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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6488 | |||||||||
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タイトル | Cryo-electron microscopy structure of RAG PC (C2 symmetry) | |||||||||
![]() | Reconstruction of RAG PC with C2 symmetry | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() somatic diversification of immune receptors via germline recombination within a single locus / hematopoietic or lymphoid organ development / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Ru H / Chambers MG / Fu T / Tong AB / Liao M / Wu H | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular Mechanism of V(D)J Recombination from Synaptic RAG1-RAG2 Complex Structures. 著者: Heng Ru / Melissa G Chambers / Tian-Min Fu / Alexander B Tong / Maofu Liao / Hao Wu / ![]() 要旨: Diverse repertoires of antigen-receptor genes that result from combinatorial splicing of coding segments by V(D)J recombination are hallmarks of vertebrate immunity. The (RAG1-RAG2)2 recombinase (RAG) ...Diverse repertoires of antigen-receptor genes that result from combinatorial splicing of coding segments by V(D)J recombination are hallmarks of vertebrate immunity. The (RAG1-RAG2)2 recombinase (RAG) recognizes recombination signal sequences (RSSs) containing a heptamer, a spacer of 12 or 23 base pairs, and a nonamer (12-RSS or 23-RSS) and introduces precise breaks at RSS-coding segment junctions. RAG forms synaptic complexes only with one 12-RSS and one 23-RSS, a dogma known as the 12/23 rule that governs the recombination fidelity. We report cryo-electron microscopy structures of synaptic RAG complexes at up to 3.4 Å resolution, which reveal a closed conformation with base flipping and base-specific recognition of RSSs. Distortion at RSS-coding segment junctions and base flipping in coding segments uncover the two-metal-ion catalytic mechanism. Induced asymmetry involving tilting of the nonamer-binding domain dimer of RAG1 upon binding of HMGB1-bent 12-RSS or 23-RSS underlies the molecular mechanism for the 12/23 rule. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 23.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 6.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 550.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 27 MB | ![]() | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Reconstruction of RAG PC with C2 symmetry | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-セグメンテーションマップ: This mask represents the whole molecule.
注釈 | This mask represents the whole molecule. | ||||||||||||
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ファイル | ![]() | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Paired Complex of RAG1-RAG2
全体 | 名称: Paired Complex of RAG1-RAG2 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Paired Complex of RAG1-RAG2
超分子 | 名称: Paired Complex of RAG1-RAG2 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse. 集合状態: Dimer of RAG1-RAG2 binds to nicked 12-RSS and 23-RSS intermediates with HMGB1 Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 400 KDa / 理論値: 400 KDa / 手法: Size exclusion chromatography |
-分子 #1: Recombination Activating Gene 1 and 2
分子 | 名称: Recombination Activating Gene 1 and 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RAG1 and RAG2 / コピー数: 2 / 集合状態: Dimer of RAG1-RAG2 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 400 KDa / 理論値: 400 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() 組換細胞: Sf9 / 組換プラスミド: pFastBac1 |
配列 | UniProtKB: V(D)J recombination-activating protein 1 GO: DNA binding, endonuclease activity, ubiquitin-protein transferase activity, protein binding, zinc ion binding, DNA binding, chromatin binding, protein binding, phosphatidylinositol-4,5- ...GO: ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() InterPro: V(D)J recombination-activating protein 1, RAG nonamer-binding domain, Zinc finger, C3HC4 RING-type, Zinc finger, RING-type, Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type, Zinc finger, RING-type, ...InterPro: V(D)J recombination-activating protein 1, RAG nonamer-binding domain, ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 10 mM CaCl2, 1 mM TCEP |
グリッド | 詳細: 400 mesh Quantifoil holey carbon grid, glow discharged |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 手法: Blot for 2.5 seconds before plunging. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 40607 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
温度 | 最低: 80 K / 最高: 105 K / 平均: 100 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnification |
日付 | 2015年3月10日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 550 / 平均電子線量: 41 e/Å2 詳細: Every image is the average of 30 frames recorded by the direct electron detector. ビット/ピクセル: 8 |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |