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万見
- EMDB-5678: Validated Near-Atomic Resolution Structure of Bacteriophage Epsil... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5678
タイトルValidated Near-Atomic Resolution Structure of Bacteriophage Epsilon15 Derived from Cryo-EM and Modeling
マップデータReconstruction of infectious Epsilon15 bacteriophage.
試料
  • 試料: Bacteriophage epsilon15
  • ウイルス: Salmonella phage epsilon15 (ファージ)
キーワードCryo-EM / modeling / bacteriophage / validation / capsid / resolution / epsilon15 / random model / truly independent refinement / gold standard
機能・相同性: / Major coat protein-like / : / Major capsid protein GP7 / viral capsid, decoration / viral capsid / Major coat protein / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Salmonella phage epsilon15 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Baker ML / Hryc CF / Zhang Q / Wu W / Jakana J / Haase-Pettingell C / Afonine PV / Adams PD / King JA / Jiang W / Chiu W
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2013
タイトル: Validated near-atomic resolution structure of bacteriophage epsilon15 derived from cryo-EM and modeling.
著者: Matthew L Baker / Corey F Hryc / Qinfen Zhang / Weimin Wu / Joanita Jakana / Cameron Haase-Pettingell / Pavel V Afonine / Paul D Adams / Jonathan A King / Wen Jiang / Wah Chiu /
要旨: High-resolution structures of viruses have made important contributions to modern structural biology. Bacteriophages, the most diverse and abundant organisms on earth, replicate and infect all ...High-resolution structures of viruses have made important contributions to modern structural biology. Bacteriophages, the most diverse and abundant organisms on earth, replicate and infect all bacteria and archaea, making them excellent potential alternatives to antibiotics and therapies for multidrug-resistant bacteria. Here, we improved upon our previous electron cryomicroscopy structure of Salmonella bacteriophage epsilon15, achieving a resolution sufficient to determine the tertiary structures of both gp7 and gp10 protein subunits that form the T = 7 icosahedral lattice. This study utilizes recently established best practice for near-atomic to high-resolution (3-5 Å) electron cryomicroscopy data evaluation. The resolution and reliability of the density map were cross-validated by multiple reconstructions from truly independent data sets, whereas the models of the individual protein subunits were validated adopting the best practices from X-ray crystallography. Some sidechain densities are clearly resolved and show the subunit-subunit interactions within and across the capsomeres that are required to stabilize the virus. The presence of the canonical phage and jellyroll viral protein folds, gp7 and gp10, respectively, in the same virus suggests that epsilon15 may have emerged more recently relative to other bacteriophages.
履歴
登録2013年5月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年7月3日-
マップ公開2013年7月10日-
更新2013年8月14日-
現状2013年8月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j40
  • 表面レベル: 5.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j40
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5678.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5678.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of infectious Epsilon15 bacteriophage.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.19 Å/pix.
x 720 pix.
= 859.824 Å		1.19 Å/pix.
x 720 pix.
= 859.824 Å		1.19 Å/pix.
x 720 pix.
= 859.824 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1942 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.2 / ムービー #1: 5.2
最小 - 最大-15.006737709999999 - 24.632560730000002
平均 (標準偏差)0.0086009 (±1.42201555)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-360-360-360
サイズ720720720
Spacing720720720
セルA=B=C: 859.82404 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.19421.19421.1942
M x/y/z720720720
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z859.824859.824859.824
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-360-360-360
NC/NR/NS720720720
D min/max/mean-15.00724.6330.009

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacteriophage epsilon15

全体名称: Bacteriophage epsilon15
要素
  • 試料: Bacteriophage epsilon15
  • ウイルス: Salmonella phage epsilon15 (ファージ)

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超分子 #1000: Bacteriophage epsilon15

超分子名称: Bacteriophage epsilon15 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: As described in Jiang, 2008 (EMDB:5003) / Number unique components: 2
分子量実験値: 22 MDa

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超分子 #1: Salmonella phage epsilon15

超分子名称: Salmonella phage epsilon15 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 215158 / 生物種: Salmonella phage epsilon15 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Salmonella (サルモネラ菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
分子量実験値: 22 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Gp7 / 直径: 700 Å / T番号(三角分割数): 7

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 25 mM NaCl, 5 mM MgCl2
グリッド詳細: Quantifoil R2/2 grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 80 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: Blot before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
温度平均: 81 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: in-column filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 25.0 eV
日付2007年1月3日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 1309 / 平均電子線量: 17 e/Å2
詳細: Digitized using Nikon Super CoolScan 9000 ED at 6.35 um/pixel
ビット/ピクセル: 12
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 53361 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER

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画像解析

詳細Individual particles (720x720 pixels) were first automatically selected using the ethan method followed by manual screening using EMAN boxer program. A total of 54161 particles were selected for initial processing. The selected particles within a micrograph were incoherently averaged to generate 2D power spectra for contrast transfer function (CTF) parameter determination. CTF parameters were first automatically estimated and then visually verified using the EMAN1 ctfit program. Defocus values range from 0.5 to 2.5 um. The data set was divided into two data subsets for the following reconstruction steps. The particle images were first binned 4x for initial model building and initial determination of orientation and center parameters. The initial model was built de novo by iterative refinement of a subset of 300 particles randomly selected from the half data set with randomly assigned initial orientations. The initial orientations of all particles in each of the half data sets were determined using the EMAN1 projection matching program classesbymra with an angular projection step size of 3 degrees. The orientations were then refined to higher accuracy using the program jalign, which is based on simplex optimization of matching between the particle image and model projections. The particle orientation parameters were then transferred to particles binned at 2x and ultimately to particles without binning for further refinements. In the last stage of refinement, magnification, astigmatism, and defocus parameters were also included. 3D maps with icosahedral symmetry enforcement were reconstructed using a newly developed program j3dr using EMAN2 library and parallelized with message passing interface (MPI) to speed up the reconstruction process. These steps were iterated until the refinement converged. The map for each data subset was reconstructed from ~7000 particles by removing particles with poor alignment scores and unstable alignment parameters. The resolution of the map was evaluated using the Fourier Shell Correlation (FSC). Only the icosahedral shell region was included in this FSC analysis by masking out the external background noises and the internal DNA densities using soft masks with a half width of 6A. The final map of the entire dataset was then built from ~14000 particles by combining these two subsets of particles.
CTF補正詳細: per particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: jspr, EMAN2, EMAN
詳細: The gold standard definition for the resolution estimate was adopted whereby the particle images were split into two subsets at the onset of image processing and the datasets were ...詳細: The gold standard definition for the resolution estimate was adopted whereby the particle images were split into two subsets at the onset of image processing and the datasets were individually reconstructed and then combined after determination of the resolution estimate. Independent initial models were built de novo and used for the subsequent particle refinements in each of the two subsets of particle images. The Fourier Shell Correlation (FSC) between the two independently determined reconstructions was computed and indicated a resolution 4.5 Angstrom using the 0.143 threshold for the combined dataset.
使用した粒子像数: 14000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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