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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-60702 | ||||||||||||
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タイトル | Capsid of Vibrio cholerae phage mature VP1 | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | phage / virus / vibrio cholera phage / VIRAL PROTEIN | ||||||||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) / Vibrio cholerae phage (コレラ菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Liu HR / Pang H | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Three-dimensional structures of Vibrio cholerae typing podophage VP1 in two states 著者: Liu HR / Pang H | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_60702.map.gz | 267.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-60702-v30.xml emd-60702.xml | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_60702.png | 127.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-60702.cif.gz | 5.1 KB | ||
その他 | emd_60702_half_map_1.map.gz emd_60702_half_map_2.map.gz | 268.9 MB 268.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-60702 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-60702 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_60702_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_60702_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_60702_validation.xml.gz | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_60702_validation.cif.gz | 20 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-60702 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-60702 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_60702.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 290.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_60702_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_60702_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Vibrio cholerae phage
全体 | 名称: Vibrio cholerae phage (コレラ菌) |
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要素 |
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-超分子 #1: Vibrio cholerae phage
超分子 | 名称: Vibrio cholerae phage / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 666 / 生物種: Vibrio cholerae phage / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: major capsid of VP1
分子 | 名称: major capsid of VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 43.886555 KDa |
配列 | 文字列: MATIAGLRGT GDWGNQERPT DFRETILWME PNGQAPLQAL MSKMSSQPTT DPEFSWWEEK LTHNRLEVKT EAAAGVTTLA VDTDQAWAC VKGDILMVES VGGLWANEIL KVVEDPTAGN ALKVARGFAG TTAAVIPAGT FIIAIGTSFA EGSLAPKSAT R NPVKLNNF ...文字列: MATIAGLRGT GDWGNQERPT DFRETILWME PNGQAPLQAL MSKMSSQPTT DPEFSWWEEK LTHNRLEVKT EAAAGVTTLA VDTDQAWAC VKGDILMVES VGGLWANEIL KVVEDPTAGN ALKVARGFAG TTAAVIPAGT FIIAIGTSFA EGSLAPKSAT R NPVKLNNF CQIFKKSYEI TKTADATKAR TGSALANDKK RRMFDYYRDV EMAFIYGRKS ETVGENGKPE RTTGGLLNFI TT NRTQFGT GAGKTELTED SLIDFFANVF NYDGQGAGNQ RIAFVGNTAL TKINKLARNS PSTRINFDKQ VTQVYGMNFT RWV LPQGEI FFKTHPLFNV HPELSKAMMV LNPKGIKERV LRATKPENDI QQVGQDSIKG QWIGEFGLEV NHEETMAFAG GIA |
-分子 #2: SHP of VP1
分子 | 名称: SHP of VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 11.801501 KDa |
配列 | 文字列: MLVHYGKLSD MPTVVDVNTT MGTDVPEDLL EIYVGCYAAD GKTPAAGTGV LTFHGSWNGV HKRLIGTVDL AAAGEVIAYN PPLMFGGCK KLFVSYTGVG TQIVDVYVHR GE |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k) 平均電子線量: 32.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.6 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 441860 |
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |