEL LAPVVPAHPG LLPRASSAGG LFVSLPVVCD AQGVYDPYAV AALRLAWGSG ASCARVILFS YDELVPPNTR Y AADSTRIM ...文字列:
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分子 #6: Capsid vertex component 2

分子名称: Capsid vertex component 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HHV-1 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 62.736777 KDa
配列文字列: MDPYCPFDAL DVWEHRRFIV ADSRNFITPE FPRDFWMSPV FNLPRETAAE QVVVLQAQRT AAAAALENAA MQAAELPVDI ERRLRPIER NVHEIAGALE ALETAAAAAE EADAARGDEP AGGGDGGAPP GLAVAEMEVQ IVRNDPPLRY DTNLPVDLLH M VYAGRGAT ...文字列:
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分子 #7: Large tegument protein deneddylase

分子名称: Large tegument protein deneddylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquitinyl hydrolase 1
由来(天然)生物種: HHV-1 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 333.8095 KDa
配列文字列: MIAGTPPHST MERGGDRDIV VTGARNQFAP DLEPGGSVSC MRSSLSFLSL IFDVGPRDVL SAEAIEGCLV EGGEWTRATA GPGPPRMCS IVELPNFLEY PGARGGLRCV FSRVYGEVGF FGEPAAGLLE TQCPAHTFFA GPWALRPLSY TLLTIGPLGM G LFRDGDTA ...文字列:
MIAGTPPHST MERGGDRDIV VTGARNQFAP DLEPGGSVSC MRSSLSFLSL IFDVGPRDVL SAEAIEGCLV EGGEWTRATA GPGPPRMCS IVELPNFLEY PGARGGLRCV FSRVYGEVGF FGEPAAGLLE TQCPAHTFFA GPWALRPLSY TLLTIGPLGM G LFRDGDTA YLFDPHGLPE GTPAFIAKVR AGDMYPYLTY YTRDRPDVRW AGAMVFFVPS GPEPAAPADL TAAALHLYGA SE TYLQDEA FSERRVAITH PLRGEIAGLG EPCVGVGPRE GVGGPGPHPP TAAQSPPPTR ARRDDRASET SRGTAGPSAK PEA KRPNRA PDDVWAVALK GTPPTDPPSA DPPSADPPSA IPPPPPSAPK TPAAEAAEED DDDMRVLEMG VVPVGRHRAR YSAG LPKRR RPTWTPPSSV EDLTSGEKTK RSAPPAKTKK KSTPKGKTPV GAAVPASVPE PVLASAPPDP AGPPVAEAGE DDGPT VPAS SQALEALKTR RSPEPPGADL AQLFEAHPNV AATAVKFTAC SAALAREVAA CSRLTISALR SPYPASPGLL ELCVIF FFE RVLAFLIENG ARTHTQAGVA GPAAALLEFT LNMLPWKTAV GDFLASTRLS LADVAAHLPL VQHVLDENSL IGRLALA KL ILVARDVIRE TDAFYGELAD LELQLRAAPP ANLYTRLGEW LLERSQAHPD TLFAPATPTH PEPLLYRVQA LAKFARGE E IRVEAEDRQM REALDALARG VDAVSQHAGP LGVMPAPAGA APQGAPRPPP LGPEAVQVRL EEVRTQARRA IEGAVKEYF YRGAVYSAKA LQASDNNDRR FHVASAAVVP VVQLLESLPV FDQHTRDIAQ RAAIPAPPPI ATSPTAILLR DLIQRGQTLD APEDLAAWL SVLTDAANQG LIERKPLDEL ARSIRDINDQ QARRSSGLAE LRRFDALDAA LGQQLDSDAA FVPAPGASPY P DDGGLSPE ATRMAEEALR QARAMDAAKL TAELAPDARA RLRERARSLE AMLEGARERA KVARDAREKF LHKLQGVLRP LP DFVGLKA CPAVLATLRA SLPAGWSDLP EAVRGAPPEV TAALRADMWG LLGQYRDALE HPTPDTATAL SGLHPSFVVV LKN LFADAP ETPFLLQFFA DHAPIIAHAV SNAINAGSAA VATADPASTV DAAVRAHRVL VDAVTALGAA ASDPASPLAF LAAM ADSAA GYVKATRLAL DARVAIAQLT TLGSAAADLV VQVRRAANQP EGEHASLIQA ATRATTGARE SLAGHEGRFG GLLHA EGTA GDHSPSGRAL QELGKVIGAT RRRADELEAA TADLREKMAA QRARSSHERW AADVEAVLDR VESGAEFDVV ELRRLQ ALA GTHGYNPRDF RKRAEQALGT NAKAVTLALE TALAFNPYTP ENQRHPMLPP LAAIHRIDWS AAFGAAADTY ADMFRVD TE PLARLLRLAG GLLERAQAND GFIDYHEAVL HLSEDLGGVP ALRQYVPFFQ KGYAEYVDIR DRLDALRADA RRAIGSVA L DLAAAAEEIS AVRNDPAAAA ELVRAGVTLP CPSEDALVAC VAALERVDQS PVKDTAYADY VAFVTRQDLA DTKDAVVRA KQQRAEATER VTAGLREVLA ARERRAQLEA EGLANLKTLL KVVAVPATVA KTLDQARSAE EIADQVEILV DQTEKARELD VQAVAWLEH AQRTFETHPL SAASGDGPGL LTRQGARLQA LFDTRRRVEA LRRSLEEAEA EWDEVWGRFG RVRGGAWKSP E GFRAACEQ LRALQDTTNT VSGLRAQRDY ERLPAKYQGV LGAKSAERAG AVEELGGRVA QHADLSARLR DEVVPRVAWE MN FDTLGGL LAEFDAVAGD LAPWAVEEFR GARELIQRRM GLYSAYAKAT GQTGAGAAAA PAPLLVDLRA LDARARASAP PGQ EADPQM LRRRGEAYLR VSGGPGPLVL REATSTLDRP FAPSFLVPDG TPLQYALCFP AVTDKLGALL MCPEAACIRP PLPT DTLES ASTVTAMYVL TVINRLQLAL SDAQAANFQL FGRFVRHRQA RWGASMDAAA ELYVALVATT LTREFGCRWA QLEWG GDAA APGPPLGPQS STRHRVSFNE NDVLVALVAS SPEHIYTFWR LDLVRQHEYM HLTLPRAFQN AADSMLFVQR LTPHPD ARI RVLPAFSAGG PPTRGLMFGT RLADWRRGKL SETDPLAPWR SVPELGTERG AALGKLSPAQ ALAAVSVLGR MCLPSTA LV ALWTCMFPDD YTEYDSFDAL LTARLESGQT LSPSGGREAS PPAPPNALYR PTGQHVAVPA AATHRTPAAR VTAMDLVL A AVLLGAPVVV ALRNTTAFSR ESELELCLTL FDSRARGPDA ALRDAVSSDI ETWAVRLLHA DLNPIENACL AAQLPRLSA LIAERPLARG PPCLVLVDIS MTPVAVLWEN PDPPGPPDVR FVGSEATEEL PFVAGGEDVL AASATDEDPF LARAILGRPF DASLLSGEL FPGHPVYQRA PDDQSPSVPN PTPGPVDLVG AEGSLGPGSL APTLFTDATP GEPVPPRMWA WIHGLEELAS D DSGGPAPL LAPDPLSPTA DQSVPTSQCA PRPPGPAVTA REARPGVPAE STRPAPVGPR DDFRRLPSPQ SSPAPPDATA PR PPASSRA SAASSSGSRA RRHRRARSLA RATQASATTQ GWRPPALPDT VAPVTDFARP PAPPKPPEPA PHALVSGVPL PLG PQAAGQ ASPALPIDPV PPPVATGTVL PGGENRRPPL TSGPAPTPPR VPVGGPQRRL TRPAVASLSE SRESLPSPWD PADP TAPVL GRNPAEPTSS SPAGPSPPPP AVQPVAPPPT SGPPPTYLTL EGGVAPGGPV SRRPTTRQPV ATPTTSARPR GHLTV SRLS APQPQPQPQP QPQPQPQPQP QPQPQPQPQP QPQPQPQPQP QPQPQPQPQP QPQPQPQPQP QPQPQPQPQP QNGHVA PGE YPAVRFRAPQ NRPSVPASAS STNPRTGSSL SGVSSWASSL ALHIDATPPP VSLLQTLYVS DDEDSDATSL FLSDSEA EA LDPLPGEPHS PITNEPFSAL SADDSQEVTR LQFGPPPVSA NAVLSRRYVQ RTGRSALAVL IRACYRLQQQ LQRTRRAL L HHSDAVLTSL HHVRMLLG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 式: PBS / 構成要素 - 名称: phosphate buffered saline
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 298 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: The sample was manually blotted and frozen with a homemade plunger..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 79.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 2.5 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-26 / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 7356 / 平均露光時間: 13.0 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 24271 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 14000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 45530
詳細: Particles were boxed with ETHAN, and then manually examined.
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6038

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 28042
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: IMIRS
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: IMIRS

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6cgr:
CryoEM structure of herpes simplex virus 1 capsid with associated tegument protein complexes.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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