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- EMDB-41275: CryoEM structure of neutralizing antibodies CBH-7 and HC84.26 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41275
タイトルCryoEM structure of neutralizing antibodies CBH-7 and HC84.26 in complex with Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of CBH7-E2-HC84.26
    • タンパク質・ペプチド: CBH-7 Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: CBH-7 Light chain
    • タンパク質・ペプチド: envelope glycoprotein E2
    • タンパク質・ペプチド: HC84.26 Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: HC84.26 Light chain
キーワードImmune system / vaccine target / E2 glycoprotein / HCV / ternary complex / ANTIVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell lipid droplet / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Hepacivirus C (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Shahid S / Jiang L / Liu Y / Hasan SS / Mariuzza RA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI168048 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structures of HCV E2 glycoprotein bound to neutralizing and non-neutralizing antibodies determined using bivalent Fabs as fiducial markers.
著者: Salman Shahid / Sharanbasappa S Karade / S Saif Hasan / Rui Yin / Liqun Jiang / Yanxin Liu / Nathaniel Felbinger / Liudmila Kulakova / Eric A Toth / Zhen-Yong Keck / Steven K H Foung / Thomas ...著者: Salman Shahid / Sharanbasappa S Karade / S Saif Hasan / Rui Yin / Liqun Jiang / Yanxin Liu / Nathaniel Felbinger / Liudmila Kulakova / Eric A Toth / Zhen-Yong Keck / Steven K H Foung / Thomas R Fuerst / Brian G Pierce / Roy A Mariuzza /
要旨: Global elimination of hepatitis C virus (HCV) will require an effective cross-genotype vaccine. The HCV E2 envelope glycoprotein is the main target of neutralizing antibodies but also contains ...Global elimination of hepatitis C virus (HCV) will require an effective cross-genotype vaccine. The HCV E2 envelope glycoprotein is the main target of neutralizing antibodies but also contains epitopes that elicit non-neutralizing antibodies which may provide protection through Fc effector functions rather than direct neutralization. We determined cryo-EM structures of a broadly neutralizing antibody, a moderately neutralizing antibody, and a non-neutralizing antibody bound to E2 to resolutions of 3.8, 3.3, and 3.7 Å, respectively. Whereas the broadly neutralizing antibody targeted the front layer of E2 and the non-neutralizing antibody targeted the back layer, the moderately neutralizing antibody straddled both front and back layers, and thereby defined a new neutralizing epitope on E2. The small size of complexes between conventional (monovalent) Fabs and E2 (~110 kDa) presented a challenge for cryo-EM. Accordingly, we engineered bivalent versions of E2-specific Fabs that doubled the size of Fab-E2 complexes and conferred highly identifiable shapes to the complexes that facilitated particle selection and orientation for image processing. This study validates bivalent Fabs as new fiducial markers for cryo-EM analysis of small proteins such as HCV E2 and identifies a new target epitope for vaccine development.
履歴
登録2023年7月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月24日-
マップ公開2024年7月24日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41275.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41275.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 320 pix.
= 358.4 Å		1.12 Å/pix.
x 320 pix.
= 358.4 Å		1.12 Å/pix.
x 320 pix.
= 358.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.12 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.2386196 - 2.0475736
平均 (標準偏差)-0.0003000488 (±0.029400777)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 358.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41275_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41275_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of CBH7-E2-HC84.26

全体名称: Ternary complex of CBH7-E2-HC84.26
要素
  • 複合体: Ternary complex of CBH7-E2-HC84.26
    • タンパク質・ペプチド: CBH-7 Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: CBH-7 Light chain
    • タンパク質・ペプチド: envelope glycoprotein E2
    • タンパク質・ペプチド: HC84.26 Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: HC84.26 Light chain

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超分子 #1: Ternary complex of CBH7-E2-HC84.26

超分子名称: Ternary complex of CBH7-E2-HC84.26 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 340 KDa

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分子 #1: CBH-7 Heavy chain

分子名称: CBH-7 Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.417719 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDWTWRFLFV VAAATVQSQV QLVQSGAEVR KPGSSVKISC KASGGTFNNY ALSWVRQAPG QGLDWMGEIT PIFGTEKYAQ KFQGRVTIT ADESTNTLYM DLSSLRSEDS AVYYCARRGY IYGSPFDYWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG T AALGCLVK ...文字列:
MDWTWRFLFV VAAATVQSQV QLVQSGAEVR KPGSSVKISC KASGGTFNNY ALSWVRQAPG QGLDWMGEIT PIFGTEKYAQ KFQGRVTIT ADESTNTLYM DLSSLRSEDS AVYYCARRGY IYGSPFDYWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG T AALGCLVK DYFPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKRVEP KS CDKTAGW SHPQFEK

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分子 #2: CBH-7 Light chain

分子名称: CBH-7 Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.477658 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDMRVPAQLL GLLLLWLRAR CDVLMTQSPS SLSASVGDRV TISCRASQSI SSFLNWYQQK PGKAPKLLIS AASSLSSGVP SRFSGSGSG TSFTLTISSL QPEDVATYYC QQSYSFLLTF GGGTNVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN F YPREAKVQ ...文字列:
MDMRVPAQLL GLLLLWLRAR CDVLMTQSPS SLSASVGDRV TISCRASQSI SSFLNWYQQK PGKAPKLLIS AASSLSSGVP SRFSGSGSG TSFTLTISSL QPEDVATYYC QQSYSFLLTF GGGTNVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN F YPREAKVQ WKVDNALQSG NSQESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #3: envelope glycoprotein E2

分子名称: envelope glycoprotein E2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hepacivirus C (ウイルス)
分子量理論値: 32.28726 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DSTHVTGGTA SHTTRHFASL FSSGASQRVQ LINTNGSWHI NRTALNCNDS LHTGFLAALF YTHKFNASG CPERMAHCRP IDEFAQGWGP ITYAEGHGSD QRPYCWHYAP RQCGTIPASQ VCGPVYCFTP SPVVVGTTDR F GAPTYTWG ...文字列:
METDTLLLWV LLLWVPGSTG DSTHVTGGTA SHTTRHFASL FSSGASQRVQ LINTNGSWHI NRTALNCNDS LHTGFLAALF YTHKFNASG CPERMAHCRP IDEFAQGWGP ITYAEGHGSD QRPYCWHYAP RQCGTIPASQ VCGPVYCFTP SPVVVGTTDR F GAPTYTWG ENETDVLILN NTRPPQGNWF GCTWMNSTGF TKTCGGPPCN IGGVGNNTLT CPTDCFRKHP EATYTKCGSG PW LTPRCLV DYPYRLWHYP CTVNFTIFKV RMYVGGVEHR LNAACNIGHH HHHH

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: HC84.26 Heavy chain

分子名称: HC84.26 Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.356758 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DQVQPVQSGA EVKKPGSSVK VSCEASGGTH SNYVITWVRQ APGQGLEWMG GFIPDFRTAM YAQGFQGRV TITADESTSL AYMELTNLRS EDTAVYYCAR GPLSRGYYDY WGPGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS G GTAALGCL ...文字列:
METDTLLLWV LLLWVPGSTG DQVQPVQSGA EVKKPGSSVK VSCEASGGTH SNYVITWVRQ APGQGLEWMG GFIPDFRTAM YAQGFQGRV TITADESTSL AYMELTNLRS EDTAVYYCAR GPLSRGYYDY WGPGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS G GTAALGCL VKDYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKRV EP KSCDKTA GWSHPQFEKT AATGACTCGA G

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分子 #5: HC84.26 Light chain

分子名称: HC84.26 Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.35215 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DSYVLTQPPS VSVAPGQTAS ITCSGDKLGD KYVSWYQQRP GQSPVLVLYQ DSKRPSGIPE RFSGSNSGN TATLTISGTQ AMDEADYYCQ AWDSSALVFG GGTKLTVLRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF Y PREAKVQW ...文字列:
METDTLLLWV LLLWVPGSTG DSYVLTQPPS VSVAPGQTAS ITCSGDKLGD KYVSWYQQRP GQSPVLVLYQ DSKRPSGIPE RFSGSNSGN TATLTISGTQ AMDEADYYCQ AWDSSALVFG GGTKLTVLRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF Y PREAKVQW KVDNALQSGN SQESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl pH 8.0 100 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7058 / 平均露光時間: 3.6 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 270875
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6x9x

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6mei

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-Correlation
得られたモデル

PDB-8thz:
CryoEM structure of neutralizing antibodies CBH-7 and HC84.26 in complex with Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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