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- PDB-8z8m: Crystal structure of human TNF alpha in complex with TNF30(VHH) d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z8m
タイトルCrystal structure of human TNF alpha in complex with TNF30(VHH) domain of ozoralizumab
要素
  • TNF30:VHH
  • Tumor necrosis factor
キーワードCYTOKINE / TNF / VHH / Ozoralizumab
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of neutrophil activation / positive regulation of blood microparticle formation / negative regulation of signaling receptor activity / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of fractalkine production ...negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of neutrophil activation / positive regulation of blood microparticle formation / negative regulation of signaling receptor activity / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / positive regulation of translational initiation by iron / response to macrophage colony-stimulating factor / regulation of membrane lipid metabolic process / regulation of endothelial cell apoptotic process / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / negative regulation of protein-containing complex disassembly / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / response to gold nanoparticle / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of hair follicle development / negative regulation of myelination / negative regulation of bicellular tight junction assembly / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of vascular wound healing / : / negative regulation of amyloid-beta clearance / response to isolation stress / positive regulation of action potential / inflammatory response to wounding / positive regulation of interleukin-18 production / death receptor agonist activity / positive regulation of protein transport / TNF signaling / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / toll-like receptor 3 signaling pathway / embryonic digestive tract development / vascular endothelial growth factor production / leukocyte migration involved in inflammatory response / necroptotic signaling pathway / response to fructose / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of synoviocyte proliferation / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of mononuclear cell migration / positive regulation of fever generation / negative regulation of myoblast differentiation / cellular response to toxic substance / regulation of establishment of endothelial barrier / endothelial cell apoptotic process / negative regulation of D-glucose import / negative regulation of oxidative phosphorylation / positive regulation of protein localization to cell surface / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of osteoclast differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of protein-containing complex disassembly / negative regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / regulation of immunoglobulin production / TNFR1-mediated ceramide production / positive regulation of programmed cell death / positive regulation of hepatocyte proliferation / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of podosome assembly / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of fat cell differentiation / TNFR1-induced proapoptotic signaling / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / regulation of metabolic process / regulation of reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of heart rate / positive regulation of amyloid-beta formation / positive regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of viral genome replication / response to L-glutamate / negative regulation of fat cell differentiation / regulation of synapse organization / Interleukin-10 signaling / negative regulation of endothelial cell proliferation / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / humoral immune response / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of lipid storage / negative regulation of mitotic cell cycle / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of JUN kinase activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / phagocytic cup / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of synaptic transmission
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Mima, M. / Mishima-Tsumagari, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024
タイトル: Structural design of the anti-TNF alpha therapeutic NANOBODY® compound, ozoralizumab, to support its potent and sustained clinical efficacy.
著者: Mima, M. / Mishima-Tsumagari, C. / Nakano, K. / Morimoto, M. / Ogata, H. / Sakata, M. / Iwaoka, R. / Iwata, K. / Hachiuma, K. / Iwamoto, K. / Fujii, Y. / Kurokawa, T.
履歴
登録2024年4月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor
B: TNF30:VHH
C: Tumor necrosis factor
D: TNF30:VHH
E: Tumor necrosis factor
F: TNF30:VHH
G: Tumor necrosis factor
H: TNF30:VHH
I: Tumor necrosis factor
J: TNF30:VHH
K: Tumor necrosis factor
L: TNF30:VHH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,57012
ポリマ－186,57012
非ポリマー00
水82946
1
A: Tumor necrosis factor
B: TNF30:VHH
C: Tumor necrosis factor
D: TNF30:VHH
E: Tumor necrosis factor
F: TNF30:VHH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,2856
ポリマ－93,2856
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Tumor necrosis factor
H: TNF30:VHH
I: Tumor necrosis factor
J: TNF30:VHH
K: Tumor necrosis factor
L: TNF30:VHH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,2856
ポリマ－93,2856
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.030, 121.160, 123.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Tumor necrosis factor / Cachectin / TNF-alpha / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 2 / TNF-a


分子量: 17370.658 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 76-232 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNF, TNFA, TNFSF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01375
#2: 抗体
TNF30:VHH


分子量: 13724.277 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): ExpiCHO-S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.03M Diethylene glycol; 0.03M Triethylene glycol; 0.03M Tetraethylene glycol; 0.03M Pentaethylene glycol 0.05M Sodium HEPES; 0.05M MOPS pH7.5 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG 1000; 12.5% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→45.79 Å / Num. obs: 50898 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 7.32
反射 シェル解像度: 2.59→2.75 Å / Num. unique obs: 8380 / CC1/2: 0.531

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.59→45.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 21.263 / SU ML: 0.405 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.355 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26876 2381 4.7 %RANDOM
Rwork0.20851 ---
obs0.2112 48495 99.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 76.882 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.98 Å20 Å2-1.74 Å2
2--4.21 Å2-0 Å2
3----2.91 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.59→45.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12084 0 0 46 12130
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01312374
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01511646
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4721.63916816
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1661.57626736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.37251538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.01322.135637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.268151992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6341581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.21555
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214162
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022972
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.8198.016203
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.8188.016202
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.71711.9927724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.71711.9937725
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.3548.3926171
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.3538.3926172
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.00212.3859093
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined17.18248792
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other17.18248791
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.59→2.657 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 192 -
Rwork0.347 3566 -
obs--99.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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