+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4328 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (Map 1) | ||||||||||||
マップデータ | For optimal visualization of all tRNA and eIF2, gauss-filter the map by 1.34 and display it at 0.02 contour level | ||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
キーワード | ribosome / translation / initiation factors / 40S / eIF1A / eIF3 / eIF2 / eIF5 / tRNAi / 48S PIC / small ribosome subunit | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 formation of translation initiation ternary complex / eukaryotic initiation factor eIF2 binding / Cellular response to mitochondrial stress / Recycling of eIF2:GDP / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / ABC-family proteins mediated transport / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / methionyl-initiator methionine tRNA binding / incipient cellular bud site / translation reinitiation ...formation of translation initiation ternary complex / eukaryotic initiation factor eIF2 binding / Cellular response to mitochondrial stress / Recycling of eIF2:GDP / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / ABC-family proteins mediated transport / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / methionyl-initiator methionine tRNA binding / incipient cellular bud site / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / cytoplasmic translational initiation / multi-eIF complex / protein-synthesizing GTPase / eukaryotic 43S preinitiation complex / formation of translation preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / positive regulation of translational fidelity / GDP-dissociation inhibitor activity / regulation of translational initiation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal small subunit binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / negative regulation of translational initiation / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / GTPase activator activity / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cytosolic ribosome assembly / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / translational initiation / protein kinase C binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway / cytoplasmic stress granule / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / double-stranded RNA binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / positive regulation of protein phosphorylation / GTPase activity / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / nucleolus / protein kinase binding / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Llacer JL / Hussain T | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2018 タイトル: Translational initiation factor eIF5 replaces eIF1 on the 40S ribosomal subunit to promote start-codon recognition. 著者: Jose Luis Llácer / Tanweer Hussain / Adesh K Saini / Jagpreet Singh Nanda / Sukhvir Kaur / Yuliya Gordiyenko / Rakesh Kumar / Alan G Hinnebusch / Jon R Lorsch / V Ramakrishnan / 要旨: In eukaryotic translation initiation, AUG recognition of the mRNA requires accommodation of Met-tRNA in a 'P' state, which is antagonized by the factor eIF1. eIF5 is a GTPase activating protein (GAP) ...In eukaryotic translation initiation, AUG recognition of the mRNA requires accommodation of Met-tRNA in a 'P' state, which is antagonized by the factor eIF1. eIF5 is a GTPase activating protein (GAP) of eIF2 that additionally promotes stringent AUG selection, but the molecular basis of its dual function was unknown. We present a cryo-electron microscopy (cryo-EM) reconstruction of a yeast 48S pre-initiation complex (PIC), at an overall resolution of 3.0 Å, featuring the N-terminal domain (NTD) of eIF5 bound to the 40S subunit at the location vacated by eIF1. eIF5 interacts with and allows a more accommodated orientation of Met-tRNA. Substitutions of eIF5 residues involved in the eIF5-NTD/tRNA interaction influenced initiation at near-cognate UUG codons and the closed/open PIC conformation in vitro, consistent with direct stabilization of the codon:anticodon duplex by the wild-type eIF5-NTD. The present structure reveals the basis for a key role of eIF5 in start-codon selection. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4328.map.gz | 95.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-4328-v30.xml emd-4328.xml | 85.5 KB 85.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4328.png | 188.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-4328.cif.gz | 16.9 KB | ||
その他 | emd_4328_half_map_1.map.gz emd_4328_half_map_2.map.gz | 80.7 MB 80.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4328 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4328 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4328_validation.pdf.gz | 919.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_4328_full_validation.pdf.gz | 919.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4328_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_4328_validation.cif.gz | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4328 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4328 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4328.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | For optimal visualization of all tRNA and eIF2, gauss-filter the map by 1.34 and display it at 0.02 contour level | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_4328_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_4328_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 ...
+超分子 #1: Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 ...
+超分子 #2: Ribosome
+超分子 #3: tRNA
+超分子 #4: initiation factors
+超分子 #5: initiation factors
+超分子 #6: mRNA
+分子 #1: tRNAi
+分子 #2: 18S ribosomal RNA
+分子 #3: mRNA (31-MER)
+分子 #4: 40S ribosomal protein S0
+分子 #5: 40S ribosomal protein S1
+分子 #6: KLLA0F09812p
+分子 #7: KLLA0D08305p
+分子 #8: 40S ribosomal protein S4
+分子 #9: KLLA0D10659p
+分子 #10: 40S ribosomal protein S6
+分子 #11: 40S ribosomal protein S7
+分子 #12: 40S ribosomal protein S8
+分子 #13: KLLA0E23673p
+分子 #14: KLLA0B08173p
+分子 #15: KLLA0A10483p
+分子 #16: 40S ribosomal protein S12
+分子 #17: KLLA0F18040p
+分子 #18: 40S ribosomal protein S14
+分子 #19: KLLA0F07843p
+分子 #20: 40S ribosomal protein S16
+分子 #21: KLLA0B01474p
+分子 #22: KLLA0B01562p
+分子 #23: KLLA0A07194p
+分子 #24: KLLA0F25542p
+分子 #25: 40S ribosomal protein S21
+分子 #26: 40S ribosomal protein S22
+分子 #27: KLLA0B11231p
+分子 #28: 40S ribosomal protein S24
+分子 #29: KLLA0B06182p
+分子 #30: 40S ribosomal protein S26
+分子 #31: 40S ribosomal protein S27
+分子 #32: 40S ribosomal protein S28
+分子 #33: 40S ribosomal protein S29
+分子 #34: 40S ribosomal protein S30
+分子 #35: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
+分子 #36: KLLA0E12277p
+分子 #37: 60S ribosomal protein L41-A
+分子 #38: Eukaryotic translation initiation factor 1A
+分子 #39: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha
+分子 #40: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma
+分子 #41: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta
+分子 #42: Eukaryotic translation initiation factor 5
+分子 #43: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A
+分子 #44: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B
+分子 #45: eIF3c,Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
+分子 #46: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G
+分子 #47: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I
+分子 #48: MAGNESIUM ION
+分子 #49: ZINC ION
+分子 #50: METHIONINE
+分子 #51: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.15 mg/mL | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 6.5 構成要素:
| ||||||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
---|---|
温度 | 最低: 90.0 K / 最高: 100.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2100 / 平均露光時間: 1.1 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 詳細: Images were collected in movie-mode at 32 frames per second |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 104478 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 78000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 49 / 当てはまり具合の基準: FSC |
---|---|
得られたモデル | PDB-6fyy: |