EMDB-46025: Doublet microtubules in T. vaginalis local refine 19

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-46025

タイトル

Doublet microtubules in T. vaginalis local refine 19

マップデータ

試料

複合体: Flagellar doublet microtubules

キーワード

microtubule / flagella / STRUCTURAL PROTEIN

生物種

Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å

データ登録者

Stevens A / Zhou ZH

資金援助

米国, 8件

Organization	Grant number	国
National Institutes of Health/Office of the Director	1S10OD018111	米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	1S10RR23057	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	DBI-1338135	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	DMR-1548924	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM071940	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01AI103182	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R33AI119721	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI007323	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures of Native Doublet Microtubules from Trichomonas vaginalis Reveal Parasite-Specific Proteins as Potential Drug Targets
著者: Stevens A / Saarang K / Crofut EC / Wang SE / Muratore KA / Johnson PJ / Zhou ZH

履歴

登録	2024年8月1日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年8月27日	-
マップ公開	2025年8月27日	-
更新	2025年8月27日	-
現状	2025年8月27日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_46025.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_46025.map.gz	941.5 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-46025-v30.xml emd-46025.xml	19.2 KB 19.2 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_46025_fsc.xml	21.1 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_46025.png	134.5 KB
マスクデータ	emd_46025_msk_1.map	1000 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-46025.cif.gz	4.8 KB
その他	emd_46025_half_map_1.map.gz emd_46025_half_map_2.map.gz	929 MB 929 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-46025 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-46025	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	45999C 46000C 46001C 46007C 46008C 46010C 46011C 46012C 46013C 46014C 46015C 46016C 46017C 46018C 46019C 46022C 46027C 46036C 9d5n C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_46025.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.1 Å/pix. x 640 pix. = 704. Å	1.1 Å/pix. x 640 pix. = 704. Å	1.1 Å/pix. x 640 pix. = 704. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.1 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.08
最小 - 最大	-0.18836442 - 0.33521757
平均 (標準偏差)	0.0018662701 (±0.018164389)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_46025_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_46025_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_46025_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Flagellar doublet microtubules

全体	名称: Flagellar doublet microtubules
要素	複合体: Flagellar doublet microtubules

-
超分子 #1: Flagellar doublet microtubules

超分子	名称: Flagellar doublet microtubules / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし) 細胞中の位置: Flagella

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液

pH: 7.4
構成要素:

濃度	式	名称
150.0 mM	NaCl	sodium chloride
50.0 mM	C₄H₁₁NO₃	Tris
2.0 mM	MgCl₂	magnesium chloride
1.0 mM	C₄H₁₀O₂S₂	dithiothreitol
5.0 mM	C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃	adenosine triphosphate

詳細: 150 mM NaCl, 50 mM 325 Tris, 2 mM MgCl2, 1 mM DTT, 5 mM ATP 2 x complete protease inhibitor, pH 7.4

グリッド

モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.

凍結

凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

詳細

Doublet microtubules purified from T. vaginalis flagella

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 45.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 941307
CTF補正	ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: 20631
最終再構成	アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5) / 使用した粒子像数: 143196
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5)
FSC曲線 (解像度の算出)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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