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- EMDB-7055: Cryo-EM structure of the NAIP5-NLRC4-flagellin inflammasome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7055
タイトルCryo-EM structure of the NAIP5-NLRC4-flagellin inflammasome
マップデータPostprocessed (sharpened, filtered) final map of the NAIP5-NLRC4-flagellin inflammasome
試料
  • 複合体: NAIP5-NLRC4-flagellin inflammasome
    • 複合体: NAIP5
      • タンパク質・ペプチド: Baculoviral IAP repeat-containing protein 1e
    • 複合体: NLRC4
      • タンパク質・ペプチド: NLR family CARD domain-containing protein 4
    • 複合体: flagellin
      • タンパク質・ペプチド: Flagellin
キーワードInnate immunity / molecular complex / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum filament / IPAF inflammasome complex / pyroptotic inflammatory response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / detection of bacterium / activation of innate immune response / positive regulation of interleukin-1 beta production / protein homooligomerization / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process ...bacterial-type flagellum filament / IPAF inflammasome complex / pyroptotic inflammatory response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / detection of bacterium / activation of innate immune response / positive regulation of interleukin-1 beta production / protein homooligomerization / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / perikaryon / regulation of apoptotic process / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to bacterium / inflammatory response / symbiont entry into host cell / innate immune response / neuronal cell body / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / structural molecule activity / protein homodimerization activity / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Baculoviral IAP repeat-containing protein 1 / NLR family CARD domain-containing protein 4 / Flagellin hook, IN motif / NLRC4, helical domain / Flagellin hook IN motif / NLRC4 helical domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region ...Baculoviral IAP repeat-containing protein 1 / NLR family CARD domain-containing protein 4 / Flagellin hook, IN motif / NLRC4, helical domain / Flagellin hook IN motif / NLRC4 helical domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NLR family CARD domain-containing protein 4 / Flagellin / Baculoviral IAP repeat-containing protein 1e
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Legionella pneumophila (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å
データ登録者Tenthorey JL / Haloupek N
資金援助 スペイン, 米国, 3件
OrganizationGrant number国
MinecoBFU2016-76220-P スペイン
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI075039 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI063302 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: The structural basis of flagellin detection by NAIP5: A strategy to limit pathogen immune evasion.
著者: Jeannette L Tenthorey / Nicole Haloupek / José Ramón López-Blanco / Patricia Grob / Elise Adamson / Ella Hartenian / Nicholas A Lind / Natasha M Bourgeois / Pablo Chacón / Eva Nogales / Russell E Vance /
要旨: Robust innate immune detection of rapidly evolving pathogens is critical for host defense. Nucleotide-binding domain leucine-rich repeat (NLR) proteins function as cytosolic innate immune sensors in ...Robust innate immune detection of rapidly evolving pathogens is critical for host defense. Nucleotide-binding domain leucine-rich repeat (NLR) proteins function as cytosolic innate immune sensors in plants and animals. However, the structural basis for ligand-induced NLR activation has so far remained unknown. NAIP5 (NLR family, apoptosis inhibitory protein 5) binds the bacterial protein flagellin and assembles with NLRC4 to form a multiprotein complex called an inflammasome. Here we report the cryo-electron microscopy structure of the assembled ~1.4-megadalton flagellin-NAIP5-NLRC4 inflammasome, revealing how a ligand activates an NLR. Six distinct NAIP5 domains contact multiple conserved regions of flagellin, prying NAIP5 into an open and active conformation. We show that innate immune recognition of multiple ligand surfaces is a generalizable strategy that limits pathogen evolution and immune escape.
履歴
登録2017年9月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年10月25日-
マップ公開2017年11月15日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6b5b
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7055.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7055.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Postprocessed (sharpened, filtered) final map of the NAIP5-NLRC4-flagellin inflammasome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 448 pix.
= 586.88 Å		1.31 Å/pix.
x 448 pix.
= 586.88 Å		1.31 Å/pix.
x 448 pix.
= 586.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.10179346 - 0.18753581
平均 (標準偏差)-0.000043895485 (±0.004696659)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 586.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.311.311.31
M x/y/z448448448
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z586.880586.880586.880
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS448448448
D min/max/mean-0.1020.188-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_7055_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unfiltered, unsharpened half map #1 of the NAIP5-NLRC4-flagellin...

ファイルemd_7055_half_map_1.map
注釈Unfiltered, unsharpened half map #1 of the NAIP5-NLRC4-flagellin inflammasome
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unfiltered, unsharpened half map #2 of the NAIP5-NLRC4-flagellin...

ファイルemd_7055_half_map_2.map
注釈Unfiltered, unsharpened half map #2 of the NAIP5-NLRC4-flagellin inflammasome
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NAIP5-NLRC4-flagellin inflammasome

全体名称: NAIP5-NLRC4-flagellin inflammasome
要素
  • 複合体: NAIP5-NLRC4-flagellin inflammasome
    • 複合体: NAIP5
      • タンパク質・ペプチド: Baculoviral IAP repeat-containing protein 1e
    • 複合体: NLRC4
      • タンパク質・ペプチド: NLR family CARD domain-containing protein 4
    • 複合体: flagellin
      • タンパク質・ペプチド: Flagellin

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超分子 #1: NAIP5-NLRC4-flagellin inflammasome

超分子名称: NAIP5-NLRC4-flagellin inflammasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: NAIP5

超分子名称: NAIP5 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: NLRC4

超分子名称: NLRC4 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #4: flagellin

超分子名称: flagellin / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)

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分子 #1: Baculoviral IAP repeat-containing protein 1e

分子名称: Baculoviral IAP repeat-containing protein 1e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 159.874828 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAEHGESSED RISEIDYEFL PELSALLGVD AFQVAKSQEE EEHKERMKMK KGFNSQMRSE AKRLKTFETY DTFRSWTPQE MAAAGFYHT GVKLGVQCFC CSLILFGNSL RKLPIERHKK LRPECEFLQG KDVGNIGKYD IRVKSPEKML RGGKARYHEE E ARLESFED ...文字列:
MAEHGESSED RISEIDYEFL PELSALLGVD AFQVAKSQEE EEHKERMKMK KGFNSQMRSE AKRLKTFETY DTFRSWTPQE MAAAGFYHT GVKLGVQCFC CSLILFGNSL RKLPIERHKK LRPECEFLQG KDVGNIGKYD IRVKSPEKML RGGKARYHEE E ARLESFED WPFYAHGTSP RVLSAAGFVF TGKRDTVQCF SCGGSLGNWE EGDDPWKEHA KWFPKCEFLQ SKKSSEEIAQ YI QSYEGFV HVTGEHFVKS WVRRELPMVS AYCNDSVFAN EELRMDMFKD WPQESPVGVE ALVRAGFFYT GKKDIVRCFS CGG CLEKWA EGDDPMEDHI KFFPECVFLQ TLKSSAEVIP TLQSQYALPE ATETTRESNH GDAAAVHSTV VDLGRSEAQW FQEA RSLSE QLRDNYTKAT FRHMNLPEVC SSLGTDHLLS CDVSIISKHI SQPVQEALTI PEVFSNLNSV MCVEGETGSG KTTFL KRIA FLWASGCCPL LYRFQLVFYL SLSSITPDQG LANIICAQLL GAGGCISEVC LSSSIQQLQH QVLFLLDDYS GLASLP QAL HTLITKNYLS RTCLLIAVHT NRVRDIRLYL GTSLEIQEFP FYNTVSVLRK FFSHDIICVE KLIIYFIDNK DLQGVYK TP LFVAAVCTDW IQNASAQDKF QDVTLFQSYM QYLSLKYKAT AEPLQATVSS CGQLALTGLF SSCFEFNSDD LAEAGVDE D EKLTTLLMSK FTAQRLRPVY RFLGPLFQEF LAAVRLTELL SSDRQEDQDL GLYYLRQIDS PLKAINSFNI FLYYVSSHS SSKAAPTVVS HLLQLVDEKE SLENMSENED YMKLHPQTFL WFQFVRGLWL VSPESSSSFV SEHLLRLALI FAYESNTVAE CSPFILQFL RGKTLALRVL NLQYFRDHPE SLLLLRSLKV SINGNKMSSY VDYSFKTYFE NLQPPAIDEE YTSAFEHISE W RRNFAQDE EIIKNYENIR PRALPDISEG YWKLSPKPCK IPKLEVQVNN TDAADQALLQ VLMEVFSASQ SIEFRLFNSS GF LESICPA LELSKASVTK CSMSRLELSR AEQELLLTLP ALQSLEVSET NQLPEQLFHN LHKFLGLKEL CVRLDGKPDV LSV LPGEFP NLHHMEKLSI RTSTESDLSK LVKFIQNFPN LHVFHLKCDF LSNCESLMAV LASCKKLREI EFSGRCFEAM TFVN ILPNF VSLKILNLKD QQFPDKETSE KFAQALGSLR NLEELLVPTG DGIHQVAKLI VRQCLQLPCL RVLTFHDILD DDSVI EIAR AATSGGFQKL ENLDISMNHK ITEEGYRNFF QALDNLPNLQ ELNICRNIPG RIQVQATTVK ALGQCVSRLP SLIRLH MLS WLLDEEDMKV INDVKERHPQ SKRLIIFWKL IVPFSPVILE

UniProtKB: Baculoviral IAP repeat-containing protein 1e

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分子 #2: NLR family CARD domain-containing protein 4

分子名称: NLR family CARD domain-containing protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 116.886 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MNFIRNNRRA LIQRMGLTVT KQICDDLFAL NVLNNQEANV IYCEPLEQEA ARKIIHMTMQ KGSAACNLFL KSLENWDYFV YQDLTGQNL SYQVTEEDLN VLAQNLKDLY NSPAFLNFYP LGEDIDIIFN LEKTFTEPIM WKKDHRHHRV EQLTLGSLLE A LKSPCLIE ...文字列:
MNFIRNNRRA LIQRMGLTVT KQICDDLFAL NVLNNQEANV IYCEPLEQEA ARKIIHMTMQ KGSAACNLFL KSLENWDYFV YQDLTGQNL SYQVTEEDLN VLAQNLKDLY NSPAFLNFYP LGEDIDIIFN LEKTFTEPIM WKKDHRHHRV EQLTLGSLLE A LKSPCLIE GESGKGKSTL LQRIAMLWAS GGCRALKGFR LVFFIHLRSA RGGLFETLYD QLLNIPDFIS KPTFKALLLK LH KEVLFLL DGYNEFHPQN CPEIEALIKE NHRFKNMVIV TTTTECLRHI RHVGALTAEV GDMTEDSAKD LIEAVLVPDQ VER LWAQIQ ESRCLRNLMK TPLFVVITCA IQMGRQEFQA HTQTMLFQTF YDLLIQKNSH RYRGGASGDF ARSLDYCGDL ALEG VFAHK FDFEPEHGSS MNEDVLVTIG LLCKYTAQRL KPTYKFFHKS FQEYTAGRRL SSLLTSKEPE EVSKGNSYLN KMVSI SDIT SLYGNLLLYT CGSSTEATRA VMRHLAMVYQ HGSLQGLSVT KRPLWRQESI QSLRNTTEQD VLKAINVNSF VECGIN LFS ESMSKSDLSQ EFEAFFQGKS LYINSENIPD YLFDFFEYLP NCASALDFVK LDFYERATES QDKAEENVPG VHTEGPS ET YIPPRAVSLF FNWKQEFKTL EVTLRDINKL NKQDIKYLGK IFSSATNLRL HIKRCAAMAG RLSSVLRTCK NMHTLMVE A SPLTTDDEQY ITSVTGLQNL SIHRLHTQQL PGGLIDSLGN LKNLERLILD DIRMNEEDAK NLAEGLRSLK KMRLLHLTH LSDIGEGMDY IVKSLSEESC DLQEMKLVAC CLTANSVKVL AQNLHNLIKL SILDISENYL EKDGNEALQE LIGRLGVLGE LTTLMLPWC WDVHTSLPKL LKQLEGTPGL AKLGLKNWRL RDEEIKSLGE FLEMNPLRDL QQLDLAGHCV SSDGWLYFMN V FENLKQLV FFDFSTEEFL PDAALVRKLS QVLSKLTLLQ EVKLTGWEFD DYDISAIKGT FKLVTA

UniProtKB: NLR family CARD domain-containing protein 4

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分子 #3: Flagellin

分子名称: Flagellin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
分子量理論値: 58.49407 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEQKLISEED LNEMEQKLIS EEDLNEMEQK LISEEDLNEM EQKLISEEDL NEMEQKLISE EDLNEMESLG DLTMEQKLIS EEDLNSGRP AAMAQVINTN VASLTAQRNL GVSGNMMQTS IQRLSSGLRI NSAKDDAAGL AISQRMTAQI RGMNQAVRNA N DGISLAQV ...文字列:
MEQKLISEED LNEMEQKLIS EEDLNEMEQK LISEEDLNEM EQKLISEEDL NEMEQKLISE EDLNEMESLG DLTMEQKLIS EEDLNSGRP AAMAQVINTN VASLTAQRNL GVSGNMMQTS IQRLSSGLRI NSAKDDAAGL AISQRMTAQI RGMNQAVRNA N DGISLAQV AEGAMQETTN ILQRMRELSV QAANSTNNSS DRSSIQSEIS QLKSELERIA QNTEFNGQRI LDGSFSGASF QV GANSNQT INFSIGSTKA SSLGGIATAT GTEVAGAAAA DITIAIGGGA ATSINSSANF TGALNGQDAT SAYAKAAAIN DAG IGGLSV TASTSGTQAV GAIGGTAGDT YNLTINGVAI YTNLNVATAL TNSDLRDAIN GVSNQTGVVA SLNGGNMTLT AADG RNITV TESGTGFTAG TDGLTVTGGA FDGALRGTLS ISAVDTIAIG GTVANIGLSA NISKDTVGID SLDVSTASGA QTAIK RIDA ALNSVNSNRA NMGALQNRFE STIANLQNVS DNLSAARSRI QDADYAAEMA SLTKNQILQQ AGTAMLAQAN SLPQSV LSL LGR

UniProtKB: UNIPROTKB: G8UUW9

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride
10.0 mMKClpotassium chloride
5.0 mMMgCl2magnesium chloride
5.0 %C3H8O3glycerol
0.02 %(C2H4O)multC1H24ONP-40
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 詳細: Carbon-coated
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 撮影したグリッド数: 3 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 45.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 倍率（公称値）: 22500
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 856358
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: EMAN2 e2initialmodel
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 252214
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.05) / 詳細: e2refine
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 詳細: maximum likelihood
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)

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原子モデル構築 1

詳細Homology models predicted by I-TASSER server were used as initial model sources. The main structural template identified by I-TASSER for NAIP5 was the crystal structure of NLRC4 in the inactive conformation (PDB ID: 4KXF) that covered all the domains except the N-terminal BIR region, where homology models from several BIR domains were recognized (PDB IDs: 1SE0, 2VM5, and 1OXQ for BIR1, BIR2, and BIR3, respectively). Predictions were first rigid body docked into the density map using Chimera and/or ADP_EM. Then, the docked models were flexibly fitted with iMODFIT, if necessary. Finally, all models were refined in Phenix.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 167 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6b5b:
Cryo-EM structure of the NAIP5-NLRC4-flagellin inflammasome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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