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万見
- EMDB-5890: Cryo-EM structure of MAVS CARD filament -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5890
タイトルCryo-EM structure of MAVS CARD filament
マップデータCryo-EM map of MAVS CARD filament
試料
  • 試料: MAVS CARD filament
  • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial antiviral-signaling protein (MAVS)
キーワードInnate immunity / helical filament
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of IP-10 production / regulation of peroxisome organization / RIG-I binding / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / CARD domain binding / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / protein localization to mitochondrion / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway ...positive regulation of IP-10 production / regulation of peroxisome organization / RIG-I binding / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / CARD domain binding / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / protein localization to mitochondrion / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / peroxisomal membrane / TRAF6 mediated IRF7 activation / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of viral genome replication / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / type I interferon-mediated signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of interferon-alpha production / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of type I interferon production / ubiquitin ligase complex / signaling adaptor activity / positive regulation of defense response to virus by host / antiviral innate immune response / activation of innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of interleukin-8 production / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / mitochondrial membrane / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / molecular condensate scaffold activity / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / PKR-mediated signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / positive regulation of protein import into nucleus / positive regulation of interleukin-6 production / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of tumor necrosis factor production / Ovarian tumor domain proteases / TRAF3-dependent IRF activation pathway / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / mitochondrial outer membrane / molecular adaptor activity / defense response to bacterium / positive regulation of protein phosphorylation / innate immune response / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
IPS1, CARD domain / : / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial antiviral-signaling protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.6 Å
データ登録者Xu H / He X / Zheng H / Huang LJ / Hou F / Yu Z / de la Cruz MJ / Borkowski B / Zhang X / Chen ZJ / Jiang Q-X
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Structural basis for the prion-like MAVS filaments in antiviral innate immunity.
著者: Hui Xu / Xiaojing He / Hui Zheng / Lily J Huang / Fajian Hou / Zhiheng Yu / Michael Jason de la Cruz / Brian Borkowski / Xuewu Zhang / Zhijian J Chen / Qiu-Xing Jiang /
要旨: Mitochondrial antiviral signaling (MAVS) protein is required for innate immune responses against RNA viruses. In virus-infected cells MAVS forms prion-like aggregates to activate antiviral signaling ...Mitochondrial antiviral signaling (MAVS) protein is required for innate immune responses against RNA viruses. In virus-infected cells MAVS forms prion-like aggregates to activate antiviral signaling cascades, but the underlying structural mechanism is unknown. Here we report cryo-electron microscopic structures of the helical filaments formed by both the N-terminal caspase activation and recruitment domain (CARD) of MAVS and a truncated MAVS lacking part of the proline-rich region and the C-terminal transmembrane domain. Both structures are left-handed three-stranded helical filaments, revealing specific interfaces between individual CARD subunits that are dictated by electrostatic interactions between neighboring strands and hydrophobic interactions within each strand. Point mutations at multiple locations of these two interfaces impaired filament formation and antiviral signaling. Super-resolution imaging of virus-infected cells revealed rod-shaped MAVS clusters on mitochondria. These results elucidate the structural mechanism of MAVS polymerization, and explain how an α-helical domain uses distinct chemical interactions to form self-perpetuating filaments. DOI: http://dx.doi.org/10.7554/eLife.01489.001.
履歴
登録2014年1月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年2月19日-
マップ公開2014年3月5日-
更新2015年10月7日-
現状2015年10月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.52
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.52
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j6c
  • 表面レベル: 0.52
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j6c
  • 表面レベル: 0.52
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j6c
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5890.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5890.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 955.1 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of MAVS CARD filament
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.33 Å/pix.
x 100 pix.
= 233.3 Å		2.33 Å/pix.
x 50 pix.
= 116.65 Å		2.33 Å/pix.
x 50 pix.
= 116.65 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.333 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.52 / ムービー #1: 0.52
最小 - 最大-4.69236183 - 6.60222197
平均 (標準偏差)0.36144659 (±0.89477062)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ5050100
Spacing5050100
セルA: 116.649994 Å / B: 116.649994 Å / C: 233.29999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.3332.3332.333
M x/y/z5050100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z116.650116.650233.300
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-800-4
NX/NY/NZ1611358
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS5050100
D min/max/mean-4.6926.6020.361

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MAVS CARD filament

全体名称: MAVS CARD filament
要素
  • 試料: MAVS CARD filament
  • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial antiviral-signaling protein (MAVS)

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超分子 #1000: MAVS CARD filament

超分子名称: MAVS CARD filament / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: polymer / Number unique components: 1
分子量理論値: 546 KDa

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分子 #1: Mitochondrial antiviral-signaling protein (MAVS)

分子名称: Mitochondrial antiviral-signaling protein (MAVS) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: IPS1, KIAA1271, VISA / 集合状態: polymer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 13 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293T / 組換プラスミド: pcDNA3
配列UniProtKB: Mitochondrial antiviral-signaling protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20mM Tris-HCl, 50mM NaCl, 1mM DTT
グリッド詳細: Quantifoil grids coated with thin carbon on top
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000x magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: JEOL omega filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 35.0 eV
日付2011年10月20日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 61950 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細IHRSR
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 16.8 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 53.6 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C3 (3回回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider, MRC, EMAN, IMAGIC4D
詳細: Final data were calculated from three separate datasets from three sessions of data collection. The handedness of the map was determined by cryo-electron tomography.
CTF補正詳細: Each filament segment

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2vgq


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera, SITUS
詳細The docking of one X-ray model into a segmented map corresponding to one subunit was first done manually in Chimera, and then optimized using SITUS.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3j6c:
Cryo-EM structure of MAVS CARD filament

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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