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万見
- EMDB-5410: Cryo-electron microscopic reconstruction of wild rabbit hemorrhag... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5410
タイトルCryo-electron microscopic reconstruction of wild rabbit hemorrhagic disease virus
マップデータReconstruction of wild rabbit hemorrhagic disease virus; The final map was sharpened using b factor -300 A2 to 4.5 angstrom and low passed to 5 angstrom.
試料
  • 試料: Wild Rabbit Hemorrhagic Disease Virus (strain HYD)
  • ウイルス: Rabbit hemorrhagic disease virus (ウサギ出血病ウイルス)
キーワードcalicivirus / Lagovirus / rabbit hemorrhagic disease
機能・相同性
機能・相同性情報


calicivirin / RNA-protein covalent cross-linking / nucleoside-triphosphate phosphatase / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity ...calicivirin / RNA-protein covalent cross-linking / nucleoside-triphosphate phosphatase / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / RNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase C24, Calicivirus polyprotein Orf1 / 2C endopeptidase (C24) cysteine protease family / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein ...Peptidase C24, Calicivirus polyprotein Orf1 / 2C endopeptidase (C24) cysteine protease family / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rabbit hemorrhagic disease virus (ウサギ出血病ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Wang X / Xu F / Liu J / Gao B / Zhang K / Zhai Y / Ma J / Hu Z / Pang X / Zheng D ...Wang X / Xu F / Liu J / Gao B / Zhang K / Zhai Y / Ma J / Hu Z / Pang X / Zheng D / Pang H / Sun F
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2013
タイトル: Atomic model of rabbit hemorrhagic disease virus by cryo-electron microscopy and crystallography.
著者: Xue Wang / Fengting Xu / Jiasen Liu / Bingquan Gao / Yanxin Liu / Yujia Zhai / Jun Ma / Kai Zhang / Timothy S Baker / Klaus Schulten / Dong Zheng / Hai Pang / Fei Sun /
要旨: Rabbit hemorrhagic disease, first described in China in 1984, causes hemorrhagic necrosis of the liver. Its etiological agent, rabbit hemorrhagic disease virus (RHDV), belongs to the Lagovirus genus ...Rabbit hemorrhagic disease, first described in China in 1984, causes hemorrhagic necrosis of the liver. Its etiological agent, rabbit hemorrhagic disease virus (RHDV), belongs to the Lagovirus genus in the family Caliciviridae. The detailed molecular structure of any lagovirus capsid has yet to be determined. Here, we report a cryo-electron microscopic (cryoEM) reconstruction of wild-type RHDV at 6.5 Å resolution and the crystal structures of the shell (S) and protruding (P) domains of its major capsid protein, VP60, each at 2.0 Å resolution. From these data we built a complete atomic model of the RHDV capsid. VP60 has a conserved S domain and a specific P2 sub-domain that differs from those found in other caliciviruses. As seen in the shell portion of the RHDV cryoEM map, which was resolved to ~5.5 Å, the N-terminal arm domain of VP60 folds back onto its cognate S domain. Sequence alignments of VP60 from six groups of RHDV isolates revealed seven regions of high variation that could be mapped onto the surface of the P2 sub-domain and suggested three putative pockets might be responsible for binding to histo-blood group antigens. A flexible loop in one of these regions was shown to interact with rabbit tissue cells and contains an important epitope for anti-RHDV antibody production. Our study provides a reliable, pseudo-atomic model of a Lagovirus and suggests a new candidate for an efficient vaccine that can be used to protect rabbits from RHDV infection.
履歴
登録2012年4月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年4月19日-
マップ公開2013年1月30日-
更新2013年2月6日-
現状2013年2月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.6
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.6
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j1p
  • 表面レベル: 2.6
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j1p
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5410.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5410.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 412 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of wild rabbit hemorrhagic disease virus; The final map was sharpened using b factor -300 A2 to 4.5 angstrom and low passed to 5 angstrom.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.933 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.6 / ムービー #1: 2.6
最小 - 最大-8.73291588 - 16.738216399999999
平均 (標準偏差)0.12011245 (±1.83568513)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-240-240-240
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 447.84003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.9330.9330.933
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z447.840447.840447.840
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-240-240-240
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-8.73316.7380.120

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Wild Rabbit Hemorrhagic Disease Virus (strain HYD)

全体名称: Wild Rabbit Hemorrhagic Disease Virus (strain HYD)
要素
  • 試料: Wild Rabbit Hemorrhagic Disease Virus (strain HYD)
  • ウイルス: Rabbit hemorrhagic disease virus (ウサギ出血病ウイルス)

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超分子 #1000: Wild Rabbit Hemorrhagic Disease Virus (strain HYD)

超分子名称: Wild Rabbit Hemorrhagic Disease Virus (strain HYD) / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量理論値: 10.8 MDa

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超分子 #1: Rabbit hemorrhagic disease virus

超分子名称: Rabbit hemorrhagic disease virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: RHDV / 詳細: HYD strain and gene bank number is AEB26305. / NCBI-ID: 11976 / 生物種: Rabbit hemorrhagic disease virus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: RHDV
宿主生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: VERTEBRATES
分子量理論値: 10.8 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: VP60 / 直径: 440 Å / T番号(三角分割数): 3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: 50mM Tris, 50mM NaCl, 5mM EDTA
グリッド詳細: 200 mesh copper grid with holey array carbon support (GiG), glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度平均: 85 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
Legacy - Electron beam tilt params: 0
日付2011年1月22日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 1100 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 32
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 160770 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダー: Liquid nitrogen cooled
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using an automatic selection program FindEM.
CTF補正詳細: CTF correction of each whole micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN1.9, Spider
詳細: The final map was sharpened to 4.5 Angstrom with B factor -300 and then filtered to 5.0 Angstrom.
使用した粒子像数: 26000
最終 2次元分類クラス数: 475

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4egt


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid body. The P domains were separately fitted into the map by automatic rigid body fitting using Chimera (FIT IN MAP).
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3j1p:
Atomic model of rabbit hemorrhagic disease virus

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

4ejr


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid body. The S domains were separately fitted into the map by automatic rigid body fitting using Chimera (FIT IN MAP).
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3j1p:
Atomic model of rabbit hemorrhagic disease virus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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