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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4942 | ||||||||||||
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タイトル | ClpB (DWB mutant) bound to casein in presence of ATPgammaS - state WT-2B | ||||||||||||
マップデータ | main cryoEM map of ClpB-DWB casein in presence of ATPgS - state WT-2B | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | disaggregase / proteostasis / AAA / CHAPERONE | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Bos taurus (ウシ) / Escherichia coli HVH 50 (4-2593475) (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Deville C / Saibil HR | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019 タイトル: Two-Step Activation Mechanism of the ClpB Disaggregase for Sequential Substrate Threading by the Main ATPase Motor. 著者: Célia Deville / Kamila Franke / Axel Mogk / Bernd Bukau / Helen R Saibil / 要旨: AAA+ proteins form asymmetric hexameric rings that hydrolyze ATP and thread substrate proteins through a central channel via mobile substrate-binding pore loops. Understanding how ATPase and ...AAA+ proteins form asymmetric hexameric rings that hydrolyze ATP and thread substrate proteins through a central channel via mobile substrate-binding pore loops. Understanding how ATPase and threading activities are regulated and intertwined is key to understanding the AAA+ protein mechanism. We studied the disaggregase ClpB, which contains tandem ATPase domains (AAA1, AAA2) and shifts between low and high ATPase and threading activities. Coiled-coil M-domains repress ClpB activity by encircling the AAA1 ring. Here, we determine the mechanism of ClpB activation by comparing ATPase mechanisms and cryo-EM structures of ClpB wild-type and a constitutively active ClpB M-domain mutant. We show that ClpB activation reduces ATPase cooperativity and induces a sequential mode of ATP hydrolysis in the AAA2 ring, the main ATPase motor. AAA1 and AAA2 rings do not work synchronously but in alternating cycles. This ensures high grip, enabling substrate threading via a processive, rope-climbing mechanism. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4942.map.gz | 59.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4942-v30.xml emd-4942.xml | 27.7 KB 27.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4942_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4942.png | 51.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-4942.cif.gz | 7.3 KB | ||
その他 | emd_4942_additional_1.map.gz emd_4942_additional_2.map.gz emd_4942_half_map_1.map.gz emd_4942_half_map_2.map.gz | 49.5 MB 40.4 MB 49.7 MB 49.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4942 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4942 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4942_validation.pdf.gz | 994.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4942_full_validation.pdf.gz | 993.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4942_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_4942_validation.cif.gz | 20.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4942 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4942 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6rn4MC 4621C 4622C 4623C 4624C 4625C 4626C 4627C 4940C 4941C 6qs4C 6qs6C 6qs7C 6qs8C 6rn2C 6rn3C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4942.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | main cryoEM map of ClpB-DWB casein in presence of ATPgS - state WT-2B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: non postprocessed cryoEM map of ClpB-DWB casein in...
ファイル | emd_4942_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | non postprocessed cryoEM map of ClpB-DWB casein in presence of ATPgS - state WT-2B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: cryoEM map filtered according to local resolution of...
ファイル | emd_4942_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | cryoEM map filtered according to local resolution of ClpB-DWB casein in presence of ATPgS - state WT-2B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: odd cryoEM half map of ClpB-DWB casein in...
ファイル | emd_4942_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | odd cryoEM half map of ClpB-DWB casein in presence of ATPgS - state WT-2B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: even cryoEM half map of ClpB-DWB casein in...
ファイル | emd_4942_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | even cryoEM half map of ClpB-DWB casein in presence of ATPgS - state WT-2B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : ClpB-DWB bound to casein in presence of ATPgammaS
全体 | 名称: ClpB-DWB bound to casein in presence of ATPgammaS |
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要素 |
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-超分子 #1: ClpB-DWB bound to casein in presence of ATPgammaS
超分子 | 名称: ClpB-DWB bound to casein in presence of ATPgammaS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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分子量 | 理論値: 570 KDa |
-超分子 #2: ClpB-DWB-K476C
超分子 | 名称: ClpB-DWB-K476C / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-超分子 #3: casein
超分子 | 名称: casein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
-分子 #1: Chaperone protein ClpB
分子 | 名称: Chaperone protein ClpB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli HVH 50 (4-2593475) (大腸菌) / 株: 4-2593475 |
分子量 | 理論値: 95.734172 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MRLDRLTNKF QLALADAQSL ALGHDNQFIE PLHLMSALLN QEGGSVSPLL TSAGINAGQL RTDINQALNR LPQVEGTGGD VQPSQDLVR VLNLCDKLAQ KRGDNFISSE LFVLAALESR GTLADILKAA GATTANITQA IEQMRGGESV NDQGAEDQRQ A LKKYTIDL ...文字列: MRLDRLTNKF QLALADAQSL ALGHDNQFIE PLHLMSALLN QEGGSVSPLL TSAGINAGQL RTDINQALNR LPQVEGTGGD VQPSQDLVR VLNLCDKLAQ KRGDNFISSE LFVLAALESR GTLADILKAA GATTANITQA IEQMRGGESV NDQGAEDQRQ A LKKYTIDL TERAEQGKLD PVIGRDEEIR RTIQVLQRRT KNNPVLIGEP GVGKTAIVEG LAQRIINGEV PEGLKGRRVL AL DMGALVA GAKYRGEFEE RLKGVLNDLA KQEGNVILFI DALHTMVGAG KADGAMDAGN MLKPALARGE LHCVGATTLD EYR QYIEKD AALERRFQKV FVAEPSVEDT IAILRGLKER YELHHHVQIT DPAIVAAATL SHRYIADRQL PDKAIDLIDE AASS IRMQI DSKPEELDRL DRRIIQLKLE QQALMKESDE ASKKRLDMLN EELSDKERQY SELEEEWKAE KASLSGTQTI KAELE QAKI AIEQARRVGD LARMSELQYG KIPELEKQLE AATQLEGKTM RLLRNKVTDA EIAEVLARWT GIPVSRMMES EREKLL RME QELHHRVIGQ NEAVDAVSNA IRRSRAGLAD PNRPIGSFLF LGPTGVGKTE LCKALANFMF DSDEAMVRID MSEFMEK HS VSRLVGAPPG YVGYEEGGYL TEAVRRRPYS VILLDAVEKA HPDVFNILLQ VLDDGRLTDG QGRTVDFRNT VVIMTSNL G SDLIQERFGE LDYAHMKELV LGVVSHNFRP EFINRIDEVV VFHPLGEQHI ASIAQIQLKR LYKRLEERGY EIHISDEAL KLLSENGYDP VYGARPLKRA IQQQIENPLA QQILSGELVP GKVIRLEVNE DRIVAVQH UniProtKB: Chaperone protein ClpB |
-分子 #2: casein
分子 | 名称: casein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 1.723883 KDa |
配列 | 文字列: AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAA |
-分子 #3: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 10 / 式: AGS |
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分子量 | 理論値: 523.247 Da |
Chemical component information | ChemComp-AGS: |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.6 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil, UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1687 / 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |