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- EMDB-46032: Doublet Microtubule from T. vaginalis - local refine 34 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46032
タイトルDoublet Microtubule from T. vaginalis - local refine 34
マップデータ
試料
  • 複合体: Flagellar doublet microtubules
キーワードmicrotubule / flagella / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Stevens A / Zhou ZH
資金援助 米国, 8件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10OD018111 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)1S10RR23057 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI103182 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R33AI119721 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI007323 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structures of Native Doublet Microtubules from Trichomonas vaginalis Reveal Parasite-Specific Proteins.
著者: Alexander Stevens / Saarang Kashyap / Ethan H Crofut / Shuqi E Wang / Katherine A Muratore / Patricia J Johnson / Z Hong Zhou /
要旨: Doublet microtubules (DMTs) are flagellar components required for the protist Trichomonas vaginalis (Tv) to swim through the human genitourinary tract to cause trichomoniasis, the most common non- ...Doublet microtubules (DMTs) are flagellar components required for the protist Trichomonas vaginalis (Tv) to swim through the human genitourinary tract to cause trichomoniasis, the most common non-viral sexually transmitted disease. Lack of structures of Tv's DMT (Tv-DMT) has prevented structure-guided drug design to manage Tv infection. Here, we determine the 16 nm, 32 nm, 48 nm and 96 nm-repeat structures of native Tv-DMT at resolution ranging from 3.4 to 4.4 Å by cryogenic electron microscopy (cryoEM) and built an atomic model for the entire Tv-DMT. These structures show that Tv-DMT is composed of 30 different proteins, including the α- and β-tubulin, 19 microtubule inner proteins (MIPs) and 9 microtubule outer proteins. While the A-tubule of Tv-DMT is simplistic compared to DMTs of other organisms, the B-tubule of Tv-DMT features parasite-specific proteins, such as TvFAP40 and TvFAP35. Notably, TvFAP40 and TvFAP35 form filaments near the inner and outer junctions, respectively, and interface with stabilizing MIPs. This atomic model of the Tv-DMT highlights diversity of eukaryotic motility machineries and provides a structural framework to inform rational design of therapeutics against trichomoniasis.
履歴
登録2024年8月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月14日-
マップ公開2025年5月14日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46032.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46032.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 640 pix.
= 704. Å		1.1 Å/pix.
x 640 pix.
= 704. Å		1.1 Å/pix.
x 640 pix.
= 704. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.2912507 - 0.55788934
平均 (標準偏差)0.0019302465 (±0.023360915)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ640640640
Spacing640640640
セルA=B=C: 704.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_46032_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_46032_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46032_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Flagellar doublet microtubules

全体名称: Flagellar doublet microtubules
要素
  • 複合体: Flagellar doublet microtubules

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超分子 #1: Flagellar doublet microtubules

超分子名称: Flagellar doublet microtubules / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
細胞中の位置: Flagella

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMC4H11NO3Tris
2.0 mMMgCl2magnesium chloride
1.0 mMC4H10O2S2dithiothreitol
5.0 mMC10H16N5O13P3adenosine triphosphate

詳細: 150 mM NaCl, 50 mM 325 Tris, 2 mM MgCl2, 1 mM DTT, 5 mM ATP 2 x complete protease inhibitor, pH 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Doublet microtubules purified from T. vaginalis flagella

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 941307
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

20631

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5) / 使用した粒子像数: 131393
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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