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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4413 | |||||||||
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タイトル | Tobacco Mosaic Virus | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | TMV / helical virus / coat protein / plant pathogen / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / helical viral capsid / structural molecule activity / identical protein binding / Capsid protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Tobacco mosaic virus (strain vulgare) (ウイルス) / Tobacco mosaic virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Song B / Flegler V | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Ultramicroscopy / 年: 2019 タイトル: Capabilities of the Falcon III detector for single-particle structure determination. 著者: Boyuan Song / Julian Lenhart / Vanessa Judith Flegler / Cihan Makbul / Tim Rasmussen / Bettina Böttcher / 要旨: Direct electron detectors are an essential asset for the resolution revolution in electron cryo microscopy of biological objects. The direct detectors provide two modes of data acquisition; the ...Direct electron detectors are an essential asset for the resolution revolution in electron cryo microscopy of biological objects. The direct detectors provide two modes of data acquisition; the counting mode in which single electrons are counted, and the integrating mode in which the signal that arises from the incident electrons is integrated. While counting mode leads to far higher detective quantum efficiency at all spatial frequencies, the integrating mode enables faster data acquisition at higher exposure rates. For optimal throughput at best possible resolution it is important to understand when the better performance in counting mode becomes essential for solving a structure and when the lower detective quantum efficiency in integrating mode can be compensated by increasing the number of particles in the data set. Here, we provide a case study of the Falcon III camera, which has counting mode capability at exposure rates of <0.9 e/Px² and integrating mode capability at exposure rates above 10 e/Px². We found that counting mode gives better resolution for medium sized complexes such as the β-galactosidase (465 kDa) (2.2 Å, 97% of Nyquist vs. 2.4 Å, 89% of Nyquist) with data sets of similar size. However, for larger particles such as Hepatitis B virus capsid like particles (4.8 MDa) we did not find any resolution gain in counting mode. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4413.map.gz | 45.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4413-v30.xml emd-4413.xml | 18.5 KB 18.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4413_fsc.xml | 21 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4413.png | 199.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-4413.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_4413_half_map_1.map.gz emd_4413_half_map_2.map.gz | 663.8 MB 663.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4413 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4413 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4413_validation.pdf.gz | 373.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4413_full_validation.pdf.gz | 372.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4413_validation.xml.gz | 26.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4413 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4413 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4413.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0635 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_4413_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_4413_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Tobacco mosaic virus
全体 | 名称: Tobacco mosaic virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Tobacco mosaic virus
超分子 | 名称: Tobacco mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12243 / 生物種: Tobacco mosaic virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Nicotiana sp. (ナス科) |
分子量 | 理論値: 40 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 180.0 Å |
-分子 #1: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Tobacco mosaic virus (strain vulgare) (ウイルス) 株: vulgare |
分子量 | 理論値: 17.636621 KDa |
配列 | 文字列: MSYSITTPSQ FVFLSSAWAD PIELINLCTN ALGNQFQTQQ ARTVVQRQFS EVWKPSPQVT VRFPDSDFKV YRYNAVLDPL VTALLGAFD TRNRIIEVEN QANPTTAETL DATRRVDDAT VAIRSAINNL IVELIRGTGS YNRSSFESSS GLVWTSGPAT UniProtKB: Capsid protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Quantifoil 400 mesh copper grids R 1.2/1.3 were used (Quantifoil Micro Tools GmbH, Jena, Germany). Grids were glow discharged in air at a pressure of 2.2x10-2 Torr for 2 min at medium power ...詳細: Quantifoil 400 mesh copper grids R 1.2/1.3 were used (Quantifoil Micro Tools GmbH, Jena, Germany). Grids were glow discharged in air at a pressure of 2.2x10-2 Torr for 2 min at medium power with a Harrick Plasma cleaner (PDC-002). Subsequently, 3-4 ul of the sample was pipetted onto the glow discharged grids and plunge frozen in liquid Ethane with a Vitrobot IV (FEI). The sample chamber of the Vitrobot was maintained at 4C and 100% humidity. Wait time between sample application and blotting was 45 s, the drain time 0 s, the blot time 3 s and the blot force 0.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 79.0 K / 最高: 80.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1001 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.12 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.58 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 105 |
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得られたモデル | PDB-6i5a: |