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万見
- EMDB-4199: Localized reconstruction of the Rift Valley fever virus glycoprot... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4199
タイトルLocalized reconstruction of the Rift Valley fever virus glycoprotein hexamer type 2
マップデータLocalized Reconstruction of Rift Valley fever virus type 2 hexamer
試料
  • ウイルス: Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein
キーワードenveloped virus / RVFV / glycoprotein / fusion protein / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial outer membrane / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Phlebovirus nonstructural NS-M / M polyprotein precursor, phlebovirus / Phlebovirus nonstructural protein NS-M / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G2, fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2, C-terminal domain / Phlebovirus glycoprotein G2 fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2 C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein / Envelopment polyprotein / Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス) / Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.3 Å
データ登録者Halldorsson S / Huiskonen JT
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council649053 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Shielding and activation of a viral membrane fusion protein.
著者: Steinar Halldorsson / Sai Li / Mengqiu Li / Karl Harlos / Thomas A Bowden / Juha T Huiskonen /
要旨: Entry of enveloped viruses relies on insertion of hydrophobic residues of the viral fusion protein into the host cell membrane. However, the intermediate conformations during fusion remain unknown. ...Entry of enveloped viruses relies on insertion of hydrophobic residues of the viral fusion protein into the host cell membrane. However, the intermediate conformations during fusion remain unknown. Here, we address the fusion mechanism of Rift Valley fever virus. We determine the crystal structure of the Gn glycoprotein and fit it with the Gc fusion protein into cryo-electron microscopy reconstructions of the virion. Our analysis reveals how the Gn shields the hydrophobic fusion loops of the Gc, preventing premature fusion. Electron cryotomography of virions interacting with membranes under acidic conditions reveals how the fusogenic Gc is activated upon removal of the Gn shield. Repositioning of the Gn allows extension of Gc and insertion of fusion loops in the outer leaflet of the target membrane. These data show early structural transitions that enveloped viruses undergo during host cell entry and indicate that analogous shielding mechanisms are utilized across diverse virus families.
履歴
登録2017年12月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年12月27日-
マップ公開2018年1月31日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4199.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4199.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Localized Reconstruction of Rift Valley fever virus type 2 hexamer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.7 Å/pix.
x 128 pix.
= 345.6 Å		2.7 Å/pix.
x 128 pix.
= 345.6 Å		2.7 Å/pix.
x 128 pix.
= 345.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.07241927 - 0.101191506
平均 (標準偏差)-0.0063406676 (±0.01696386)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 345.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.72.72.7
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z345.600345.600345.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ240240240
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0720.101-0.006

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Rift Valley fever virus

全体名称: Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
要素
  • ウイルス: Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein

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超分子 #1: Rift Valley fever virus

超分子名称: Rift Valley fever virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Cultured in Vero cells / NCBI-ID: 11588 / 生物種: Rift Valley fever virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Glycoprotein shell / 直径: 1100.0 Å / T番号(三角分割数): 12

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分子 #1: Glycoprotein

分子名称: Glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
分子量理論値: 34.968902 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EDPHLRNRPG KGHNYIDGMT QEDATCKPVT YAGACSSFDV LLEKGKFPLF QSYAHHRTLL EAVHDTIIAK ADPPSCDLQS AHGNPCMKE KLVMKTHCPN DYQSAHYLNN DGKMASVKCP PKYELTEDCN FCRQMTGASL KKGSYPLQDL FCQSSEDDGS K LKTKMKGV ...文字列:
EDPHLRNRPG KGHNYIDGMT QEDATCKPVT YAGACSSFDV LLEKGKFPLF QSYAHHRTLL EAVHDTIIAK ADPPSCDLQS AHGNPCMKE KLVMKTHCPN DYQSAHYLNN DGKMASVKCP PKYELTEDCN FCRQMTGASL KKGSYPLQDL FCQSSEDDGS K LKTKMKGV CEVGVQALKK CDGQLSTAHE VVPFAVFKNS KKVYLDKLDL KTEENLLPDS FVCFEHKGQY KGKLDSGQTK RE LKSFDIS QCPKIGGHGS KKCTGDAAFC SAYECTAQYA NAYCSHANGS GIVQIQVSGV WKKPLCVGYE RVVVKRELS

UniProtKB: Envelopment polyprotein

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分子 #2: Glycoprotein

分子名称: Glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
分子量理論値: 46.85557 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DPGCSELIQA SSRITTCSTE GVNTKCRLSG TALIRAGSVG AEACLMLKGV KEDQTKFLKI KTVSSELSCR EGQSYWTGSF SPKCLSSRR CHLVGECHVN RCLSWRDNET SAEFSFVGES TTMRENKCFE QCGGWGCGCF NVNPSCLFVH TYLQSVRKEA L RVFNCIDW ...文字列:
DPGCSELIQA SSRITTCSTE GVNTKCRLSG TALIRAGSVG AEACLMLKGV KEDQTKFLKI KTVSSELSCR EGQSYWTGSF SPKCLSSRR CHLVGECHVN RCLSWRDNET SAEFSFVGES TTMRENKCFE QCGGWGCGCF NVNPSCLFVH TYLQSVRKEA L RVFNCIDW VHKLTLEITD FDGSVSTIDL GASSSRFTNW GSVSLSLDAE GISGSNSFSF IESPGKGYAI VDEPFSEIPR QG FLGEIRC NSESSVLSAH ESCLRAPNLI SYKPMIDQLE CTTNLIDPFV VFERGSLPQT RNDKTFAASK GNRGVQAFSK GSV QADLTL MFDNFEVDFV GAAVSCDAAF LNLTGCYSCN AGARVCLSIT STGTGSLSAH NKDGSLHIVL PSENGTKDQC QILH FTVPE VEEEFMYSCD GDERPLLVKG TLIAID

UniProtKB: Envelopment polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: PBS
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
詳細Fixed with 0.2% v/v formaldehyde in PBS

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 22.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

1550

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 2995
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Number reference projections: 4336
ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6f9d:
Model of the Rift Valley fever virus glycoprotein hexamer type 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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