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万見
- EMDB-7305: The Structure of Full-Length Kv Beta 2.1 Determined by Cryogenic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7305
タイトルThe Structure of Full-Length Kv Beta 2.1 Determined by Cryogenic Electron Microscopy
マップデータRaw unsharpened reconstruction of Kv Beta 2.1.
試料
  • 複合体: Octamer of Kv Beta 2.1
    • タンパク質・ペプチド: Kv Beta
機能・相同性
機能・相同性情報


pinceau fiber / regulation of action potential / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / Voltage gated Potassium channels / potassium channel complex / NADPH oxidation / axon initial segment / regulation of protein localization to cell surface / aldo-keto reductase (NADPH) activity / juxtaparanode region of axon ...pinceau fiber / regulation of action potential / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / Voltage gated Potassium channels / potassium channel complex / NADPH oxidation / axon initial segment / regulation of protein localization to cell surface / aldo-keto reductase (NADPH) activity / juxtaparanode region of axon / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / regulation of potassium ion transmembrane transport / myoblast differentiation / Neutrophil degranulation / neuromuscular process / voltage-gated potassium channel activity / potassium channel regulator activity / hematopoietic progenitor cell differentiation / voltage-gated potassium channel complex / axon terminus / postsynaptic density membrane / cytoplasmic side of plasma membrane / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / cytoskeleton / neuron projection / axon / glutamatergic synapse / protein-containing complex binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB-related / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å
データ登録者Spear JM / Mendez JH / Stagg SM
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Structure of Full-Length Kv Beta 2.1 Determined by Cryogenic Electron Microscopy
著者: Spear JM / Mendez JH / Danyuk Y / Stagg SM
履歴
登録2017年12月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年1月10日-
マップ公開2019年1月30日-
更新2019年5月15日-
現状2019年5月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ci1
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7305.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7305.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Raw unsharpened reconstruction of Kv Beta 2.1.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.95 Å/pix.
x 240 pix.
= 228.72 Å		0.95 Å/pix.
x 240 pix.
= 228.72 Å		0.95 Å/pix.
x 240 pix.
= 228.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.953 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.009018989 - 0.03965336
平均 (標準偏差)0.00020069188 (±0.004619418)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-119-119-119
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 228.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.9530.9530.953
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z228.720228.720228.720
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ208208208
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-119-119-119
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.0090.0400.000

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添付データ

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追加マップ: None

ファイルemd_7305_additional_1.map
注釈None
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: None

ファイルemd_7305_additional_2.map
注釈None
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Independently masked half map

ファイルemd_7305_half_map_1.map
注釈Independently masked half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Independently masked half map

ファイルemd_7305_half_map_2.map
注釈Independently masked half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Octamer of Kv Beta 2.1

全体名称: Octamer of Kv Beta 2.1
要素
  • 複合体: Octamer of Kv Beta 2.1
    • タンパク質・ペプチド: Kv Beta

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超分子 #1: Octamer of Kv Beta 2.1

超分子名称: Octamer of Kv Beta 2.1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 360 KDa

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分子 #1: Kv Beta

分子名称: Kv Beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MYPESTTGSP ARLSLRQTGS PGMIYSTRYG SPKRQLQFYR NLGKSGLRVS CLGLGTWVTF GGQITDEMAE HLMTLAYDN GINLFDTAEV YAAGKAEVVL GNIIKKKGWR RSSLVITTKI FWGGKAETER GLSRKHIIEG L KASLERLQ LEYVDVVFAN RPDPNTPMEE ...文字列:
MYPESTTGSP ARLSLRQTGS PGMIYSTRYG SPKRQLQFYR NLGKSGLRVS CLGLGTWVTF GGQITDEMAE HLMTLAYDN GINLFDTAEV YAAGKAEVVL GNIIKKKGWR RSSLVITTKI FWGGKAETER GLSRKHIIEG L KASLERLQ LEYVDVVFAN RPDPNTPMEE TVRAMTHVIN QGMAMYWGTS RWSSMEIMEA YSVARQFNLI PP ICEQAEY HMFQREKVEV QLPELFHKIG VGAMTWSPLA CGIVSGKYDS GIPPYSRASL KGYQWLKDKI LSE EGRRQQ AKLKELQAIA ERLGCTLPQL AIAWCLRNEG VSSVLLGASN AEQLMENIGA IQVLPKLSSS IVHE IDSIL GNKPYSKKDY RS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: D4 (2回x4回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 24809
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6ci1:
The Structure of Full-Length Kv Beta 2.1 Determined by Cryogenic Electron Microscopy

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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