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- EMDB-67994: TNF-alpha in complex with the TNF-alpha inhibitor Ozoralizumab (OZR) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-67994
タイトルTNF-alpha in complex with the TNF-alpha inhibitor Ozoralizumab (OZR)
マップデータ
試料
  • 複合体: TNF-alpha in complex with the TNF-alpha inhibitor Ozoralizumab (OZR)
    • 複合体: Ozoralizumab (OZR)
      • タンパク質・ペプチド: anti-TNF-alpha nanobodies, TNF30, derived from Ozoralizumab (OZR)
    • 複合体: Tumor necrosis factor-alpha (TNF-alpha)
      • タンパク質・ペプチド: Tumor necrosis factor
キーワードNANOBODY / VHH / TNF-alpha / HSA / Ozoralizumab / OZR / CYTOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


response to Gram-negative bacterium / negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of bile acid secretion / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of neutrophil activation / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of blood microparticle formation / : ...response to Gram-negative bacterium / negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of bile acid secretion / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of neutrophil activation / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of blood microparticle formation / : / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / death receptor agonist activity / positive regulation of translational initiation by iron / positive regulation of protein transport / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / regulation of endothelial cell apoptotic process / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of protein-containing complex disassembly / response to macrophage colony-stimulating factor / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / response to gold nanoparticle / negative regulation of myelination / negative regulation of vascular wound healing / positive regulation of JUN kinase activity / negative regulation of amyloid-beta clearance / negative regulation of cytokine production involved in immune response / reactive gliosis / positive regulation of hair follicle development / positive regulation of interleukin-18 production / inflammatory response to wounding / response to resveratrol / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / positive regulation of action potential / response to quercetin / TNF signaling / toll-like receptor 3 signaling pathway / negative regulation of D-glucose import across plasma membrane / vascular endothelial growth factor production / embryonic digestive tract development / positive regulation of fever generation / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / necroptotic signaling pathway / positive regulation of synoviocyte proliferation / leukocyte tethering or rolling / negative regulation of myoblast differentiation / positive regulation of mononuclear cell migration / response to fructose / positive regulation of hepatocyte proliferation / regulation of establishment of endothelial barrier / endothelial cell apoptotic process / negative regulation of oxidative phosphorylation / response to hydrogen sulfide / positive regulation of protein-containing complex disassembly / positive regulation of protein localization to cell surface / positive regulation of osteoclast differentiation / cellular response to toxic substance / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / negative regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of podosome assembly / regulation of fat cell differentiation / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of programmed cell death / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of systemic arterial blood pressure / response to L-glutamate / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / TNFR1-induced proapoptotic signaling / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / TNFR1-mediated ceramide production / regulation of reactive oxygen species metabolic process / mRNA stabilization / negative regulation of heart rate / positive regulation of DNA biosynthetic process / positive regulation of amyloid-beta formation / positive regulation of neuroinflammatory response / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of immunoglobulin production / negative regulation of bicellular tight junction assembly / negative regulation of fat cell differentiation / negative regulation of endothelial cell proliferation / response to isolation stress / positive regulation of MAP kinase activity / Interleukin-10 signaling / regulation of synapse organization / regulation of insulin secretion / negative regulation of interleukin-6 production / humoral immune response / histone H3K9ac reader activity / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of lipid storage / negative regulation of apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of glial cell proliferation
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Tanaka Y / Sato K / Mima M / Mishima-Tsumagari C
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 日本
引用ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2026
タイトル: Cryo-EM elucidates the interaction mechanism of ozoralizumab, a humanized anti-TNFα NANOBODY® compound.
著者: Masashi Mima / Kyohei Sato / Takeshi Yokoyama / Chiemi Mishima-Tsumagari / Tatsuya Ohnuki / Yoshikazu Tanaka / Kunihiko Iwamoto /
要旨: Ozoralizumab (OZR) is a next-generation TNF inhibitor composed of two identical humanized anti-TNFα NANOBODY® molecules (TNF30s) recombinantly linked via one humanized anti-human serum albumin (HSA) ...Ozoralizumab (OZR) is a next-generation TNF inhibitor composed of two identical humanized anti-TNFα NANOBODY® molecules (TNF30s) recombinantly linked via one humanized anti-human serum albumin (HSA) NANOBODY® molecule (ALB8) and two peptide linkers. OZR is designed as a unique format to exert potent inhibitory effects against TNFα with long plasma half-life. However, the three-dimensional structure of OZR-TNFα-HSA complex has not yet been elucidated, and a complete understanding of its interaction mechanism with TNFα is yet to be gained. In this study, we successfully observed the formation of the OZR-TNFα-HSA ternary complex by single-particle cryo-electron microscopy. The single-particle analysis revealed that the two TNF30 molecules of OZR simultaneously bind bivalently to TNFα in a 1:1-bivalent binding mode, while the ALB8 molecule binds to HSA, forming a ternary complex. Thus, OZR exhibits a binding mode significantly different from that of other IgG-type TNFα inhibitors. Furthermore, surface plasmon resonance (SPR) analysis demonstrated that the 1:1-bivalent binding mode confers an exceptionally slow dissociation rate, thereby contributing to the potent TNFα-neutralizing activity of OZR. These findings not only lend support to the favorable clinical efficacy of OZR from a structural standpoint but also lay the foundation for the rational design and development of next-generation TNFα inhibitors with enhanced and sustained efficacy.
履歴
登録2025年12月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月29日-
マップ公開2026年4月29日-
更新2026年4月29日-
現状2026年4月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_67994.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_67994.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.79 Å/pix.
x 384 pix.
= 302.592 Å		0.79 Å/pix.
x 384 pix.
= 302.592 Å		0.79 Å/pix.
x 384 pix.
= 302.592 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

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画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.788 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.36436605 - 0.66102165
平均 (標準偏差)0.00001327477 (±0.0058261966)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 302.59198 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_67994_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_67994_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TNF-alpha in complex with the TNF-alpha inhibitor Ozoralizumab (OZR)

全体名称: TNF-alpha in complex with the TNF-alpha inhibitor Ozoralizumab (OZR)
要素
  • 複合体: TNF-alpha in complex with the TNF-alpha inhibitor Ozoralizumab (OZR)
    • 複合体: Ozoralizumab (OZR)
      • タンパク質・ペプチド: anti-TNF-alpha nanobodies, TNF30, derived from Ozoralizumab (OZR)
    • 複合体: Tumor necrosis factor-alpha (TNF-alpha)
      • タンパク質・ペプチド: Tumor necrosis factor

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超分子 #1: TNF-alpha in complex with the TNF-alpha inhibitor Ozoralizumab (OZR)

超分子名称: TNF-alpha in complex with the TNF-alpha inhibitor Ozoralizumab (OZR)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: Ozoralizumab (OZR)

超分子名称: Ozoralizumab (OZR) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1

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超分子 #3: Tumor necrosis factor-alpha (TNF-alpha)

超分子名称: Tumor necrosis factor-alpha (TNF-alpha) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2

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分子 #1: anti-TNF-alpha nanobodies, TNF30, derived from Ozoralizumab (OZR)

分子名称: anti-TNF-alpha nanobodies, TNF30, derived from Ozoralizumab (OZR)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.471664 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS DYWMYWVRQA PGKGLEWVSE INTNGLITKY PDSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNSLRPE DTAVYYCARS PSGFNRGQGT LVTVSSGGGG SGGGSEVQLV ESGGGLVQPG NSLRLSCAAS GFTFSSFGMS W VRQAPGKG ...文字列:
EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS DYWMYWVRQA PGKGLEWVSE INTNGLITKY PDSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNSLRPE DTAVYYCARS PSGFNRGQGT LVTVSSGGGG SGGGSEVQLV ESGGGLVQPG NSLRLSCAAS GFTFSSFGMS W VRQAPGKG LEWVSSISGS GSDTLYADSV KGRFTISRDN AKTTLYLQMN SLRPEDTAVY YCTIGGSLSR SSQGTLVTVS SG GGGSGGG SEVQLVESGG GLVQPGGSLR LSCAASGFTF SDYWMYWVRQ APGKGLEWVS EINTNGLITK YPDSVKGRFT ISR DNAKNT LYLQMNSLRP EDTAVYYCAR SPSGFNRGQG TLVTVSS

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分子 #2: Tumor necrosis factor

分子名称: Tumor necrosis factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.427709 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GVRSSSRTPS DKPVAHVVAN PQAEGQLQWL NRRANALLAN GVELRDNQLV VPSEGLYLIY SQVLFKGQGC PSTHVLLTHT ISRIAVSYQ TKVNLLSAIK SPCQRETPEG AEAKPWYEPI YLGGVFQLEK GDRLSAEINR PDYLDFAESG QVYFGIIAL

UniProtKB: Tumor necrosis factor

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8z8m

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 388293
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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