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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40716 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of a therapeutic antibody (favezelimab) bound to human LAG3 local refined | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Lymphocyte activation gene 3 protein / favezelimab-LAG3 complex / cryoEM / Single particle reconstruction. / IMMUNOSUPPRESSANT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plasmacytoid dendritic cell activation / negative regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / MHC class II protein binding / natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of interleukin-2 production / regulation of immune response / T cell activation / MHC class II antigen presentation / antigen binding ...plasmacytoid dendritic cell activation / negative regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / MHC class II protein binding / natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of interleukin-2 production / regulation of immune response / T cell activation / MHC class II antigen presentation / antigen binding / transmembrane signaling receptor activity / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å | |||||||||
データ登録者 | Mishra AK / Shahid S / Karade SS / Mariuzza RA | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2023 タイトル: CryoEM structure of a therapeutic antibody (favezelimab) bound to human LAG3 determined using a bivalent Fab as fiducial marker. 著者: Arjun K Mishra / Salman Shahid / Sharanbasappa S Karade / Pragati Agnihotri / Alexander Kolesnikov / S Saif Hasan / Roy A Mariuzza / 要旨: Lymphocyte activation gene 3 protein (LAG3) is an inhibitory receptor that is upregulated on exhausted T cells in tumors. LAG3 is a major target for cancer immunotherapy with many anti-LAG3 ...Lymphocyte activation gene 3 protein (LAG3) is an inhibitory receptor that is upregulated on exhausted T cells in tumors. LAG3 is a major target for cancer immunotherapy with many anti-LAG3 antibodies in clinical trials. However, there is no structural information on the epitopes recognized by these antibodies. We determined the single-particle cryoEM structure of a therapeutic antibody (favezelimab) bound to LAG3 to 3.5 Å resolution, revealing that favezelimab targets the LAG3-binding site for MHC class II, its canonical ligand. The small size of the complex between the conventional (monovalent) Fab of favezelimab and LAG3 (∼100 kDa) presented a challenge for cryoEM. Accordingly, we engineered a bivalent version of Fab favezelimab that doubled the size of the Fab-LAG3 complex and conferred a highly identifiable shape to the complex that facilitated particle selection and orientation for image processing. This study establishes bivalent Fabs as new fiducial markers for cryoEM analysis of small proteins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40716.map.gz | 118.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40716-v30.xml emd-40716.xml | 17.5 KB 17.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_40716.png | 80.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40716.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_40716_half_map_1.map.gz emd_40716_half_map_2.map.gz | 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40716 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40716 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40716_validation.pdf.gz | 945.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40716_full_validation.pdf.gz | 945.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40716_validation.xml.gz | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40716_validation.cif.gz | 16.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40716 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40716 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40716.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.12 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40716_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40716_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : therapeutic antibody (favezelimab) bound to human LAG3
全体 | 名称: therapeutic antibody (favezelimab) bound to human LAG3 |
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要素 |
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-超分子 #1: therapeutic antibody (favezelimab) bound to human LAG3
超分子 | 名称: therapeutic antibody (favezelimab) bound to human LAG3 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Lymphocyte activation gene 3 protein
分子 | 名称: Lymphocyte activation gene 3 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 57.50827 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MWEAQFLGLL FLQPLWVAPV KPLQPGAEVP VVWAQEGAPA QLPCSPTIPL QDLSLLRRAG VTWQHQPDSG PPAAAPGHPL APGPHPAAP SSWGPRPRRY TVLSVGPGGL RSGRLPLQPR VQLDERGRQR GDFSLWLRPA RRADAGEYRA AVHLRDRALS C RLRLRLGQ ...文字列: MWEAQFLGLL FLQPLWVAPV KPLQPGAEVP VVWAQEGAPA QLPCSPTIPL QDLSLLRRAG VTWQHQPDSG PPAAAPGHPL APGPHPAAP SSWGPRPRRY TVLSVGPGGL RSGRLPLQPR VQLDERGRQR GDFSLWLRPA RRADAGEYRA AVHLRDRALS C RLRLRLGQ ASMTASPPGS LRASDWVILN CSFSRPDRPA SVHWFRNRGQ GRVPVRESPH HHLAESFLFL PQVSPMDSGP WG CILTYRD GFNVSIMYNL TVLGLEPPTP LTVYAGAGSR VGLPCRLPAG VGTRSFLTAK WTPPGGGPDL LVTGDNGDFT LRL EDVSQA QAGTYTCHIH LQEQQLNATV TLAIITVTPK SFGSPGSLGK LLCEVTPVSG QERFVWSSLD TPSQRSFSGP WLEA QEAQL LSQPWQCQLY QGERLLGAAV YFTELSSPGA QRSGRAPGAL PAGHLLLFLI LGVLSLLLLV TGAFGFHLWR RQWRP RRFS ALEQGIHPPQ AQSKIEELEQ EPEPEPEPEP EPEPEPEPEQ L UniProtKB: Lymphocyte activation gene 3 protein |
-分子 #2: favezelimab Fab heavy chain
分子 | 名称: favezelimab Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 27.245727 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGWTWIFLFF LSGTAGVLSE VLLLQSGPEL VKPGTSVKIP CKASGYTFTD YNVDWVKQRH GKGLEWIGDI NPNNGGTIYS QKFKGKATL TVDKSSSTAF MELRSLTSED TAVYFCARNY RWFGAMDHWG QGTSVTVSST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA A LGCLVKDY ...文字列: MGWTWIFLFF LSGTAGVLSE VLLLQSGPEL VKPGTSVKIP CKASGYTFTD YNVDWVKQRH GKGLEWIGDI NPNNGGTIYS QKFKGKATL TVDKSSSTAF MELRSLTSED TAVYFCARNY RWFGAMDHWG QGTSVTVSST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA A LGCLVKDY FPEPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKRVEPKS CD KTAGWSH PQFEK |
-分子 #3: favezelimab Fab light chain
分子 | 名称: favezelimab Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 25.915627 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: METDTILLWV LLLWVPGSTG DIVLTQSPAS LAVSPGQRAT ISCKASQSLD YEGDSDMNWY QQKPGQPPRL LISGASNLES GIPARFSGS GSGTDFTVNI HPVEEEDAAT YYCQQSTEDP RTFGGGTKLE IKRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL L NNFYPREA ...文字列: METDTILLWV LLLWVPGSTG DIVLTQSPAS LAVSPGQRAT ISCKASQSLD YEGDSDMNWY QQKPGQPPRL LISGASNLES GIPARFSGS GSGTDFTVNI HPVEEEDAAT YYCQQSTEDP RTFGGGTKLE IKRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL L NNFYPREA KYQWKVDNAL QSGNSQESVT EQDSKDSTYS LSSTLTLSKA DYEKHKVYAC EVTHQGLSSP VTKSFNRGEC |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9508 / 平均露光時間: 3.2 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 171144 |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |