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万見- EMDB-41041: Open human HCN1 F186C S264C bound to cAMP, reconstituted in LMNG + SPL -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41041 | |||||||||
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タイトル | Open human HCN1 F186C S264C bound to cAMP, reconstituted in LMNG + SPL | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Membrane Protein / Ion Channel / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intracellular cAMP-activated cation channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / HCN channels / general adaptation syndrome, behavioral process / HCN channel complex / retinal cone cell development / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / regulation of membrane depolarization / apical protein localization / voltage-gated monoatomic cation channel activity / voltage-gated sodium channel activity ...intracellular cAMP-activated cation channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / HCN channels / general adaptation syndrome, behavioral process / HCN channel complex / retinal cone cell development / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / regulation of membrane depolarization / apical protein localization / voltage-gated monoatomic cation channel activity / voltage-gated sodium channel activity / voltage-gated potassium channel activity / potassium channel activity / neuronal action potential / sodium ion transmembrane transport / cAMP binding / presynaptic active zone membrane / cellular response to cAMP / potassium ion transmembrane transport / regulation of membrane potential / postsynaptic membrane / protein homotetramerization / axon / glutamatergic synapse / dendrite / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Burtscher V / Mount J / Cowgill J / Chang Y / Bickel K / Yuan P / Chanda B | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structural basis for hyperpolarization-dependent opening of human HCN1 channel. 著者: Verena Burtscher / Jonathan Mount / Jian Huang / John Cowgill / Yongchang Chang / Kathleen Bickel / Jianhan Chen / Peng Yuan / Baron Chanda / 要旨: Hyperpolarization and cyclic nucleotide (HCN) activated ion channels are critical for the automaticity of action potentials in pacemaking and rhythmic electrical circuits in the human body. Unlike ...Hyperpolarization and cyclic nucleotide (HCN) activated ion channels are critical for the automaticity of action potentials in pacemaking and rhythmic electrical circuits in the human body. Unlike most voltage-gated ion channels, the HCN and related plant ion channels activate upon membrane hyperpolarization. Although functional studies have identified residues in the interface between the voltage-sensing and pore domain as crucial for inverted electromechanical coupling, the structural mechanisms for this unusual voltage-dependence remain unclear. Here, we present cryo-electron microscopy structures of human HCN1 corresponding to Closed, Open, and a putative Intermediate state. Our structures reveal that the downward motion of the gating charges past the charge transfer center is accompanied by concomitant unwinding of the inner end of the S4 and S5 helices, disrupting the tight gating interface observed in the Closed state structure. This helix-coil transition at the intracellular gating interface accompanies a concerted iris-like dilation of the pore helices and underlies the reversed voltage dependence of HCN channels. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41041.map.gz | 32.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41041-v30.xml emd-41041.xml | 21.1 KB 21.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41041_fsc.xml | 8.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41041.png | 124.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41041.cif.gz | 6.8 KB | ||
その他 | emd_41041_additional_1.map.gz emd_41041_half_map_1.map.gz emd_41041_half_map_2.map.gz | 57 MB 59 MB 59 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41041 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41041 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41041_validation.pdf.gz | 730.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41041_full_validation.pdf.gz | 729.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41041_validation.xml.gz | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41041_validation.cif.gz | 20.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41041 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41041 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41041.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.086 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: deepEMhancer map
ファイル | emd_41041_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | deepEMhancer map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41041_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41041_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : hHCN1 F186C S264C
全体 | 名称: hHCN1 F186C S264C |
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要素 |
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-超分子 #1: hHCN1 F186C S264C
超分子 | 名称: hHCN1 F186C S264C / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Homomeric Tetramer |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-ga...
分子 | 名称: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 98.87182 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MEGGGKPNSS SNSRDDGNSV FPAKASATGA GPAAAEKRLG TPPGGGGAGA KEHGNSVCFK VDGGGGGGGG GGGGEEPAGG FEDAEGPRR QYGFMQRQFT SMLQPGVNKF SLRMFGSQKA VEKEQERVKT AGFWIIHPYS DFRFYWDLIM LIMMVGNLVI I PVGITFFT ...文字列: MEGGGKPNSS SNSRDDGNSV FPAKASATGA GPAAAEKRLG TPPGGGGAGA KEHGNSVCFK VDGGGGGGGG GGGGEEPAGG FEDAEGPRR QYGFMQRQFT SMLQPGVNKF SLRMFGSQKA VEKEQERVKT AGFWIIHPYS DFRFYWDLIM LIMMVGNLVI I PVGITFFT EQTTTPWIIF NVASDTVCLL DLIMNFRTGT VNEDSSEIIL DPKVIKMNYL KSWFVVDFIS SIPVDYIFLI VE KGMDSEV YKTARALRIV RFTKILCLLR LLRLSRLIRY IHQWEEIFHM TYDLASAVVR IFNLIGMMLL LCHWDGCLQF LVP LLQDFP PDCWVSLNEM VNDSWGKQYS YALFKAMSHM LCIGYGAQAP VSMSDLWITM LSMIVGATCY AMFVGHATAL IQSL DSSRR QYQEKYKQVE QYMSFHKLPA DMRQKIHDYY EHRYQGKIFD EENILNELND PLREEIVNFN CRKLVATMPL FANAD PNFV TAMLSKLRFE VFQPGDYIIR EGAVGKKMYF IQHGVAGVIT KSSKEMKLTD GSYFGEICLL TKGRRTASVR ADTYCR LYS LSVDNFNEVL EEYPMMRRAF ETVAIDRLDR IGKKNSILLQ KFQKDLNTGV FNNQENEILK QIVKHDREMV QAIAPIN YP QMTTLNSTSS TTTPTSRMRT QSPPVYTATS LSHSNLHSPS PSTQTPQPSA ILSPCSYTTA VCSPPVQSPL AARTFHYA S PTASQLSLMQ QQPQQQVQQS QPPQTQPQQP SPQPQTPGSS TPKNEVHKST QALHNTNLTR EVRPLSASQP SLPHEVSTL ISRPHPTVGE SLASIPQPVT AVPGTGLQAG GRSTVPQRVT LFRQMSSGAI PPNRGVPPAP PPPAAALPRE SSSVLNTDPD AEKPRFASN L UniProtKB: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 1 |
-分子 #2: ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: CMP |
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分子量 | 理論値: 329.206 Da |
Chemical component information | ChemComp-CMP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL | |||||||||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 | |||||||||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 平均電子線量: 54.25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |