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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5578 | |||||||||
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タイトル | Electron Cryo-microscopy of Chikungunya VLP in complex with neutralizing antibody Fab 9.8B | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of Chikungunya VLP with neutralizing antibody 9.8B | |||||||||
試料 |
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キーワード | Alpha virus / Chikungunya VLP / neutralizing antibody 9.8B | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) / Chikungunya virus (チクングニヤウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Sun S / Xiang Y / Rossmann MG | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2013 タイトル: Structural analyses at pseudo atomic resolution of Chikungunya virus and antibodies show mechanisms of neutralization. 著者: Siyang Sun / Ye Xiang / Wataru Akahata / Heather Holdaway / Pankaj Pal / Xinzheng Zhang / Michael S Diamond / Gary J Nabel / Michael G Rossmann / 要旨: A 5.3 Å resolution, cryo-electron microscopy (cryoEM) map of Chikungunya virus-like particles (VLPs) has been interpreted using the previously published crystal structure of the Chikungunya E1-E2 ...A 5.3 Å resolution, cryo-electron microscopy (cryoEM) map of Chikungunya virus-like particles (VLPs) has been interpreted using the previously published crystal structure of the Chikungunya E1-E2 glycoprotein heterodimer. The heterodimer structure was divided into domains to obtain a good fit to the cryoEM density. Differences in the T = 4 quasi-equivalent heterodimer components show their adaptation to different environments. The spikes on the icosahedral 3-fold axes and those in general positions are significantly different, possibly representing different phases during initial generation of fusogenic E1 trimers. CryoEM maps of neutralizing Fab fragments complexed with VLPs have been interpreted using the crystal structures of the Fab fragments and the VLP structure. Based on these analyses the CHK-152 antibody was shown to stabilize the viral surface, hindering the exposure of the fusion-loop, likely neutralizing infection by blocking fusion. The CHK-9, m10 and m242 antibodies surround the receptor-attachment site, probably inhibiting infection by blocking cell attachment. DOI:http://dx.doi.org/10.7554/eLife.00435.001. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5578.map.gz | 79.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5578-v30.xml emd-5578.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5578.png | 360 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5578 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5578 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5578_validation.pdf.gz | 387.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5578_full_validation.pdf.gz | 387.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5578_validation.xml.gz | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5578 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5578 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3j2yMC 5576C 5577C 5579C 5580C 3j2wC 3j2xC 3j2zC 3j30C 4gq9C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5578.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 238.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of Chikungunya VLP with neutralizing antibody 9.8B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.22 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Electron Cryo-microscopy of Chikungunya VLP in complex with neutr...
全体 | 名称: Electron Cryo-microscopy of Chikungunya VLP in complex with neutralizing antibody Fab 9.8B |
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要素 |
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-超分子 #1000: Electron Cryo-microscopy of Chikungunya VLP in complex with neutr...
超分子 | 名称: Electron Cryo-microscopy of Chikungunya VLP in complex with neutralizing antibody Fab 9.8B タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2 |
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-超分子 #1: Chikungunya virus
超分子 | 名称: Chikungunya virus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 37124 / 生物種: Chikungunya virus / Sci species strain: 37997 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 別称: INVERTEBRATES |
Host system | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293T / 組換プラスミド: CMV/R |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: E1E2 / 直径: 700 Å / T番号(三角分割数): 4 |
-分子 #1: 9.8B antibody Fab fragment
分子 | 名称: 9.8B antibody Fab fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: mouse / 細胞: Hybridoma |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: PBS |
グリッド | 詳細: 400 mesh C-flat grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 手法: Blot for 2 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM300FEG/HE |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification |
日付 | 2011年2月1日 |
撮影 | デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 100 / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 39190 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 倍率(公称値): 38000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
詳細 | The particles were selected using e2boxer. |
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CTF補正 | 詳細: each micrograph |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 1820 |