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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4727 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of the PI3-Kinase SH3 Domain Amyloid Fibril | |||||||||||||||
マップデータ | EM reconstruction of sh3 fibril, map sharpened with a B-factor of -150 A2 and low-pass filtered to 3.0 A. | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | amyloid fibril / sh3 domain / PROTEIN FIBRIL | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Signaling by ALK / MET activates PI3K/AKT signaling / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / FLT3 Signaling ...Signaling by ALK / MET activates PI3K/AKT signaling / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / FLT3 Signaling / RND3 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND1 GTPase cycle / PI3K events in ERBB4 signaling / Interleukin-7 signaling / GAB1 signalosome / PI3K events in ERBB2 signaling / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / IRS-mediated signalling / GPVI-mediated activation cascade / Signaling by SCF-KIT / Downstream signal transduction / PI3K/AKT activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Tie2 Signaling / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Costimulation by the CD28 family / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / RAF/MAP kinase cascade / Interleukin receptor SHC signaling / PI-3K cascade:FGFR1 / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR3 / PI-3K cascade:FGFR4 / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / PI3K Cascade / PIP3 activates AKT signaling / GP1b-IX-V activation signalling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / RHOA GTPase cycle / RHOF GTPase cycle / DAP12 signaling / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / Regulation of signaling by CBL / Downstream TCR signaling / RHOG GTPase cycle / RET signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / ErbB-3 class receptor binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / enzyme-substrate adaptor activity / phosphatidylinositol 3-kinase complex / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (q) signalling events / intracellular glucose homeostasis / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / insulin receptor substrate binding / phosphatidylinositol 3-kinase binding / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / response to endoplasmic reticulum stress / substrate adhesion-dependent cell spreading / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of RNA splicing / positive regulation of glucose import / positive regulation of protein localization to plasma membrane / insulin-like growth factor receptor binding / insulin receptor binding / positive regulation of protein import into nucleus / cellular response to insulin stimulus / protein transport / insulin receptor signaling pathway / protein stabilization / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Roeder C / Vettore N | |||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Atomic structure of PI3-kinase SH3 amyloid fibrils by cryo-electron microscopy. 著者: Christine Röder / Nicola Vettore / Lena N Mangels / Lothar Gremer / Raimond B G Ravelli / Dieter Willbold / Wolfgang Hoyer / Alexander K Buell / Gunnar F Schröder / 要旨: High resolution structural information on amyloid fibrils is crucial for the understanding of their formation mechanisms and for the rational design of amyloid inhibitors in the context of protein ...High resolution structural information on amyloid fibrils is crucial for the understanding of their formation mechanisms and for the rational design of amyloid inhibitors in the context of protein misfolding diseases. The Src-homology 3 domain of phosphatidyl-inositol-3-kinase (PI3K-SH3) is a model amyloid system that plays a pivotal role in our basic understanding of protein misfolding and aggregation. Here, we present the atomic model of the PI3K-SH3 amyloid fibril with a resolution determined to 3.4 Å by cryo-electron microscopy (cryo-EM). The fibril is composed of two intertwined protofilaments that create an interface spanning 13 residues from each monomer. The model comprises residues 1-77 out of 86 amino acids in total, with the missing residues located in the highly flexible C-terminus. The fibril structure allows us to rationalise the effects of chemically conservative point mutations as well as of the previously reported sequence perturbations on PI3K-SH3 fibril formation and growth. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4727.map.gz | 38.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4727-v30.xml emd-4727.xml | 16.3 KB 16.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4727_fsc.xml | 7.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4727.png | 252.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-4727.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_4727_half_map_1.map.gz emd_4727_half_map_2.map.gz | 12.1 MB 10.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4727 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4727 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6r4rMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-11092 (タイトル: Micrographs of PI3-kinase SH3 amyloid fibrils / Data size: 32.0 Data #1: PI3-kinase SH3 amyloid fibrils, MotionCor2-aligned dose-weighted averages [micrographs - single frame] Data #2: PI3-kinase SH3 amyloid fibrils, MotionCor2-aligned non-dose-weighted averages [micrographs - single frame]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4727.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | EM reconstruction of sh3 fibril, map sharpened with a B-factor of -150 A2 and low-pass filtered to 3.0 A. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.935 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_4727_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_4727_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Fibril of PI3K-SH3 domains
全体 | 名称: Fibril of PI3K-SH3 domains |
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要素 |
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-超分子 #1: Fibril of PI3K-SH3 domains
超分子 | 名称: Fibril of PI3K-SH3 domains / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 34.55 kDa/nm |
-分子 #1: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
分子 | 名称: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 9.649585 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSMSAEGYQY RALYDYKKER EEDIDLHLGD ILTVNKGSLV ALGFSDGQEA KPEEIGWLNG YNETTGERGD FPGTYVEYIG RKKISP UniProtKB: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 1.62 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 2.5 / 構成要素 - 濃度: 0.11 mg/mL / 構成要素 - 式: C2H6ClNO2 / 構成要素 - 名称: glycin-hydrochloride |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 622 / 平均露光時間: 65.0 sec. / 平均電子線量: 26.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-6r4r: |