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- EMDB-50014: Structure of the small subunit of the flowering plant mitoribosom... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50014
タイトルStructure of the small subunit of the flowering plant mitoribosome with the maturation factor RsgA
マップデータ
試料
  • 複合体: Small subunit of the flowering plant mitochondrial ribosome in presence of RsgA
    • タンパク質・ペプチド: x 35種
    • RNA: x 1種
  • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 5種
キーワードmitochondria / mitoribosome / assembly factor / plant / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


pollen tube development / plastid translation / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase / gametophyte development / monocarboxylic acid metabolic process / embryo development ending in seed dormancy / cell communication / molybdenum ion binding / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation ...pollen tube development / plastid translation / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase / gametophyte development / monocarboxylic acid metabolic process / embryo development ending in seed dormancy / cell communication / molybdenum ion binding / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / mitochondrial membrane organization / plastid / catalytic activity / chloroplast / pyridoxal phosphate binding / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / mitochondrion / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CID8-like protein, RNA recognition motif 1 / CID8-like protein, RNA recognition motif 2 / IMS import disulfide relay-system, CHCH-CHCH-like Cx9C / CHCH-CHCH-like Cx9C, IMS import disulfide relay-system, / MOSC, N-terminal beta barrel / MOSC N-terminal beta barrel domain / Ribosomal protein S3, mitochondrial, plant / : / Molybdenum cofactor sulfurase, C-terminal / : ...CID8-like protein, RNA recognition motif 1 / CID8-like protein, RNA recognition motif 2 / IMS import disulfide relay-system, CHCH-CHCH-like Cx9C / CHCH-CHCH-like Cx9C, IMS import disulfide relay-system, / MOSC, N-terminal beta barrel / MOSC N-terminal beta barrel domain / Ribosomal protein S3, mitochondrial, plant / : / Molybdenum cofactor sulfurase, C-terminal / : / MOSC domain / MOSC domain profile. / Ataxin-2, C-terminal / Ataxin-2 C-terminal region / 30S ribosomal protein S31, plant / Ribosomal protein S31e / : / Ribosome biogenesis GTPase RsgA / RsgA GTPase domain / RsgA GTPase / EngC GTPase domain profile. / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, HIBYL-CoA-H type / Ribosomal protein MRP10, mitochondrial / Eukaryotic mitochondrial regulator protein / Enoyl-CoA hydratase/isomerase domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Small ribosomal subunit protein mS41 SAM domain / IGR protein motif / IGR / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / Pentatricopeptide repeat domain / : / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Pentatricopeptide repeat / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / 30S ribosomal protein / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Ribosomal protein S19, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S2, conserved site / : / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S5, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS3m / Small ribosomal subunit protein bS18c / BnaC06g06470D protein / 30S ribosomal protein S16 / S5 DRBM domain-containing protein / Ribosomal protein S21 / Uncharacterized protein / 30S ribosomal protein S31, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS29 / Small ribosomal subunit protein uS10 domain-containing protein ...Small ribosomal subunit protein uS3m / Small ribosomal subunit protein bS18c / BnaC06g06470D protein / 30S ribosomal protein S16 / S5 DRBM domain-containing protein / Ribosomal protein S21 / Uncharacterized protein / 30S ribosomal protein S31, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS29 / Small ribosomal subunit protein uS10 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Ribosomal protein S2 / EngC GTPase domain-containing protein / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein uS15c / Small ribosomal subunit protein mS41 SAM domain-containing protein / 40S ribosomal protein S15a / Small ribosomal subunit protein uS14m / Small ribosomal subunit protein mS23 / Ribosomal protein S11 / Small ribosomal subunit protein uS17c / MOSC domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein mS35 mitochondrial conserved domain-containing protein / RRM domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein mS38 / PROP1-like PPR domain-containing protein / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase / Uncharacterized protein / (rape) hypothetical protein / IMS import disulfide relay-system CHCH-CHCH-like Cx9C domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein uS19m / Small ribosomal subunit protein uS12m / Ribosomal protein S4
類似検索 - 構成要素
生物種Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Waltz F / Skaltsogiannis V / Giege P
資金援助 ドイツ, スイス, 2件
OrganizationGrant number国
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
Swiss National Science Foundation210561 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural insights into cauliflower mitoribosome in translation state and in association with a late assembly factor.
著者: Vasileios Skaltsogiannis / Philippe Wolff / Tan-Trung Nguyen / Nicolas Corre / David Pflieger / Todd Blevins / Yaser Hashem / Philippe Giegé / Florent Waltz /
要旨: Ribosomes are key molecular machines that translate mRNA into proteins. Mitoribosomes are specific ribosomes found in mitochondria, which have been shown to be remarkably diverse across eukaryotic ...Ribosomes are key molecular machines that translate mRNA into proteins. Mitoribosomes are specific ribosomes found in mitochondria, which have been shown to be remarkably diverse across eukaryotic lineages. In plants, they possess unique features, including additional rRNA domains stabilized by plant-specific proteins. However, the structural specificities of plant mitoribosomes in translation state remained unknown. We used cryo-electron microscopy to provide a high-resolution structural characterization of the cauliflower mitoribosome, in translating and maturation states. The structure reveals the mitoribosome bound with a tRNA in the peptidyl site, along with a segment of mRNA and a nascent polypeptide. Moreover, using structural data, nanopore sequencing and mass spectrometry, we identify a set of 19 ribosomal RNA modifications. Additionally, we observe a late assembly intermediate of the small ribosomal subunit, in complex with the RsgA assembly factor. This reveals how a plant-specific extension of RsgA blocks the mRNA channel to prevent premature mRNA association before complete small subunit maturation. Our findings elucidate key aspects of translation in angiosperm plant mitochondria, revealing its distinct features compared to other eukaryotic lineages.
履歴
登録2024年4月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月18日-
マップ公開2026年3月18日-
更新2026年3月18日-
現状2026年3月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50014.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50014.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 775.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.89 Å/pix.
x 588 pix.
= 524.878 Å		0.89 Å/pix.
x 588 pix.
= 524.878 Å		0.89 Å/pix.
x 588 pix.
= 524.878 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.89265 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0377
最小 - 最大-0.5723365 - 1.0586492
平均 (標準偏差)-0.00063157093 (±0.023356847)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ588588588
Spacing588588588
セルA=B=C: 524.87823 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50014_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50014_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_50014_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Small subunit of the flowering plant mitochondrial ribosome in pr...

全体名称: Small subunit of the flowering plant mitochondrial ribosome in presence of RsgA
要素
  • 複合体: Small subunit of the flowering plant mitochondrial ribosome in presence of RsgA
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS3m
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: S5 DRBM domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: bS6m
    • タンパク質・ペプチド: uS7m,Small ribosomal subunit protein uS7m,Small ribosomal subunit protein uS7m
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S15a
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS10 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: uS13m
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS14m
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS15c
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS17c
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS18c
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS19m
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S21
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S31, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein mS23
    • タンパク質・ペプチド: mS26
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein mS29
    • タンパク質・ペプチド: BnaC06g06470D protein
    • タンパク質・ペプチド: MOSC domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial 28S ribosomal protein S34
    • タンパク質・ペプチド: EngC GTPase domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein mS35 mitochondrial conserved domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: IMS import disulfide relay-system CHCH-CHCH-like Cx9C domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein mS38
    • タンパク質・ペプチド: IGR domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: mS45
    • タンパク質・ペプチド: mS47
    • タンパク質・ペプチド: (rape) hypothetical protein
    • タンパク質・ペプチド: PROP1-like PPR domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: RRM domain-containing protein
    • RNA: 18S rRNA
  • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS12m
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: Small subunit of the flowering plant mitochondrial ribosome in pr...

超分子名称: Small subunit of the flowering plant mitochondrial ribosome in presence of RsgA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10, #12-#37
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)

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分子 #1: Ribosomal protein S2

分子名称: Ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: GWHPBJSH046906 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 23.743545 KDa
配列文字列: MTLHGAVIQK LLNTGSHLGR RAAEHHFKQY AYGTRNGMTI IDSDKTLICL RSAASFVANL ASARGNIFFV NTNPLFDEIV ELTSRRIQG DAYNHNRSTN LWKMGGFLTN SYSPKKFRSR HKKLCFGPTT MPDCVVVFDA ERKSSVVLEA AKLQIPVVAI V DPNVPLEF ...文字列:
MTLHGAVIQK LLNTGSHLGR RAAEHHFKQY AYGTRNGMTI IDSDKTLICL RSAASFVANL ASARGNIFFV NTNPLFDEIV ELTSRRIQG DAYNHNRSTN LWKMGGFLTN SYSPKKFRSR HKKLCFGPTT MPDCVVVFDA ERKSSVVLEA AKLQIPVVAI V DPNVPLEF FEKITYPVPA RDSVKFVYLF CNVITKCFVA EQMKMGIKDG DLAA

UniProtKB: Ribosomal protein S2

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分子 #2: Small ribosomal subunit protein uS3m

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS3m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: GWHPBJSH000741 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 64.731312 KDa
配列文字列: MARKGNPISV RLGKNRSSDS SWFSDYYYGK FVYQDVNLRS YFGSIRPPTR LTFGFRLGRC ILLHFPKRTF IHFFLPRRPR RLKRREKTR PGKEKGRWWT TFGKAGPIGC LRDDTEEERN EVRGRGARKR VESIRLDDRK KQNEIRGWPK KKQRYGYHDR S PSIKKNLS ...文字列:
MARKGNPISV RLGKNRSSDS SWFSDYYYGK FVYQDVNLRS YFGSIRPPTR LTFGFRLGRC ILLHFPKRTF IHFFLPRRPR RLKRREKTR PGKEKGRWWT TFGKAGPIGC LRDDTEEERN EVRGRGARKR VESIRLDDRK KQNEIRGWPK KKQRYGYHDR S PSIKKNLS KLLRISGAFK HPKYAGVVND IAFLIENDDS FKKTKLFKFF FPKKSRSDGP TSYLRTLPAV RPSLNFLVMQ YF FNTKNQM NFDPVVVLNH FVAPGAAEPS TMGRANAQGR SLQKRIRSRI AFFVESLTSE KKCLAEAKNR LTHFIRLAND LRF AGTTKT TISLFPFFGA TFFFLRDGVG VYNNLDAREQ LLNQLRVKCW NLLGKDKVME LIEKFKNLGG IEELIKVIDM MIEI ILRKR GIPYRYNSYF YEVKKMRSFL SNRTNTKTLI ESVKIKSVYQ SASLIAQDIS FQLKNKRRSF HSIFAKIVKE IPKRV EGIR ICFSGRLKDA AEKAQTKCYK HRKTSCNVFN QKIDYAPVEV STRYGILGVK VWISYSQKKG GRAISETYEI

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3m

+
分子 #3: Ribosomal protein S4

分子名称: Ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: GWHPBJSH000696 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 43.438488 KDa
配列文字列: MWLLKKLIQR DIDMSPLRFQ TCRLLLGNVW NRELTIIQRR ILRRLRNRKR SIKKRKIYSK KYLTSYIQLQ TTRKLSLFYG DLPITEMHR GTKRTSYIPF LLNLETRFDV ILLRLHFLET IPQARQLISH RRVCVNKGMV SITHLKLSHG DIISFQENNA I IRGEEIRR ...文字列:
MWLLKKLIQR DIDMSPLRFQ TCRLLLGNVW NRELTIIQRR ILRRLRNRKR SIKKRKIYSK KYLTSYIQLQ TTRKLSLFYG DLPITEMHR GTKRTSYIPF LLNLETRFDV ILLRLHFLET IPQARQLISH RRVCVNKGMV SITHLKLSHG DIISFQENNA I IRGEEIRR SFYKEILVEK IIGKLLHQPL RMWRRSKTEW FHLLKTKRGC RLLLKSRFLQ QLRSSMQEED LERTKKFGSE KV CLGSSFA EHKRMKRNLL KSLFLSKRRK EKNLNLPTRT ISPIVYNSSL SLYSNSTYCF ASPHKLTMKR RIKRIELPTH YLE VNYRTP KAVVFYGPNI GHIPHDIRLK DLNLLLWSRN GRGQNI

UniProtKB: Ribosomal protein S4

+
分子 #4: S5 DRBM domain-containing protein

分子名称: S5 DRBM domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: GWHPBJSH015007 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 58.296727 KDa
配列文字列: MSFRTRASSW TRLLLRRNPR SSFSRQISSL DASGSAFPGR ITPWISSQTH RFSSATTISP AEADRVVRDL LAEVEKEKQR EREERQRQG LDCKDIDDED EDEEDYLGIE PFIEKLKKQN LKDDGELNRR EESSDSDSEL DEVDWDEERK KEDMFNKKFQ R HKELLQTL ...文字列:
MSFRTRASSW TRLLLRRNPR SSFSRQISSL DASGSAFPGR ITPWISSQTH RFSSATTISP AEADRVVRDL LAEVEKEKQR EREERQRQG LDCKDIDDED EDEEDYLGIE PFIEKLKKQN LKDDGELNRR EESSDSDSEL DEVDWDEERK KEDMFNKKFQ R HKELLQTL TKSETLDEAY KWMTKLDKFE EKHFKLAPEY RVIGELMNRL KVAEGKDKFI LQQKINRAMR LVEWKEAFDP NN PANYGVI ERDNVQGGEE KEERLVADGS KDDNDDNEEE FDDMKERDDI LLEKLNAIDK KLESKLSELD HTFGKKGKRL EEE IRDLAE ERNALTEKKR QPLYRKGYDV HVIDVKKVAK VTKGGRVERY TALMVCGNYE GVIGYAKAKA ETGQSAMQKA YEKC FQNLH YIERHEEHTI AHAIQTSYKK TKLYLWPAPT TTGMKAGRVV KTMLLLAGFK NIKSKVIGSR NSYNTVKAVL KALNA VETP KDVQEKFGRT VVEKYLL

UniProtKB: S5 DRBM domain-containing protein

+
分子 #5: bS6m

分子名称: bS6m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 16.011447 KDa
配列文字列:
MPLYDCMLLF KPIIRKEGLI DLVARIGKHV YSKNGVLTEV KSFGKVELGY GIKKLDGRHY QGQLMQITMM ATPNINKELH YLNKDDKLL RWLLVKHRDI KIGSSEMEDR QDDSNRVTNR SLYDESSTDE DDDILGLSR

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #6: uS7m,Small ribosomal subunit protein uS7m,Small ribosomal subunit...

分子名称: uS7m,Small ribosomal subunit protein uS7m,Small ribosomal subunit protein uS7m
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6
詳細: ...詳細: GWHPBJSH000704,GWHPBJSH000704,GWHPBJSH000704,GWHPBJSH000704,GWHPBJSH000704,GWHPBJSH000704,GWHPBJSH000704,GWHPBJSH000704,GWHPBJSH000704,GWHPBJSH000704,GWHPBJSH000704,GWHPBJSH000704,GWHPBJSH000704,GWHPBJSH000704,GWHPBJSH000704,GWHPBJSH000704
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 17.955059 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) GGLDGEQKLL IKKLVNFRMK EGKRTRVRAI VYQTFHRPA RTERDVIKLM VDAVENIKPI CEVAKVGVAG TIYDVPGIVA RDRQQTLAIR WILEAAFKRR ISYRISLEKC S FAEILDAY ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) GGLDGEQKLL IKKLVNFRMK EGKRTRVRAI VYQTFHRPA RTERDVIKLM VDAVENIKPI CEVAKVGVAG TIYDVPGIVA RDRQQTLAIR WILEAAFKRR ISYRISLEKC S FAEILDAY QKRGSARRKR ENLHGLASTN RSFAHFRWW

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分子 #7: 40S ribosomal protein S15a

分子名称: 40S ribosomal protein S15a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 詳細: GWHPBJSH002412 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 14.874127 KDa
配列文字列:
MGRRILNDAL RTIVNAERRG KASVELKPIS TVMSSFLRIM KEKGYIKNFQ VHDPHRVGRI TVDLQGRVND CKALTYRQDV KAKEIEEYT ERTLPTRQWG YVVVTTPDGI LDHEEAIKRN VGGQVLGFFY

UniProtKB: 40S ribosomal protein S15a

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 詳細: GWHPBJSH080139 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 42.32841 KDa
配列文字列: MLSRLFLRSS NLRLATLVSS KSNSQIFSSF IRPLSTNSSG GGGGNDSGNG GNRNDAPWSF SGVNDGKSDP FSSFESGSPG GDGKWPKEE PKRWNMKEEG DEKAVFGDVS NGFGDVKSSG WDVSSKPWDL KEDEEDGKVV FDTSGEMPVS FDNSLVNEEE E RAKKELFE ...文字列:
MLSRLFLRSS NLRLATLVSS KSNSQIFSSF IRPLSTNSSG GGGGNDSGNG GNRNDAPWSF SGVNDGKSDP FSSFESGSPG GDGKWPKEE PKRWNMKEEG DEKAVFGDVS NGFGDVKSSG WDVSSKPWDL KEDEEDGKVV FDTSGEMPVS FDNSLVNEEE E RAKKELFE KEEKELTEVI KGPDRAFGDL IAKSGITDEM LDSLIALKDF QGVQGLPPLT EIENLRREKS SKKSSRAEIE LQ MQEEIAK ARVRQVDEAG RAYGTGRRKC SIARVWIVPG KGKFLVNDKE FDVYFPMLDH RAALLRPLAE TKTLGSWDIN CTV TGGGTT GQVGAIQLGI SRALQNWEPD MRTALRAAGF LTRDSRVVER KKPGKAKARK SFQWVKR

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分子 #9: Small ribosomal subunit protein uS10 domain-containing protein

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS10 domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 詳細: GWHPBJSH050210 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 25.251248 KDa
配列文字列: MIGVLRRSSL PSRHALSAAL TSFDSGLSLN ITSAATGASV KLNLVGNGST LSSASFVISA RDFHIRSEPS MVSPAKISFR GYATGSESS IGDSAKIKIS PENVKPLSKK KKGGGESTSK IKGTRICIAI RSFDNPEKEA WCLPPHSRYA AMPDTRTLYT V LRSPHVDK ...文字列:
MIGVLRRSSL PSRHALSAAL TSFDSGLSLN ITSAATGASV KLNLVGNGST LSSASFVISA RDFHIRSEPS MVSPAKISFR GYATGSESS IGDSAKIKIS PENVKPLSKK KKGGGESTSK IKGTRICIAI RSFDNPEKEA WCLPPHSRYA AMPDTRTLYT V LRSPHVDK KSREQFEMRF KKRFLVIKAQ SHELSNKLFW LKRYRILGAQ YELQFHCKTR LDMSPVLGSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10 domain-containing protein

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分子 #10: Ribosomal protein S11

分子名称: Ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 詳細: GWHPBJSH051931 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 33.108223 KDa
配列文字列: MNGVSRHLRA SSLPSLIRSY GGIKSVCRFS CQSDGSSGGR FGEQGRVPGD SENKSGLPDP NASPSKSFSE MRSGLLNKIG DGGYSAPNA PPTFRNPLRS RLPNTLPSQS GQMNQEGLPN TGGTGFSAPS YQSFTQSNLL KDNFRTGGIS KDLDFVRGVI E DDEGRRAT ...文字列:
MNGVSRHLRA SSLPSLIRSY GGIKSVCRFS CQSDGSSGGR FGEQGRVPGD SENKSGLPDP NASPSKSFSE MRSGLLNKIG DGGYSAPNA PPTFRNPLRS RLPNTLPSQS GQMNQEGLPN TGGTGFSAPS YQSFTQSNLL KDNFRTGGIS KDLDFVRGVI E DDEGRRAT GLFSHFHRPN LETNADIIHI KLLRNNTFVT VTDSKGNVKC KATSGSLPDL KGGRKMTSYT ADATAENIGR RV KAMGLKS VVVKVNGFTH FKKKRNAIVA FRSGYSNSRN DQNPIVYIED TTRKAHNGCR LPRKRRV

UniProtKB: Ribosomal protein S11

+
分子 #11: Small ribosomal subunit protein uS12m

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS12m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 詳細: GWHPDUBS019876 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
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配列文字列:
MPTFNQLIRH GREEKRRTDR TRALDKCPQK LGACLRVSTR TPKKPNSALR KIAKVRLSNR HDIFAYIPGE GHNLQEHSQV LIRGGRVKD LPGVKFHCIR GVKDLMGIPG RRRGRSKYGA EKPKSI

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12m

+
分子 #12: uS13m

分子名称: uS13m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 詳細: GWHPBJSH064799 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 17.398301 KDa
配列文字列:
MLGLRRSAAT LFDHSQSLLR NLSFHGLRVQ GIRVGNAEVP NHKPLKTGLQ EVYGIGRRKS HQVLCGLGIT NKLARDLTGK ELIDLREEV GMHQHGDELR RRVGSEIQRL VEVDCYRGSR HRHGMPCRGQ RTKTNARTKK GKRVAIAGKK KAPRK

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #13: Small ribosomal subunit protein uS14m

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS14m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 詳細: GWHPDUBS019475 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
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MANLRGVLTN VSSYCQRSFS QSALLWRSAV KPPNNLAQIQ SRQISTSLAK HSGTEQGVKR NSADHRRRLL AARFELRRKL YKAFCKDPE LPSEMREKNR YKLSKLPRNS AFTRIRNRCV FTGRSRSVTE LFRMSRICFR GLANKGELVG IKKSSW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14m

+
分子 #14: Small ribosomal subunit protein uS15c

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS15c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 詳細: GWHPBJSH065138 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
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MAFHLARRKQ RLHSNPYLIH LFSTSSSSAS PQDGNESGEQ QPSQSPSDFK ISSYFSGIKS SLKQQPQHQA QDGRRQLAGF DPKAPSFSG SGGDFQDVRR NLNEFRRRAA APPARDLQDL YKQNVLSKSG DLGAGKVEGS PFENLKKNLR QMRPQETRWS N LSSLQSIM KAKDSGNVRS NVFGGGEGLP ISVFGEEIEE RKKMGDDSEE MKSEFIKSYN TKELGEILRQ YRPEGKREEG WF SLQELNQ RLVKLREVEE AAAQGARKGI AFDDLRSEIQ QARKSQAFQN LDFFSVLNGT PKYLLEPPKD ELVQTYFHPD NMS SAEKMK IELAKVREEF KMSESDCGSA RVQVAQLTTK IKHLSSVLHK KDKHSKKGLI AMVHRRKKLL KYMRRTDWDS YCLS LSKLG LRDNPDYKF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15c

+
分子 #15: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / 詳細: GWHPBJSH018119 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
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MVVRLRLSRL GCKNRPFFRV MATDSRSPRD GKHIEVLGYF NPLPGQDGGK RMGLKFDRIK YWLSVGAQAS DPVQRLLFRS GLLPPPPMV AMGRKGGERD TRPVDPMTGR FVDAEKKTPV IIDNQPKEED NAQDKSP

UniProtKB: 30S ribosomal protein S16

+
分子 #16: Small ribosomal subunit protein uS17c

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS17c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / 詳細: GWHPBJSH049400 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 12.090024 KDa
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MKPVIGTVVS NKMQKSVVVA VDRLFHNKLY NRYVKRTSKF MAHDETNACN IGDRVKLDPS RPLSKHKNWI VAEIIKKARI YSPQAAAAA ALSFSAAKSP SESSVPPVSS S

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17c

+
分子 #17: Small ribosomal subunit protein bS18c

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS18c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / 詳細: GWHPBJSH076274 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 27.106117 KDa
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MKLAHSAIRS LSDVASFQTC RPFVSRSLST NANQDDWMFG GKDEKANSFF QHLGKAEKDK RDYTGFSRSQ GNGSRFDPSS DGVDGKLKE AALIYNVDDD EGVKDGYSFR PDVNSWGVNQ FPRDMNFRRQ MQRPRQNNKA EITTEEVLKK ADFRNVRFLA Q FITEAGIL VKRKQTGISA KAQRKIAREI KTARAFGLMP FTTMGTKAFT FGKTMENRDQ DFEYEVIDDD DEYDDNTPE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18c

+
分子 #18: Small ribosomal subunit protein uS19m

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS19m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 23.675223 KDa
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MAFCTKLGGH WKQGVNVPVS SMLGSLRYMS TKLYIGGLSP GTDEHSLKDA FSSFNGVTEA RVMTNKVTGR SRGYGFVNFI SEDSANSAI SAMNGQELNG FNISVNVAKD WPSLPLSLDE SIEEAEKKEN KMMSRSVWKD PFVDAFLMKK KNAALNRKIW S RRSTILPE YVDSAVRIYN GKTHVRCKIT EGKVGHKFGE FAFTRKVKKH AKAK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19m

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分子 #19: Ribosomal protein S21

分子名称: Ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / 詳細: GWHPBJSH012122 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 11.541774 KDa
配列文字列:
MNTIAKRVTG LLTRPSHSQL QQERGIRVKV FSGDLDKALT ILQRKMQSSG MERLIKAQQT HHIKNSEKKV LARKNLERKI KSIDFARKL QSILIKKVRG L

UniProtKB: Ribosomal protein S21

+
分子 #20: 30S ribosomal protein S31, mitochondrial

分子名称: 30S ribosomal protein S31, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / 詳細: GWHPDUBS022287 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 10.524609 KDa
配列文字列:
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UniProtKB: 30S ribosomal protein S31, mitochondrial

+
分子 #21: Small ribosomal subunit protein mS23

分子名称: Small ribosomal subunit protein mS23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / 詳細: GWHPBJSH071753 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 21.934494 KDa
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MSWMKGDLLS KTRRLVGGLA TREPVWLKAM EASPPPVFPR SNGNLKKIVL PEDPYVRRFA RKHPEAKLVE PNKVSAFIPD QARVYGCRV LELTKNGISE DDAMSVANME YLAERKEKKK AYKRLKELAV LQDKAPPPKP YLSTKKEMQT QEKKPPTDPP S VRRLVNQL KQQKDVLLQD KPGGSANQDH WIDE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS23

+
分子 #22: mS26

分子名称: mS26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / 詳細: GWHPBJSH068774 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 23.093625 KDa
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MSLCNQLSRL VKQSPLTKQS LRSFSAEAAT HHRHHQETHS FLEPESYIGS WEAPKDPKDA ERMLAQLRRD YAKKVSLYRK DYVHEIEML RVEKQRKDEA RLVAERAANE ERRRLKAEAA KVRAEERKIF QDEFRKTLMK ERAEKLEFWR MTGLKREEKK K ARKKLLHE QSSLWIEPKE LEKKITEALV DSTTL

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #23: Small ribosomal subunit protein mS29

分子名称: Small ribosomal subunit protein mS29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / 詳細: GWHPBJSH054439 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 54.288594 KDa
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MFRSVVRITS RNFNLNRRSL IPNDAVSHFP SPPSASAATL IPSLDHAHRR RFSSSKSTKS SITKTKKSEG KKSKSKGGES GAAAGAEDG EFGGSAGDDL EAGRAKRLAD DEKTPSLDVG PNGRPLFTPR DVTLSKLSQK DIGSYFNFDE AALKAVLPEG L ASGIEDEF KESWRPALLV RKSFLDLRDN FRRIADPPMW PSEGKGGVKP KKQIILDGPV KSGKSIALAM LVHWARDEGW LV LYAPKGR DWTHGGYFYK NQHTGFWDTP LQAESILKDF VKFNEPRLRE LRCNVYDPIV LGEGAGVGYL KGQETMPIPE DST LYDLVQ MGINSTHAAV SVVVRLRKEL SLVKDVPVLI AIDQYNNWFT FSEFEEPVTP RSCRPIHARE LTTVNAFRSM MHDD MMVGA FSHSTAVGKL RKDLPDVPAD ARQNFPRYSL DEAEAVCYYY LRQRLVRREV FSEENWKKIY YLANGNGAEM RWLVP FMR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS29

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分子 #24: BnaC06g06470D protein

分子名称: BnaC06g06470D protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / 詳細: GWHPBJSH057126 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 53.476242 KDa
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MRGAIGRRLS NPSNGFSLAS IVKHTPFLVQ PTSHFSSSSS DGGAVRGRGR GRGGSGSPAA GAGQFGFNRE PEKANEPVGQ ARGSSESQS PGGYGHGRGR PIQSDPISPP FSSFVKPDSH SVGRGRGSLR SDPVSPFSPE PPRHPAPPQP QQPRFEPAKD G VQGSPPFA KLEATKDATS PPPPPPPGAP NNISNALGSG AGRGKPFVQN EDNRHIQRSP QPLQRQKRVQ PPKDTTPRPQ LS PEEAGRR ARSQLSRGEA EGGSGGGVRG RGGGRGRGRG ARGRGRGRGG EGWRDDKKEE EAEQEALSVF VGDNADGEKF AKK MGDEIM AKLAEGYEDI CERALPSTAH DALVDAYDTN LMIECEPEYL MPDFGSNPDI DEKPPMPLRE CLEKVKPFIV ALEG IKDQE EWEEAIGEAM AEAPRMKEIV DHYSGPDRVT AKKQNEELDR IATTVPQSAP DSVKRFADRV ALSLKSNPGW GFDKK YQFM DKLVLEVSQN YK

UniProtKB: BnaC06g06470D protein

+
分子 #25: MOSC domain-containing protein

分子名称: MOSC domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / 詳細: GWHPDUBS036572 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 11.631559 KDa
配列文字列:
MASGSLKNLV TSAVTVGVTE ARARIFGHML NPTGQRSPHK ILRKKLFGDK VAEWYPYDIK NEDPNVLARE EKERLSKLEM LKRRNKGPP QKGHGRRAAK RNK

UniProtKB: MOSC domain-containing protein

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分子 #26: Mitochondrial 28S ribosomal protein S34

分子名称: Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / 詳細: GWHPBJSH018393 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 16.650186 KDa
配列文字列:
MAATLMNRAI SRTETVGAFR LSLNLLRNFS APAAAAAASP STENPSSDSI KPKRRKKKNL IEVAQFLPNW GIGYHMAKAH WNGVSYEIT KINLYKDGRH GKAWGIVHKD GLRAAEAPKK ISGVHKRCWK YIPNLSKTTP ATTGSAPAAE VQAA

UniProtKB: Mitochondrial 28S ribosomal protein S34

+
分子 #27: EngC GTPase domain-containing protein

分子名称: EngC GTPase domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / 詳細: GWHPBJSH063220 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 55.785578 KDa
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MQISSLSIIR HSSPFLLRRA SIHHGGCGVR LGTGIGIRRS FHLLTLSARR DNPDVSRKPH PSKNMLRAKH IGKDHSSLAP VLSPDHNPS LLPSQAIGTV ATAQANFMRV VVQDGDGDGD DRSSSTSSSK DGVELLCVVR AVLKKIRRRV LVGDKVLVGS I DWVDRRGM IENVFQRRSE ILDPPVANVD HLLVLFSLDQ PKLEPFTLTR FLVEAESTGI PLTLALNKCE LITEEELESW KM RLRGWNY EPFFCSVGTK EGLDAIAFVL RNQTSVIVGP SGVGKSSLIN ILRSSSGGGD VEDENWFEPI IGNKWFEDQR VGE VSTRSG RGKHTTRNVS LLPITEGGYL ADTPGFNQPS LLKVTKHSLA LCFPEIRKMI EEEKCGFKDC LHIGEPGCVV KGEW ERYPY YLQLLDEIRV REEFQLRTFG TKREGDVRYK VGGMGVKQAE PRLMPKKHRR ESRKKVKQTM ISELDEYEDE ESDLD IEDD PIVQAIENEK ER

UniProtKB: EngC GTPase domain-containing protein

+
分子 #28: Small ribosomal subunit protein mS35 mitochondrial conserved doma...

分子名称: Small ribosomal subunit protein mS35 mitochondrial conserved domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / 詳細: GWHPBJSH049245 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 48.589312 KDa
配列文字列: MRGALFRNAS LCARRLLLSP RINTHQPSSS SNARFVAPIA TPFPPRLFSS ESDSSGENPP PPPESSSPIE SSNKKDLAVE DVGNKELKA RIEKYFNEGN EDALPGIIEA LLQRRLADKH ADTDDEVMDS LQNQPFKDDV KDEDFESDFE EAHSTDDELE D LYNSPEYV ...文字列:
MRGALFRNAS LCARRLLLSP RINTHQPSSS SNARFVAPIA TPFPPRLFSS ESDSSGENPP PPPESSSPIE SSNKKDLAVE DVGNKELKA RIEKYFNEGN EDALPGIIEA LLQRRLADKH ADTDDEVMDS LQNQPFKDDV KDEDFESDFE EAHSTDDELE D LYNSPEYV KKKMQNNEFF NMDEKKWDVI VRDGIRHGIL KDTKECEEIL EDMLHWDKLL PDDLKKKVEA KFNELGDMCE RG EIEPEAA YELFKEFEDE MVIQYGDQME AAGPPKFDET DPSYSNTNLD DPPGKGPILR WQSRIVFAPG GDAWHPKNRK VKL SVTVKE LGLSKHQARR LRELVGKRYD SGKDELTITS ERFEHREENR KDCLRTLYGL IEEAAKANKI AEDIRTAYVK QRLQ ANPAF MQKLQAKIMR SKESNPINA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS35 mitochondrial conserved domain-containing protein

+
分子 #29: IMS import disulfide relay-system CHCH-CHCH-like Cx9C domain-cont...

分子名称: IMS import disulfide relay-system CHCH-CHCH-like Cx9C domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 9.227926 KDa
配列文字列:
MGRKAGNLYI NPKKLGNLAK PCMKEMVSFL NCMALNNIKD DKCEKQKQLL SVCMQGQSDH KNKSWGNINY HLQRLTRGRK

UniProtKB: IMS import disulfide relay-system CHCH-CHCH-like Cx9C domain-containing protein

+
分子 #30: Small ribosomal subunit protein mS38

分子名称: Small ribosomal subunit protein mS38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / 詳細: GWHPDUBS042575 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 14.562171 KDa
配列文字列:
MANLMQRFIR NQSCLRAIPK LTPNLIPHQK PCIIINNNVE SPFPLTNPVI AFSGSGIKPD EALRFYPSFP IGYGLNPSVV HGSGLTDTV VEEKEKEVVI HADSVKKKRK KKMNKHKYRK LRKKQGRKS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS38

+
分子 #31: IGR domain-containing protein

分子名称: IGR domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / 詳細: GWHPBJSH068514 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 12.49895 KDa
配列文字列:
MAWMQMIQSA RFLRKTQPFS TPSLARFYSK PAPYAVKVGI PEFLSGIGGG VETHVARLET ELGDLSKLLV TRTLKLKKFG IPCKHRKLI LKYSQKYRLG LWKPRADAIK A

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS41 SAM domain-containing protein

+
分子 #32: mS45

分子名称: mS45 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / 詳細: GWHPBJSH025481 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 44.013531 KDa
配列文字列: MFKLSRMIPR LQSVSLNPST TASGSLIENA PRIFQSLGNR AFSGKSSSDG SGSNENGWDI ATGGSFGGGT TGGSDDLDWD HKSMWSTGL SKEHFDGVSV GRQNPSSENA VSDSGDVMSK LGPREVAMVN EMNEYDDMIK EIEKDNRHSR VFVDGIKQKM M EMSVLLKQ ...文字列:
MFKLSRMIPR LQSVSLNPST TASGSLIENA PRIFQSLGNR AFSGKSSSDG SGSNENGWDI ATGGSFGGGT TGGSDDLDWD HKSMWSTGL SKEHFDGVSV GRQNPSSENA VSDSGDVMSK LGPREVAMVN EMNEYDDMIK EIEKDNRHSR VFVDGIKQKM M EMSVLLKQ VKEPGARGSY LKDSEKTEMY RLHKENPEVY TVERLAKDYR IMRQRVHAIL FLKEDEEEEE RKLGRPLDDS VE RLLDEYP EFFVSHDREF HVASLSYKPD FKVMPEGWDG TIKDMDEVHY EISKKEDDIL YEEFLRRFEF NKLKWKGEVK CHK YSRRRS SDGWKITVEK LGPQGKRGNG GGWKFVSLPD GSSRPLNEVE KMYVKREAPR RRRKILP

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #33: mS47

分子名称: mS47 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / 詳細: GWHPBJSH021410 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 45.518668 KDa
配列文字列: MQTVRALRRV TKPSQWVRSV SQGKRSFSAL PNFSASDADV QDQVSVEGKA KSRAAILDRP SSLNALSAPM VGRLKRLYES WEENPAISF VLMKGSGKTF CSGADVLPLY HSINEGNTEE CKHFFGSLYN FVYLQGTYLK PNIAIMDGVT MGCGGGISIP G MFRVATDK ...文字列:
MQTVRALRRV TKPSQWVRSV SQGKRSFSAL PNFSASDADV QDQVSVEGKA KSRAAILDRP SSLNALSAPM VGRLKRLYES WEENPAISF VLMKGSGKTF CSGADVLPLY HSINEGNTEE CKHFFGSLYN FVYLQGTYLK PNIAIMDGVT MGCGGGISIP G MFRVATDK TVLAHPEVQI GFHPDAGASY YLSRLPGYLG EYLALTGQKL DGVEMIACGL ATHFCLHSRL GMVEERIGKL LT DDPTVIE ASLAQYSDLV YPDNTSVLHK IEMIDRYFGL DTVEEIIEAM ENEVADSGNE WCKKTLKQVK EASPLSLKIT LQS IREGRF QTLDQCLTRE YRISLCGVSK TVSGDFCEGI RARLVDKDFA PKWDPPRLED VSKDMVDCYF SPATDADDSE SELK LPTAQ REPYF

UniProtKB: 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase

+
分子 #34: (rape) hypothetical protein

分子名称: (rape) hypothetical protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / 詳細: GWHPBJSH050066 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 43.364805 KDa
配列文字列: MQYLSNSRRI ARALKPLALL EADVRFASHV VDSTQWQNHR SPSVSVSPGM NTQSHMTGLM MLRSSFSSEA KLVEDPTEAV KELHGKILD SVNVKRSMPP NALLWSLIEN CRKEDDISFL FDALQNLRRF RLSNLRIHDN FNCNLCRQVA KTCVRVGAIN H GKRALWKH ...文字列:
MQYLSNSRRI ARALKPLALL EADVRFASHV VDSTQWQNHR SPSVSVSPGM NTQSHMTGLM MLRSSFSSEA KLVEDPTEAV KELHGKILD SVNVKRSMPP NALLWSLIEN CRKEDDISFL FDALQNLRRF RLSNLRIHDN FNCNLCRQVA KTCVRVGAIN H GKRALWKH NVHGLTPSVA SAHHLLSYAL EHKNSNLMDE VMKLLKANDL PLQPGTADLV FRICHETDSW DLLAKYSKKF CK AGVKLRK TTFDVWMEFA AKRGDTESLW KVDKLRSETY TQHTLSAAFS CAKGFLLEHK PEEAAAVIQI ICQAYPDEKK SAL EAEFKK LVNEWPVDVL KHQNEEDKKA VAASLKSDIP AMVNALVNSG LRVSVDLDEL NKNEALLS

UniProtKB: (rape) hypothetical protein

+
分子 #35: PROP1-like PPR domain-containing protein

分子名称: PROP1-like PPR domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 82.64882 KDa
配列文字列: MKSFLLSRQA IHRISLLSSK TPTFCRNFSA ITSTISHSDR HLRSYDEQTP FQNVEIPRPI SSFNRYFHFT RESRLSESSA AIDDSNDQE EDDEDGTTNE FLSRFVWIMR GKVSEAYPDC DKKMIDGMLL LIVEKVVEEI ERGGFNKVGS APPSPSSEFS D DLWATIWE ...文字列:
MKSFLLSRQA IHRISLLSSK TPTFCRNFSA ITSTISHSDR HLRSYDEQTP FQNVEIPRPI SSFNRYFHFT RESRLSESSA AIDDSNDQE EDDEDGTTNE FLSRFVWIMR GKVSEAYPDC DKKMIDGMLL LIVEKVVEEI ERGGFNKVGS APPSPSSEFS D DLWATIWE VSNTVLKDME KERKKEKMKQ YVQSPEVMEM CRFAGEIGIR GDLLRELRFK WAREKMDDAE FYESLEQQRD LD NSIRESE TVDGEVEEEG FVPSDEVESR SISLPKRKGK LKYKIYGLEL SDPKWVEMAD KIHEAEEEAD WREPKPVTGK CKL VMEKLE SLQEGDDPSG LLAEWAELLE PNRVDWIALI NQLREGNTHA YLKVAEGVLD EKSFNASISD YSKLIHIHAK ENHI EDVER ILKKMSQNGI FPDILTATAL VHMYSKSGNF ERATEAFENL KSYGLRPDEK IYEAMILGYV NAGKPKLGER LMKEM QAKE LKASEEVYMA LLRAYAQMGD ANGAAGISSS MQYASDGPLS FEAYSLFVEA YGKAGQVDKA KSNFDEMRKL GHKPDD KCI ANLVRAYKGE NSLDKALRLL LQLEKDGIEI GVITYTVLVD WMANLGLIEE AEQLLVKISQ LGEAPPFELQ VSLCCMY SG VRNEKKTLQA LGVLEAKRDQ MGPNEFDKVI SALKRGGFEK DARRMYKYME ARKFLPSQRL QMDMVAPPRA FGSGSGRV R RFNS

UniProtKB: PROP1-like PPR domain-containing protein

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分子 #36: RRM domain-containing protein

分子名称: RRM domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / 詳細: GWHPBJSH080930 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 16.001051 KDa
配列文字列:
MHYMGLFSRA GNIFKQPRAM QAANAMLQGN LSLTPSKLFV GGLSPTTDVD ILKEVFGKFG KIVDVVVVSD RETGVSKGFG FVTYDSIDA ANKAMQQMND QELDGRIIGV NPADSGGGGG GFARRGGYGG GRGGFGRGGF GRGGFGRGGY NFVR

UniProtKB: RRM domain-containing protein

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分子 #37: 18S rRNA

分子名称: 18S rRNA / タイプ: rna / ID: 37 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
分子量理論値: 504.947344 KDa
配列文字列: CAUAGUCAAA AGAAGAGUUU GAUUCUGGCU CAGAAGGAAC GCUAGCUAUA UGCUUAACAC AUGCAAGUCG AACGUUGUUC UAAAAAAAA AAUUUUUUUU AAGAGUUGAG AACAAAGUGG CGAACGGGUG AGUAAGGCGU GGGAAUCUGC CGAACAGUUC G GGCUAAAU ...文字列:
CAUAGUCAAA AGAAGAGUUU GAUUCUGGCU CAGAAGGAAC GCUAGCUAUA UGCUUAACAC AUGCAAGUCG AACGUUGUUC UAAAAAAAA AAUUUUUUUU AAGAGUUGAG AACAAAGUGG CGAACGGGUG AGUAAGGCGU GGGAAUCUGC CGAACAGUUC G GGCUAAAU CCCGAAGAAA GCUAGAAAGC GCUGUUUGAU GAGCCUGCGU AGUAUUAGGU AGUUGGUUAG GUAAAGGCUG AC CAAGCCG AUGAUGCUUA GCUGGUCUUU UCGGACGAUC AGCCACACCG GGACUGAGAC ACGGCCCGGA CUCCCACGGG GGG CAGCAG UGGGGAAUCU UGGACAAUGG GCGCAAGCCU GAUCCAGCAA UAUUGCGUGA GUGAAGAAGG GCAAUUCCGC UCGU AAAGC UCUUUCGUCG AGUGCGCGAU CAUGACAUGA CUCGAGGAAG AAGCCCCGGC UAACUCCGUG CCAGCAGCC(G7M) C GGUAAAAC GGGGGGGGCA AGUGUUCUUC GGAAUGACUA GGCGUAAAGG GCACGUAGGC GGUUCAUCGG GUUGAAAGUG AA AGUCGUC AAAAAGUGGC GGAAUGCUUU CGAAACCACU GAACUUGAGU GAGACAGAGG AGAGUGGAAU UUCGUGUGGA GGG GUGAAA UCUACGGAUC UACGAAGGAA CGCCAAAAGC GAAGGCAGCU CUCUGGGUCU CUACCGACGC UGGUGUGCGA AAGC AUGGG GAGCGAACGG GAUUAGAUAC CCUGGUAGUC CAUGCCGUAA ACGAUGAGUG UUCGCCCUUG GUCUAUUCUG AUCUG GGGC UCAGCUAACG CGUUAAACAC UCCGCCUGGG GAGUACGGUC GCAAGACCAA AACUCAAAGG AAUUGACGGG GGCCUG CAC AAGCGGUGGA GCAUGUGGUU UAAUUCGAUA CAACGCGCAG AACCUUACCA GCCCUUGACA UAUGAACGAG AAACCCU AU CCUUAACGGG AUGGUACUGA CUUUCAUACA GGUGCUGCAU GGCUGUCGUC AGCUCGUGUC GUGAGAUGUU UGGUUAAG U CCUAUAACGA GCGAAACCCU CGCCUUGUGU UGCUCAGACA UGCGCCUAAG GAGAACUCCG AAACAAACAA AAAGGUGCG UGACGCACUC ACGAGGGACU GCCAGUGAUA UACUGGAGGA AGGUGGGGAU GACGUCAAGU CCGCAUGGCC CUUAUGGGCU GGGCCACAC ACGUGCUACA AUGGCAAUUA CAAUGGGAAG CAAGGCUGUA AGGCGGAGCG AAUCCGGAAA GAUUGCCUCA G UUCGGAUU GUUCUCUGCA ACUCGGGAAC AUGAAGUUGG AAUCGCUAGU AAUCGCGGAU CAGCAUGCCG CGGUGAAUAU GU ACCCGGG CCCUGUACAC ACCG(4OC)CCGUC ACACCCUGGG AAUUGGUUUC GCCCGAAGCA UCGGACCAAU GAUCACCCA GCACUUCUGU GUAACACUAG UCACACAAAG ACUUUUGGUG GUCUUAUUGA CGCAUACCAC GGUGGGGUCU UCGACUGGGG UGAAGUCG(UR3) AACAAGGUAG CCGUAGG(2MG)G(MA6) (MA6)CCUGUGGCU GGAUUAUCC

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分子 #38: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 10 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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分子 #39: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 85 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #40: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #41: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #42: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 50.96 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 165000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 931475
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 208855
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-9evt:
Structure of the small subunit of the flowering plant mitoribosome with the maturation factor RsgA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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