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- EMDB-50204: Structure of the Chlamydomonas reinhardtii respiratory complex II... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50204
タイトルStructure of the Chlamydomonas reinhardtii respiratory complex III from respiratory supercomplex
マップデータ
試料
  • 複合体: Chlamydomonas reinhardtii respirasome
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • リガンド: x 8種
キーワードMitochondria / respiratory complex / respiration / alga / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


quinol-cytochrome-c reductase / mitochondrial processing peptidase / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metallopeptidase activity / electron transfer activity ...quinol-cytochrome-c reductase / mitochondrial processing peptidase / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metallopeptidase activity / electron transfer activity / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-c1 complex subunit 8, plants / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 ...Cytochrome b-c1 complex subunit 8, plants / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Uncharacterized protein / Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 10 / mitochondrial processing peptidase / Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Complex III subunit 9 / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome c1
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Waltz F / Righetto R / Kotecha A / Engel BD
資金援助 ドイツ, スイス, 2件
OrganizationGrant number
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
Swiss National Science Foundation210561 スイス
引用ジャーナル: Science / : 2025
タイトル: In-cell architecture of the mitochondrial respiratory chain.
著者: Florent Waltz / Ricardo D Righetto / Lorenz Lamm / Thalia Salinas-Giegé / Ron Kelley / Xianjun Zhang / Martin Obr / Sagar Khavnekar / Abhay Kotecha / Benjamin D Engel /
要旨: Mitochondria regenerate adenosine triphosphate (ATP) through oxidative phosphorylation. This process is carried out by five membrane-bound complexes collectively known as the respiratory chain, ...Mitochondria regenerate adenosine triphosphate (ATP) through oxidative phosphorylation. This process is carried out by five membrane-bound complexes collectively known as the respiratory chain, working in concert to transfer electrons and pump protons. The precise organization of these complexes in native cells is debated. We used in situ cryo-electron tomography to visualize the native structures and organization of several major mitochondrial complexes in cells. ATP synthases and respiratory complexes segregate into curved and flat crista membrane domains, respectively. Respiratory complexes I, III, and IV assemble into a respirasome supercomplex, from which we determined a native 5-angstrom (Å) resolution structure showing binding of electron carrier cytochrome . Combined with single-particle cryo-electron microscopy at 2.4-Å resolution, we model how the respiratory complexes organize inside native mitochondria.
履歴
登録2024年4月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年4月2日-
現状2025年4月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50204.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 775.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 588 pix.
= 589.6 Å
1 Å/pix.
x 588 pix.
= 589.6 Å
1 Å/pix.
x 588 pix.
= 589.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.00272 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.145
最小 - 最大-0.5338155 - 1.1168878
平均 (標準偏差)-0.000021564105 (±0.02506046)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ588588588
Spacing588588588
セルA=B=C: 589.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50204_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50204_half_map_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_50204_half_map_2.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Chlamydomonas reinhardtii respirasome

全体名称: Chlamydomonas reinhardtii respirasome
要素
  • 複合体: Chlamydomonas reinhardtii respirasome
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1
    • タンパク質・ペプチド: Complex III subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: MPP-Beta
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-MPP
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
  • リガンド: 2,3-DIMETHOXY-5-METHYL-6-(3,11,15,19-TETRAMETHYL-EICOSA-2,6,10,14,18-PENTAENYL)-[1,4]BENZOQUINONE
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Chlamydomonas reinhardtii respirasome

超分子名称: Chlamydomonas reinhardtii respirasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

+
分子 #1: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 42.356465 KDa
配列文字列: MRMHNKIQLL SVLNTHLVAY PTPMNLNYSW NGGSLAGMML ASQMLTGILL AMHYVGHVDY AFASVQHLMT DVPSGMILRY AHANGASLF FIVVYLHVLR GMYYGSGAQP REIVWISGVV ILLVMIITAF IGYVLPWGQM SFWGATVITS LATAIPVVGK H IMYWLWGG ...文字列:
MRMHNKIQLL SVLNTHLVAY PTPMNLNYSW NGGSLAGMML ASQMLTGILL AMHYVGHVDY AFASVQHLMT DVPSGMILRY AHANGASLF FIVVYLHVLR GMYYGSGAQP REIVWISGVV ILLVMIITAF IGYVLPWGQM SFWGATVITS LATAIPVVGK H IMYWLWGG FSVDNPTLNR FYSFHYTLPF ILAGLSVFHI AALHQYGSTN PLGVNSQSSL ISFGSYFGAK DLVGALFLAL VF SILVFFY PDLLGHPDNL IPANPYSTPQ HIVPEWYFLW VYAILRSIPN KAMGVLAIGL VFASLFAMPF IGLGGGKFRI ITE WLYWTF LADVLLLTWL GGNEITPITS FVGQCCTAYL FFYLLVCQPL VGYLETQFAH GTQTN

UniProtKB: Cytochrome b

+
分子 #2: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 28.545494 KDa
配列文字列: MALRRAVASF LPKLAGAAET LPAASHAASS FSQLICTPLD VVERQQQPSG FRSFASDAVE VFKPETGLTP TNRLSMAPTP YIKYDEHNH KRFPPGTEGR PFAYFVQTGG RFLYASAARL AVLKIVMSLS AAADTMALSS LEVDLSGVEE GTTITVKWRG K PVFIRHRT ...文字列:
MALRRAVASF LPKLAGAAET LPAASHAASS FSQLICTPLD VVERQQQPSG FRSFASDAVE VFKPETGLTP TNRLSMAPTP YIKYDEHNH KRFPPGTEGR PFAYFVQTGG RFLYASAARL AVLKIVMSLS AAADTMALSS LEVDLSGVEE GTTITVKWRG K PVFIRHRT DAEIAQSAEV ALSELRDPQK DVDRAINPKY LVVVGICTHL GCVPISGAGN YQGWFCPCHG SHYDISGRIR EG PAPYNLE VPEYRFTEGQ KVVIG

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

+
分子 #3: Cytochrome c1

分子名称: Cytochrome c1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 33.868195 KDa
配列文字列: MRTSLLRSLG KGLGLCAEAT SSRVAQQTMP AVAAMSTSAS DAEPTSKAAH YAAALGGVMA GIFGASCVAS ANEAADGLHA PHYPWGHEG VLDSYDHAAI RRGHKVYQQV CAACHSMQYL HWRQLVGVCY TEEEAKALAA ETEVEDGPND EGEMFTREGR L FDAFPSPY ...文字列:
MRTSLLRSLG KGLGLCAEAT SSRVAQQTMP AVAAMSTSAS DAEPTSKAAH YAAALGGVMA GIFGASCVAS ANEAADGLHA PHYPWGHEG VLDSYDHAAI RRGHKVYQQV CAACHSMQYL HWRQLVGVCY TEEEAKALAA ETEVEDGPND EGEMFTREGR L FDAFPSPY ANEQAARYAN GGAYPPDLTL ISGGRHNGPN YIFSLLTGYR DPPAGISIRE GLYYNPYFPG GAIAMPKMLV DG GVEYEDG TPASASQQAK DITTFLAWAS YPYQDEMRVM GIKACLMISI LIGFAAYSKR LRWAPIKSQR IVMDVVN

UniProtKB: Cytochrome c1

+
分子 #4: Complex III subunit 9

分子名称: Complex III subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 7.040211 KDa
配列文字列:
MVMRLSEALY QTFFKRSTVY IPMLLVGAYF SNEAIDYAVD KMWTTRNKGK LFSDIIAERT

UniProtKB: Complex III subunit 9

+
分子 #5: Cytochrome b-c1 complex subunit 6

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 7.991032 KDa
配列文字列:
MVEYTEDDPK PQIEEDCKPH CVKEWAAYKA CAERIKDDTT GQAHCSGQYF DFWKCVDHCA APKIFAHLK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 6

+
分子 #6: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 8

分子名称: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 8
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 8.678994 KDa
配列文字列:
MAPRQNIPLR EILYQLSPYQ QDVIRQTFTN APKTFLRFFK EKGVGLATFG VLFFGIKGYT EHEMHQERLA ERY

UniProtKB: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 8

+
分子 #7: MPP-Beta

分子名称: MPP-Beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 55.121215 KDa
配列文字列: MRSLKQILRI GEASSLGLRA FGSAAKDVVA TDANPFLRFS NPRPSPIDHT PLLSTLPETR ITTLPNGLRV ATEAIPFAET TTLGIWINS GSRFETDANN GVAHFLEHIL FKGTKNRSVK ELEVEVENMG GQLNAYTGRE QTCYYAKVMG KDVGKAVNIL S DILLNSNL ...文字列:
MRSLKQILRI GEASSLGLRA FGSAAKDVVA TDANPFLRFS NPRPSPIDHT PLLSTLPETR ITTLPNGLRV ATEAIPFAET TTLGIWINS GSRFETDANN GVAHFLEHIL FKGTKNRSVK ELEVEVENMG GQLNAYTGRE QTCYYAKVMG KDVGKAVNIL S DILLNSNL DARAIDKERD VILREMEEVN KQTSELVFDH LHATAFQYSP LGRTILGPVE NIKSINRDQL VEYMKTHYRG PR MVLAAAG AVNHDELVKL ASDAFGSVPD EDAATSVRSL LVKEPSRFTG SYVHDRFPDA SECCMAVAFK GASWTDPDSI PLM VMQTML GGWDKNSTVG KHSSSALVQT VATEGLADAF MAFNTNYHDT GLFGVYGVTD RDRSEDFAYA IMSNLTRMCF EVRD ADVAR AKNQLKASLM FFQDSTHHVA ESIGRELLVY GRRIPKAEMF ARIDAVDANA IRAVADRFIY DQDMAVASAG DVQFV PDYN WFRRRSYWLR Y

UniProtKB: mitochondrial processing peptidase

+
分子 #8: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 10

分子名称: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 10
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 6.476588 KDa
配列文字列:
MPIGVWSVFQ GYVTPARLPS IQTLTRVGAW GGVVVVGGLY MVQPWDWLAV QAGLKKEEK

UniProtKB: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 10

+
分子 #9: Alpha-MPP

分子名称: Alpha-MPP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 49.64043 KDa
配列文字列: MLGSSTSQLA PAMVRSIASS AAASTAAPVL AAKSGGLLAS VFGMGGGRVE VPLSEKLPAV TEPPRTSTPA TKPIVQTSSL RSGVKVASI NTVSPISSLV LFVEGGAAAE TPATAGASKV LEVAAFKATA NRSTFRLTRE LEKIGATSFA RAGRDHVAFG V DATRLNQL ...文字列:
MLGSSTSQLA PAMVRSIASS AAASTAAPVL AAKSGGLLAS VFGMGGGRVE VPLSEKLPAV TEPPRTSTPA TKPIVQTSSL RSGVKVASI NTVSPISSLV LFVEGGAAAE TPATAGASKV LEVAAFKATA NRSTFRLTRE LEKIGATSFA RAGRDHVAFG V DATRLNQL EALEILADAV VNARYTYWEV RDSLDAVKEQ LAAQLRNPLT AVNEVLHRTA FEGGLGHSLV VDPSVVDGFT NE TLKEYVH SIMAPSRVVL AASGVDHAEL TALATPLLNL HGNAHPAPQS RYVGGAMNII APTSSLTYVG LAFEAKGGAG DIK SSAAAS VVKALLDEAR PTMPYQRKEH EVFTSVNPFA FAYKGTGLVG VVASGAPGKA GKVVDALTAK VQSLAKGVTD VQLA TAKNM ALGELRASVA TAPGLAAAVG SSVLATGKFS ANEVAAALSG LTAADVTSYV NAMIKTAPTF VTYGNLSSLP RVDSI AKRF A

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #10: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 14.062162 KDa
配列文字列:
MTSLLKQVAL PVFNSLATTY RSVVGAKLAK YGLRFDDLQD PLKDEDVAEA LRRLPPDVVV ARNCRLRRAL DLSCKHEALP KDLLEKQTP ELSYLQDVLN EVRAERRERA QLGAPAPYTR IYYD

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

+
分子 #11: 2,3-DIMETHOXY-5-METHYL-6-(3,11,15,19-TETRAMETHYL-EICOSA-2,6,10,14...

分子名称: 2,3-DIMETHOXY-5-METHYL-6-(3,11,15,19-TETRAMETHYL-EICOSA-2,6,10,14,18-PENTAENYL)-[1,4]BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 4 / : UQ5
分子量理論値: 522.758 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ5:
2,3-DIMETHOXY-5-METHYL-6-(3,11,15,19-TETRAMETHYL-EICOSA-2,6,10,14,18-PENTAENYL)-[1,4]BENZOQUINONE / ユビキノン5

+
分子 #12: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 6 / : HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #13: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 8 / : CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #14: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 7 / : 3PH
分子量理論値: 704.998 Da
Chemical component information

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ジステアロイルホスファチジン酸

+
分子 #15: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / : PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

+
分子 #16: (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5...

分子名称: (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 2 / : PC7
分子量理論値: 763.1 Da
Chemical component information

ChemComp-PC7:
(7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / リン脂質*YM

+
分子 #17: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / : ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #18: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 538 / : HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 83443
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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