+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4480 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CI Peripheral Arm focused refinement from Ovine respiratory SC I+III2 | |||||||||
![]() | Focused refinement around complex I peripheral arm | |||||||||
![]() |
| |||||||||
機能・相同性 | ![]() NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / apoptotic mitochondrial changes / NADH dehydrogenase activity / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / acyl binding / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / acyl carrier activity ...NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / apoptotic mitochondrial changes / NADH dehydrogenase activity / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / acyl binding / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / acyl carrier activity / ATP metabolic process / respiratory electron transport chain / reactive oxygen species metabolic process / regulation of mitochondrial membrane potential / electron transport chain / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / circadian rhythm / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / protein-containing complex binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
![]() | Letts JA / Sazanov LA | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of Respiratory Supercomplex I+III Reveal Functional and Conformational Crosstalk. 著者: James A Letts / Karol Fiedorczuk / Gianluca Degliesposti / Mark Skehel / Leonid A Sazanov / ![]() ![]() ![]() 要旨: The mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes (SCs) of defined stoichiometry, which have been proposed to regulate electron flux via substrate channeling. We ...The mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes (SCs) of defined stoichiometry, which have been proposed to regulate electron flux via substrate channeling. We demonstrate that CoQ trapping in the isolated SC I+III limits complex (C)I turnover, arguing against channeling. The SC structure, resolved at up to 3.8 Å in four distinct states, suggests that CoQ oxidation may be rate limiting because of unequal access of CoQ to the active sites of CIII. CI shows a transition between "closed" and "open" conformations, accompanied by the striking rotation of a key transmembrane helix. Furthermore, the state of CI affects the conformational flexibility within CIII, demonstrating crosstalk between the enzymes. CoQ was identified at only three of the four binding sites in CIII, suggesting that interaction with CI disrupts CIII symmetry in a functionally relevant manner. Together, these observations indicate a more nuanced functional role for the SCs. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 228.8 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 38.3 KB 38.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 63.9 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 244.1 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 194.7 MB 194.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 366.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 365.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6q9dMC ![]() 4479C ![]() 4481C ![]() 4482C ![]() 4493C ![]() 4494C ![]() 4495C ![]() 4496C ![]() 4497C ![]() 4498C ![]() 4499C ![]() 4500C ![]() 4501C ![]() 4502C ![]() 4505C ![]() 4506C ![]() 4507C ![]() 6q9bC ![]() 6q9eC ![]() 6qa9C ![]() 6qbxC ![]() 6qc2C ![]() 6qc3C ![]() 6qc4C ![]() 6qc5C ![]() 6qc6C ![]() 6qc7C ![]() 6qc8C ![]() 6qc9C ![]() 6qcaC ![]() 6qcfC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Focused refinement around complex I peripheral arm | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Focused refinement around complex I peripheral arm. Half map 1
ファイル | emd_4480_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Focused refinement around complex I peripheral arm. Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Focused refinement around complex I peripheral arm. Half map 2
ファイル | emd_4480_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Focused refinement around complex I peripheral arm. Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
+全体 : Ovine mitochondrial SC I+III2
+超分子 #1: Ovine mitochondrial SC I+III2
+分子 #1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
+分子 #2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
+分子 #3: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S1
+分子 #4: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S2,NADH:ubiquinone ox...
+分子 #5: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S3
+分子 #6: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S7
+分子 #7: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S8
+分子 #8: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit V3
+分子 #9: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
+分子 #10: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit S4
+分子 #11: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A9
+分子 #12: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
+分子 #13: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5
+分子 #14: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A6
+分子 #15: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
+分子 #16: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
+分子 #17: Acyl carrier protein
+分子 #18: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
+分子 #19: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #20: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
+分子 #21: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
+分子 #22: ZINC ION
+分子 #23: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
+分子 #24: S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-b...
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 2 mg/mL | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: 250 mM NaCl, 20 mM HEPES, pH 7.7, 0.02% Brij-35 | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: blotting for 30 seconds at 4 degrees Celsius, 95% humidity and flash freezing. |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1854 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 51.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |