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- EMDB-48317: Near complete virion structure of bacteriophage PhiTE -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48317
タイトルNear complete virion structure of bacteriophage PhiTE
マップデータ
試料
  • ウイルス: Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: x 18種
キーワードTail / Sheath / Tube / PhiTE / Virus / Phage
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, fiber / viral tail assembly / host cell cytoplasm / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能
: / : / Dit-like phage tail protein / Cyanophage baseplate Pam3 plug gp18 / Phage neck terminator protein / Tape measure protein N-terminal / Protein of unknown function DUF2612 / Protein of unknown function (DUF2612) / Tape measure protein / Phage tail collar domain ...: / : / Dit-like phage tail protein / Cyanophage baseplate Pam3 plug gp18 / Phage neck terminator protein / Tape measure protein N-terminal / Protein of unknown function DUF2612 / Protein of unknown function (DUF2612) / Tape measure protein / Phage tail collar domain / Phage tail collar domain superfamily / Phage protein Gp138 N-terminal domain / Phage Tail Collar Domain / Phage protein Gp138 N-terminal domain / Structural protein ORF10, bacteriophage KPP10 / Bacteriophage KPP10, Structural protein ORF10 / : / Bacteriophage SPP1, head-tail adaptor / Phage head completion protein / Major capsid protein GpE / Phage major capsid protein E / Vgr protein, OB-fold domain superfamily / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain, group 2
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative major head protein / Uncharacterized protein / Structural protein / Putative tape measure protein / Uncharacterized protein / Head stabilization/decoration protein / Structural protein / Putative baseplate assembly protein / Uncharacterized protein / Cyanophage baseplate Pam3 plug gp18 domain-containing protein ...Putative major head protein / Uncharacterized protein / Structural protein / Putative tape measure protein / Uncharacterized protein / Head stabilization/decoration protein / Structural protein / Putative baseplate assembly protein / Uncharacterized protein / Cyanophage baseplate Pam3 plug gp18 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Portal protein / Dit-like phage tail protein N-terminal domain-containing protein / Putative baseplate assembly protein / Uncharacterized protein / Tail protein / Uncharacterized protein / Putative tail fiber protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.7 Å
データ登録者Hodgkinson-Bean J / Ayala R
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Agriculture, Forestry and Fisheries (MAFF)GD0696J004 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K20645 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Global structural survey of the flagellotropic myophage φTE infecting agricultural pathogen Pectobacterium atrosepticum.
著者: James Hodgkinson-Bean / Rafael Ayala / Nadishka Jayawardena / Georgia L Rutter / Bridget N J Watson / David Mayo-Muñoz / James Keal / Peter C Fineran / Matthias Wolf / Mihnea Bostina /
要旨: Bacteriophages offer a promising alternative to drug-based treatments due to their effectiveness and host specificity. This is particularly important in agriculture as a biocontrol agent of plant ...Bacteriophages offer a promising alternative to drug-based treatments due to their effectiveness and host specificity. This is particularly important in agriculture as a biocontrol agent of plant diseases. Phage engineering is facilitated by structural knowledge. However, structural information regarding bacteriophages infecting plant pathogens is limited. Here, we present the cryo-EM structure of bacteriophage φTE that infects plant pathogen Pectobacterium atrosepticum. The structure reveals a distinct neck topology compared with other myophages, where tail terminator proteins compensate for reduced connectivity between sheath subunits. A contact network between tail fibers, the sheath initiator, and baseplate wedge proteins provides insights into triggers that transduce conformational changes from the baseplate to the sheath to orchestrate contraction. We observe two distinct oligomeric states of the tape measure protein (TMP), which is six-fold in regions proximal to the N-terminus and throughout most of the tail, while three-fold at the C-terminus, indicating that the TMP may be proteolytically cleaved. Our results provide a structural atlas of the model bacteriophage φTE, enhancing future interpretation of phage host interactions in pectobacteria. We anticipate that our structure will inform rational design of biocontrol agents against plant pathogens that cause diseases such as soft rot and blackleg disease in potatoes.
履歴
登録2024年12月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月16日-
マップ公開2025年4月16日-
更新2025年4月16日-
現状2025年4月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48317.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48317.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.3 Å/pix.
x 440 pix.
= 2773.98 Å		6.3 Å/pix.
x 440 pix.
= 2773.98 Å		6.3 Å/pix.
x 440 pix.
= 2773.98 Å

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投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.3045 Å
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表面レベル登録者による: 0.0356
最小 - 最大-0.40040225 - 0.4595237
平均 (標準偏差)0.0004260768 (±0.012086198)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 2773.98 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_48317_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_48317_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48317_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pectobacterium phage phiTE

全体名称: Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
要素
  • ウイルス: Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein
    • タンパク質・ペプチド: PhiTE adaptor protein
    • タンパク質・ペプチド: PhiTE head completion protein
    • タンパク質・ペプチド: PhiTE tail terminator protein
    • タンパク質・ペプチド: Structural protein
    • タンパク質・ペプチド: Tail sheath protein
    • タンパク質・ペプチド: Head stabilization/decoration protein
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative tail fiber protein
    • タンパク質・ペプチド: Sheath initiator protein
    • タンパク質・ペプチド: Dit-like phage tail protein N-terminal domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Cyanophage baseplate Pam3 plug gp18 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Wedge 1 protein
    • タンパク質・ペプチド: baseplate assembly protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative tape measure protein
    • タンパク質・ペプチド: Tail protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative baseplate assembly protein
    • タンパク質・ペプチド: Short tail fiber

+
超分子 #1: Pectobacterium phage phiTE

超分子名称: Pectobacterium phage phiTE / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1116482 / 生物種: Pectobacterium phage phiTE / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Pectobacterium atrosepticum (バクテリア)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 1000.0 Å / T番号(三角分割数): 13

+
分子 #1: Portal protein

分子名称: Portal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
分子量理論値: 55.500016 KDa
配列文字列: MSRKRNRNRS VQVAKATSEQ LNVSRMRMSE QGTFALAKVQ VDSERMKAEE IRWPHLIGTA ESMKQDATVA TGLDMLYTFV EKAFKDFKV IPGESEESKK AAKFIEYCLK NMEGQTLRQF ARDAATFNEY GLSVVEKVYT QIAVGEYVGK YKVKNLAFRP Q ASLSRTNP ...文字列:
MSRKRNRNRS VQVAKATSEQ LNVSRMRMSE QGTFALAKVQ VDSERMKAEE IRWPHLIGTA ESMKQDATVA TGLDMLYTFV EKAFKDFKV IPGESEESKK AAKFIEYCLK NMEGQTLRQF ARDAATFNEY GLSVVEKVYT QIAVGEYVGK YKVKNLAFRP Q ASLSRTNP IVYNSDGSAI VGIKQSLSAF QNYTASEIGV GGVSTRMSDV IIPISRVMLM NTGGSSSQAL GVSPLVGCYR AW REKILIE NLEVVGATKD MGGVIELKIP SQILNKAAMD PSSPEADMVR GLMSDAANAH SGEQSFFMLP SDTKDNAPQY SMT LKGIDG MGKQYSTAQL ISDRKKSILD RLGAGFINVG NDKGGSYNLS ESKQTIHTQF VQRVNEIILE ALNENLLPQL LALN DIRLP ETEMPYVKAG EIVDVDMEGF SKAIQRIGAV GYLPKTPKVI NRVLEVLGID EKIEEDISQE ELMKLLGEDT SRAGD GMTK GSSGNGTGKI SASRDNSAAN LDN

UniProtKB: Portal protein

+
分子 #2: PhiTE adaptor protein

分子名称: PhiTE adaptor protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
分子量理論値: 20.13277 KDa
配列文字列:
MTNEQVIELV RVLLGGITTE EISDQTIIFF WTKWKLTYDL DNRPEKIPAA LYNTVVDCVR WLIVQEVSSG NSSIRERFEK IGDETISVK GGSSWESWKD FLDWLELNPD YIDPSLAFNS SLVIIGGVRK DEFFRVKNNP NSYNGFMEQG VYPTPAIPKQ S AWPCTAAR RSPWMVR

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #3: PhiTE head completion protein

分子名称: PhiTE head completion protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
分子量理論値: 16.58576 KDa
配列文字列:
MARAYSLLSS RNRLIPRVEV QCRKREWVKT DPDSPFLNGG REVLYTPFTA VECTVQPMRG KAIRDQNNQL MIGGEEDYDS YTVYSETLL FRAREGTEHL SDQMLLPDSG GGQTWFTVMK ADMYPSSGVP RYRYYLIAVP VGTEGGL

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #4: PhiTE tail terminator protein

分子名称: PhiTE tail terminator protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
分子量理論値: 25.622951 KDa
配列文字列: MALPLDFTNS DVVMGALTKA VGRLCLDVTG YDVVEADETI PKPEGPYILV DLSLLTPLDW ATNEVVDEDG VVHTAHNYTA SYTLTAYRG KPHWALSRVH QAFGLPFLRE KYFPTGSPYA YSSTSNIARM RVPLNQQMFE NRARTIVTFN ATFVEKDLGT F EDIEHIII ...文字列:
MALPLDFTNS DVVMGALTKA VGRLCLDVTG YDVVEADETI PKPEGPYILV DLSLLTPLDW ATNEVVDEDG VVHTAHNYTA SYTLTAYRG KPHWALSRVH QAFGLPFLRE KYFPTGSPYA YSSTSNIARM RVPLNQQMFE NRARTIVTFN ATFVEKDLGT F EDIEHIII GIDVDNPSGP PIGIGADYDK GVKPGGDDPG LPPKPNPPIV YHDAIAQVCM ATPVIDKPAL ISDKTGE

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #5: Structural protein

分子名称: Structural protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 162 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
分子量理論値: 17.28042 KDa
配列文字列:
MLNQSKILTL QAYDPAKVLV FIGGQRVSGF AADTKIVITR NNDNISVHAG VDGEISNALS RDNTGVMTLS LQNTAKWNGY LAQWQRQAN VTGLIYLPVQ VEGSQGLSLN TIGWIQKQPD LSYGTEVGQM DWEIGVLDAW LSPDQIQGIA AGITGLLGLD Q

UniProtKB: Structural protein

+
分子 #6: Tail sheath protein

分子名称: Tail sheath protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 162 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
分子量理論値: 50.647766 KDa
配列文字列: MAEYQDKVVD VEVSLGTQPI DTVGFETPMF LAMHGNFPER IRFYVSTAGM VADGFAVGSP AYQFATNAFA GNFAPQRVAI GRMSIDSSK VDFTGTTNTE QVVVNITLNK VVKAVKINVL PGNTPAQIAT ALADAVTADA DLTGKATAVA TGTYVTVTAV S PNVVSVGK ...文字列:
MAEYQDKVVD VEVSLGTQPI DTVGFETPMF LAMHGNFPER IRFYVSTAGM VADGFAVGSP AYQFATNAFA GNFAPQRVAI GRMSIDSSK VDFTGTTNTE QVVVNITLNK VVKAVKINVL PGNTPAQIAT ALADAVTADA DLTGKATAVA TGTYVTVTAV S PNVVSVGK GAGVYKIVNE SSETVATVLP SVIAENHNWY FLATEARSDA DIVAAAEFAK ANYKLHIYNS TDVDAYAPEN SA ASVFDTL KSLSYDSLGT SDAGADVDFT EGSVIGAMAA NDPSYGDSLH LKTMPGMVPF AGSDTQRSNA WSRNANIYRG LYG GGSYIE GKTSSGQYVD VIRFSHWVKF RMEESVFAYM KRRSDMGLSM KMSDEDLPVL KSVLMNNPIN IGIRNGGILT GYDT ENKVS YDPTIIIPKR ANIPTNDLAA RILRDVKVEL VYNNSLHYVK IRASVVLDRP AGQSTNAQTP MSSSAVGV

UniProtKB: Structural protein

+
分子 #7: Head stabilization/decoration protein

分子名称: Head stabilization/decoration protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 780 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
分子量理論値: 15.552637 KDa
配列文字列:
MAKAHVATLE GNYSDIVLGR VVAFGDTGWN FKEVDMTFIA DDADADSKTT LFAGVLVGED GTPATAAAGV FGVLVDRKVL PGVDHYIGV FEPGEKVPMV LAVRGLTLNQ LKLKYADGTA IDAAGIQALE AQGNQVTDKI VGTQFIGSVL

UniProtKB: Head stabilization/decoration protein

+
分子 #8: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 775 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
分子量理論値: 37.596047 KDa
配列文字列: MQNGDFQILD YTGLISTMPR VDTLLQSMNL FTEHFGRTTV ARIERLDDGA GDIKAVQRGG VRQHLANDRK KIVNLNIPFF PLDRSIDRA DIQNFREFGT ENAPATVDAE VQRHMARIRR SHAILKSKAM YAALKGTSWS PDDPVSDYNY YDVWGATQTT A DVDFTKLG ...文字列:
MQNGDFQILD YTGLISTMPR VDTLLQSMNL FTEHFGRTTV ARIERLDDGA GDIKAVQRGG VRQHLANDRK KIVNLNIPFF PLDRSIDRA DIQNFREFGT ENAPATVDAE VQRHMARIRR SHAILKSKAM YAALKGTSWS PDDPVSDYNY YDVWGATQTT A DVDFTKLG VDPIEVLEAE ARAHIIDWAG DNGDNYEIVV LASRQWFSAL IAHPQVTGAY SQYPSTQEIL RRRLGGNANN RI FEHKNIL FIEDISGNIP AGEAYIFPRG ISRMFEIYYA PSDTLRDANQ AAQELYVFFK ESNYLREAKI ESETSFLTVN NRP ELVVKS TGKFTA

UniProtKB: Putative major head protein

+
分子 #9: Putative tail fiber protein

分子名称: Putative tail fiber protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
分子量理論値: 81.935617 KDa
配列文字列: MSSNTDIIAL LSSDADKAVD QIIEDSKRLH IVVNGTGTEQ AVAEDGSLLP SVRKALIDNL YFKTPPLPWR NGGSVNEFNQ LYSFTDVSG NTTWWYAPGA TVSNPVVMRD SPINDGKFKV FLDKTNIADI YAPLNSPNFV GNPRVPTPAP GDNSQSIPTT G WVQSEMEG ...文字列:
MSSNTDIIAL LSSDADKAVD QIIEDSKRLH IVVNGTGTEQ AVAEDGSLLP SVRKALIDNL YFKTPPLPWR NGGSVNEFNQ LYSFTDVSG NTTWWYAPGA TVSNPVVMRD SPINDGKFKV FLDKTNIADI YAPLNSPNFV GNPRVPTPAP GDNSQSIPTT G WVQSEMEG LEDLIISSMR GEFENITVRN DAILQDTYIN GEFIVTSDKL AAANTEATFR RIRMVGTGTT GTAATEIAFE QN TTPPPGV STKTNIKPFA VSTGILTVDQ INGKAAQVGD VAVSTDSLNV DGYMRGDYLH LEGNNRNTAG RPQLIVDGIA EIE TLRVTG TIEGVKADVD GLDIHPRSVI VDEGLTVAKD TTMTGKLTVG GTTKVGNLEV TGTLSGVAIS VDGKDIKPRS VNTG NLVAT GDVQISGTTT ATGKITTQDL EVLGTLTANL DLSGSDLSVD NINVAQTATI TDLVVTGTTT GVKGDVEGEA IAPAS VAAT GTVSAASMST TGNMAVGGNL TITGDFRPAS VAGQDTPRLV VQGDSDLQGD LNVSGTITGV VDLTAQDINM NSLGLA QGL TAGGGITSFS TVKGVNGVFG EGSTAPGAIG LQSMTNAKVA TDLLVGEDLR VEGDTNLFGN LSVTGTITGN MNFSGKT IA PATVNATTVT ATNLTVTGTI DLTDSPIVAQ EITATNVEAT GKMVAGKYST TPKTANATTA TFTPDGTTSI YNVNVQAD T EVQAPAGLLS SGKGESIFIY FEQDTTGHAV TFSSAFVVHN AATVSNAANS ITIANLVYRG TGPLIDVFLT GR

UniProtKB: Putative tail fiber protein

+
分子 #10: Sheath initiator protein

分子名称: Sheath initiator protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
分子量理論値: 20.452148 KDa
配列文字列:
MATQFKDLLL DPLTGDLDFG TPGDRGMRLA LTNQLSLRQR LYLRFAIWAG DWYFDETFGF PYRTFVGKKT VKAVLDGRIK SEVRQEPDV LQITDFQSTM DVVSRSYKCF FTVVTAEGEE ISLAFVGEDE YQYPTPPESN VQLCGDEGVI INFKNKLYYL I NFRLPKYG DSTWVNSWK

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #11: Dit-like phage tail protein N-terminal domain-containing protein

分子名称: Dit-like phage tail protein N-terminal domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
分子量理論値: 31.720324 KDa
配列文字列: MAVNNNSISP AQQAQADKRA RDAAAAKRKQ DTEVSNAKSR EDIQYTMFVS GLRRGRLNEF ERKNRTDDLA ILFDSVTTHT YTKDYNKSS YAVESKAKAS DHVTTQDGKF TFSGTVTDSP YLIDPRNMID RDTDKENPML ARRPAKAIEI LELIADSHQL V TLVTEDNI ...文字列:
MAVNNNSISP AQQAQADKRA RDAAAAKRKQ DTEVSNAKSR EDIQYTMFVS GLRRGRLNEF ERKNRTDDLA ILFDSVTTHT YTKDYNKSS YAVESKAKAS DHVTTQDGKF TFSGTVTDSP YLIDPRNMID RDTDKENPML ARRPAKAIEI LELIADSHQL V TLVTEDNI LSNYVITSFQ VDRSSEAGSS INVQVTLEEF RFKMVNKTVM ARTSDPKKAK NANTGTKQTA EDGAVDDSAK QK RQTPYIG KNAETKERWE NAAIGTTDFS GKPGAKLPFD PSDLMRK

UniProtKB: Dit-like phage tail protein N-terminal domain-containing protein

+
分子 #12: Cyanophage baseplate Pam3 plug gp18 domain-containing protein

分子名称: Cyanophage baseplate Pam3 plug gp18 domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
分子量理論値: 14.404139 KDa
配列文字列:
MANTTERTVV RTFDFELSGY PDETFRVVLD SVTYELRFMW NERDESWFMS LGDIGAQRPT ITSKLTCYSD ILAPYRYLDN VPDGNLYLW PLGDIRTRAG RFNIGPLKGI QMTYSSLIED VEDIE

UniProtKB: Cyanophage baseplate Pam3 plug gp18 domain-containing protein

+
分子 #13: Wedge 1 protein

分子名称: Wedge 1 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
分子量理論値: 24.21515 KDa
配列文字列: MVEEIVLKDV NHIHPLPDFV RGGFDYVPSD IFSGKENFEQ TLRILLERLE FIDQKMVELA ELRTTLNAED AILDEIGRQL GIYRNGLND PEYRAVIMIL TGNNSKSGTR ADIIATLKQL FGEDGVTTYK GYNYRLDINI FNTCMEVTDI LPEIIDMLPL V THLRVVEN ...文字列:
MVEEIVLKDV NHIHPLPDFV RGGFDYVPSD IFSGKENFEQ TLRILLERLE FIDQKMVELA ELRTTLNAED AILDEIGRQL GIYRNGLND PEYRAVIMIL TGNNSKSGTR ADIIATLKQL FGEDGVTTYK GYNYRLDINI FNTCMEVTDI LPEIIDMLPL V THLRVVEN QGYPFGFNGD TQAFGFASVY DSGRTGEGGM STLIYVSDDE EDWSFT

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #14: baseplate assembly protein

分子名称: baseplate assembly protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
分子量理論値: 54.432738 KDa
配列文字列: MAENYGLTGS GFNLPPMDDL VQETKKTFKS AFGEDFNTES NSVADKLIQI FNEREYQLWL LMGSVYYAQT MQGAEGIYLD DLLGKRGIY RLGKTRSTGT VVMTIDSSVP YNMIYSAATY TIDTDYELSS DVQVAGNIVA QLIKGTDLSV GTYRLQIQNT T DQSVKTLS ...文字列:
MAENYGLTGS GFNLPPMDDL VQETKKTFKS AFGEDFNTES NSVADKLIQI FNEREYQLWL LMGSVYYAQT MQGAEGIYLD DLLGKRGIY RLGKTRSTGT VVMTIDSSVP YNMIYSAATY TIDTDYELSS DVQVAGNIVA QLIKGTDLSV GTYRLQIQNT T DQSVKTLS LNLTATSGQP LITFFGQIKD FIVNNTILSN QDRIWIDSTE GALYIGYDTN KIMIGLSSRV DFRTNPMAGT RS ISMDVRS IEPGYISRDV HSVRSINPTP GGFVDIDNLS AFIDGSDVES DNEYRIRAAT SISEGKATRP AILAALLNKV EGI EKVRIF NNNTDKTNSL GIPPYRFMVV CYGGGTAEIS QVLYDTIATS NNTYGDTFYD ITTEDDQVER IWHTKAAARQ LAIR VRYRG RPLSLTEETA IANGLATAVN GTMIAGTLYN VRLVGTVMSS TSPDRFTQVY VDIKNKGQPD SAYVNTDVTA STTQV LSLE LEDVIFSQIV

UniProtKB: Putative baseplate assembly protein

+
分子 #15: Putative tape measure protein

分子名称: Putative tape measure protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
分子量理論値: 87.898227 KDa
配列文字列: MAASGNVVVT RTTNRVTFET DKASYARAVK QIRQVGKEWE KASDAISKPK KDPAKAYDKS AQQMRLVNKR LAETRAREEK RASERSIAL ARREAKAKEA IARVSAARIK QQVQQMTSPR AGMSEMKKFY QQQEREAKKA NRKATIGMNA ASRPMNVTRI N SAPLSPRG ...文字列:
MAASGNVVVT RTTNRVTFET DKASYARAVK QIRQVGKEWE KASDAISKPK KDPAKAYDKS AQQMRLVNKR LAETRAREEK RASERSIAL ARREAKAKEA IARVSAARIK QQVQQMTSPR AGMSEMKKFY QQQEREAKKA NRKATIGMNA ASRPMNVTRI N SAPLSPRG GQGTGMVGDP NKVYNPELIA AQNRAMAGRI RSQSQAQDRK AKAEARQRAA AAARAARIDD VMAQQRIRLS SK YGRSYEG RLGRDGAGQG IQDLNRQFRA GTLSAGQYRQ SIQALERQFR SAQANAGGFG AALGDIRSQL LNAGAAYGVF ASG ASVLKQ GQFFQGMEAT MSMVSDSSEE AGQRIKFVKD QAYRLGLDLK IASQGYTQMA VNSAGILSKA QNDDLFKGFS EFAT ASQVD PVKFQRGITA IGQMMGKGQV MAEELKGQLA EGIPGSLQVF VKAAQEAFGD TTIDVEKLMD MMQKGELKAA KILPF VGKY FAEAARKGGA LPKALESNRV AMQRLSLTWI DFQNQIFQGG FGEQMTRVFR DLATILDSNG ELATNLGAFF GNVIEG FWD MVTEIHDDFV LLDRIVSYYT EKLGYQGDLL KEVFDWAGYA IGIGIFVGGL NKIFKILTKI AGLRTALVGV RQAMGGA IT RGGVTNGAGL GGGAGAAGTP GASRTASFLS KWKGLSKISK VGILGTLYSA GSMLNEQFIK RGDDKLADAG LDQETFQK E YGFMPKPVGL LDVFDKWFNK PRDLDAPTIT APGPGSGMAA QTGIPFPAPQ KVEGDITIKI EAGELRNMVR AVVDENNQF NFNMLIQGGP N

UniProtKB: Putative tape measure protein

+
分子 #16: Tail protein

分子名称: Tail protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
分子量理論値: 36.545242 KDa
配列文字列: MRAMERTYTL VIGRPVVIGE KPVNIEKFAN TSKGDAYEIK DLHIEFNVKK DNSKEPNKGY VTVYNLSDEV VNYLSVNQRE SLAVMLHAG YNGDEKLIFS GTVEYVEDDF PEETRTTKFI LGDGTLNLTT ATTARSYRKG TPVNSVLNDL IADLKLPKGR V IDFGNQTL ...文字列:
MRAMERTYTL VIGRPVVIGE KPVNIEKFAN TSKGDAYEIK DLHIEFNVKK DNSKEPNKGY VTVYNLSDEV VNYLSVNQRE SLAVMLHAG YNGDEKLIFS GTVEYVEDDF PEETRTTKFI LGDGTLNLTT ATTARSYRKG TPVNSVLNDL IADLKLPKGR V IDFGNQTL QTSMAFTGNA SQNLANLAKN TGSTFSVQDG AVYWTKEGSR FNNVMFEISE EGGMVGTPTP KQPSSSKKLI KA KAKAKSD EAEGKKPKAP SKKKKEHDIK EDVGMTVSTL LNGAILPEST VYLNTRYHKG FYKVAELTHR GGYETGDWIT ELG LVETRG ELIK

UniProtKB: Tail protein

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分子 #17: Putative baseplate assembly protein

分子名称: Putative baseplate assembly protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
分子量理論値: 26.474344 KDa
配列文字列: MAYADRYDAA FGIYISRFLR NNVHTNIRGK VVGVNYSGPS VDVQPMAYTE FPSGTTDRYP VIYDVPVLLP SGAGGKARLT MPIKPGDVV GLSFSERNEG DNNDQNTHQL FAGWAVTQIF TDGNSKAIHP DNVVLENDKA IITLKPDGDT SLQNPKVTVE A LADGNVKI ...文字列:
MAYADRYDAA FGIYISRFLR NNVHTNIRGK VVGVNYSGPS VDVQPMAYTE FPSGTTDRYP VIYDVPVLLP SGAGGKARLT MPIKPGDVV GLSFSERNEG DNNDQNTHQL FAGWAVTQIF TDGNSKAIHP DNVVLENDKA IITLKPDGDT SLQNPKVTVE A LADGNVKI SNGTGEFTMS PSGEIKGGNR GGSFTLQPSG QLMCNGARIT TSGRIITANG VDMDDFYQKY MSHTHGGVSR GG DNTNPPN

UniProtKB: Putative baseplate assembly protein

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分子 #18: Short tail fiber

分子名称: Short tail fiber / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
分子量理論値: 59.236 KDa
配列文字列: MAKPKDPIYV WAAADVNLPG TGRPNKSKPI DDLLAKGYDK GQKPAAEEFN YILNMSSAWV NWIVNEKFPE LEAEIARLLA ELENRINQQ LAVIRQDIAQ LRQDVADLRR YVDQKVQELK QEIQGVRNDL NKLRQDFDAA ITQVNGRIDD LEPRLVPIGA V IPWPGATV ...文字列:
MAKPKDPIYV WAAADVNLPG TGRPNKSKPI DDLLAKGYDK GQKPAAEEFN YILNMSSAWV NWIVNEKFPE LEAEIARLLA ELENRINQQ LAVIRQDIAQ LRQDVADLRR YVDQKVQELK QEIQGVRNDL NKLRQDFDAA ITQVNGRIDD LEPRLVPIGA V IPWPGATV PDGWLECSGQ VFNTGQNPKL YSVLGRNVVP DYRGLFLRGW AHGSDANDPD AGRALGSVQG DAIRNITGYF PA DIGNSNF IGRYVGGAFR DDGSLTSGDD GTRSNEVRKY SFDASREVPV AAENRPKNIA VMYIIKTDQA QSSGGNSPTA IVV SPDTIT NRIGYAVKAT ASVLPASISG QYPISWSTQN AAVATVDGSG NISLVGPGET NIIASISTGM NVVIRVTSYS VLTS ISIAD PGQITVTESK MLVVTKSPSS ANEPLQFLSN NSGVAAVNDA GYVIGVSAGS ATITVRGTLS GVSSTRAVTI IPEQV EESV QDNRLGAVGS YIPPSPSSNV MSWTFQAPQG CALTGIIVQE NESNSGDNIG GVYYKPIQKK VNGVWVTITG

UniProtKB: Uncharacterized protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio helical model generated in cryoSPARC
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 12638
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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