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- EMDB-6543: Structure of Simian Immunodeficiency Virus Envelope Spikes bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6543
タイトルStructure of Simian Immunodeficiency Virus Envelope Spikes bound with CD4 and Monoclonal Antibody 36D5
マップデータReconstruction of open state SIV envelope spike bound with CD4 and 36D5
試料
  • 試料: SIV envelope spike bound to CD4 and monoclonal antibody 36d5 in open state
  • ウイルス: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD4
  • タンパク質・ペプチド: monoclonal antibody 36D5
キーワードCryoelectron tomography / image processing (デジタル画像処理) / electron microscopy (電子顕微鏡) / immunology (免疫学) / AIDS (後天性免疫不全症候群) / HIV (ヒト免疫不全ウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / maintenance of protein location in cell / T cell selection / MHC class II protein binding / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / interleukin-15-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte differentiation / Nef Mediated CD4 Down-regulation ...helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / maintenance of protein location in cell / T cell selection / MHC class II protein binding / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / interleukin-15-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte differentiation / Nef Mediated CD4 Down-regulation / Alpha-defensins / positive regulation of kinase activity / regulation of T cell activation / extracellular matrix structural constituent / T cell receptor complex / Other interleukin signaling / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / regulation of calcium ion transport / macrophage differentiation / Generation of second messenger molecules / T cell differentiation / PD-1 signaling / positive regulation of protein kinase activity / Binding and entry of HIV virion / coreceptor activity / positive regulation of calcium-mediated signaling / T細胞 / positive regulation of interleukin-2 production / protein tyrosine kinase binding / Vpu mediated degradation of CD4 / calcium-mediated signaling / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of T cell activation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Downstream TCR signaling / virus receptor activity / MHC class II protein complex binding / Clathrin-mediated endocytosis / signaling receptor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / 獲得免疫系 / defense response to Gram-negative bacterium / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of viral entry into host cell / エンドソーム / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 細胞接着 / 免疫応答 / 脂質ラフト / positive regulation of protein phosphorylation / external side of plasma membrane / 小胞体 / エンベロープ (ウイルス) / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C-terminal region / CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C terminal region / T-cell surface antigen CD4 / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / Gp120 core superfamily ...CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C-terminal region / CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C terminal region / T-cell surface antigen CD4 / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Gp120 (HIV) / T-cell surface glycoprotein CD4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ) / Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Hu G / Liu J / Roux KH / Taylor KA
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2017
タイトル: Structure of Simian Immunodeficiency Virus Envelope Spikes Bound with CD4 and Monoclonal Antibody 36D5.
著者: Guiqing Hu / Jun Liu / Kenneth H Roux / Kenneth A Taylor /
要旨: The human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1)/simian immunodeficiency virus (SIV) envelope spike (Env) mediates viral entry into host cells. The V3 loop of the gp120 component of the Env trimer ...The human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1)/simian immunodeficiency virus (SIV) envelope spike (Env) mediates viral entry into host cells. The V3 loop of the gp120 component of the Env trimer contributes to the coreceptor binding site and is a target for neutralizing antibodies. We used cryo-electron tomography to visualize the binding of CD4 and the V3 loop monoclonal antibody (MAb) 36D5 to gp120 of the SIV Env trimer. Our results show that 36D5 binds gp120 at the base of the V3 loop and suggest that the antibody exerts its neutralization effect by blocking the coreceptor binding site. The antibody does this without altering the dynamics of the spike motion between closed and open states when CD4 is bound. The interaction between 36D5 and SIV gp120 is similar to the interaction between some broadly neutralizing anti-V3 loop antibodies and HIV-1 gp120. Two conformations of gp120 bound with CD4 are revealed, suggesting an intrinsic dynamic nature of the liganded Env trimer. CD4 binding substantially increases the binding of 36D5 to gp120 in the intact Env trimer, consistent with CD4-induced changes in the conformation of gp120 and the antibody binding site. Binding by MAb 36D5 does not substantially alter the proportions of the two CD4-bound conformations. The position of MAb 36D5 at the V3 base changes little between conformations, indicating that the V3 base serves as a pivot point during the transition between these two states. Glycoprotein spikes on the surfaces of SIV and HIV are the sole targets available to the immune system for antibody neutralization. Spikes evade the immune system by a combination of a thick layer of polysaccharide on the surface (the glycan shield) and movement between spike domains that masks the epitope conformation. Using SIV virions whose spikes were "decorated" with the primary cellular receptor (CD4) and an antibody (36D5) at part of the coreceptor binding site, we visualized multiple conformations trapped by the rapid freezing step, which were separated using statistical analysis. Our results show that the CD4-induced conformational dynamics of the spike enhances binding of the antibody.
履歴
登録2015年11月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年4月27日-
マップ公開2017年5月24日-
更新2017年8月2日-
現状2017年8月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.57
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.57
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3jcc
  • 表面レベル: 1.57
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6543.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6543.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 348.6 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of open state SIV envelope spike bound with CD4 and 36D5
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.7 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.57 / ムービー #1: 1.57
最小 - 最大-0.25841606 - 2.7277801
平均 (標準偏差)0.50603718 (±0.61247575)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-22-22-22
サイズ454545
Spacing454545
セルA=B=C: 256.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.75.75.7
M x/y/z454545
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z256.500256.500256.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-22-22-22
NC/NR/NS454545
D min/max/mean-0.2582.7280.506

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SIV envelope spike bound to CD4 and monoclonal antibody 36d5 in o...

全体名称: SIV envelope spike bound to CD4 and monoclonal antibody 36d5 in open state
要素
  • 試料: SIV envelope spike bound to CD4 and monoclonal antibody 36d5 in open state
  • ウイルス: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD4
  • タンパク質・ペプチド: monoclonal antibody 36D5

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超分子 #1000: SIV envelope spike bound to CD4 and monoclonal antibody 36d5 in o...

超分子名称: SIV envelope spike bound to CD4 and monoclonal antibody 36d5 in open state
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: gp120 trimer bound to CD4 and 36D5 in open state
Number unique components: 3

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超分子 #1: Simian immunodeficiency virus

超分子名称: Simian immunodeficiency virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: SIV / NCBI-ID: 11723 / 生物種: Simian immunodeficiency virus / Sci species strain: SIV239/251tail/Supt-CCR5 CL.30 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: SIV
宿主生物種: Cercopithecidae (オナガザル科) / 別称: VERTEBRATES

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分子 #1: T-cell surface glycoprotein CD4

分子名称: T-cell surface glycoprotein CD4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: CD4 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human

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分子 #2: monoclonal antibody 36D5

分子名称: monoclonal antibody 36D5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: mouse

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 31000
試料ステージ試料ホルダー: cryo holder / 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -65 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 65 °
日付2008年8月16日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
平均電子線量: 100 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: I3, protomo / 使用したサブトモグラム数: 1796

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4nco

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3jcc:
Structure of Simian Immunodeficiency Virus Envelope Spikes bound with CD4 and Monoclonal Antibody 36D5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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