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- EMDB-48481: Cryo-EM structure of factor Va bound to activated protein C -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48481
タイトルCryo-EM structure of factor Va bound to activated protein C
マップデータDeepEmhancer map. This map was used for model building
試料
  • 複合体: Complex of coagulation Factor Va and Activated Protein C
    • 複合体: Coagulation Factor Va
      • タンパク質・ペプチド: Coagulation factor Va heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Coagulation factor Va light chain
    • 複合体: Activated Protein C
      • タンパク質・ペプチド: Vitamin K-dependent protein C heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードCoagulation / Activated Factor V / Activated Protein C / BLOOD CLOTTING
機能・相同性
機能・相同性情報


activated protein C (thrombin-activated peptidase) / positive regulation of establishment of endothelial barrier / negative regulation of coagulation / response to vitamin K / platelet alpha granule / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / blood circulation / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / negative regulation of blood coagulation ...activated protein C (thrombin-activated peptidase) / positive regulation of establishment of endothelial barrier / negative regulation of coagulation / response to vitamin K / platelet alpha granule / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / blood circulation / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / negative regulation of blood coagulation / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / platelet alpha granule lumen / Cell surface interactions at the vascular wall / Post-translational protein phosphorylation / negative regulation of inflammatory response / Golgi lumen / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / Platelet degranulation / extracellular vesicle / endoplasmic reticulum lumen / copper ion binding / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Coagulation factor 5/8-like / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : ...Coagulation factor 5/8-like / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / Cupredoxin / EGF-like domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Vitamin K-dependent protein C / Coagulation factor V
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Mohammed BM / Basore K / Di Cera E
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL049413, HL139554 and HL147821 米国
Childrens Discovery Institute of Washington University and St. Louis Childrens HospitalCDI-CORE-2015-505 and CDI-CORE-2019-813 米国
The Foundation for Barnes-Jewish Hospital3770 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK020579 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA091842 米国
引用ジャーナル: Blood / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of coagulation factor Va bound to activated protein C.
著者: Bassem M Mohammed / Katherine Basore / Enrico Di Cera /
要旨: Coagulation factor Va (FVa) is the cofactor component of the prothrombinase complex required for rapid generation of thrombin from prothrombin in the penultimate step of the coagulation cascade. In ...Coagulation factor Va (FVa) is the cofactor component of the prothrombinase complex required for rapid generation of thrombin from prothrombin in the penultimate step of the coagulation cascade. In addition, FVa is a target for proteolytic inactivation by activated protein C (APC). Like other protein-protein interactions in the coagulation cascade, the FVa-APC interaction has long posed a challenge to structural biology and its molecular underpinnings remain unknown. A recent cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structure of FVa has revealed the arrangement of its A1-A2-A3-C1-C2 domains and the environment of the sites of APC cleavage at R306 and R506. Here, we report the cryo-EM structure of the FVa-APC complex at 3.15 Å resolution in which the protease domain of APC engages R506 in the A2 domain of FVa through electrostatic interactions between positively charged residues in the 30-loop and 70-loop of APC and an electronegative surface of FVa. The auxiliary γ-carboxyglutamic acid and epidermal growth factor domains of APC are highly dynamic and point to solvent, without making contacts with FVa. Binding of APC displaces a large portion of the A2 domain of FVa and projects the 654VKCIPDDDEDSYEIFEP670 segment as a "latch," or exosite ligand, over the 70-loop of the enzyme. The latch induces a large conformational change of the autolysis loop of APC, which in turn promotes docking of R506 into the primary specificity pocket. The cryo-EM structure of the FVa-APC complex validates the bulk of existing biochemical data and offers molecular context for a key regulatory interaction of the coagulation cascade.
履歴
登録2024年12月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月21日-
マップ公開2025年5月21日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48481.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48481.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 420 pix.
= 365.442 Å		0.87 Å/pix.
x 420 pix.
= 365.442 Å		0.87 Å/pix.
x 420 pix.
= 365.442 Å

表面

投影像

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断面 (1/2)

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画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8701 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.185
最小 - 最大-0.001922941 - 2.9750395
平均 (標準偏差)0.0015454137 (±0.031096907)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 365.44202 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_48481_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 3D Flex map generated using custom mesh defining...

ファイルemd_48481_additional_1.map
注釈3D Flex map generated using custom mesh defining each domain of the complex.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 3D Flex map generated using custom mesh defining...

ファイルemd_48481_additional_2.map
注釈3D Flex map generated using custom mesh defining each domain of the complex.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

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ハーフマップ: 3D flex half-maps

ファイルemd_48481_half_map_1.map
注釈3D flex half-maps
投影像・断面図
軸ZYX

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ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: 3D flex half-maps

ファイルemd_48481_half_map_2.map
注釈3D flex half-maps
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of coagulation Factor Va and Activated Protein C

全体名称: Complex of coagulation Factor Va and Activated Protein C
要素
  • 複合体: Complex of coagulation Factor Va and Activated Protein C
    • 複合体: Coagulation Factor Va
      • タンパク質・ペプチド: Coagulation factor Va heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Coagulation factor Va light chain
    • 複合体: Activated Protein C
      • タンパク質・ペプチド: Vitamin K-dependent protein C heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of coagulation Factor Va and Activated Protein C

超分子名称: Complex of coagulation Factor Va and Activated Protein C
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Coagulation activated Factor V (FVa) [from plasma] complex with Activated Protein C (APC) [made recombinantly with Ser360Ala mutation].

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超分子 #2: Coagulation Factor Va

超分子名称: Coagulation Factor Va / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood

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超分子 #3: Activated Protein C

超分子名称: Activated Protein C / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Coagulation factor Va heavy chain

分子名称: Coagulation factor Va heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: blood
分子量理論値: 81.274391 KDa
配列文字列: AQLRQFYVAA QGISWSYRPE PTNSSLNLSV TSFKKIVYRE YEPYFKKEKP QSTISGLLGP TLYAEVGDII KVHFKNKADK PLSIHPQGI RYSKLSEGAS YLDHTFPAEK MDDAVAPGRE YTYEWSISED SGPTHDDPPC LTHIYYSHEN LIEDFNSGLI G PLLICKKG ...文字列:
AQLRQFYVAA QGISWSYRPE PTNSSLNLSV TSFKKIVYRE YEPYFKKEKP QSTISGLLGP TLYAEVGDII KVHFKNKADK PLSIHPQGI RYSKLSEGAS YLDHTFPAEK MDDAVAPGRE YTYEWSISED SGPTHDDPPC LTHIYYSHEN LIEDFNSGLI G PLLICKKG TLTEGGTQKT FDKQIVLLFA VFDESKSWSQ SSSLMYTVNG YVNGTMPDIT VCAHDHISWH LLGMSSGPEL FS IHFNGQV LEQNHHKVSA ITLVSATSTT ANMTVGPEGK WIISSLTPKH LQAGMQAYID IKNCPKKTRN LKKITREQRR HMK RWEYFI AAEEVIWDYA PVIPANMDKK YRSQHLDNFS NQIGKHYKKV MYTQYEDESF TKHTVNPNMK EDGILGPIIR AQVR DTLKI VFKNMASRPY SIYPHGVTFS PYEDEVNSSF TSGRNNTMIR AVQPGETYTY KWNILEFDEP TENDAQCLTR PYYSD VDIM RDIASGLIGL LLICKSRSLD RRGIQRAADI EQQAVFAVFD ENKSWYLEDN INKFCENPDE VKRDDPKFYE SNIMST ING YVPESITTLG FCFDDTVQWH FCSVGTQNEI LTIHFTGHSF IYGKRHEDTL TLFPMRGESV TVTMDNVGTW MLTSMNS SP RSKKLRLKFR DVKCIPDDDE DSYEIFEPPE STVMATRKMH DRLEPEDEES DADYDYQNRL AAALGIR

UniProtKB: Coagulation factor V

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分子 #2: Coagulation factor Va light chain

分子名称: Coagulation factor Va light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood
分子量理論値: 75.283008 KDa
配列文字列: SNNGNRRNYY IAAEEISWDY SEFVQRETDI EDSDDIPEDT TYKKVVFRKY LDSTFTKRDP RGEYEEHLGI LGPIIRAEVD DVIQVRFKN LASRPYSLHA HGLSYEKSSE GKTYEDDSPE WFKEDNAVQP NSSYTYVWHA TERSGPESPG SACRAWAYYS A VNPEKDIH ...文字列:
SNNGNRRNYY IAAEEISWDY SEFVQRETDI EDSDDIPEDT TYKKVVFRKY LDSTFTKRDP RGEYEEHLGI LGPIIRAEVD DVIQVRFKN LASRPYSLHA HGLSYEKSSE GKTYEDDSPE WFKEDNAVQP NSSYTYVWHA TERSGPESPG SACRAWAYYS A VNPEKDIH SGLIGPLLIC QKGILHKDSN MPMDMREFVL LFMTFDEKKS WYYEKKSRSS WRLTSSEMKK SHEFHAINGM IY SLPGLKM YEQEWVRLHL LNIGGSQDIH VVHFHGQTLL ENGNKQHQLG VWPLLPGSFK TLEMKASKPG WWLLNTEVGE NQR AGMQTP FLIMDRDCRM PMGLSTGIIS DSQIKASEFL GYWEPRLARL NNGGSYNAWS VEKLAAEFAS KPWIQVDMQK EVII TGIQT QGAKHYLKSC YTTEFYVAYS SNQINWQIFK GNSTRNVMYF NGNSDASTIK ENQFDPPIVA RYIRISPTRA YNRPT LRLE LQGCEVNGCS TPLGMENGKI ENKQITASSF KKSWWGDYWE PFRARLNAQG RVNAWQAKAN NNKQWLEIDL LKIKKI TAI ITQGCKSLSS EMYVKSYTIH YSEQGVEWKP YRLKSSMVDK IFEGNTNTKG HVKNFFNPPI ISRFIRVIPK TWNQSIA LR LELFGCDIY

UniProtKB: Coagulation factor V

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分子 #3: Vitamin K-dependent protein C heavy chain

分子名称: Vitamin K-dependent protein C heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood
分子量理論値: 26.949836 KDa
組換発現生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ)
配列文字列: LIDGKMTRRG DSPWQVVLLD SKKKLACGAV LIHPSWVLTA AHCMDESKKL LVRLGEYDLR RWEKWELDLD IKEVFVHPNY SKSTTDNDI ALLHLAQPAT LSQTIVPICL PDSGLAEREL NQAGQETLVT GWGYHSSREK EAKRNRTFVL NFIKIPVVPH N ECSEVMSN ...文字列:
LIDGKMTRRG DSPWQVVLLD SKKKLACGAV LIHPSWVLTA AHCMDESKKL LVRLGEYDLR RWEKWELDLD IKEVFVHPNY SKSTTDNDI ALLHLAQPAT LSQTIVPICL PDSGLAEREL NQAGQETLVT GWGYHSSREK EAKRNRTFVL NFIKIPVVPH N ECSEVMSN MVSENMLCAG ILGDRQDACE GDAGGPMVAS FHGTWFLVGL VSWGEGCGLL HNYGVYTKVS RYLDWIHGHI RD

UniProtKB: Vitamin K-dependent protein C

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製 #1

Preparation ID1
濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - Film type ID: 1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: Grids were coated with polylysine
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細0.1 mg/mL

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試料調製 #2

Preparation ID2
濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - Film type ID: 1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: Grids were coated with polylysine
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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試料調製 #3

Preparation ID3
濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - Film type ID: 1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: Grids were coated with polylysine
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
#0 - 検出モード: COUNTING / #0 - デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / #0 - デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / #0 - 撮影したグリッド数: 1 / #0 - 実像数: 3193 / #0 - 平均電子線量: 51.86 e/Å2 / #0 - 詳細: 30 degrees tilt / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
#1 - デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / #1 - デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / #1 - 撮影したグリッド数: 1 / #1 - 実像数: 600 / #1 - 平均電子線量: 46.6 e/Å2 / #2 - Image recording ID: 3
#2 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
#2 - デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / #2 - デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / #2 - 撮影したグリッド数: 1 / #2 - 実像数: 2655 / #2 - 平均電子線量: 46.89 e/Å2 / #2 - 詳細: 30 degrees tilt / #3 - Image recording ID: 4
#3 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
#3 - デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / #3 - デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / #3 - 撮影したグリッド数: 1 / #3 - 実像数: 2379 / #3 - 平均電子線量: 47.19 e/Å2 / #4 - Image recording ID: 5
#4 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
#4 - デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / #4 - デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / #4 - 撮影したグリッド数: 1 / #4 - 実像数: 420 / #4 - 平均電子線量: 46.89 e/Å2 / #5 - Image recording ID: 6
#5 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
#5 - デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / #5 - デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / #5 - 撮影したグリッド数: 1 / #5 - 実像数: 3210 / #5 - 平均電子線量: 52.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2)
詳細: 3D flex with custom mesh was used for the reconstruction
使用した粒子像数: 384239
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

8tn9

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

9cth

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1aut

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9mot:
Cryo-EM structure of factor Va bound to activated protein C

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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