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- EMDB-46580: 48-nm doublet microtubule from Trichomonas vaginalis strain G3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46580
タイトル48-nm doublet microtubule from Trichomonas vaginalis strain G3
マップデータ
試料
  • 複合体: doublet microtubule with microtubule inner proteins
    • タンパク質・ペプチド: x 2種
  • タンパク質・ペプチド: x 20種
  • リガンド: x 3種
キーワードdoublet microtubule / tubulin / flagella / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / axonemal microtubule / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / motile cilium / positive regulation of cell motility / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process ...cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / axonemal microtubule / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / motile cilium / positive regulation of cell motility / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / mitotic cytokinesis / axoneme / cilium assembly / alpha-tubulin binding / Hsp70 protein binding / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / Hsp90 protein binding / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / mitotic spindle / mitotic cell cycle / microtubule / cytoskeleton / hydrolase activity / calmodulin binding / ciliary basal body / cilium / GTPase activity / GTP binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Echinoderm microtubule-associated protein first beta-propeller / Cilia- and flagella-associated protein 77 / Cilia- and flagella-associated protein 77 / Cilia- and flagella-associated protein 141 / Cilia- and flagella-associated protein 141 / : / : / Meiosis-specific nuclear structural protein 1 / Cilia- and flagella-associated protein 45 ...: / Echinoderm microtubule-associated protein first beta-propeller / Cilia- and flagella-associated protein 77 / Cilia- and flagella-associated protein 77 / Cilia- and flagella-associated protein 141 / Cilia- and flagella-associated protein 141 / : / : / Meiosis-specific nuclear structural protein 1 / Cilia- and flagella-associated protein 45 / NDPK7, second NDPk domain / Cilia- and flagella- associated protein 210 / CFAP53/TCHP / Trichohyalin-plectin-homology domain / Trichohyalin-plectin-homology domain / RIB43A / RIB43A / DM10 domain / EF-hand domain-containing protein EFHC1/EFHC2/EFHB / DM10 domain / DM10 domain profile. / Domains in hypothetical proteins in Drosophila, C. elegans and mammals. Occurs singly in some nucleoside diphosphate kinases. / Enkurin domain / : / Calmodulin-binding / Enkurin domain profile. / : / CFA20 domain / Cilia- and flagella-associated protein 20/CFAP20DC / CFA20 domain / Parkin co-regulated protein / Parkin co-regulated protein / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Alpha tubulin / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / EF-hand domain pair / Armadillo-type fold / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Parkin co-regulated protein / Tubulin beta chain / Uncharacterized protein / IQ calmodulin-binding motif family protein / RIIa domain-containing protein / LOC402794 protein, putative / Nucleoside diphosphate kinase / Tubulin alpha chain / Transcription factor 2B, putative / Trichohyalin-plectin-homology domain-containing protein ...Parkin co-regulated protein / Tubulin beta chain / Uncharacterized protein / IQ calmodulin-binding motif family protein / RIIa domain-containing protein / LOC402794 protein, putative / Nucleoside diphosphate kinase / Tubulin alpha chain / Transcription factor 2B, putative / Trichohyalin-plectin-homology domain-containing protein / Parkin co-regulated protein / Cilia- and flagella-associated protein 45 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Meiosis-specific nuclear structural protein 1 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Cilia- and flagella-associated protein 52 / Flagellar protofilament ribbon protein, putative / Cilia- and flagella-associated protein 53 / EF hand family protein / MGC84469 protein, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Stevens A / Zhou HZ / Kashyap S / Crofut EJ
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10 OD018111 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)1S10 RR23057 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI103182 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R33 AI119721 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structures of Native Doublet Microtubules from Trichomonas vaginalis Reveal Parasite-Specific Proteins.
著者: Alexander Stevens / Saarang Kashyap / Ethan H Crofut / Shuqi E Wang / Katherine A Muratore / Patricia J Johnson / Z Hong Zhou /
要旨: Doublet microtubules (DMTs) are flagellar components required for the protist Trichomonas vaginalis (Tv) to swim through the human genitourinary tract to cause trichomoniasis, the most common non- ...Doublet microtubules (DMTs) are flagellar components required for the protist Trichomonas vaginalis (Tv) to swim through the human genitourinary tract to cause trichomoniasis, the most common non-viral sexually transmitted disease. Lack of structures of Tv's DMT (Tv-DMT) has prevented structure-guided drug design to manage Tv infection. Here, we determine the 16 nm, 32 nm, 48 nm and 96 nm-repeat structures of native Tv-DMT at resolution ranging from 3.4 to 4.4 Å by cryogenic electron microscopy (cryoEM) and built an atomic model for the entire Tv-DMT. These structures show that Tv-DMT is composed of 30 different proteins, including the α- and β-tubulin, 19 microtubule inner proteins (MIPs) and 9 microtubule outer proteins. While the A-tubule of Tv-DMT is simplistic compared to DMTs of other organisms, the B-tubule of Tv-DMT features parasite-specific proteins, such as TvFAP40 and TvFAP35. Notably, TvFAP40 and TvFAP35 form filaments near the inner and outer junctions, respectively, and interface with stabilizing MIPs. This atomic model of the Tv-DMT highlights diversity of eukaryotic motility machineries and provides a structural framework to inform rational design of therapeutics against trichomoniasis.
履歴
登録2024年8月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月14日-
マップ公開2025年5月14日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46580.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46580.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.5 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 959 pix.
= 1054.9 Å		1.1 Å/pix.
x 665 pix.
= 731.5 Å		1.1 Å/pix.
x 652 pix.
= 717.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.128
最小 - 最大-0.024034124 - 0.898921
平均 (標準偏差)0.0183751 (±0.031105807)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-12-3-317
サイズ665652959
Spacing652665959
セルA: 717.2 Å / B: 731.5 Å / C: 1054.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : doublet microtubule with microtubule inner proteins

全体名称: doublet microtubule with microtubule inner proteins
要素
  • 複合体: doublet microtubule with microtubule inner proteins
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha chain
  • タンパク質・ペプチド: FAP21
  • タンパク質・ペプチド: IQ calmodulin-binding motif family protein
  • タンパク質・ペプチド: Flagellar protofilament ribbon protein, putative
  • タンパク質・ペプチド: TvFAP40
  • タンパク質・ペプチド: Parkin co-regulated protein
  • タンパク質・ペプチド: Cilia- and flagella-associated protein 45
  • タンパク質・ペプチド: Cilia- and flagella-associated protein 20
  • タンパク質・ペプチド: Cilia- and flagella-associated protein 53
  • タンパク質・ペプチド: Trichohyalin-plectin-homology domain-containing protein
  • タンパク質・ペプチド: Parkin co-regulated protein
  • タンパク質・ペプチド: Enkurin
  • タンパク質・ペプチド: FAP77
  • タンパク質・ペプチド: EF hand family protein
  • タンパク質・ペプチド: Cilia- and flagella-associated protein 52
  • タンパク質・ペプチド: Nucleoside diphosphate kinase
  • タンパク質・ペプチド: FAP161
  • タンパク質・ペプチド: RIIa domain-containing protein
  • タンパク質・ペプチド: FAP12
  • タンパク質・ペプチド: Meiosis-specific nuclear structural protein 1
  • タンパク質・ペプチド: MGC84469 protein, putative
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: doublet microtubule with microtubule inner proteins

超分子名称: doublet microtubule with microtubule inner proteins / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #3 / 詳細: from T. vaginalis
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
Organelle: flagella
分子量理論値: 20.1 MDa

+
分子 #1: Tubulin beta chain

分子名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 191 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 50.001035 KDa
配列文字列: MVREIVHIQA GQCGNQIGAK FWEVISDEHG IDPTGSYHGD SDLQLERINV YYNEATGGKY VPRAILVDLE PGTMDSVRAG QFGQLFRPD NFVFGQSGAG NNWAKGYYTE GQELCESILD VIRKEAESCD CLQGFQLVHS LGGGTGAGLG TLLLNKLREE Y PDRILSTY ...文字列:
MVREIVHIQA GQCGNQIGAK FWEVISDEHG IDPTGSYHGD SDLQLERINV YYNEATGGKY VPRAILVDLE PGTMDSVRAG QFGQLFRPD NFVFGQSGAG NNWAKGYYTE GQELCESILD VIRKEAESCD CLQGFQLVHS LGGGTGAGLG TLLLNKLREE Y PDRILSTY SIVPSPKVSD TVVEPYNCTL SVHQLVESAD EVFCIDNEAL YDICFRTLKL TTPTYGDLNH LVSMVMSGTT CA LRFPGQL NSDLRKLAVN LVPFPRLHFF IVGFAPLTSR GSQQYRALTV PELTSQLFDN KNMMAACDPR RGVYLTASAH FRG RMSSKE VDEQMLNIQA RNTSYFVEWI PSNVKSAICD IPPRGLKMAA TFIGNTTAFR ELFTRVDSQF QKMYARRAFI HWYV NEGLE TVEFDEARSN MTDLIQEYEM YETAGVEEQG EGEEDEEGEA AA

UniProtKB: Tubulin beta chain

+
分子 #2: FAP21

分子名称: FAP21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 43.119344 KDa
配列文字列: MYPRFYTRDV PPAGIKSKQF DGVNGCFQDD VEFKGPNAQL PYRNQRLGEP GVPLHTHGVI DPPLPSNLVF GVSSGSKNFS AADCLKMEP DHETAAHMRF VEAQEKNYER SKAKLGQTRD GVAVIPEELK TRGFGVNTRF GETAGQVIQG TLCDIPNDVT L TPGYQTRR ...文字列:
MYPRFYTRDV PPAGIKSKQF DGVNGCFQDD VEFKGPNAQL PYRNQRLGEP GVPLHTHGVI DPPLPSNLVF GVSSGSKNFS AADCLKMEP DHETAAHMRF VEAQEKNYER SKAKLGQTRD GVAVIPEELK TRGFGVNTRF GETAGQVIQG TLCDIPNDVT L TPGYQTRR NYDWEKSKIN LRTHTFGIKG EGNIDHLNEV MDMTNTTGGT NLVPLPVDRA DNNQIVPDPD PVEPWTRTTM RT MTADQLH GTRDPAQRPP AGLSTQAIEF TVGDTIRGMG LMDARGPTEA YRDREVPQDM TFGIRTKPNP FPNPLRGPGR YVA LGLSDE DFLLLRDRAH IVPVMVKALA LKEEEANQIF DTVSNRFGRD KISISEFHQE FKMQQSQNSI

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #3: Tubulin alpha chain

分子名称: Tubulin alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 188 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 50.166504 KDa
配列文字列: MREVISIHVG QAGVQIGNGC WELYCLEHGI QPDGQLPSDK TIGVEDDAFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVVDEVRT GTYRQLFHP EQLISGKEDA ANNYARGHYT VGKEIIDLTL DRIRKLADQC TGLQGFLIFH SFGGGTGAGF GSLLLERLSV D YGKKSKLE ...文字列:
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UniProtKB: Tubulin alpha chain

+
分子 #4: IQ calmodulin-binding motif family protein

分子名称: IQ calmodulin-binding motif family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 35.48057 KDa
配列文字列: MTQLPNLLRP RVEVPMSTST IHSRALYNPN TVRGTFPKPN RPAAQNPTAE YKTLTRGEHI SAESRVDDIL KGAPLTSIPL ENVNQVIIT LKERKRQATL AGNYHLSQQI VDLIQKINSI VIQRKHAQMK SQEIKALEIQ LQQAENSLKK TIEQWNQKVT D FNRTQSSS ...文字列:
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UniProtKB: IQ calmodulin-binding motif family protein

+
分子 #5: Flagellar protofilament ribbon protein, putative

分子名称: Flagellar protofilament ribbon protein, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 46.130445 KDa
配列文字列: MELRQHSQIE QIENAKIERR RREHAERLKR IMDEKNLQMG MDYDALQKQI DEKKARLQAE KEEEEAYNQK FLAEQKLLAK LAAHEQAEL KQIQKDINEF RATRQRPEME REYDLNRKDY IKVQPQMRIT DNDPWLSVSS GLKFDGEDLT AEERLKAQKE Q RERWGKQQ ...文字列:
MELRQHSQIE QIENAKIERR RREHAERLKR IMDEKNLQMG MDYDALQKQI DEKKARLQAE KEEEEAYNQK FLAEQKLLAK LAAHEQAEL KQIQKDINEF RATRQRPEME REYDLNRKDY IKVQPQMRIT DNDPWLSVSS GLKFDGEDLT AEERLKAQKE Q RERWGKQQ IAEKKNRLAK EREEDKEWER RYLEYNAISR QVGEMEDQAR KEWREECNQE NLRLAAEKRA REEEDRRLDL EL NQYEINS TIDRLNQSQA NDEAAAANGG SFVEGKRGQM DTQAYKGMTP EQIERLKQIQ LQQIEENRKR REAEAEQERI DEE NRKKAA RDALKASRAE ERERKRRLLE NLEENRKMAE SKTMTRSVDD LLEGDKNNWW PFGKSHR

UniProtKB: Flagellar protofilament ribbon protein, putative

+
分子 #6: TvFAP40

分子名称: TvFAP40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 43.785008 KDa
配列文字列: MRRALRARSL TGSFQTDRDC DDIVESLMRG AKCDTIPPNM TQNVITILTA RRKDALLHGK EATAAKMETL ISELRYGPDK FEIDGTEDP ITTRTRSLVK TRDFSEHDLN PTRKEMAKGK KTAEVPPNVR PKVMPLLKNS RSVKVSRINY ESSDRYDKAM D QLDEYQID ...文字列:
MRRALRARSL TGSFQTDRDC DDIVESLMRG AKCDTIPPNM TQNVITILTA RRKDALLHGK EATAAKMETL ISELRYGPDK FEIDGTEDP ITTRTRSLVK TRDFSEHDLN PTRKEMAKGK KTAEVPPNVR PKVMPLLKNS RSVKVSRINY ESSDRYDKAM D QLDEYQID SRRLGPRFQR VEAIQRKLDE ARMHYNDVRL QVHTQRQQYE ALEAAAAEEL EEKIAAESLE YGSHVPKSLP LE YSKFSAN ALNLRERQRK AARLRMYDDA DNFSKQALAL EKKQLQAQNE KFVRAFNLNR KYLDKKMVEQ RECFREIWRR KKD KVSRDT TAELRQSKKA IENLEKELAE AQASVAKEMR RIKLNERIGT APVNARPGAL Y

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #7: Parkin co-regulated protein

分子名称: Parkin co-regulated protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 27.68598 KDa
配列文字列: MSGGKLPRFP VTKPPRAVLH PETEVATREV APVKRQKRSL HKKVSPNQHT EFRRFYDRGD IPVRLVHTTF KNAIAWSVDP SVLDYQHYL PLFFDGLREK EEPYRFFARK GTWELLKNGG TRVLQCIPQV VIPLKKALDT RDMDIVPVAL RTMQKLVKSS E LAGEALIP ...文字列:
MSGGKLPRFP VTKPPRAVLH PETEVATREV APVKRQKRSL HKKVSPNQHT EFRRFYDRGD IPVRLVHTTF KNAIAWSVDP SVLDYQHYL PLFFDGLREK EEPYRFFARK GTWELLKNGG TRVLQCIPQV VIPLKKALDT RDMDIVPVAL RTMQKLVKSS E LAGEALIP FYRQLLPVLN EFSLCNKNLG DRIEYGQRKK ENIGDLIQET LECLELNGGP EAFINIQYMI PTYQSAKAPG DD E

UniProtKB: Parkin co-regulated protein

+
分子 #8: Cilia- and flagella-associated protein 45

分子名称: Cilia- and flagella-associated protein 45 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 55.181746 KDa
配列文字列: MKTTAHNPKY NTRITSVATN AVIVGRGDWR RVKKEAKHLT PEQRKQIALN DEKTKQEQLL QITKKRENLI DTQTKPEVIT RNLQTLNTF EERDYALQIA DTKADEDLDE VKKINSEMVA AKARTFRDQQ LEIHRQMKED EKAEERSIAD MLEENRQRAK S HYDEREAS ...文字列:
MKTTAHNPKY NTRITSVATN AVIVGRGDWR RVKKEAKHLT PEQRKQIALN DEKTKQEQLL QITKKRENLI DTQTKPEVIT RNLQTLNTF EERDYALQIA DTKADEDLDE VKKINSEMVA AKARTFRDQQ LEIHRQMKED EKAEERSIAD MLEENRQRAK S HYDEREAS LKEQRRRGRA IIELQIEEHK INSILEAERR DREAKALAIQ NEQIRQEDER IRAEQKARQQ AFLHDCIAME EA LVKRKAE EKRQEQELAQ MTIDYANEKA LKEEARERQI LAQKRLKERE IQEIRSKQQR AIDTKAIRDE MMAQRVQEEQ ARA AAEKEE AEQMAKITAV MKLKKDRADM INSKKLDQLE QQARERREYE MMLEQAETKK QKALADYTAK IEADQKYREE LKQT VELRE LSRKIDPDAK NREKAKMQAE QDAYMQRVER IRQKKLAELE AAGVPEKYRA DIKNLKFKSQ

UniProtKB: Cilia- and flagella-associated protein 45

+
分子 #9: Cilia- and flagella-associated protein 20

分子名称: Cilia- and flagella-associated protein 20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 22.837334 KDa
配列文字列: MFRDKYQAGF LNLFYSVGSK PLSIWEQHVE NGYIKRLTDP DIRSCVLEIV STTVNNTYIT CPIDPKEELA IKLPFLVLVL KYLKKYFTF EIQVLDDMNM RRRFRASNFQ SKTRVKPFVC TLPMRLDPGW NQIQFNLSDF TRRAYGTNYI ETLRVSVFAN C RVRRIYFS ...文字列:
MFRDKYQAGF LNLFYSVGSK PLSIWEQHVE NGYIKRLTDP DIRSCVLEIV STTVNNTYIT CPIDPKEELA IKLPFLVLVL KYLKKYFTF EIQVLDDMNM RRRFRASNFQ SKTRVKPFVC TLPMRLDPGW NQIQFNLSDF TRRAYGTNYI ETLRVSVFAN C RVRRIYFS DRLYTEDEVP PEYRLIPTKP EGEE

UniProtKB: Transcription factor 2B, putative

+
分子 #10: Cilia- and flagella-associated protein 53

分子名称: Cilia- and flagella-associated protein 53 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 57.844656 KDa
配列文字列: MSRPGRSLGL QFLMERRARE EANRFYNEAA AEDNLTRQRA QFEQRTLNRY QGGELRRRAQ ERVKKYQDEL EERRNKLAQL LENEENQYS VEIQNTVETP AKRRDRLKQQ LTALRTRRQE EHDKYVAEKN EQGWRDSCDP LRHQVSEALQ RQVIKERDQQ V IEKELERQ ...文字列:
MSRPGRSLGL QFLMERRARE EANRFYNEAA AEDNLTRQRA QFEQRTLNRY QGGELRRRAQ ERVKKYQDEL EERRNKLAQL LENEENQYS VEIQNTVETP AKRRDRLKQQ LTALRTRRQE EHDKYVAEKN EQGWRDSCDP LRHQVSEALQ RQVIKERDQQ V IEKELERQ KGDQAEEQYA ATVKENVAKW KEEQANAKDD HRQKLMQNRE TWLAQMNEKS QLVKTQKEQE YKESLEFRTT VE SQIKAAK EAAEKKAQQQ AERRQELDKL NSEQIATRRK IIEDDKALDA KYAAQAAEEL RQQEEDELVE RIVRNRKAEM NRK LFETQL NKKAAEDNRS EMFLQRAQQE ANDRDDELRR KDAEARRKLM LDAVDDRIKT IQLHENEKIK QRQEKLAETK RLEE ELEFE KQIEQEEKEQ RLLRIKNQYE MLQAQSRMKA EREAKEKAED AARVKAMVDG WAAEEERIKK ELANPNLFVG NRFRG NR

UniProtKB: Cilia- and flagella-associated protein 53

+
分子 #11: Trichohyalin-plectin-homology domain-containing protein

分子名称: Trichohyalin-plectin-homology domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 54.623988 KDa
配列文字列: MLKLRTLQNQ KDTIVLSAEE VERIRRLAAV RKPDDSAEIE KTRQLQAHEK TLAVTKGWAN SIANERQARI TFKQREKEKR EQELQELDR QEAQIQKEKK KKVLDEAEQK AFLEKPEIRA VHAQILLHEV VKERQRQIRA KERRKEAEQL REDMEIEEER K MLKEAEEK ...文字列:
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UniProtKB: Trichohyalin-plectin-homology domain-containing protein

+
分子 #12: Parkin co-regulated protein

分子名称: Parkin co-regulated protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 27.272264 KDa
配列文字列: MSVERPRLGK TEEQPTVQSR TIKRKKATVT SRGLGMAPKP KPPREFTQFR RFYDRGDLPI SRNYGDEQGP IHWKVSPDLL DYHHYLPVF FDGLRETEEP YWYFAYYGTL DLIAQGPTKI LAVVPQLIIP LKKDLNTREP EILCRCMAVI QALVKADPLI S EALVPYYR ...文字列:
MSVERPRLGK TEEQPTVQSR TIKRKKATVT SRGLGMAPKP KPPREFTQFR RFYDRGDLPI SRNYGDEQGP IHWKVSPDLL DYHHYLPVF FDGLRETEEP YWYFAYYGTL DLIAQGPTKI LAVVPQLIIP LKKDLNTREP EILCRCMAVI QALVKADPLI S EALVPYYR QILPVFNEFF LDNKNIGDRI EYSQRKHNNL SDLIHETLEE MEKSGGPEAY INIKYMIPSY QSAVAGSA

UniProtKB: Parkin co-regulated protein

+
分子 #13: Enkurin

分子名称: Enkurin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 28.259299 KDa
配列文字列: MIDEEECIYN LIPKPPPVIV KEPLHKSKFQ DQKQFYTAKK LSHATMGLPP EKLRQPPSQY LKKGERTKKL PPKERVIPKG NEGLTKPPV PKATETIKMK SPTKHNYILE NWKQAPKTKK LHPEKPETWY TDKPEYGQVP AYLDRVKQEA ADEAEYWDNV R ESMVPEDT ...文字列:
MIDEEECIYN LIPKPPPVIV KEPLHKSKFQ DQKQFYTAKK LSHATMGLPP EKLRQPPSQY LKKGERTKKL PPKERVIPKG NEGLTKPPV PKATETIKMK SPTKHNYILE NWKQAPKTKK LHPEKPETWY TDKPEYGQVP AYLDRVKQEA ADEAEYWDNV R ESMVPEDT ETRCRLLSEE ERIEILNGLY ANLAENKKRY ASLSFGQDNL SFRRKKEEME REAAQLEADI KTFERPNVYI TE N

UniProtKB: LOC402794 protein, putative

+
分子 #14: FAP77

分子名称: FAP77 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 32.0576 KDa
配列文字列: MEIVPFSDYR PSMSKNVLLV NNPVGGHRPS TYNLPDEDFR YGIRTKKGES VAACFDWPDP PVDRTRRGAT SSASSTVKER SLSPPKTAR RELSSICPPD YDEPKTPKQE RPKAEMMTLV ERTLGAPATS RPLNVKSNRD FISTNKAALD AGCVTARDFR E FKEENYIA ...文字列:
MEIVPFSDYR PSMSKNVLLV NNPVGGHRPS TYNLPDEDFR YGIRTKKGES VAACFDWPDP PVDRTRRGAT SSASSTVKER SLSPPKTAR RELSSICPPD YDEPKTPKQE RPKAEMMTLV ERTLGAPATS RPLNVKSNRD FISTNKAALD AGCVTARDFR E FKEENYIA KKQKTKTGQL AKEKHEAKVR NMVHGVSTPV VSEIKDCLTY RTLNEALDRA VRTRELQVEK AKAKSARRPT FK KAGRSTR ASRGHTVKPA PPPSEAETFK MKRFKNIDHY KIVDYW

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #15: EF hand family protein

分子名称: EF hand family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 107.833578 KDa
配列文字列: MIDIDDLLDR LRTDIYQGDV LPEDWFSGFD RLRSGRIFPN EFQRCFTLMR IKLSPEEFNM LVDRYRQGDK VNYKEFCHEI EDIFTNRNL EKAPLETTRN SQEIVSRTIG KLDVNTSVEL DNLMAKLHHQ IKTKGIHLRT AFMDFDKHNN GRITQSQFMR A NPFRDLTS ...文字列:
MIDIDDLLDR LRTDIYQGDV LPEDWFSGFD RLRSGRIFPN EFQRCFTLMR IKLSPEEFNM LVDRYRQGDK VNYKEFCHEI EDIFTNRNL EKAPLETTRN SQEIVSRTIG KLDVNTSVEL DNLMAKLHHQ IKTKGIHLRT AFMDFDKHNN GRITQSQFMR A NPFRDLTS REIQVLYDRY CDPQLKDFNY RKLNTDLNDY ASMQPTMVER SLTRSLLPHQ EKSLKIKNFD TPQELIIPKF AE HVRKERI CIKDFFQTHD TLRTGRIPVQ KFTGTITLFG YPFTTNDLDY LVSQYSIVVN YTHYIKYLEF CNDVEAEVET QLF PVKSRG IDTSSITPSN PKVDAIVDRL KSQTVRYRIN CLPTLMDFDR IGQGYVTPVQ FHRALTTLGF KVTNEERDEL VKVY EKDNR GVDIYRFIED IDPSHTQKRR EFKPVGVTKE SIIDTYGKAS NGDKFVTQDV ADKLLHESKK GLIPKINEKD NIDDL LIEM HKWCLINSVL FAEFLGQFDT HNNGEITAEH FRTGITISGY KLTDKEFQVL KDYYASETKK DYVKWRQFDK DVKEMT VPL DLEKTPQFNP LTQAELRSTT MRDIKTLTPK VQEIVKEISK FVRKRRLSLI EQFKDFDKLN HKKVNASHFT RILQLIG CY LSKDRIDELC SFYNDPYTKF VDYGKFCADV DEMTGQLFGD SASTTIVSNG FPHYTDRESE YLVSIRSGPA EIPTMDKI M EKLQAHVFKR RVRLLEFFQG FDGLRRGLVP KQKFHTVVSQ AELPLTADEI DLCLEEYADP KSNDLFNYRS FCAKVNEVF GPTELNRTPL TAPVPVRIKP EPSKTIQNLT PQEEQTVNSI LRRMKYVVTT RRMNIRDQFE DYDRKPYKNY ITKQQFRQSI SRLGLSTNR DELDILCKKY KNTDLDEVNY IQFCKDIDP

UniProtKB: EF hand family protein

+
分子 #16: Cilia- and flagella-associated protein 52

分子名称: Cilia- and flagella-associated protein 52 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 65.743289 KDa
配列文字列: MADELKLCST IGFSGQVAGG LIAHPDNKHI IYPLGSILVV MEKGKAATQR FLTGHTSEIT AIAVSRSGHY IASGQYSAID QESTLILWD FDKMAQVAKW TMHKDSIRCL SFSMSDKYLA SLGGDDRIVI WDVARRAGLN GSTATIGSTG GCNCVGFSNN D DQFFVSAG ...文字列:
MADELKLCST IGFSGQVAGG LIAHPDNKHI IYPLGSILVV MEKGKAATQR FLTGHTSEIT AIAVSRSGHY IASGQYSAID QESTLILWD FDKMAQVAKW TMHKDSIRCL SFSMSDKYLA SLGGDDRIVI WDVARRAGLN GSTATIGSTG GCNCVGFSNN D DQFFVSAG DTNVRFWRID EERRNFTADN MKLDITKRNV TALSLDANDT YVYCGTTTGD VLKVHCEQKK LITVGPRKPI GE GITALQV TPWGDIAVGS GCGRVAILDA GDLHAITGTD LQGRVTSVSV VPRTNSEILC GTSESDICSI NTDTFKASIL SKG HSSAIS DVFFPERSSD MFLTCSSGGF HVWNSRTYQE LLRVSLARSE CNCIAVPADG KIILTGWSDG RIRGYAPQSG RELW VINGA HLNGVTAIAA RGSFIVTGGM TGDISIWELG AKNMHLVKTL KEHHQMVSQI KFSRDGNEFW SCSHDGSVII WDANR VVSR QRFMQQAFFN GADVHTETGI LVTVSSDKRI VFWDGFNASI IRELEASVNA QPNSICLSPD ETKFVTGGDD KLVKVW GFQ TGQLEALGKG HCGNIKKAIY SPDQSIIVSV GAEGGIYIWK MK

UniProtKB: Cilia- and flagella-associated protein 52

+
分子 #17: Nucleoside diphosphate kinase

分子名称: Nucleoside diphosphate kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: nucleoside-diphosphate kinase
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 42.253996 KDa
配列文字列: MNSEFPTYSF KLEFYDERAD LVRPYVLMYF THLGEIEIYD LRQKRIFLKK TTNHNVQIKD LYIGNKLLIN GRQYEIIEYQ NEETKNAFD QQSQHTYAML KPGNINRLGE ALERITDYGL VVAKLRYGYI TKETASKFYQ EHVGKPFYDD LIKYITSGPI V AMDLVGPN ...文字列:
MNSEFPTYSF KLEFYDERAD LVRPYVLMYF THLGEIEIYD LRQKRIFLKK TTNHNVQIKD LYIGNKLLIN GRQYEIIEYQ NEETKNAFD QQSQHTYAML KPGNINRLGE ALERITDYGL VVAKLRYGYI TKETASKFYQ EHVGKPFYDD LIKYITSGPI V AMDLVGPN AIKKWRTIIG PTNLDTAKKE APNSLRALYA RSTTENFAHG SDSPESAARE LQIIFGENAV ELASQCEGST LC IIKPHAI NEGLAGPIIR QIVGEGFTIA GAVMTTLEIP TAGEFLEVYK TVVGDYSDMV SELASGLLIA LELVKDNAVS ELR KLCGPR DVSVAKQIRP QSLRAIFGTD LVHNAVHCTD LEEDAPLEVE YFFVILETE

UniProtKB: Nucleoside diphosphate kinase

+
分子 #18: FAP161

分子名称: FAP161 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 28.401012 KDa
配列文字列: MQNHYQPTTR IGNWYEEMVL EDEKMREFLE KKAAGTLTIQ RIRQNLVMVQ MPPPQEDGLV HYSTMIRIKN AGLECFLGCD PGDAEHVEE GMYSATGCRT DDVTARNVWV LKQCNNNGAP KETREDDVLC FGDEFLISSS DSLGPNPFYI ASHHLDWSHF S RVSRKQLV ...文字列:
MQNHYQPTTR IGNWYEEMVL EDEKMREFLE KKAAGTLTIQ RIRQNLVMVQ MPPPQEDGLV HYSTMIRIKN AGLECFLGCD PGDAEHVEE GMYSATGCRT DDVTARNVWV LKQCNNNGAP KETREDDVLC FGDEFLISSS DSLGPNPFYI ASHHLDWSHF S RVSRKQLV YSTEKETPQA IWRVESVGRD TMMEMEGEPV HIGEPVLLKN VTTNLPLIVQ DATFLNDYGS EHELICGKLA DK KGVWTFT DH

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #19: RIIa domain-containing protein

分子名称: RIIa domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 8.949297 KDa
配列文字列:
MTRLPPKEAP TKDEKFKNRA ELDKLRIENE RYMKDHPELN AAIQEFVYAV LKRKPDDVRG FAIDFFTRPI QETPK

UniProtKB: RIIa domain-containing protein

+
分子 #20: FAP12

分子名称: FAP12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 12.391051 KDa
配列文字列:
MSRQSKPSVP ANIQALIRAN DLHAEAVEQA KINLSKANET KFRESHASFI RNAEVRRNAK LSHQEEVLAH ADLICDRRAR LAAQFAEDK EEWQKELQAR GMTFQKTMI

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #21: Meiosis-specific nuclear structural protein 1

分子名称: Meiosis-specific nuclear structural protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 59.697285 KDa
配列文字列: MTQRVTRQMF ERRYEQRARD EAMYSIYQSK IKAEQKDRVQ QETDERSALR RKAARQRVAD EEFAMAEKIY NQQQAYETRM REMQEQDAI AQALAEQTQA EIRDQKYRAL LRENDAEIRE LKSKLQTALI TQTRDKQIKE ADKRRKEEEQ ERIEEEQQMM R NYRREEAA ...文字列:
MTQRVTRQMF ERRYEQRARD EAMYSIYQSK IKAEQKDRVQ QETDERSALR RKAARQRVAD EEFAMAEKIY NQQQAYETRM REMQEQDAI AQALAEQTQA EIRDQKYRAL LRENDAEIRE LKSKLQTALI TQTRDKQIKE ADKRRKEEEQ ERIEEEQQMM R NYRREEAA RVMEEEAKHA NSLATRAFIQ EQLRDKERRR QLLEVAERKR DEQQVNEIVA RVQREDAERE AAYRQKQAHN FR EMQDFMA ARQAMKERER REQEEEDRKI AEFSMNVDER LRRAQEEQKR RDVAREAIGQ RIARDIQAKQ KEDEEYEQLC LDL AEQQEL QRLQDRERAE AEKIRKQIED CKVFMEQSLK AKAAERERTR IEELKLKQQM VEEQKRLNEL AAVEQENARI KNEK YRREL TRQMLQKREM YEAARAQELK KLQLEQEREN ERQRILNEER RKLVINHILS MGADAVKYLP QGVLKEEDLD YLPEE YRIA ILNTKV

UniProtKB: Meiosis-specific nuclear structural protein 1

+
分子 #22: MGC84469 protein, putative

分子名称: MGC84469 protein, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
分子量理論値: 68.197602 KDa
配列文字列: MTLPLLPGHT FPDPTQTRFH KSQALVFENG GMAIHENAPG IGGTLLPGQL PPKEAISSTT IYNQAMGDSN QEGETVPAWV AFGSQVLRF YGYFKEPVFS SQEETYRVRK VKILFFLEDD TIEIVEPRVK NSGIPQGTFL RRHRAKKDDD SYVNVGDFHI G EEFSLYGR ...文字列:
MTLPLLPGHT FPDPTQTRFH KSQALVFENG GMAIHENAPG IGGTLLPGQL PPKEAISSTT IYNQAMGDSN QEGETVPAWV AFGSQVLRF YGYFKEPVFS SQEETYRVRK VKILFFLEDD TIEIVEPRVK NSGIPQGTFL RRHRAKKDDD SYVNVGDFHI G EEFSLYGR VYFIQEADKF THEFLDKLNR DGRTDETIPD DPYIQKRTLV EYNETHRNRG VPKPEMLKLR QFLANDGHVL RF YATWDNR DRPFGDLRQF VIHYYLSDDT MEVLEVRHQN DGRDPVPSFV KRGQIPKRLL SLSENDPRFL PAENYFRPTD LHI GDDIQI LGRTMHIFDC DPYTRNWYIE NMGYSAEEMS PVAQETVEDK PTQVKFEVPP PSLIGSDEDT LRSCISLHPK PAPK DQVKL LKHSNDILRF KCHMVTRNSV DASRSFILTY FMADDTIQVF EPPARNSGII AGKWLQRTKL TNPDTGKPFQ ASDFE IGKV LTINCSKFQL DEATEYALSF MEADPDSFPQ ADLNRIVTDF RAGLKQSGKD ATDLFKKFAS NNKIDVKGLQ SIFEAI GLS INVHEAITIF RRYSTESKPT SLNIRDYLSF AQ

UniProtKB: MGC84469 protein, putative

+
分子 #23: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 191 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #24: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 188 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #25: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 188 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMC4H11NO3tris
1.0 mMC4H10O2S2dithiothreitol
5.0 mMC10H16N5O13P3adenosine triphosphate

詳細: 150 mM NaCl, 50 mM 325 Tris, 2 mM MgCl2, 1 mM DTT, 5 mM ATP 2 x complete protease inhibitor, pH 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.2 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 941307
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

20631

最終 再構成使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 409692
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 136564
詳細: 3D classification from 16-nm particles (409692 total) into 3 classes

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9d5n:
48-nm doublet microtubule from Trichomonas vaginalis strain G3

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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