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- EMDB-4579: Structure of inner kinetochore CCAN-Cenp-A complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4579
タイトルStructure of inner kinetochore CCAN-Cenp-A complex
マップデータMap of CCAN-Cenp-A
試料
  • 複合体: Inner kinetochore CCAN complex assembled onto a centromeric nucleosome
    • 複合体: kinetochore
      • タンパク質・ペプチド: x 12種
    • 複合体: DNA
      • DNA: x 2種
    • 複合体: Histones
      • タンパク質・ペプチド: x 7種
キーワードinner kinetochore / DNA / nucleosome / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


2-micrometer circle DNA / 2-micrometer plasmid partitioning / negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / COMA complex / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / PKMTs methylate histone lysines / meiotic sister chromatid segregation / HDMs demethylate histones / Mis6-Sim4 complex / centromere complex assembly ...2-micrometer circle DNA / 2-micrometer plasmid partitioning / negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / COMA complex / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / PKMTs methylate histone lysines / meiotic sister chromatid segregation / HDMs demethylate histones / Mis6-Sim4 complex / centromere complex assembly / HATs acetylate histones / spindle attachment to meiosis I kinetochore / ascospore formation / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / attachment of spindle microtubules to kinetochore / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / centromeric DNA binding / CENP-A containing chromatin assembly / HDACs deacetylate histones / outer kinetochore / protein localization to chromosome, centromeric region / kinetochore assembly / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / condensed chromosome, centromeric region / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / replication fork protection complex / protein localization to kinetochore / RMTs methylate histone arginines / Oxidative Stress Induced Senescence / postreplication repair / spindle pole body / prenyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / RNA Polymerase I Promoter Escape / mitotic sister chromatid segregation / Estrogen-dependent gene expression / rRNA transcription / DNA replication initiation / Ub-specific processing proteases / protein localization to CENP-A containing chromatin / CENP-A containing nucleosome / nucleosomal DNA binding / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / chromosome segregation / heterochromatin formation / kinetochore / structural constituent of chromatin / nucleosome / peroxisome / chromatin organization / mitotic cell cycle / sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / cell division / DNA repair / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mif2, N-terminal / Kinetochore CENP-C fungal homologue, Mif2, N-terminal / Kinetochore subunit Nkp2/Cnl2 / Cnl2/NKP2 family protein / : / : / CENPH protein / CENPU protein / Centromere protein O / Cenp-O kinetochore centromere component ...Mif2, N-terminal / Kinetochore CENP-C fungal homologue, Mif2, N-terminal / Kinetochore subunit Nkp2/Cnl2 / Cnl2/NKP2 family protein / : / : / CENPH protein / CENPU protein / Centromere protein O / Cenp-O kinetochore centromere component / Mif2/CENP-C cupin domain / Centromere protein C/Mif2/cnp3 / Mif2/CENP-C like / Centromere protein Chl4/mis15/CENP-N / Kinetochore protein CHL4 like / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / RmlC-like jelly roll fold / Histone H2A / Histone 2A / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2B.1 / Histone H2B.2 / Polyprenyl synthatase / Histone H2A.1 / Inner kinetochore subunit MIF2 / Histone H3-like centromeric protein CSE4 / Inner kinetochore subunit IML3 / Inner kinetochore subunit AME1 / Inner kinetochore subunit CHL4 / Inner kinetochore subunit MCM22 ...Histone H2B.1 / Histone H2B.2 / Polyprenyl synthatase / Histone H2A.1 / Inner kinetochore subunit MIF2 / Histone H3-like centromeric protein CSE4 / Inner kinetochore subunit IML3 / Inner kinetochore subunit AME1 / Inner kinetochore subunit CHL4 / Inner kinetochore subunit MCM22 / Inner kinetochore subunit OKP1 / Inner kinetochore subunit CTF19 / Inner kinetochore subunit NKP2 / Inner kinetochore subunit MCM21 / Inner kinetochore subunit MCM16 / Inner kinetochore subunit NKP1 / Inner kinetochore subunit CTF3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) cerevisiae (パン酵母) / Escherichia coli (大腸菌) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.15 Å
データ登録者Yan K / Yang J
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_1201/6 英国
Cancer Research UKC576/A14109 英国
European CommissionINFRAIA project Epic-XS (Project 823839)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structure of the inner kinetochore CCAN complex assembled onto a centromeric nucleosome.
著者: Kaige Yan / Jing Yang / Ziguo Zhang / Stephen H McLaughlin / Leifu Chang / Domenico Fasci / Ann E Ehrenhofer-Murray / Albert J R Heck / David Barford /
要旨: In eukaryotes, accurate chromosome segregation in mitosis and meiosis maintains genome stability and prevents aneuploidy. Kinetochores are large protein complexes that, by assembling onto specialized ...In eukaryotes, accurate chromosome segregation in mitosis and meiosis maintains genome stability and prevents aneuploidy. Kinetochores are large protein complexes that, by assembling onto specialized Cenp-A nucleosomes, function to connect centromeric chromatin to microtubules of the mitotic spindle. Whereas the centromeres of vertebrate chromosomes comprise millions of DNA base pairs and attach to multiple microtubules, the simple point centromeres of budding yeast are connected to individual microtubules. All 16 budding yeast chromosomes assemble complete kinetochores using a single Cenp-A nucleosome (Cenp-A), each of which is perfectly centred on its cognate centromere. The inner and outer kinetochore modules are responsible for interacting with centromeric chromatin and microtubules, respectively. Here we describe the cryo-electron microscopy structure of the Saccharomyces cerevisiae inner kinetochore module, the constitutive centromere associated network (CCAN) complex, assembled onto a Cenp-A nucleosome (CCAN-Cenp-A). The structure explains the interdependency of the constituent subcomplexes of CCAN and shows how the Y-shaped opening of CCAN accommodates Cenp-A to enable specific CCAN subunits to contact the nucleosomal DNA and histone subunits. Interactions with the unwrapped DNA duplex at the two termini of Cenp-A are mediated predominantly by a DNA-binding groove in the Cenp-L-Cenp-N subcomplex. Disruption of these interactions impairs assembly of CCAN onto Cenp-A. Our data indicate a mechanism of Cenp-A nucleosome recognition by CCAN and how CCAN acts as a platform for assembly of the outer kinetochore to link centromeres to the mitotic spindle for chromosome segregation.
履歴
登録2019年1月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月31日-
マップ公開2019年10月2日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6qld
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4579.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4579.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of CCAN-Cenp-A
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 320 pix.
= 348.8 Å		1.09 Å/pix.
x 320 pix.
= 348.8 Å		1.09 Å/pix.
x 320 pix.
= 348.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.017 / ムービー #1: 0.017
最小 - 最大-0.06863052 - 0.12158532
平均 (標準偏差)0.00029283442 (±0.0026867972)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 348.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z348.800348.800348.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0690.1220.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Inner kinetochore CCAN complex assembled onto a centromeric nucleosome

全体名称: Inner kinetochore CCAN complex assembled onto a centromeric nucleosome
要素
  • 複合体: Inner kinetochore CCAN complex assembled onto a centromeric nucleosome
    • 複合体: kinetochore
      • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit MIF2
      • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit MCM16
      • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit CTF3
      • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit MCM22
      • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit IML3
      • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit CHL4
      • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit MCM21
      • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit CTF19
      • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit OKP1
      • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit AME1
      • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit NKP1
      • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit NKP2
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (125-MER)
      • DNA: DNA (125-MER)
    • 複合体: Histones
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3-like centromeric protein CSE4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B.2
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3-like centromeric protein CSE4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A.1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B.1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A.1

+
超分子 #1: Inner kinetochore CCAN complex assembled onto a centromeric nucleosome

超分子名称: Inner kinetochore CCAN complex assembled onto a centromeric nucleosome
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#17

+
超分子 #2: kinetochore

超分子名称: kinetochore / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #3-#4, #6-#14
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #3: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2, #5
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #4: Histones

超分子名称: Histones / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #15-#21
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)

+
分子 #1: Inner kinetochore subunit MIF2

分子名称: Inner kinetochore subunit MIF2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 2.754279 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
LRKSTRVKVA PLQYWRNEKI VY

UniProtKB: Inner kinetochore subunit MIF2

+
分子 #3: Inner kinetochore subunit MCM16

分子名称: Inner kinetochore subunit MCM16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 15.815147 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
SSEKQWERIQ QLEKEHVEVY RELLITLDRL YLIRKHNHAV ILSHTQQRLL EIRHQLQINL EKTALLIRLL EKPDNTNVLF TKLQNLLEE SNSLDYELLQ SLGAQSSLHK QLIESRAERD ELMSKLIELS SKFP

UniProtKB: Inner kinetochore subunit MCM16

+
分子 #4: Inner kinetochore subunit CTF3

分子名称: Inner kinetochore subunit CTF3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 47.222789 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: NSNVLLPRKV MSRDSLKHLY SSIILIKNSR DESSSPYEWC IWQLKRCFAH QIETPQEVIP IIISVSSMDN KLSSRIIQTF CNLKYLKLD ELTLKKVCGG ILPLWKPELI SGTREFFVKF MASIFMWSTR DGHDNNCTFS ETCFYVLQMI TNWVLDDKLI A LGLTLLHD ...文字列:
NSNVLLPRKV MSRDSLKHLY SSIILIKNSR DESSSPYEWC IWQLKRCFAH QIETPQEVIP IIISVSSMDN KLSSRIIQTF CNLKYLKLD ELTLKKVCGG ILPLWKPELI SGTREFFVKF MASIFMWSTR DGHDNNCTFS ETCFYVLQMI TNWVLDDKLI A LGLTLLHD MQSLLTLDKI FNNATSNRFS TMAFISSLDI LTQLSKQTKS DYAIQYLIVG PDIMNKVFSS DDPLLLSAAC RY LVATKNK LMQYPSTNKF VRMQNQYIMD LTNYLYRNKV LSSKSLFGVS PDFFKQILEN LYIPTADFKN AKFFTITGIP ALS YICIII LRRLETAENT KIKFTSGIIN EETFNNFFRV HHDEIGQHGW IKGVNNIHDL RVKILMHLSN TANPYRDIAA FLFT YLKSL SKY

UniProtKB: Inner kinetochore subunit CTF3

+
分子 #6: Inner kinetochore subunit MCM22

分子名称: Inner kinetochore subunit MCM22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 14.082116 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
VLDVYIKNLE NQIGNKRYFL KQAQGAIDEI TKRSLDTEGK PVNSEVFTEL LRKPMFFSER ADPIGFSLTS NFLSLRAQSS SEWLSLMND QSVDQKAMLL LQNNINSDLK ELLRKLQHQM TIM

UniProtKB: Inner kinetochore subunit MCM22

+
分子 #7: Inner kinetochore subunit IML3

分子名称: Inner kinetochore subunit IML3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 27.64473 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: PYTWKFLGIS KQLSLENGIA KLNQLLNLEV DLDIQTIRVP SDPDGGTAAD EYIRYEMRLD ISNLDEGTYS KFIFLGNSKM EVPMFLCYC GTDNRNEVVL QWLKAEYGVI MWPIKFEQKT MIKLADASIV HVTKENIEQI TWFSSKLYFE PETQDKNLRQ F SIEIPRES ...文字列:
PYTWKFLGIS KQLSLENGIA KLNQLLNLEV DLDIQTIRVP SDPDGGTAAD EYIRYEMRLD ISNLDEGTYS KFIFLGNSKM EVPMFLCYC GTDNRNEVVL QWLKAEYGVI MWPIKFEQKT MIKLADASIV HVTKENIEQI TWFSSKLYFE PETQDKNLRQ F SIEIPRES CEGLALGYGN TMHPYNDAIV PYIYNETGMA VERLPLTSVI LAGHTKIMRE SIVTSTRSLR NRVLAVVLQS IQ F

UniProtKB: Inner kinetochore subunit IML3

+
分子 #8: Inner kinetochore subunit CHL4

分子名称: Inner kinetochore subunit CHL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 51.64243 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: LRLEDNYVPT SDTLVVFKQL MKLPVTVLYD LTLSWFAKFG GSFDGDIYLL TETLDLLIEK GVRRNVIVNR ILYVYWPDGL NVFQLAEID CHLMISKPEK FKWLPSKALR GDGKPYVVKL QPAKFIENLQ TDLAKIYHCH VYMFKHPSLP VLITRIQLFD S NNLFLSTP ...文字列:
LRLEDNYVPT SDTLVVFKQL MKLPVTVLYD LTLSWFAKFG GSFDGDIYLL TETLDLLIEK GVRRNVIVNR ILYVYWPDGL NVFQLAEID CHLMISKPEK FKWLPSKALR GDGKPYVVKL QPAKFIENLQ TDLAKIYHCH VYMFKHPSLP VLITRIQLFD S NNLFLSTP NIGSINKESL YNKLDKFQGK PLISRRPYYV AFPLNSPIIF HSVDKDIYAR LVLQSISRTI SERETIIFKP VQ KIPVKSI HNIMTLLGPS RFAESMGPWE CYASANFERS PLHDYKKHQG LTGKKVMVRE FDDSFLNDDE NFYGKEEPEI RRL RLEKNM IKFKGSANGV MDQKYNDLKE FNEHVHNIRN GKKNEDSGEP VYISRYSSLV PIEKVGFTLK NEINSRIITI KLKF NGNDI FGGLHELCDK NLINIDKVPG WLAGENGSFS GTIMNGDFQR EQ

UniProtKB: Inner kinetochore subunit CHL4

+
分子 #9: Inner kinetochore subunit MCM21

分子名称: Inner kinetochore subunit MCM21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 24.746383 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: STSDRSELED YIVLENVYRM FGITFFPLVD PIDLKIKDAS GEIFVDREML GIRLEVFSER TSQFEKPHYV LLKKRIKSNS WFLFKHTIP SFIDVQGIFD DTNGGLVISH DDAYLFAKRV FLQLVEVQKR RQIFKDLEAK KIIHDLDLDL ESSMVSFFVK D IKVELFVK ...文字列:
STSDRSELED YIVLENVYRM FGITFFPLVD PIDLKIKDAS GEIFVDREML GIRLEVFSER TSQFEKPHYV LLKKRIKSNS WFLFKHTIP SFIDVQGIFD DTNGGLVISH DDAYLFAKRV FLQLVEVQKR RQIFKDLEAK KIIHDLDLDL ESSMVSFFVK D IKVELFVK QNEIVSCSIL DDIHDFSQNN KSKWEIALLG SLDDLELKLN HSFA

UniProtKB: Inner kinetochore subunit MCM21

+
分子 #10: Inner kinetochore subunit CTF19

分子名称: Inner kinetochore subunit CTF19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 31.659006 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: QNDITQDFLN LISISSSNPN SAISDRKRVE RINGLTNLQK ELVTKYDTLP LLNMNLRLSY LRDHTYPHLQ VSVQSRDRVH NDGIEVLVV NYKFCRNTMN PFEIQFKMFY KFEDSTLLKW EILRISTNVR LKAKQLLATR NFQKCLLSLY EFDKIKSKKT G IFQNLINL ...文字列:
QNDITQDFLN LISISSSNPN SAISDRKRVE RINGLTNLQK ELVTKYDTLP LLNMNLRLSY LRDHTYPHLQ VSVQSRDRVH NDGIEVLVV NYKFCRNTMN PFEIQFKMFY KFEDSTLLKW EILRISTNVR LKAKQLLATR NFQKCLLSLY EFDKIKSKKT G IFQNLINL LKRKTRCYLM NNSDSLIVER VIREGRLTTI KLQINFIITM PGERGKPRNC FLPMSKISIA LWKGGERFNQ ID LDEICYG LIKEYGVKTG LKEICNVCLF PDM

UniProtKB: Inner kinetochore subunit CTF19

+
分子 #11: Inner kinetochore subunit OKP1

分子名称: Inner kinetochore subunit OKP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 27.358393 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SILRLLETNT VSALDSVFEK YEKEMNQMTH GDNNEVKRIY SKKERLLEII LTKIKKKLRQ AKFPSRISER DLDIEYIYSK RQFIQNRYS QELQNNERLE AILSREQNLL EETRKLCMNL KTNNKKRLTE KLIQKDLHPV LNKAMEYTYG LESTNGFMHP D GPVTFRND ...文字列:
SILRLLETNT VSALDSVFEK YEKEMNQMTH GDNNEVKRIY SKKERLLEII LTKIKKKLRQ AKFPSRISER DLDIEYIYSK RQFIQNRYS QELQNNERLE AILSREQNLL EETRKLCMNL KTNNKKRLTE KLIQKDLHPV LNKAMEYTYG LESTNGFMHP D GPVTFRND SHELNLMLND PIKSTADVRL DKEEVLSLLP SLKEYTKKSK ELKETMGQMI SDSHEEEIKE VFV

UniProtKB: Inner kinetochore subunit OKP1

+
分子 #12: Inner kinetochore subunit AME1

分子名称: Inner kinetochore subunit AME1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 22.157994 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SVTTIDVLSS LFINLFENDL IPQALKDFNK SDDDQFRKLL YKLDLRLFQT ISDQMTRDLK DILDINVSNN ELCYQLKQVL ARKEDLNQQ IISVRNEIQE LKAGKDWHDL QNEQAKLNDK VKLNKRLNDL TSTLLGKYEG DRKIMSQDSE DDSIRDDSNI L DIAHFVDL ...文字列:
SVTTIDVLSS LFINLFENDL IPQALKDFNK SDDDQFRKLL YKLDLRLFQT ISDQMTRDLK DILDINVSNN ELCYQLKQVL ARKEDLNQQ IISVRNEIQE LKAGKDWHDL QNEQAKLNDK VKLNKRLNDL TSTLLGKYEG DRKIMSQDSE DDSIRDDSNI L DIAHFVDL MDPYNGLLKK INKINENLSN EL

UniProtKB: Inner kinetochore subunit AME1

+
分子 #13: Inner kinetochore subunit NKP1

分子名称: Inner kinetochore subunit NKP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 26.875254 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: TDTYNSISNF IENELTALLS SDDYLMDDLA GELPNEVCRL LKAQVIEKRK DAMSRGKQDL LSKEIYDNES ELRASQSQQI MELVGDIPK YSLGSELRNR VEGEPQSTSI ERLIEDVLKL PQMEVADEEE VEVENDLKVL SEYSNLRKDL ILKCQALQIG E SKLSDILS ...文字列:
TDTYNSISNF IENELTALLS SDDYLMDDLA GELPNEVCRL LKAQVIEKRK DAMSRGKQDL LSKEIYDNES ELRASQSQQI MELVGDIPK YSLGSELRNR VEGEPQSTSI ERLIEDVLKL PQMEVADEEE VEVENDLKVL SEYSNLRKDL ILKCQALQIG E SKLSDILS QTNSINSLTT SIKEASEDDD ISEYFATYNG KLVVALEEMK LLLEEAVKTF GNSPEKREKI KKILSELKK

UniProtKB: Inner kinetochore subunit NKP1

+
分子 #14: Inner kinetochore subunit NKP2

分子名称: Inner kinetochore subunit NKP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 17.631734 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
SEQLLHNYVS DSLLTTLISF QEFKQQLQSY TSDEQQLQHW YELLQARDAR VTSELEARIK QFFITLRSRL LRFLESEQLS HSLSLETLI DALYKINDLL QQRLQILDDA IQEKTSELAE FENMVRSPSA GDNAIPGLLQ IIQSYINLLE EN

UniProtKB: Inner kinetochore subunit NKP2

+
分子 #15: Histone H3-like centromeric protein CSE4

分子名称: Histone H3-like centromeric protein CSE4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 10.535404 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
LALYEIRKYQ RSTDLLISKI PFARLVKEVT DEFTTKDQDL RWQSMAIMAL QEASEAYLVG LLEHTNLLAL HAKRITIMKK DMQLARRIR G

UniProtKB: Histone H3-like centromeric protein CSE4

+
分子 #16: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 8.897329 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
DNIQGITKPA IRRLARRGGV KRISGLIYEE VRAVLKSFLE SVIRDSVTYT EHAKRKTVTS LDVVYALKRQ GRTLYGFGG

UniProtKB: Polyprenyl synthatase

+
分子 #17: Histone H2B.2

分子名称: Histone H2B.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 10.342754 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
RKETYSSYIY KVLKQTHPDT GISQKSMSIL NSFVNDIFER IATEASKLAA YNKKSTISAR EIQTAVRLIL PGELAKHAVS EGTRAVTKY SSST

UniProtKB: Histone H2B.2

+
分子 #18: Histone H3-like centromeric protein CSE4

分子名称: Histone H3-like centromeric protein CSE4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 13.715144 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
VRQKRREKQR KQSLKRVEKK YTPSELALYE IRKYQRSTDL LISKIPFARL VKEVTDEFTT KDQDLRWQSM AIMALQEASE AYLVGLLEH TNLLALHAKR ITIMKKDMQL ARRIRG

UniProtKB: Histone H3-like centromeric protein CSE4

+
分子 #19: Histone H2A.1

分子名称: Histone H2A.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 11.546386 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QSRSAKAGLT FPVGRVHRLL RRGNYAQRIG SGAPVYLTAV LEYLAAEILE LAGNAARDNK KTRIIPRHLQ LAIRNDDELN KLLGNVTIA QGGVLPNIHQ NLLPKK

UniProtKB: Histone H2A.1

+
分子 #20: Histone H2B.1

分子名称: Histone H2B.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 10.413832 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ARKETYSSYI YKVLKQTHPD TGISQKSMSI LNSFVNDIFE RIATEASKLA AYNKKSTISA REIQTAVRLI LPGELAKHAV SEGTRAVTK YSSST

UniProtKB: Histone H2B.1

+
分子 #21: Histone H2A.1

分子名称: Histone H2A.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 11.190911 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QSRSAKAGLT FPVGRVHRLL RRGNYAQRIG SGAPVYLTAV LEYLAAEILE LAGNAARDNK KTRIIPRHLQ LAIRNDDELN KLLGNVTIA QGGVLPNIHQ NLL

UniProtKB: Histone H2A.1

+
分子 #2: DNA (125-MER)

分子名称: DNA (125-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 38.030211 KDa
配列文字列: (DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT) ...文字列:
(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA) (DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)

+
分子 #5: DNA (125-MER)

分子名称: DNA (125-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 38.510504 KDa
配列文字列: (DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT) (DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT) (DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA) (DC)(DG)(DC)(DG)(DG) ...文字列:
(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT) (DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT) (DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA) (DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG) (DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT) (DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT) (DA)(DG)(DA) (DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT) (DT)(DG)(DA)(DG) (DC)(DG)(DG)(DC)(DC) (DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DC) (DT)(DC)(DG)(DA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 32.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Reconstruction using SIMPLE_prime
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 145783
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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