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- EMDB-44075: Cryo-EM structure of native SWR1 bound to nucleosome (composite s... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44075
タイトルCryo-EM structure of native SWR1 bound to nucleosome (composite structure)
マップデータComposite cryo-EM structure of SWR1-nucleosome complex
試料
  • 複合体: Native SWR1 bound to nucleosome.
    • 複合体: Native SWR1 complex
      • タンパク質・ペプチド: x 6種
    • タンパク質・ペプチド: x 5種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 4種
キーワードChromatin Remodeler / Snf2 family ATPase / histone exchange / H2A.Z / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Interleukin-7 signaling / Chromatin modifying enzymes / RCAF complex / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ATP-dependent H2AZ histone chaperone activity / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / RNA Polymerase I Promoter Escape / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins ...Interleukin-7 signaling / Chromatin modifying enzymes / RCAF complex / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ATP-dependent H2AZ histone chaperone activity / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / RNA Polymerase I Promoter Escape / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / PRC2 methylates histones and DNA / HDACs deacetylate histones / Transcriptional regulation by small RNAs / Estrogen-dependent gene expression / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / HATs acetylate histones / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Oxidative Stress Induced Senescence / polytene chromosome / R2TP complex / protein targeting to vacuole / Swr1 complex / Ino80 complex / endoplasmic reticulum organization / box C/D snoRNP assembly / 3'-5' DNA helicase activity / NuA4 histone acetyltransferase complex / nucleosome binding / nucleosomal DNA binding / DNA helicase activity / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / nuclear periphery / structural constituent of chromatin / rRNA processing / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / histone binding / 5'-3' DNA helicase activity / DNA helicase / protein stabilization / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SWR1-complex protein 3 / Vps71/ZNHIT1 / Zinc finger HIT-type profile. / Vps72/YL1, N-terminal / Vps72/YL1 family / YL1 nuclear protein / Zinc finger, HIT-type / Vps72/YL1, C-terminal / YL1 nuclear protein C-terminal domain / YL1 nuclear protein C-terminal domain ...SWR1-complex protein 3 / Vps71/ZNHIT1 / Zinc finger HIT-type profile. / Vps72/YL1, N-terminal / Vps72/YL1 family / YL1 nuclear protein / Zinc finger, HIT-type / Vps72/YL1, C-terminal / YL1 nuclear protein C-terminal domain / YL1 nuclear protein C-terminal domain / RuvB-like / RuvB-like, AAA-lid domain / RuvBL1/2, DNA/RNA binding domain / TIP49 P-loop domain / TIP49 AAA-lid domain / TIP49, P-loop domain / Actin / Actin family / Actin / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / ATPase, nucleotide binding domain / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H4 / Histone H2B / Histone H2A / Histone H3 / SWR1-complex protein 3 / Vacuolar protein sorting-associated protein 72 / Vacuolar protein sorting-associated protein 71 / RuvB-like protein 2 / Actin-like protein ARP6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Louder RK / Park G / Wu C
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM149291 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM125831 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM133151 米国
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2024
タイトル: Molecular basis of global promoter sensing and nucleosome capture by the SWR1 chromatin remodeler
著者: Louder RK / Park G / Ye Z / Cha JS / Gardner AM / Lei Q / Ranjan A / Hollmuller E / Stengel F / Pugh BF / Wu C
履歴
登録2024年3月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月9日-
マップ公開2024年10月9日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44075.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44075.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite cryo-EM structure of SWR1-nucleosome complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 384 pix.
= 395.52 Å		1.03 Å/pix.
x 384 pix.
= 395.52 Å		1.03 Å/pix.
x 384 pix.
= 395.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.0054022768 - 2.1138809
平均 (標準偏差)0.0021323424 (±0.03182059)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 395.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Native SWR1 bound to nucleosome.

全体名称: Native SWR1 bound to nucleosome.
要素
  • 複合体: Native SWR1 bound to nucleosome.
    • 複合体: Native SWR1 complex
      • タンパク質・ペプチド: Helicase SWR1
      • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 72
      • タンパク質・ペプチド: Actin-like protein ARP6
      • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 71
      • タンパク質・ペプチド: RuvB-like protein 1
      • タンパク質・ペプチド: RuvB-like protein 2
    • タンパク質・ペプチド: SWR1-complex protein 3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • DNA: DNA (214-MER)
    • DNA: DNA (214-MER)
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Native SWR1 bound to nucleosome.

超分子名称: Native SWR1 bound to nucleosome. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#13
詳細: Endogenously purified yeast SWR1 complex bound to 60-N-7 nucleosome fragment in the presence of ADP-BeF3.
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W303
分子量理論値: 1.19 MDa

+
超分子 #2: Native SWR1 complex

超分子名称: Native SWR1 complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#6 / 詳細: Endogenously purified yeast SWR1 complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W303

+
分子 #1: Helicase SWR1

分子名称: Helicase SWR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Fusion protein with C-terminal 3xFLAG / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 178.058172 KDa
配列文字列: MTTSRKSHAK DKKAGGEQDL ADLKFRYDLL TNELFHLREF VSLVDYDPTH FNDSESFQKF LRETHLSLEE RGEKFTDDVA KKGTNGDLT RRRRNLRTST VVSSETTNEK KGDIELKLES IAPLVRNKCE ELKYKLSDHS NRKSIVPQKR PIQHLKKREA A KSLKFKSE ...文字列:
MTTSRKSHAK DKKAGGEQDL ADLKFRYDLL TNELFHLREF VSLVDYDPTH FNDSESFQKF LRETHLSLEE RGEKFTDDVA KKGTNGDLT RRRRNLRTST VVSSETTNEK KGDIELKLES IAPLVRNKCE ELKYKLSDHS NRKSIVPQKR PIQHLKKREA A KSLKFKSE RKENPLPLHE HIAEERYDHI AKVEEPSEAF TIKCPSDDSS FENTSEHYSD NFYFTTSSEE EDIKKKRGRK KK KPRIKLV VHPPKQTITN PLHVVKPGYE SLHEYIASFK SLEDDLTLEE YNKYIDEQRR LLSRLKKGIE NGALKYDKET DSL QPITSK EIKTIITYKP DPISYFYKQQ DLQIHTDHLI NQGIHMSKLF RSSTKARIAR AKKVSQMIEQ HFKHVAGAEE RKAK EEERH KKSLARFAVQ AVKKRWNMAE KAYRILRKDE EEQLKRIEGK QHLSKMLEKS TQLLEAQLNQ VNDDGRSSTP SSDSN DVLS ESDDDMDDEL STSSDEDEEV DADVGLENSP ASTEATPTDE SLNLIQLKEK YGHFNGSSTV YDSRNKDEKF PTLDKH ESS SSESSVMTGE ESSIYSSSEN ESQNENDRES DDKTPSVGLS ALFGKGEESD GDLDLDDSED FTVNSSSVEG EELEKDQ VD NSAATFERAG DFVHTQNENR DDIKDVEEDA ETKVQEEQLS VVDVPVPSLL RGNLRTYQKQ GLNWLASLYN NHTNGILA D EMGLGKTIQT ISLLAYLACE KENWGPHLIV VPTSVLLNWE MEFKRFAPGF KVLTYYGSPQ QRKEKRKGWN KPDAFHVCI VSYQLVVQDQ HSFKRKRWQY MVLDEAHNIK NFRSTRWQAL LNFNTQRRLL LTGTPLQNNL AELWSLLYFL MPQTVIDGKK VSGFADLDA FQQWFGRPVD KIIETGQNFG QDKETKKTVA KLHQVLRPYL LRRLKADVEK QMPAKYEHIV YCKLSKRQRF L YDDFMSRA QTKATLASGN FMSIVNCLMQ LRKVCNHPNL FEVRPILTSF VLEHCVASDY KDVERTLLKL FKKNNQVNRV DL DFLNLVF TLNDKDLTSY HAEEISKLTC VKNFVEEVNK LRETNKQLQE EFGEASFLNF QDANQYFKYS NKQKLEGTVD MLN FLKMVN KLRCDRRPIF GKNLIDLLTK DRRVKYDKSS IIDNELIKPL QTRVLDNRKI IDTFAVLTPS AVSLDMRKLA LGLN DDSSV GENTRLKVMQ NCFEVSNPLH QLQTKLTIAF PDKSLLQYDC GKLQKLAILL QQLKDNGHRA LIFTQMTKVL DVLEQ FLNY HGYLYMRLDG ATKIEDRQIL TERFNTDSRI TVFILSSRSG GLGINLTGAD TVIFYDSDWN PAMDKQCQDR CHRIGQ TRD VHIYRFVSEH TIESNILKKA NQKRQLDNVV IQEGDFTTDY FSKLSVRDLL GSELPENASG GDKPLIADAD VAAKDPR QL ERLLAQAEDE DDVKAANLAM REVEIDNDDF DESTEKKAAN EEEENHAELD EYEGTAHVDE YMIRFIANGY YYGSGGSG D YKDHDGDYKD HDIDYKDDDD KGS

+
分子 #2: Vacuolar protein sorting-associated protein 72

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 72 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 90.709008 KDa
配列文字列: MSDEGADKSL DTNTEFIIQT RSRRSNAGNK LQKLLEQELR DIESTKRQIS SYKNGNDDEE DEIGLLFQED EDDEDFEMMA KDDDDEGEE KEDETQSIRK EPSQASSEQA ADDLMFSSSE SEDSSNENDE DAEEKEIRRQ ELLSRKKRNK RLQKGPVVIK K QKPKPKSG ...文字列:
MSDEGADKSL DTNTEFIIQT RSRRSNAGNK LQKLLEQELR DIESTKRQIS SYKNGNDDEE DEIGLLFQED EDDEDFEMMA KDDDDEGEE KEDETQSIRK EPSQASSEQA ADDLMFSSSE SEDSSNENDE DAEEKEIRRQ ELLSRKKRNK RLQKGPVVIK K QKPKPKSG EAIPRSHHTH EQLNAETLLL NTRRTSKRSS VMENTMKVYE KLSKAEKKRK IIQERIRKHK EQESQHMLTQ EE RLRIAKE TEKLNILSLD KFKEQEVWKK ENRLALQKRQ KQKFQPNETI LQFLSTAWLM TPAMELEDRK YWQEQLNKRD KKK KKYPRK PKKNLNLGKQ DASDDKKRES EESIKNDGDV NSLGENSSSV HNQKRIEETS TNDTVEGESS PDAAVSRVNS DELK PTALP DVTLDAIANK QSTVDEAPNS QPQKNIITNE QKITNVGEPI QNLHNEEIKD EMVSALESRE NTFENSSPAA QVVSQ RDNS ATPTPSNSTG TEDTILISPD TDIKGEPEPC LKTEGIENLS HNVPQETKSN TDVSFLKQVT FTDHPQVAII DTEESP SKK DTANVDESSA ENSLSTQTYE GPEQLTSRNF VTLYDFPNAP PNLKDFNTNL FGDRWSYTNG LSATQRPQDM KTVFHSI LP SPPQSSVPSP TVDISLDLSA LANFPSFGEY DKKIVHQINT EINKDLEIKI KTQPPTGVFL ANGIRKKCLI TNKECQYF D PRTGVPYSDV EAYKIIQRIQ DPISKEEGRS DIKRDETTNE DSDDQVRFKW FGFKNGGIYL DLSQRPAKGV PEGF

UniProtKB: Vacuolar protein sorting-associated protein 72

+
分子 #3: Actin-like protein ARP6

分子名称: Actin-like protein ARP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 50.100582 KDa
配列文字列: METPPIVIDN GSYEIKFGPS TNKKPFRALN ALAKDKFGTS YLSNHIKNIK DISSITFRRP HELGQLTLWE LESCIWDYCL FNPSEFDGF DLKEGKGHHL VASESCMTLP ELSKHADQVI FEEYEFDSLF KSPVAVFVPF TKSYKGEMRT ISGKDEDIDI V RGNSDSTN ...文字列:
METPPIVIDN GSYEIKFGPS TNKKPFRALN ALAKDKFGTS YLSNHIKNIK DISSITFRRP HELGQLTLWE LESCIWDYCL FNPSEFDGF DLKEGKGHHL VASESCMTLP ELSKHADQVI FEEYEFDSLF KSPVAVFVPF TKSYKGEMRT ISGKDEDIDI V RGNSDSTN STSSESKNAQ DSGSDYHDFQ LVIDSGFNCT WIIPVLKGIP YYKAVKKLDI GGRFLTGLLK ETLSFRHYNM MD ETILVNN IKEQCLFVSP VSYFDSFKTK DKHALEYVLP DFQTSFLGYV RNPRKENVPL PEDAQIITLT DELFTIPETF FHP EISQIT KPGIVEAILE SLSMLPEIVR PLMVGNIVCT GGNFNLPNFA QRLAAELQRQ LPTDWTCHVS VPEGDCALFG WEVM SQFAK TDSYRKARVT REEYYEHGPD WCTKHRFGYQ NWI

UniProtKB: Actin-like protein ARP6

+
分子 #4: Vacuolar protein sorting-associated protein 71

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 71 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 32.073479 KDa
配列文字列: MKALVEEIDK KTYNPDIYFT SLDPQARRYT SKKINKQGTI STSRPVKRIN YSLADLEARL YTSRSEGDGN SISRQDDRNS KNSHSFEER YTQQEILQSD RRFMELNTEN FSDLPNVPTL LSDLTGVPRD RIESTTKPIS QTSDGLSALM GGSSFVKEHS K YGHGWVLK ...文字列:
MKALVEEIDK KTYNPDIYFT SLDPQARRYT SKKINKQGTI STSRPVKRIN YSLADLEARL YTSRSEGDGN SISRQDDRNS KNSHSFEER YTQQEILQSD RRFMELNTEN FSDLPNVPTL LSDLTGVPRD RIESTTKPIS QTSDGLSALM GGSSFVKEHS K YGHGWVLK PETLREIQLS YKSTKLPKPK RKNTNRIVAL KKVLSSKRNL HSFLDSALLN LMDKNVIYHN VYNKRYFKVL PL ITTCSIC GGYDSISSCV NCGNKICSVS CFKLHNETRC RNR

UniProtKB: Vacuolar protein sorting-associated protein 71

+
分子 #5: RuvB-like protein 1

分子名称: RuvB-like protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5
詳細: Fusion protein with C-terminal maltose-binding protein
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 91.413242 KDa
配列文字列: MVAISEVKEN PGVNSSNSGA VTRTAAHTHI KGLGLDESGV AKRVEGGFVG QIEAREACGV IVDLIKAKKM SGRAILLAGG PSTGKTALA LAISQELGPK VPFCPLVGSE LYSVEVKKTE TLMENFRRAI GLRIKETKEV YEGEVTELTP EDAENPLGGY G KTISHVIV ...文字列:
MVAISEVKEN PGVNSSNSGA VTRTAAHTHI KGLGLDESGV AKRVEGGFVG QIEAREACGV IVDLIKAKKM SGRAILLAGG PSTGKTALA LAISQELGPK VPFCPLVGSE LYSVEVKKTE TLMENFRRAI GLRIKETKEV YEGEVTELTP EDAENPLGGY G KTISHVIV GLKSAKGTKT LRLDPTIYES IQREKVSIGD VIYIEANTGA VKRVGRSDAY ATEFDLETEE YVPLPKGEVH KK KEIVQDV TLHDLDVANA RPQGGQDVIS MMGQLLKPKK TEITEKLRQE VNKVVAKYID QGVAELIPGV LFIDEVNMLD IEI FTYLNK ALESNIAPVV VLASNRGMTT VRGTEDVISP HGVPPDLIDR LLIVRTLPYD KDEIRTIIER RATVERLQVE SSAL DLLAT MGTETSLRYA LQLLAPCGIL AQTSNRKEIV VNDVNEAKLL FLDAKRSTKI LETSANYLSG GGASMKIEEG KLVIW INGD KGYNGLAEVG KKFEKDTGIK VTVEHPDKLE EKFPQVAATG DGPDIIFWAH DRFGGYAQSG LLAEITPDKA FQDKLY PFT WDAVRYNGKL IAYPIAVEAL SLIYNKDLLP NPPKTWEEIP ALDKELKAKG KSALMFNLQE PYFTWPLIAA DGGYAFK YE NGKYDIKDVG VDNAGAKAGL TFLVDLIKNK HMNADTDYSI AEAAFNKGET AMTINGPWAW SNIDTSKVNY GVTVLPTF K GQPSKPFVGV LSAGINAASP NKELAKEFLE NYLLTDEGLE AVNKDKPLGA VALKSYEEEL AKDPRIAATM ENAQKGEIM PNIPQMSAFW YAVRTAVINA ASGRQTVDEA LKDAQTN

+
分子 #6: RuvB-like protein 2

分子名称: RuvB-like protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 51.673488 KDa
配列文字列: MSIQTSDPNE TSDLKSLSLI AAHSHITGLG LDENLQPRPT SEGMVGQLQA RRAAGVILKM VQNGTIAGRA VLVAGPPSTG KTALAMGVS QSLGKDVPFT AIAGSEIFSL ELSKTEALTQ AFRKSIGIKI KEETELIEGE VVEIQIDRSI TGGHKQGKLT I KTTDMETI ...文字列:
MSIQTSDPNE TSDLKSLSLI AAHSHITGLG LDENLQPRPT SEGMVGQLQA RRAAGVILKM VQNGTIAGRA VLVAGPPSTG KTALAMGVS QSLGKDVPFT AIAGSEIFSL ELSKTEALTQ AFRKSIGIKI KEETELIEGE VVEIQIDRSI TGGHKQGKLT I KTTDMETI YELGNKMIDG LTKEKVLAGD VISIDKASGK ITKLGRSFAR SRDYDAMGAD TRFVQCPEGE LQKRKTVVHT VS LHEIDVI NSRTQGFLAL FTGDTGEIRS EVRDQINTKV AEWKEEGKAE IVPGVLFIDE VHMLDIECFS FINRALEDEF API VMMATN RGVSKTRGTN YKSPHGLPLD LLDRSIIITT KSYNEQEIKT ILSIRAQEEE VELSSDALDL LTKTGVETSL RYSS NLISV AQQIAMKRKN NTVEVEDVKR AYLLFLDSAR SVKYVQENES QYIDDQGNVQ ISIAKSADPD AMDTTE

UniProtKB: RuvB-like protein 2

+
分子 #7: SWR1-complex protein 3

分子名称: SWR1-complex protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 72.648656 KDa
配列文字列: MPAVLRTRSK ESSIEQKPAS RTRTRSRRGK RGRDDDDDDD DEESDDAYDE VGNDYDEYAS RAKLATNRPF EIVAGLPASV ELPNYNSSL THPQSIKNSG VLYDSLVSSR RTWVQGEMFE LYWRRPKKIV SESTPAATES PTSGTIPLIR DKMQKMCDCV M SGGPHTFK ...文字列:
MPAVLRTRSK ESSIEQKPAS RTRTRSRRGK RGRDDDDDDD DEESDDAYDE VGNDYDEYAS RAKLATNRPF EIVAGLPASV ELPNYNSSL THPQSIKNSG VLYDSLVSSR RTWVQGEMFE LYWRRPKKIV SESTPAATES PTSGTIPLIR DKMQKMCDCV M SGGPHTFK VRLFILKNDK IEQKWQDEQE LKKKEKELKR KNDAEAKRLR MEERKRQQMQ KKIAKEQKLQ LQKENKAKQK LE QEALKLK RKEEMKKLKE QNKNKQGSPS SSMHDPRMIM NLNLMAQEDP KLNTLMETVA KGLANNSQLE EFKKFIEIAK KRS LEENPV NKRPSVTTTR PAPPSKAKDV AEDHRLNSIT LVKSSKTAAT EPEPKKADDE NAEKQQSKEA KTTAESTQVD VKKE EEDVK EKGVKSEDTQ KKEDNQVVPK RKRRKNAIKE DKDMQLTAFQ QKYVQGAEII LEYLEFTHSR YYLPKKSVVE FLEDT DEII ISWIVIHNSK EIEKFKTKKI KAKLKADQKL NKEDAKPGSD VEKEVSFNPL FEADCPTPLY TPMTMKLSGI HKRFNQ IIR NSVSPMEEVV KEMEKILQIG TRLSGYNLWY QLDGYDDEAL SESLRFELNE WEHAMRSRRH KR

UniProtKB: SWR1-complex protein 3

+
分子 #8: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 14.013177 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
MSGGKGGKAG SAAKASQSRS AKAGLTFPVG RVHRLLRRGN YAQRIGSGAP VYLTAVLEYL AAEILELAGN AARDNKKTRI IPRHLQLAI RNDDELNKLL GNVTIAQGGV LPNIHQNLLP KKSAKATKAS QEL

UniProtKB: Histone H2A

+
分子 #9: Histone H2B

分子名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 14.280362 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
MSAKAEKKPA SKAPAEKKPA AKKTSTSTDG KKRSKARKET YSSYIYKVLK QTHPDTGISQ KSMSILNSFV NDIFERIATE ASKLAAYNK KSTISAREIQ TAVRLILPGE LAKHAVSEGT RAVTKYSSST QA

UniProtKB: Histone H2B

+
分子 #10: Histone H3

分子名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 15.421101 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEASEA YLVGLFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3

+
分子 #11: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 11.408452 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
MTGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #12: DNA (214-MER)

分子名称: DNA (214-MER) / タイプ: dna / ID: 12 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 65.672789 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA) (DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC) (DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA) (DT) (DG)(DG)(DA)(DC)(DC) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA) (DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC) (DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA) (DT) (DG)(DG)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG) (DC)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC) (DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC) (DG)(DT)(DA)(DG) (DC)(DA)(DA)(DG)(DC) (DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG) (DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC) (DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG) (DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC) (DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG) (DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT) (DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA) (DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA) (DT)(DG)(DA)(DT)

+
分子 #13: DNA (214-MER)

分子名称: DNA (214-MER) / タイプ: dna / ID: 13 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 66.478328 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA) (DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DA) (DC)(DT)(DA)(DG)(DG) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA) (DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DA) (DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT) (DG)(DG) (DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT) (DA)(DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG)(DC) (DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC) (DT)(DA)(DC)(DG)(DA) (DC)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC) (DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DC)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC) (DC)(DG) (DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT) (DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA) (DT) (DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA) (DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG) (DA)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG) (DC)(DG)(DA)(DT)

+
分子 #14: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 8 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #15: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

分子名称: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: BEF
分子量理論値: 66.007 Da
Chemical component information

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

+
分子 #16: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 8 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #17: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.08 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
0.2 mMEDTA
2.0 mMmagnesium chlorideMgCl2
100.0 mMsodium chlorideNaCl
0.01 %IGEPAL CA-630
1.0 %glycerol
0.25 mMTCEP
1.0 mMADP
10.0 mMsodium flourideNaF
8.0 mMberyllium chlorideBeCl2
0.05 %glutaraldehyde

詳細: 80 nM SWR1, 160 nM nucleosomes, 1 mM ADP, 10 mM NaF, 8 mM BeCl2, 0.05% glutaraldehyde, 20 mM HEPES-KOH pH 7.6, 1.5 mM MgCl2, 0.25 mM TCEP, 0.01% IGEPAL CA-630, 1% glycerol
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 second blot time and blot force of 10..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7260 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
詳細: Each micrograph was fractionated into 64 frames within a 4 second exposure.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 48543 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 525782
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

4395

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 16524
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6gej

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 200
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-9b1e:
Cryo-EM structure of native SWR1 bound to nucleosome (composite structure)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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