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- EMDB-4115: Israeli acute paralysis virus heated to 63 degree - empty particle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4115
タイトルIsraeli acute paralysis virus heated to 63 degree - empty particle
マップデータ
試料
  • ウイルス: Israeli acute paralysis virus (腐蛆病)
    • タンパク質・ペプチド: VP1
    • タンパク質・ペプチド: VP2
    • タンパク質・ペプチド: Structural polyprotein
キーワードIAPV (腐蛆病) / Dicistroviridae / empty particle / Virus (ウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP4, dicistrovirus / Cricket paralysis virus, VP4 / Dicistrovirus, capsid-polyprotein, C-terminal / CRPV capsid protein like / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein / Structural polyprotein / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Israeli acute paralysis virus (腐蛆病)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Mullapudi E / Fuzik T
資金援助 チェコ, ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Counciln. 355855 チェコ
European Molecular Biology Organization#3041 ドイツ
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2017
タイトル: Cryo-electron Microscopy Study of the Genome Release of the Dicistrovirus Israeli Acute Bee Paralysis Virus.
著者: Edukondalu Mullapudi / Tibor Füzik / Antonín Přidal / Pavel Plevka /
要旨: Viruses of the family Dicistroviridae can cause substantial economic damage by infecting agriculturally important insects. Israeli acute bee paralysis virus (IAPV) causes honeybee colony collapse ...Viruses of the family Dicistroviridae can cause substantial economic damage by infecting agriculturally important insects. Israeli acute bee paralysis virus (IAPV) causes honeybee colony collapse disorder in the United States. High-resolution molecular details of the genome delivery mechanism of dicistroviruses are unknown. Here we present a cryo-electron microscopy analysis of IAPV virions induced to release their genomes in vitro We determined structures of full IAPV virions primed to release their genomes to a resolution of 3.3 Å and of empty capsids to a resolution of 3.9 Å. We show that IAPV does not form expanded A particles before genome release as in the case of related enteroviruses of the family Picornaviridae The structural changes observed in the empty IAPV particles include detachment of the VP4 minor capsid proteins from the inner face of the capsid and partial loss of the structure of the N-terminal arms of the VP2 capsid proteins. Unlike the case for many picornaviruses, the empty particles of IAPV are not expanded relative to the native virions and do not contain pores in their capsids that might serve as channels for genome release. Therefore, rearrangement of a unique region of the capsid is probably required for IAPV genome release.
IMPORTANCE: Honeybee populations in Europe and North America are declining due to pressure from pathogens, including viruses. Israeli acute bee paralysis virus (IAPV), a member of the family ...IMPORTANCE: Honeybee populations in Europe and North America are declining due to pressure from pathogens, including viruses. Israeli acute bee paralysis virus (IAPV), a member of the family Dicistroviridae, causes honeybee colony collapse disorder in the United States. The delivery of virus genomes into host cells is necessary for the initiation of infection. Here we present a structural cryo-electron microscopy analysis of IAPV particles induced to release their genomes. We show that genome release is not preceded by an expansion of IAPV virions as in the case of related picornaviruses that infect vertebrates. Furthermore, minor capsid proteins detach from the capsid upon genome release. The genome leaves behind empty particles that have compact protein shells.
履歴
登録2016年10月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年10月19日-
マップ公開2016年11月30日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5lwi
  • 表面レベル: 3.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5lwi
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4115.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4115.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 137.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.4 / ムービー #1: 3.4
最小 - 最大-7.2490635 - 11.736589
平均 (標準偏差)-0.00000000281475 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin-165-165-165
サイズ330330330
Spacing330330330
セルA=B=C: 353.1 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z330330330
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z353.100353.100353.100
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-165-165-165
NX/NY/NZ330330330
MAP C/R/S312
start NC/NR/NS-165-165-165
NC/NR/NS330330330
D min/max/mean-7.24911.737-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Israeli acute paralysis virus

全体名称: Israeli acute paralysis virus (腐蛆病)
要素
  • ウイルス: Israeli acute paralysis virus (腐蛆病)
    • タンパク質・ペプチド: VP1
    • タンパク質・ペプチド: VP2
    • タンパク質・ペプチド: Structural polyprotein

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超分子 #1: Israeli acute paralysis virus

超分子名称: Israeli acute paralysis virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 294365 / 生物種: Israeli acute paralysis virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Apis mellifera (セイヨウミツバチ)

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分子 #1: VP1

分子名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Israeli acute paralysis virus (腐蛆病)
分子量理論値: 23.776541 KDa
配列文字列: INIGNKTNEN VISFFDSTDA ETQNHNALMK GCGEFIVNLR TLLRTFRTIT DNWILQANTK TPITDLTNTT DAQGRDYMSY LSYLYRFYR GGRRYKFFNT TPLKQSQTCY IRSFLIPRNY SADEINVDGP SHITYPVINP VHEVEVPFYS QYRKIPIAST S DKGYDSSL ...文字列:
INIGNKTNEN VISFFDSTDA ETQNHNALMK GCGEFIVNLR TLLRTFRTIT DNWILQANTK TPITDLTNTT DAQGRDYMSY LSYLYRFYR GGRRYKFFNT TPLKQSQTCY IRSFLIPRNY SADEINVDGP SHITYPVINP VHEVEVPFYS QYRKIPIAST S DKGYDSSL MYFSNTATTQ IVARAGNDDF TFGWMIGPPQ LQGESRSVAP

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分子 #2: VP2

分子名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Israeli acute paralysis virus (腐蛆病)
分子量理論値: 33.260754 KDa
配列文字列: SKPRNQQQVC PLQNVPAWGY SLYKGIDMSV PLAYDPNNEL GDLKDVFPSA VDEMAIGYVC GNPAVKHVLT WKTTDAIQKP IANGDDWGG VIPVGMPCYS KSIRTTRISA TENRETEVMD AAPCEYVANM FSYWRATMCY RITVVKTAFH TGRLEIFFEP G VIPVKPTV ...文字列:
SKPRNQQQVC PLQNVPAWGY SLYKGIDMSV PLAYDPNNEL GDLKDVFPSA VDEMAIGYVC GNPAVKHVLT WKTTDAIQKP IANGDDWGG VIPVGMPCYS KSIRTTRISA TENRETEVMD AAPCEYVANM FSYWRATMCY RITVVKTAFH TGRLEIFFEP G VIPVKPTV NNIGPDQDRL TGAVAPSDNN YKYILDLTND TEVTIRVPFV SNKMFLKTAG IYGANSENNW NFHESFSGFL CI RPVTKLM APDTVSDNVS IVVWKWAEDV VVVEPKPLTS GPTQVYRPPP TASTAVEVLN VEL

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分子 #3: Structural polyprotein

分子名称: Structural polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Israeli acute paralysis virus (腐蛆病)
分子量理論値: 26.482732 KDa
配列文字列: SENSVETQEI TTFHDVETPN RIDTPMAQDT SSARNMDDTH SIIQFLQRPV LIDNIEIIAG TTADANKPLS RYVLDQQNSQ KYVRSWTLP STVLRAGGKA QKLANFKYLR CDVQVKLVLN ANPFVAGRMY LAYSPYDDKV DTARSVLQTS RAGVTGYPGV E LDFQLDNS ...文字列:
SENSVETQEI TTFHDVETPN RIDTPMAQDT SSARNMDDTH SIIQFLQRPV LIDNIEIIAG TTADANKPLS RYVLDQQNSQ KYVRSWTLP STVLRAGGKA QKLANFKYLR CDVQVKLVLN ANPFVAGRMY LAYSPYDDKV DTARSVLQTS RAGVTGYPGV E LDFQLDNS VEMTIPYASF QEAYDLVTGT EDFVQLYLFP ITPVLGPKSE SESSKVDISV YMWLSNISLV IPTYRINP

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 倍率（補正後）: 75000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-7 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1500 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 21.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: density map of crystall structure of pdb:5CDC was used as initial model
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / ソフトウェア - 詳細: relion_refine (autorefine) / 詳細: relion_refine (autorefine)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / ソフトウェア - 詳細: relion_refine / 詳細: regularization factor = 4
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / ソフトウェア - 詳細: relion_refine (autorefine) / 詳細: relion_refine (autorefine)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / ソフトウェア - 詳細: relion_refine (autorefine) / 使用した粒子像数: 1138
詳細movie frames were drift aligned by Spider package
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細initial rigid body fit was done by Chimera, then the model was refined using realspace refinement in Phenix and finaly reciprocal refined in REFMAC.
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5lwi:
Israeli acute paralysis virus heated to 63 degree - empty particle

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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