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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7472 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of herpes simplex virus 1 capsid with associated tegument protein complexes. | |||||||||||||||||||||
マップデータ | Icosahedral reconstruction of HSV-1 capsid with associated tegument proteins. | |||||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 chromosome organization => GO:0051276 / T=16 icosahedral viral capsid / deNEDDylase activity / viral genome packaging / viral tegument / viral capsid assembly / viral DNA genome replication / viral release from host cell / viral process / viral penetration into host nucleus ...chromosome organization => GO:0051276 / T=16 icosahedral viral capsid / deNEDDylase activity / viral genome packaging / viral tegument / viral capsid assembly / viral DNA genome replication / viral release from host cell / viral process / viral penetration into host nucleus / カプシド / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | HHV-1 (ヘルペスウイルス) / Human herpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Dai XH / Zhou ZH | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Structure of the herpes simplex virus 1 capsid with associated tegument protein complexes. 著者: Xinghong Dai / Z Hong Zhou / 要旨: Herpes simplex viruses (HSVs) rely on capsid-associated tegument complex (CATC) for long-range axonal transport of their genome-containing capsids between sites of infection and neuronal cell bodies. ...Herpes simplex viruses (HSVs) rely on capsid-associated tegument complex (CATC) for long-range axonal transport of their genome-containing capsids between sites of infection and neuronal cell bodies. Here we report cryo-electron microscopy structures of the HSV-1 capsid with CATC up to 3.5-angstrom resolution and atomic models of multiple conformers of capsid proteins VP5, VP19c, VP23, and VP26 and tegument proteins pUL17, pUL25, and pUL36. Crowning every capsid vertex are five copies of heteropentameric CATC, each containing a pUL17 monomer supporting the coiled-coil helix bundle of a pUL25 dimer and a pUL36 dimer, thus positioning their flexible domains for potential involvement in nuclear capsid egress and axonal capsid transport. Notwithstanding newly discovered fold conservation between triplex proteins and bacteriophage λ protein gpD and the previously recognized bacteriophage HK97 gp5-like fold in VP5, HSV-1 capsid proteins exhibit extraordinary diversity in forms of domain insertion and conformational polymorphism, not only for interactions with tegument proteins but also for encapsulation of large genomes. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7472.map.gz | 2.8 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7472-v30.xml emd-7472.xml | 25.7 KB 25.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7472.png | 292.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7472 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7472 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7472.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Icosahedral reconstruction of HSV-1 capsid with associated tegument proteins. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human herpesvirus 1 strain KOS
全体 | 名称: Human herpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Human herpesvirus 1 strain KOS
超分子 | 名称: Human herpesvirus 1 strain KOS / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Cultured in Vero cells. / NCBI-ID: 10306 / 生物種: Human herpesvirus 1 strain KOS / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 200 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 1300.0 Å / T番号(三角分割数): 16 |
-分子 #1: Major capsid protein
分子 | 名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: HHV-1 (ヘルペスウイルス) |
分子量 | 理論値: 149.229047 KDa |
配列 | 文字列: MAAPNRDPPG YRYAAAMVPT GSLLSTIEVA SHRRLFDFFS RVRSDANSLY DVEFDALLGS YCNTLSLVRF LELGLSVACV CTKFPELAY MNEGRVQFEV HQPLIARDGP HPIEQPTHNY MTKIIDRRAL NAAFSLATEA IALLTGEALD GTGIGAHRQL R AIQQLARN ...文字列: MAAPNRDPPG YRYAAAMVPT GSLLSTIEVA SHRRLFDFFS RVRSDANSLY DVEFDALLGS YCNTLSLVRF LELGLSVACV CTKFPELAY MNEGRVQFEV HQPLIARDGP HPIEQPTHNY MTKIIDRRAL NAAFSLATEA IALLTGEALD GTGIGAHRQL R AIQQLARN VQAVLGAFER GTADQMLHVL LEKAPPLALL LPMQRYLDNG RLATRVARAT LVAELKRSFC ETSFFLGKAG HR REAVEAW LVDLTTATQP SVAVPRLTHA DTRGRPVDGV LVTTAPIKQR LLQSFLKVED TEADVPVTYG EMVLNGANLV TAL VMGKAV RSLDDVGRHL LEMQEEQLDL NRQTLDELES APQTTRVRAD LVSIGEKLVF LEALEKRIYA ATNVPYPLVG AMDL TFVLP LGLFNPVMER FAAHAGDLVP APGHPDPRAF PPRQLFFWGK DRQVLRLSLE HAIGTVCHPS LMNVDAAVGG LNRDP VEAA NPYGAYVAAP AGPAADMQQL FLNAWGQRLA HGRVRWVAEG QMTPEQFMQP DNANLALELH PAFDFFVGVA DVELPG GDV PPAGPGEIQA TWRVVNGNLP LALCPAAFRD ARGLELGVGR HAMAPATIAA VRGAFDDRNY PAVFYLLQAA IHGSEHV FC ALARLVVQCI TSYWNNTRCA AFVNDYSLVS YVVTYLGGDL PEECMAVYRD LVAHVEALAQ LVDDFTLTGP ELGGQAQA E LNHLMRDPAL LPPLVWDCDA LMRRAALDRH RDCRVSAGGH DPVYAAACNV ATADFNRNDG QLLHNTQARA ADAADDRPH RGADWTVHHK IYYYVMVPAF SRGRCCTAGV RFDRVYATLQ NMVVPEIAPG EECPSDPVTD PAHPLHPANL VANTVNAMFH NGRVVVDGP AMLTLQVLAH NMAERTTALL CSAAPDAGAN TASTTNMRIF DGALHAGILL MAPQHLDHTI QNGDYFYPLP V HALFAGAD HVANAPNFPP ALRDLSRQVP LVPPALGANY FSSIRQPVVQ HVRESAAGEN ALTYALMAGY FKISPVALHH QL KTGLHPG FGFTVVRQDR FVTENVLFSE RASEAYFLGQ LQVARHETGG GVNFTLTQPR GNVDLGVGYT AVVATATVRN PVT DMGNLP QNFYLGRGAP PLLDNAAAVY LRNAVVAGNR LGPAQPVPVF GCAQVPRRAG MDHGQDAVCE FIATPVSTDV NYFR RPCNP RGRAAGGVYA GDKEGDVTAL MYDHGQSDPS RAFAATANPW ASQRFSYGDL LYNGAYHLNG ASPVLSPCFK FFTSA DIAA KHRCLERLIV ETGSAVSTAT AASDVQFKRP PGCRELVEDP CGLFQEAYPL TCASDPALLR SARNGEAHAR ETHFAQ YLV YDASPLKGLA L |
-分子 #2: Small capsomere-interacting protein
分子 | 名称: Small capsomere-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: HHV-1 (ヘルペスウイルス) |
分子量 | 理論値: 12.108655 KDa |
配列 | 文字列: MAVPQFHRPS TVTTDSVRAL GMRGLVLATN NSQFIMDNNH PHPQGTQGAV REFLRGQAAA LTDLGLAHAN NTFTPQPMFA GDAPAAWLR PAFGLRRTYS PFVVREPSTP GTP |
-分子 #3: Triplex capsid protein 1
分子 | 名称: Triplex capsid protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: HHV-1 (ヘルペスウイルス) |
分子量 | 理論値: 50.328281 KDa |
配列 | 文字列: MKTNPLPATP SVWGGSTVEL PPTTRDTAGQ GLLRRVLRPP ISRRDGPGLP RGSGPRRAAS TLWLLGLDGT DAPPGALTPN DDTEQALDK ILRGTMRGGA ALIGSPRHHL TRQVILTDLC QPNADRAGTL LLALRHPADL PHLAHQRAPP GRQTERLGEA W GQLMEATA ...文字列: MKTNPLPATP SVWGGSTVEL PPTTRDTAGQ GLLRRVLRPP ISRRDGPGLP RGSGPRRAAS TLWLLGLDGT DAPPGALTPN DDTEQALDK ILRGTMRGGA ALIGSPRHHL TRQVILTDLC QPNADRAGTL LLALRHPADL PHLAHQRAPP GRQTERLGEA W GQLMEATA LGSGRAESGC TRAGLVSFNF LVAACAASYD ARDAADAVRA HVTANYRGTR VGARLDRFSE CLRAMVHTHV FP HEVMRFF GGLVSWVTQD ELASVTAVCA GPQEAAHTGH PGRPRSAVIL PACAFVDLDA ELGLGGPGAA FLYLVFTYRQ RRD QELCCV YVIKSQLPPR GLEPALERLF GRLRITNTIH GTEDMTPPAP NRNPDFPLAG LAANPQTPRC SAGQVTNPQF ADRL YRWQP DLRGRPTART CTYAAFAELG MMPEDSPRCL HRTERFGAVS VPVVILEGVV WRPGEWRACA |
-分子 #4: Triplex capsid protein 2
分子 | 名称: Triplex capsid protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: HHV-1 (ヘルペスウイルス) |
分子量 | 理論値: 34.301617 KDa |
配列 | 文字列: MLADGFETDI AIPSGISRPD AAALQRCEGR VVFLPTIRRQ LTLADVAHES FVSGGVSPDT LGLLLAYRRR FPAVITRVLP TRIVACPLD VGLTHAGTVN LRNTSPVDLC NGDPISLVPP VFEGQATDVR LDSLDLTLRF PVPLPSPLAR EIVARLVARG I RDLNPSPR ...文字列: MLADGFETDI AIPSGISRPD AAALQRCEGR VVFLPTIRRQ LTLADVAHES FVSGGVSPDT LGLLLAYRRR FPAVITRVLP TRIVACPLD VGLTHAGTVN LRNTSPVDLC NGDPISLVPP VFEGQATDVR LDSLDLTLRF PVPLPSPLAR EIVARLVARG I RDLNPSPR NPGGLPDLNV LYYNGSRLSL LADVQQLGPV NAELRSLVLN MVYSITEGTT IILTLIPRLF ALSAQDGYVN AL LQMQSVT REAAQLIHPE APALMQDGER RLPLYEALVA WLTHAGQLGD TLALAPVVRV CTFDGAAVVR SGDMAPVIRY P |
-分子 #5: Capsid vertex component 1
分子 | 名称: Capsid vertex component 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: HHV-1 (ヘルペスウイルス) |
分子量 | 理論値: 74.699258 KDa |
配列 | 文字列: MNAHLANEVQ YDLGHGPGRP SSLVHVIISS ECLAAAGIPL AALMRGRPGL GTAANFQVEI QTRAHATGDC TPWCTAFAAY VPADAVGEL LAPVVPAHPG LLPRASSAGG LFVSLPVVCD AQGVYDPYAV AALRLAWGSG ASCARVILFS YDELVPPNTR Y AADSTRIM ...文字列: MNAHLANEVQ YDLGHGPGRP SSLVHVIISS ECLAAAGIPL AALMRGRPGL GTAANFQVEI QTRAHATGDC TPWCTAFAAY VPADAVGEL LAPVVPAHPG LLPRASSAGG LFVSLPVVCD AQGVYDPYAV AALRLAWGSG ASCARVILFS YDELVPPNTR Y AADSTRIM RVCRHLCRYV ALLGAAAPPA AKEAAAHLSM GLGESASPRP QPLARPHAGA PADPPIVGAS DPPISPEEQL TA PGGDTTA AQDVSIAQEN EEILALVQRA VQDVTRRHPV RARTGRAACG VASGLRQGAL VHQAVSGGAM GAADADAVLA GLE PPGGGR FVAPAPHGPG GEDILNDVLT LTPGTAKPRS LVEWLDRGWE ALAGGDRPDW LWSRRSISVV LRHHYGTKQR FVVV SYENS VAWGGRRARP PLLSSALATA LTEACAAERV VRPHQLSPAG QAELLLRFPA LEVPLRHPRP VLPPFDIAAE VAFTA RIHL ACLRALGQAI RAALQGGPRI SQRLRYDFGP DQRAWLGEVT RRFPILLENL MRAVEGTAPD AFFHTAYALA VLAHLG GRG GRGRRVVPLG DDLPARFADS DGHYVFDYYS TSGDTLRLNN RPIAVAMDGD VSKREQSKCR FMEAVPSTAP RRVCEQY LP GESYAYLCLG FNRRLCGIVV FPGGFAFTIN IAAYLSLSDP VARAAVLRFC RKVSSGNGRS R |
-分子 #6: Capsid vertex component 2
分子 | 名称: Capsid vertex component 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: HHV-1 (ヘルペスウイルス) |
分子量 | 理論値: 62.736777 KDa |
配列 | 文字列: MDPYCPFDAL DVWEHRRFIV ADSRNFITPE FPRDFWMSPV FNLPRETAAE QVVVLQAQRT AAAAALENAA MQAAELPVDI ERRLRPIER NVHEIAGALE ALETAAAAAE EADAARGDEP AGGGDGGAPP GLAVAEMEVQ IVRNDPPLRY DTNLPVDLLH M VYAGRGAT ...文字列: MDPYCPFDAL DVWEHRRFIV ADSRNFITPE FPRDFWMSPV FNLPRETAAE QVVVLQAQRT AAAAALENAA MQAAELPVDI ERRLRPIER NVHEIAGALE ALETAAAAAE EADAARGDEP AGGGDGGAPP GLAVAEMEVQ IVRNDPPLRY DTNLPVDLLH M VYAGRGAT GSSGVVFGTW YRTIQDRTIT DFPLTTRSAD FRDGRMSKTF MTALVLSLQA CGRLYVGQRH YSAFECAVLC LY LLYRNTH GAADDSDRAP VTFGDLLGRL PRYLACLAAV IGTEGGRPQY RYRDDKLPKT QFAAGGGRYE HGALASHIVI ATL MHHGVL PAAPGDVPRD ASTHVNPDGV AHHDDINRAA AAFLSRGHNL FLWEDQTLLR ATANTITALG VIQRLLANGN VYAD RLNNR LQLGMLIPGA VPSEAIARGA SGSDSGAIKS GDNNLEALCA NYVLPLYRAD PAVELTQLFP GLAALCLDAQ AGRPV GSTR RVVDMSSGAR QAALVRLTAL ELINRTRTNP TPVGEVIHAH DALAIQYEQG LGLLAQQARI GLGSNTKRFS AFNVSS DYD MLYFLCLGFI PQYLSAV |
-分子 #7: Large tegument protein deneddylase
分子 | 名称: Large tegument protein deneddylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquitinyl hydrolase 1 |
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由来(天然) | 生物種: HHV-1 (ヘルペスウイルス) |
分子量 | 理論値: 333.8095 KDa |
配列 | 文字列: MIAGTPPHST MERGGDRDIV VTGARNQFAP DLEPGGSVSC MRSSLSFLSL IFDVGPRDVL SAEAIEGCLV EGGEWTRATA GPGPPRMCS IVELPNFLEY PGARGGLRCV FSRVYGEVGF FGEPAAGLLE TQCPAHTFFA GPWALRPLSY TLLTIGPLGM G LFRDGDTA ...文字列: MIAGTPPHST MERGGDRDIV VTGARNQFAP DLEPGGSVSC MRSSLSFLSL IFDVGPRDVL SAEAIEGCLV EGGEWTRATA GPGPPRMCS IVELPNFLEY PGARGGLRCV FSRVYGEVGF FGEPAAGLLE TQCPAHTFFA GPWALRPLSY TLLTIGPLGM G LFRDGDTA YLFDPHGLPE GTPAFIAKVR AGDMYPYLTY YTRDRPDVRW AGAMVFFVPS GPEPAAPADL TAAALHLYGA SE TYLQDEA FSERRVAITH PLRGEIAGLG EPCVGVGPRE GVGGPGPHPP TAAQSPPPTR ARRDDRASET SRGTAGPSAK PEA KRPNRA PDDVWAVALK GTPPTDPPSA DPPSADPPSA IPPPPPSAPK TPAAEAAEED DDDMRVLEMG VVPVGRHRAR YSAG LPKRR RPTWTPPSSV EDLTSGEKTK RSAPPAKTKK KSTPKGKTPV GAAVPASVPE PVLASAPPDP AGPPVAEAGE DDGPT VPAS SQALEALKTR RSPEPPGADL AQLFEAHPNV AATAVKFTAC SAALAREVAA CSRLTISALR SPYPASPGLL ELCVIF FFE RVLAFLIENG ARTHTQAGVA GPAAALLEFT LNMLPWKTAV GDFLASTRLS LADVAAHLPL VQHVLDENSL IGRLALA KL ILVARDVIRE TDAFYGELAD LELQLRAAPP ANLYTRLGEW LLERSQAHPD TLFAPATPTH PEPLLYRVQA LAKFARGE E IRVEAEDRQM REALDALARG VDAVSQHAGP LGVMPAPAGA APQGAPRPPP LGPEAVQVRL EEVRTQARRA IEGAVKEYF YRGAVYSAKA LQASDNNDRR FHVASAAVVP VVQLLESLPV FDQHTRDIAQ RAAIPAPPPI ATSPTAILLR DLIQRGQTLD APEDLAAWL SVLTDAANQG LIERKPLDEL ARSIRDINDQ QARRSSGLAE LRRFDALDAA LGQQLDSDAA FVPAPGASPY P DDGGLSPE ATRMAEEALR QARAMDAAKL TAELAPDARA RLRERARSLE AMLEGARERA KVARDAREKF LHKLQGVLRP LP DFVGLKA CPAVLATLRA SLPAGWSDLP EAVRGAPPEV TAALRADMWG LLGQYRDALE HPTPDTATAL SGLHPSFVVV LKN LFADAP ETPFLLQFFA DHAPIIAHAV SNAINAGSAA VATADPASTV DAAVRAHRVL VDAVTALGAA ASDPASPLAF LAAM ADSAA GYVKATRLAL DARVAIAQLT TLGSAAADLV VQVRRAANQP EGEHASLIQA ATRATTGARE SLAGHEGRFG GLLHA EGTA GDHSPSGRAL QELGKVIGAT RRRADELEAA TADLREKMAA QRARSSHERW AADVEAVLDR VESGAEFDVV ELRRLQ ALA GTHGYNPRDF RKRAEQALGT NAKAVTLALE TALAFNPYTP ENQRHPMLPP LAAIHRIDWS AAFGAAADTY ADMFRVD TE PLARLLRLAG GLLERAQAND GFIDYHEAVL HLSEDLGGVP ALRQYVPFFQ KGYAEYVDIR DRLDALRADA RRAIGSVA L DLAAAAEEIS AVRNDPAAAA ELVRAGVTLP CPSEDALVAC VAALERVDQS PVKDTAYADY VAFVTRQDLA DTKDAVVRA KQQRAEATER VTAGLREVLA ARERRAQLEA EGLANLKTLL KVVAVPATVA KTLDQARSAE EIADQVEILV DQTEKARELD VQAVAWLEH AQRTFETHPL SAASGDGPGL LTRQGARLQA LFDTRRRVEA LRRSLEEAEA EWDEVWGRFG RVRGGAWKSP E GFRAACEQ LRALQDTTNT VSGLRAQRDY ERLPAKYQGV LGAKSAERAG AVEELGGRVA QHADLSARLR DEVVPRVAWE MN FDTLGGL LAEFDAVAGD LAPWAVEEFR GARELIQRRM GLYSAYAKAT GQTGAGAAAA PAPLLVDLRA LDARARASAP PGQ EADPQM LRRRGEAYLR VSGGPGPLVL REATSTLDRP FAPSFLVPDG TPLQYALCFP AVTDKLGALL MCPEAACIRP PLPT DTLES ASTVTAMYVL TVINRLQLAL SDAQAANFQL FGRFVRHRQA RWGASMDAAA ELYVALVATT LTREFGCRWA QLEWG GDAA APGPPLGPQS STRHRVSFNE NDVLVALVAS SPEHIYTFWR LDLVRQHEYM HLTLPRAFQN AADSMLFVQR LTPHPD ARI RVLPAFSAGG PPTRGLMFGT RLADWRRGKL SETDPLAPWR SVPELGTERG AALGKLSPAQ ALAAVSVLGR MCLPSTA LV ALWTCMFPDD YTEYDSFDAL LTARLESGQT LSPSGGREAS PPAPPNALYR PTGQHVAVPA AATHRTPAAR VTAMDLVL A AVLLGAPVVV ALRNTTAFSR ESELELCLTL FDSRARGPDA ALRDAVSSDI ETWAVRLLHA DLNPIENACL AAQLPRLSA LIAERPLARG PPCLVLVDIS MTPVAVLWEN PDPPGPPDVR FVGSEATEEL PFVAGGEDVL AASATDEDPF LARAILGRPF DASLLSGEL FPGHPVYQRA PDDQSPSVPN PTPGPVDLVG AEGSLGPGSL APTLFTDATP GEPVPPRMWA WIHGLEELAS D DSGGPAPL LAPDPLSPTA DQSVPTSQCA PRPPGPAVTA REARPGVPAE STRPAPVGPR DDFRRLPSPQ SSPAPPDATA PR PPASSRA SAASSSGSRA RRHRRARSLA RATQASATTQ GWRPPALPDT VAPVTDFARP PAPPKPPEPA PHALVSGVPL PLG PQAAGQ ASPALPIDPV PPPVATGTVL PGGENRRPPL TSGPAPTPPR VPVGGPQRRL TRPAVASLSE SRESLPSPWD PADP TAPVL GRNPAEPTSS SPAGPSPPPP AVQPVAPPPT SGPPPTYLTL EGGVAPGGPV SRRPTTRQPV ATPTTSARPR GHLTV SRLS APQPQPQPQP QPQPQPQPQP QPQPQPQPQP QPQPQPQPQP QPQPQPQPQP QPQPQPQPQP QPQPQPQPQP QNGHVA PGE YPAVRFRAPQ NRPSVPASAS STNPRTGSSL SGVSSWASSL ALHIDATPPP VSLLQTLYVS DDEDSDATSL FLSDSEA EA LDPLPGEPHS PITNEPFSAL SADDSQEVTR LQFGPPPVSA NAVLSRRYVQ RTGRSALAVL IRACYRLQQQ LQRTRRAL L HHSDAVLTSL HHVRMLLG |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 式: PBS / 構成要素 - 名称: phosphate buffered saline |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 298 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: The sample was manually blotted and frozen with a homemade plunger.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率(補正後): 24271 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 14000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 79.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 2.5 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-26 / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 7356 / 平均露光時間: 13.0 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 45530 詳細: Particles were boxed with ETHAN, and then manually examined. |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3) |
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: IMIRS |
最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: IMIRS |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 28042 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-6cgr: |