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- PDB-6x9x: Crystal structure of Fab fragment of Anti-HCV E2 antibody (HC84.26) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x9x
タイトルCrystal structure of Fab fragment of Anti-HCV E2 antibody (HC84.26)
要素
  • HC84.26 Fab Heavy Chain
  • HC84.26 Fab Light Chain
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM / anti HCV E2 / Fab fragment
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Shahid, S. / Mariuzza, R.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI132213 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Crystal Structure of a Bivalent Antibody Fab Fragment.
著者: Shahid, S. / Gao, M. / Travis Gallagher, D. / Pozharski, E. / Brinson, R.G. / Keck, Z.Y. / Foung, S.K.H. / Fuerst, T.R. / Mariuzza, R.A.
履歴
登録2020年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.22020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HC84.26 Fab Heavy Chain
B: HC84.26 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1565
ポリマ－47,9732
非ポリマー1833
水5,999333
1
A: HC84.26 Fab Heavy Chain
B: HC84.26 Fab Light Chain
ヘテロ分子

A: HC84.26 Fab Heavy Chain
B: HC84.26 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,31310
ポリマ－95,9474
非ポリマー3666
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area7880 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area39510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.535, 113.699, 122.696
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-539-

HOH

21A-556-

HOH

31B-447-

HOH

-
要素

#1: 抗体 HC84.26 Fab Heavy Chain


分子量: 24962.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 expi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 HC84.26 Fab Light Chain


分子量: 23010.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 expi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.3 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.4 M Ammonium Acetate, 20% PEG 2000 MME, Cryoprotectant-Ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 53599 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 28.44 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 26.41
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.649 / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / Num. unique obs: 5293 / CC1/2: 0.771 / CC star: 0.933 / Rpim(I) all: 0.326 / Rrim(I) all: 0.728 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ESA

5esa


解像度: 1.8→34.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 5.544 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20966 2648 4.9 %RANDOM
Rwork0.17839 ---
obs0.17993 50913 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.292 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å2-0 Å20 Å2
2---0.31 Å2-0 Å2
3---0.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3184 0 12 333 3529
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193291
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022930
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4721.8754487
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0722.9266852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg18.6735.632451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.46124.286119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.09715496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4041511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2505
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024172
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02645
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4292.2751701
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4282.2711699
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7953.3852123
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7953.3882124
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3362.5911590
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3372.5941591
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0613.7162362
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.92628.4393579
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.86427.4733484
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 222 -
Rwork0.28 3648 -
obs--98.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8934-0.9484-0.14422.62140.39490.44570.0266-0.037-0.02180.0235-0.01090.01770.0187-0.0847-0.01560.01180.0018-0.0170.11760.00520.03075.67463.38137.096
21.709-0.291-1.57061.2078-0.10833.4657-0.1618-0.0343-0.05310.0520.03680.04990.3351-0.30470.12490.05580.01290.00220.1586-0.03160.022215.35134.03543.244
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 221
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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