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- EMDB-5415: Structure of AAV-DJ, a Retargeted Gene Therapy Vector: Cryo-Elect... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5415
タイトルStructure of AAV-DJ, a Retargeted Gene Therapy Vector: Cryo-Electron Microscopy at 4.5A resolution
マップデータReconstruction of AAV-DJ, a re-targeted gene therapy vector
試料
  • 試料: AAV-DJ
  • ウイルス: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
キーワードGene therapy / adeno-associated virus / vector / cryo-electron microscopy / directed evolution / AAV
機能・相同性Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / Capsid protein VP1
機能・相同性情報
生物種Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Lerch TF / O'Donnell JK / Meyer NL / Xie Q Taylor KA / Stagg SC / Chapman MS
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structure of AAV-DJ, a retargeted gene therapy vector: cryo-electron microscopy at 4.5 Å resolution.
著者: Thomas F Lerch / Jason K O'Donnell / Nancy L Meyer / Qing Xie / Kenneth A Taylor / Scott M Stagg / Michael S Chapman /
要旨: AAV-DJ, a leading candidate vector for liver gene therapy, was created through random homologous recombination followed by directed evolution, selecting for in vivo liver tropism and resistance to ...AAV-DJ, a leading candidate vector for liver gene therapy, was created through random homologous recombination followed by directed evolution, selecting for in vivo liver tropism and resistance to in vitro immune neutralization. Here, the 4.5 Å resolution cryo-EM structure is determined for the engineered AAV vector, revealing structural features that illuminate its phenotype. The heparan sulfate receptor-binding site is little changed from AAV-2, and heparin-binding affinity is similar. A loop that is antigenic in other serotypes has a unique conformation in AAV-DJ that would conflict with the binding of an AAV-2 neutralizing monoclonal antibody. This is consistent with increased resistance to neutralization by human polyclonal sera, raising the possibility that changed tropism may be a secondary effect of altered immune interactions. The reconstruction exemplifies analysis of fine structural changes and the potential of cryo-EM, in favorable cases, to characterize mutant or ligand-bound complexes.
履歴
登録2012年4月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年8月22日-
マップ公開2012年8月22日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j1q
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j1q
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5415_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5415.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 173.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of AAV-DJ, a re-targeted gene therapy vector
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3217 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.1243183 - 0.17182954
平均 (標準偏差)-0.02058947 (±0.01350072)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-180-180-180
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 475.81198 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.32171.32171.3217
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z475.812475.812475.812
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-180-180-180
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.1240.172-0.021

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : AAV-DJ

全体名称: AAV-DJ
要素
  • 試料: AAV-DJ
  • ウイルス: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)

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超分子 #1000: AAV-DJ

超分子名称: AAV-DJ / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 60 viral subunits form the icosahedral capsid / Number unique components: 1
分子量理論値: 3.75 MDa

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超分子 #1: Adeno-associated virus

超分子名称: Adeno-associated virus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 272636 / 生物種: Adeno-associated virus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量理論値: 3.75 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: VP3 / 直径: 250 Å / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 125mM NaCl, 10mM Tris, 1mM MgCl2, pH 7.5
グリッド詳細: C-flat grid CF-2/1-2C (2um hole, 1 um spacing, 200 mesh copper), glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK I

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2011年2月25日
撮影実像数: 4773
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Images were collected automatically using Leginon software. Particles were manually selected for single particle reconstruction.
CTF補正詳細: CTF was estimated using Appion software
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 使用した粒子像数: 27312

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1lp3


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: RSRef, CNS
詳細Protocol: Refinement of reconstruction magnification relative to homolog crystal structure, manual rebuilding, simulated annealing torsion angle dynamics, isotropic B-factors. Iterative refinement in RSRef and model building in Coot
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 30 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-3j1q:
Structure of AAV-DJ, a Retargeted Gene Therapy Vector: Cryo-Electron Microscopy at 4.5A resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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