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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4292 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of bovine cytochrome bc1 in complex with the anti-malarial inhibitor SCR0911 | |||||||||
マップデータ | The cryoEM map of bovine cytochrome bc1 in complex with the anti-malarial inhibitor SCR0911 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Complex III assembly / respiratory chain complex III / Respiratory electron transport / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / ubiquinone binding / Mitochondrial protein degradation / : ...Complex III assembly / respiratory chain complex III / Respiratory electron transport / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / ubiquinone binding / Mitochondrial protein degradation / : / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / heme binding / mitochondrion / proteolysis / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) / Bovine (ウシ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Johnson RM / Amporndanai K / O'Neill PM / Fishwick CWG / Jamson AH / Rawson SD / Hasnain SS / Antonyuk SV / Muench SP | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: IUCrJ / 年: 2018 タイトル: X-ray and cryo-EM structures of inhibitor-bound cytochrome complexes for structure-based drug discovery. 著者: Kangsa Amporndanai / Rachel M Johnson / Paul M O'Neill / Colin W G Fishwick / Alexander H Jamson / Shaun Rawson / Stephen P Muench / S Samar Hasnain / Svetlana V Antonyuk / 要旨: Cytochrome , a dimeric multi-subunit electron-transport protein embedded in the inner mitochondrial membrane, is a major drug target for the treatment and prevention of malaria and toxoplasmosis. ...Cytochrome , a dimeric multi-subunit electron-transport protein embedded in the inner mitochondrial membrane, is a major drug target for the treatment and prevention of malaria and toxoplasmosis. Structural studies of cytochrome from mammalian homologues co-crystallized with lead compounds have underpinned structure-based drug design to develop compounds with higher potency and selectivity. However, owing to the limited amount of cytochrome that may be available from parasites, all efforts have been focused on homologous cytochrome complexes from mammalian species, which has resulted in the failure of some drug candidates owing to toxicity in the host. Crystallographic studies of the native parasite proteins are not feasible owing to limited availability of the proteins. Here, it is demonstrated that cytochrome is highly amenable to single-particle cryo-EM (which uses significantly less protein) by solving the apo and two inhibitor-bound structures to ∼4.1 Å resolution, revealing clear inhibitor density at the binding site. Therefore, cryo-EM is proposed as a viable alternative method for structure-based drug discovery using both host and parasite enzymes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4292.map.gz | 21 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4292-v30.xml emd-4292.xml | 30 KB 30 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4292_fsc.xml | 6.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4292.png | 76.4 KB | ||
その他 | emd_4292_additional.map.gz emd_4292_half_map_1.map.gz emd_4292_half_map_2.map.gz | 22.5 MB 12.4 MB 12.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4292 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4292 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4292_validation.pdf.gz | 389.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4292_full_validation.pdf.gz | 388.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4292_validation.xml.gz | 12.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4292 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4292 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4292.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The cryoEM map of bovine cytochrome bc1 in complex with the anti-malarial inhibitor SCR0911 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.067 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: The unsharpened map for SCR0911-bound bc1.
ファイル | emd_4292_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | The unsharpened map for SCR0911-bound bc1. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: The first half map for SCR0911-bound bc1.
ファイル | emd_4292_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | The first half map for SCR0911-bound bc1. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: A second map for SCR0911-bound bc1.
ファイル | emd_4292_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | A second map for SCR0911-bound bc1. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Cytochrome bc1 in complex with the antimalarial inhibitor SCR0911
+超分子 #1: Cytochrome bc1 in complex with the antimalarial inhibitor SCR0911
+分子 #1: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
+分子 #2: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
+分子 #3: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
+分子 #4: Cytochrome b
+分子 #5: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
+分子 #6: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
+分子 #7: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
+分子 #8: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
+分子 #9: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
+分子 #10: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
+分子 #11: 7-methoxy-3-methyl-2-[5-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]pyridin-3-y...
+分子 #12: HEME C
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5.0 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: blot for 6 seconds with a blot force of 6 before plunge-freezing. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7893 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 85.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 79000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-6fo6: |