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- EMDB-3941: Structure of the chloroplast ribosome with chl-RRF and hibernatio... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3941
タイトルStructure of the chloroplast ribosome with chl-RRF and hibernation-promoting factor
マップデータ
試料
  • 複合体: Chloroplast ribosome in complex with RRF
    • RNA: x 4種
    • タンパク質・ペプチド: x 53種
  • リガンド: x 2種
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid small ribosomal subunit / plastid translation / negative regulation of translational elongation / mitochondrial large ribosomal subunit / chloroplast envelope / mitochondrial small ribosomal subunit / plastid / chloroplast stroma / mitochondrial translation / ribosomal small subunit binding ...plastid small ribosomal subunit / plastid translation / negative regulation of translational elongation / mitochondrial large ribosomal subunit / chloroplast envelope / mitochondrial small ribosomal subunit / plastid / chloroplast stroma / mitochondrial translation / ribosomal small subunit binding / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / DNA-templated transcription termination / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
30S ribosomal protein S31, plant / Ribosomal protein S31e / Ribosomal protein L6, chloroplast / 50S ribosomal protein 5, chloroplastic / Family of unknown function (DUF5323) / Ribosomal protein L32p, plant/cyanobacteria type / Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Ribosome recycling factor / Ribosome recycling factor domain / RRF superfamily ...30S ribosomal protein S31, plant / Ribosomal protein S31e / Ribosomal protein L6, chloroplast / 50S ribosomal protein 5, chloroplastic / Family of unknown function (DUF5323) / Ribosomal protein L32p, plant/cyanobacteria type / Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Ribosome recycling factor / Ribosome recycling factor domain / RRF superfamily / Ribosome recycling factor / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / : / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL4c / Small ribosomal subunit protein uS11c / Small ribosomal subunit protein uS14c / Small ribosomal subunit protein uS19c / Large ribosomal subunit protein uL2cz/uL2cy / Small ribosomal subunit protein uS2c / Large ribosomal subunit protein uL22c / Small ribosomal subunit protein uS3c / Large ribosomal subunit protein uL14c / Small ribosomal subunit protein uS8c ...Large ribosomal subunit protein uL4c / Small ribosomal subunit protein uS11c / Small ribosomal subunit protein uS14c / Small ribosomal subunit protein uS19c / Large ribosomal subunit protein uL2cz/uL2cy / Small ribosomal subunit protein uS2c / Large ribosomal subunit protein uL22c / Small ribosomal subunit protein uS3c / Large ribosomal subunit protein uL14c / Small ribosomal subunit protein uS8c / Large ribosomal subunit protein bL36c / Large ribosomal subunit protein uL13c / Small ribosomal subunit protein uS4c / Large ribosomal subunit protein uL16c / Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein bL35c / Large ribosomal subunit protein bL21c / Large ribosomal subunit protein uL24c / Large ribosomal subunit protein cL37 alpha / Large ribosomal subunit protein bL20c / Large ribosomal subunit protein bL32c / Large ribosomal subunit protein bL33c / Small ribosomal subunit protein bS16c / Small ribosomal subunit protein bTHXc / Small ribosomal subunit protein uS12cz/uS12cy / Small ribosomal subunit protein bS21c / Small ribosomal subunit protein uS7cz/uS7cy / 30S ribosomal protein S20, chloroplastic / Small ribosomal subunit protein uS17c / Small ribosomal subunit protein uS10c / Small ribosomal subunit protein uS13c / Large ribosomal subunit protein bL9c / Large ribosomal subunit protein bL27c / Large ribosomal subunit protein uL3c / Large ribosomal subunit protein uL5c / Large ribosomal subunit protein uL6c / Large ribosomal subunit protein bL17c / Large ribosomal subunit protein uL18c / Ribosome-recycling factor, chloroplastic / Large ribosomal subunit protein bL34c / Large ribosomal subunit protein bL28c / Large ribosomal subunit protein uL29c / Large ribosomal subunit protein bL31c / Small ribosomal subunit protein uS9c / Small ribosomal subunit protein bS6c alpha / Large ribosomal subunit protein cL38 / Large ribosomal subunit protein bL19c / Large ribosomal subunit protein uL23c / Small ribosomal subunit protein uS15c / Small ribosomal subunit protein bS18c / Small ribosomal subunit protein uS5c
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / Spinach (ホウレンソウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Perez Borema A / Aibara S / Paul B / Tobiasson V / Kimanius D / Forsberg BO / Wallden K / Lindahl E / Amunts A
資金援助 スウェーデン, 4件
OrganizationGrant number国
Swedish Foundation for Strategic ResearchFuture Leaders Grant FFL15:0325 スウェーデン
Swedish Research CouncilNT-2016-04107 スウェーデン
Ragnar Soderberg FoundationM44/16 スウェーデン
Swedish Research CouncilNT-2013-5901 スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2018
タイトル: Structure of the chloroplast ribosome with chl-RRF and hibernation-promoting factor.
著者: Annemarie Perez Boerema / Shintaro Aibara / Bijoya Paul / Victor Tobiasson / Dari Kimanius / Björn O Forsberg / Karin Wallden / Erik Lindahl / A Amunts /
要旨: Oxygenic photosynthesis produces oxygen and builds a variety of organic compounds, changing the chemistry of the air, the sea and fuelling the food chain on our planet. The photochemical reactions ...Oxygenic photosynthesis produces oxygen and builds a variety of organic compounds, changing the chemistry of the air, the sea and fuelling the food chain on our planet. The photochemical reactions underpinning this process in plants take place in the chloroplast. Chloroplasts evolved ~1.2 billion years ago from an engulfed primordial diazotrophic cyanobacterium, and chlororibosomes are responsible for synthesis of the core proteins driving photochemical reactions. Chlororibosomal activity is spatiotemporally coupled to the synthesis and incorporation of functionally essential co-factors, implying the presence of chloroplast-specific regulatory mechanisms and structural adaptation of the chlororibosome. Despite recent structural information, some of these aspects remained elusive. To provide new insights into the structural specialities and evolution, we report a comprehensive analysis of the 2.9-3.1 Å resolution electron cryo-microscopy structure of the spinach chlororibosome in complex with its recycling factor and hibernation-promoting factor. The model reveals a prominent channel extending from the exit tunnel to the chlororibosome exterior, structural re-arrangements that lead to increased surface area for translocon binding, and experimental evidence for parallel and convergent evolution of chloro- and mitoribosomes.
履歴
登録2017年10月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年4月18日-
マップ公開2018年4月18日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6eri
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3941.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3941.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.03 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.27180225 - 0.44942614
平均 (標準偏差)0.00084650127 (±0.011860409)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 445.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z420420420
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z445.200445.200445.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-128-128-128
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS420420420
D min/max/mean-0.2720.4490.001

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添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_3941_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイルemd_3941_additional.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_3941_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
添付マップデータ: emd 3941 half map 2.map

ファイルemd_3941_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : Chloroplast ribosome in complex with RRF

全体名称: Chloroplast ribosome in complex with RRF
要素
  • 複合体: Chloroplast ribosome in complex with RRF
    • RNA: 23S ribosomal RNA
    • RNA: 4.5S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein 6, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein 5 alpha, chloroplastic
    • RNA: 5S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: Ribosome-recycling factor, chloroplastic
    • RNA: 16S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6 alpha, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10 alpha, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S21, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S31, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: bS1c
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Chloroplast ribosome in complex with RRF

超分子名称: Chloroplast ribosome in complex with RRF / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#57
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)

+
分子 #1: 23S ribosomal RNA

分子名称: 23S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 911.34425 KDa
配列文字列: UUCAAACGAG GAAAGGCUUA CGGUGGAUAC CUAGGCACCC AGAGACGAGG AAGGGCGUAU UAAUCGACGA AAUGCUUCGG GGAGUUGAA AAUAAGCAGA GAUCCGGAGA UUCCCGAAUA GGUCAACCUU UCGAACUUCU GCUGAAUCCA UGGGCAGGCA A GAGACAAC ...文字列:
UUCAAACGAG GAAAGGCUUA CGGUGGAUAC CUAGGCACCC AGAGACGAGG AAGGGCGUAU UAAUCGACGA AAUGCUUCGG GGAGUUGAA AAUAAGCAGA GAUCCGGAGA UUCCCGAAUA GGUCAACCUU UCGAACUUCU GCUGAAUCCA UGGGCAGGCA A GAGACAAC CUGGCGAACU GAAACAUCUU AGUAGCCAGA GGAAAAGAAA GCAAAAGCGA UUCCCGUAGU AGCGGCGAGC GA AAUGGGA GCAGCCUAAA CCGUGAAAAC GGGGUUGUGG GAGAGCAAUA CAAGCGUCGU GCUGCUAGGC GAAUCAGUGG AGU GCGGAA CCCUAGAUGG UGAAAGUCCA GUAGCCGAAA GCAUCACUAG CUUAUGCUCU GACCCGAGUA GCAUGGGGCA CGUG GAAUC CCGUGUGAAU CAGCAAGGAC CACCUUGCAA GGCUAAAUAC UCCUGGGUGA CCGAUAGCGA AGUAGUACCG UGAGG GAAG GGUGAAAAGA ACCCCCAUCG GGGAGUGAAA UAGAACAUGA AACCGUAAGC UCUCAAGCAG UGGGAGGGGG ACCAGA CCC UGACCGCGUG CCUGUUGAAG AAUGAGCCGG CGACUCAUAG GCAGUGGCUU GGUUAAGGGA ACCCACCGGA GCCGUAG CG AAAGCGAGUC UUCAUAGGGC AAUUGUCACU GCUUAUGGAC CCGAACCUGG GUGAUCUAUC CAUGACCAGG AUGAAGCU U GGGUGAAACU AAGUGGAGGU CCGAACCGAC UGAUGUUGAA GAAUCAGCGG AUGAGUUGUG GUUAGGGGUG AAAUGCCAC UCGAACCCAG AGCUAGCUGG UUCUCCCCGA AAUGCGUUGA GGCGCAGCAG UUGACUGGAC AUCUAGGGGU AAAGCACUGU UUCGGUGCG GGCCGCGAGA GCGGUACCAA AUCGAGGCAA ACUCUGAAUA CUAGAUAUGA CCUCCAAAUA ACAGGGGUCA A GGUCGGCC AGUGAGACGA UGGGGGAUAA GCUUCAUCGU CGAGAGGGAA ACAGCCCGGA UCACCAGCUA AGGCCCCUAA AU GACCGCU CAGUGAUAAA GGAGGUAGGG GUGCAGAGAC AGCCAGGAGG UUUGCCUAGA AGCAGCCACC CUUGAAAGAG UGC GUAAUA GCUCACUGAU CGAGCGCUCU UGCGCCGAAG AUGAACGGGG CUAAGCGGUC UGCCGAAGCU GUGGGAUGUA AAAA AACAU CGGUAGGGGA GCGUUCCGUG UUAGGGAGAA ACGCGUGCGU GAGCCGCGUU GGACGAAGCG GAAGCGAGAA UGUCG GCUU GAGUAACGCA AACAUUGGUG AGAAUCCAAU GCCCCGAAAA CCUAAGGGUU CCUCCGCAAG GUUCGUCCAC GGAGGG UGA GUCAGGGCCU AAGAUCAGGC CGAAAGGCGU AGUCGAUGGA CAACAGGUGA AUAUUCCUGU ACUACCCCUU GUUGGUC CC GAGGGACGGA GGAGGCUAGG UUAGCCGAAA GAUGGUUAUC GGUUCAAGGA CGCAAGGUGA CCCUGUUUUU CAGGGUAA G AAGGGGUAGA GAAAAUGCCU CGAGCCAAUG UUCGAGUACC AGGCGCUACG GCGCUGAAGU AACCGAUGCC AUACUCCCA GGAAAAGCUC GAACGACCUU CAACAAAAGG GUACCUGUAC CCGAAACCGA CACAGGUAGG UAGGUAGAGA AUACCUAGGG GCGCGAGAC AACUCUCUCU AAGGAACUCG GCAAAAUAGC CCCGUAACUU CGGGAGAAGG GGUGCCCCCU CACAAAGGGG G UCGAAGUG ACCAGGCCCG GGCGACUGUU UACCAAAAAC ACAGGUCUCC GCAAAGUCGU AAGACCAUGU AUGGGGGCUG AC GCCUGCC CAGUGCCGGA AGGUCAAGGA AGUUGGUGAC CUGAUGACAG GGGAGCCGGC GACCGAAGCC CCGGUGAACG GCG GCCGUA ACUAUAACGG UCCUAAGGUA GCGAAAUUCC UUGUCGGGUA AGUUCCGACC CGCACGAAAG GCGUAACGAU CUGG GCACU GUCUCGGAGA GAGGCUCGGU GAAAUAGACA UGUCUGUGAA GAUGCGGACU ACCUGCACCU GGACAGAAAG ACCCU AUGA AGCUUUACUG UUCCCUGGGA UUGGCUUUGG GCUUUUCCUG CGCAGCUUAG GUGGAAGGCG AAGAAGGCCC CCUUCC GGG GGGGCCCGAG CCAUCAGUGA GAUACCACUC UGGAAGAGCU AGAAUUCUAA CCUUGUGUCA GGACCUACGG GCCAAGG GA CAUUCUCAGG UAGACAGUUU CUAUGGGGCG UAGGCCUCCC AAAAGGUAAC GGAGGCGUGC AAAGGUUUCC UCGGGCCG G ACGGAGAUUG GCCCUCGAGU GCAAAGGCAG AAGGGAGCUU GACUGCAAGA CCCACCCGUC GAGCAGGGAC GAAAGUCGG CCUUAGUGAU CCGACGGUGC CGAGUGGAAG GGCCGUCGCU CAACGGAUAA AAGUUACUCU AGGGAUAACA GGCUGAUCUU CCCCAAGAG UUCACAUCGA CGGGAAGGUU UGGCACCUCG AUGUCGGCUC UUCGCCACCU GGGGCUGUAG UAUGUUCCAA G GGUUGGGC UGUUCGCCCA UUAAAGCGGU ACGUGAGCUG GGUUCAGAAC GUCGUGAGAC AGUUCGGUCC AUAUCCGGUG UG GGCGUUA GAGCAUUGAG AGGACCUUUC CCUAGUACGA GAGGACCGGG AAGGACGCAC CUCUGGUGUA CCAGUUAUCG UGC CCACGG UAAACGCUGG GUAGCCAAGU GCGGAGCGGA UAACUGCUGA AAGCAUCUAA GUAGUAAGCC CACCCCAAGA UGAG UGCUC UCCUA

+
分子 #2: 4.5S ribosomal RNA

分子名称: 4.5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 34.334488 KDa
配列文字列:
AGAGAAGGUC ACGGCGAGAC GAGCCGUUUA UCAUUACGAU AGGUGUCAAG UGGAAGUGCA GUGAUGUAUG CAGCUGAGGC AUCCUAACA GACCCACAGA CUUGAAC

+
分子 #32: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 32 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 38.072648 KDa
配列文字列:
UUCUGGUGUC CUAGGCGUAG AGGAACCACA CCAAUCCAUC CCGAACUUGG UGGUUAAACU CUACUGCGGU GACGAUACUG UAGGGGAGG UCCUGCGGAA AAAUAGCUCG ACGCCAGGA

+
分子 #34: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 34 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 480.38675 KDa
配列文字列: UCUCAUGGAG AGUUCGAUCC UGGCUCAGGA UGAACGCUGG CGGCAUGCUU AACACAUGCA AGUCGGACGG GAAGUGGUGU UUCCAGUGG CGGACGGGUG AGUAACGCGU AAGAACCUGC CCUUGGGAGG GGAACAACAG CUGGAAACGG CUGCUAAUAC C CCGUAGGC ...文字列:
UCUCAUGGAG AGUUCGAUCC UGGCUCAGGA UGAACGCUGG CGGCAUGCUU AACACAUGCA AGUCGGACGG GAAGUGGUGU UUCCAGUGG CGGACGGGUG AGUAACGCGU AAGAACCUGC CCUUGGGAGG GGAACAACAG CUGGAAACGG CUGCUAAUAC C CCGUAGGC UGAGAAGCAA AAGGAGGAAU CCGCCCGAGG AGGGGCUCGC GUCUGAUUAG CUAGUUGGUG AGGUAAUAGC UU ACCAAGG CGAUGAUCAG UAGCUGGUCC GAGAGGAUGA UCAGCCACAC UGGGACUGAG ACACGGCCCA GACUCCUACG GGA GGCAGC AGUGGGGAAU UUUCCGCAAU GGGCGAAAGC CUGACGGAGC AAUGCCGCGU GGAGGCAGAA GGCCCACGGG UCGU GAACU UCUUUUCCCG GAGAAGAAGC AAUGACGGUA UCCGGGGAAU AAGCAUCGGC UAACUCUGUG CCAGCAGCCG CGGUA AGAC AGAGGAUGCA AGCGUUAUCC GGAAUGAUUG GGCGUAAAGC GUCUGUAGGU GGCUUUUUAA GUCCGCCGUC AAAUCC CAG GGCUCAACCC UGGACAGGCG GUGGAAACUA CCAAGCUGGA GUACGGUAGG GGCAGAGGGA AUUUCCGGUG GAGCGGU GA AAUGCGUAGA GAUCGGAAAG AACACCAACG GCGAAAGCAC UCUGCUGGGC CGACACUGAC ACUGAGAGAC GAAAGCUA G GGGAGCGAAU GGGAUUAGAU ACCCCAGUAG UCCUAGCCGU AAACGAUGGA UACUAGGCGC UGUGCGUAUC GACCCGUGC AGUGUUGUAG CUAACGCGUU AAGUAUCCCG CCUGGGGAGU ACGUUCGCAA GAAUGAAACU CAAAGGAAUU GACGGGGGCC CGCACAAGC GGUGGAGCAU GUGGUUUAAU UCGAUGCAAA GCGAAGAACC UUACCAGGGC UUGACAUGCC GCGAAUCCUC U UGAAAGAG AGGGGUGCCU UCGGGAACGC GGACACAGGU GGUGCAUGGC UGUCGUCAGC UCGUGCCGUA AGGUGUUGGG UU AAGUCCC GCAACGAGCG CAACCCUCGU GUUUAGUUGC CAACGUUGAG UUUGGAACCC UGAACAGACU GCCGGUGAUA AGC CGGAGG AAGGUGAGGA UGACGUCAAG UCAUCAUGCC CCUUAUGCCC UGGGCGACAC ACGUGCUACA AUGGCCGGGA CAAA GGGUC GCGAUCCCGC GAGGGUGAGC UAACCCCAAA AACCCGUCCU CAGUUCGGAU UGCAGGCUGC AACUCGCCUG CAUGA AGCC GGAAUCGCUA GUAAUCGCCG GUCAGCCAUA CGGCGGUGAA UUCGUUCCCG GGCCUUGUAC ACACCGCCCG UCACAC UAU GGGAGCUGGC CAUGCCCGAA GUCGUUACCU UAACCGCAAG GAGGGGGAUG CCGAAGGCAG GGCUAGUGAC UGGAGUG AA GUCGUAACAA GGUAGCCGUA CUGGAAGGUG CGGCUGGAU

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L2, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L2, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 26.990314 KDa
配列文字列: NNLISGQRRC GKGRNARGII TARHRGGGHK RLYRKIDFRR NEKDIYGKIV TIEYDPNRNA YICLIHYGDG EKRYILHPRG AIIGDTIVS GTEVPIKMGN ALPLTDMPLG TAIHNIEITL GRGGQLARAA GAVAKLIAKE GKSATLKLPS GEVRLISKNC S ATVGQVGN ...文字列:
NNLISGQRRC GKGRNARGII TARHRGGGHK RLYRKIDFRR NEKDIYGKIV TIEYDPNRNA YICLIHYGDG EKRYILHPRG AIIGDTIVS GTEVPIKMGN ALPLTDMPLG TAIHNIEITL GRGGQLARAA GAVAKLIAKE GKSATLKLPS GEVRLISKNC S ATVGQVGN VGVNQKRLGR AGSKRWLGKR PVVRGVVMNP VDHPHGGGEG RAPIGRKSPT TPWGYPALGR RSRKRNKYSD NF IIRRRS

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L3, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L3, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 24.117328 KDa
配列文字列: SVDAGIGVMG TKLGMMSFFE EDGTVVPVTV IGFKEGNIVT QVKTESTDGY NAVQVGYERL RDRKLTMPER GHLNKAGVIP MRHLQEFRL VSVDDFTPSQ KLLFEELFKE GDMVDISGTT IGKGFQGGIK RHNFKRGLMT HGSKSHRALG SIGAGTTPGH V YKGKKMPG ...文字列:
SVDAGIGVMG TKLGMMSFFE EDGTVVPVTV IGFKEGNIVT QVKTESTDGY NAVQVGYERL RDRKLTMPER GHLNKAGVIP MRHLQEFRL VSVDDFTPSQ KLLFEELFKE GDMVDISGTT IGKGFQGGIK RHNFKRGLMT HGSKSHRALG SIGAGTTPGH V YKGKKMPG RMGGTKTKIR KLKIMKIDTD LRVVMIKGAV PGKPGNLLRL APAKIVGKNI PKN

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L4, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L4, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 23.802486 KDa
配列文字列: ELIPLPILNF SGEKVGETFL NLKTAPSETA RAVVHRGLIT HLQNKRRGTA STLTRAEVRG GGRKPYPQKK TGRARRGSQR SPLRPGGGV IFGPKPRDWT IKMNKKERRL ALSTAIASAV GNSFVVEEFA ENFEKPKTKD FIAAMQRWGL DPAEKSLFFL M DLVENVEK ...文字列:
ELIPLPILNF SGEKVGETFL NLKTAPSETA RAVVHRGLIT HLQNKRRGTA STLTRAEVRG GGRKPYPQKK TGRARRGSQR SPLRPGGGV IFGPKPRDWT IKMNKKERRL ALSTAIASAV GNSFVVEEFA ENFEKPKTKD FIAAMQRWGL DPAEKSLFFL M DLVENVEK SGRNIRTLKL LTPRSLNLFD VLNAEKLVFT EGTIQYLNQR YGVD

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L5, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L5, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 23.01583 KDa
配列文字列: ETINRLKTNY IEKMVPLLKE EFSYSNILEV PKVVKIVVNC GIGDASQNAK GLDAAINELA LITGQRPVKT KAKTSIAGFK VREGMTLGI AVTLRGNLMY SFLDRLINLA LPRTRDFQGV NPNSFDGHGN YSVGFREQSV FPEIKPEIVG KARGMDVCIT T TAKTDKEA ...文字列:
ETINRLKTNY IEKMVPLLKE EFSYSNILEV PKVVKIVVNC GIGDASQNAK GLDAAINELA LITGQRPVKT KAKTSIAGFK VREGMTLGI AVTLRGNLMY SFLDRLINLA LPRTRDFQGV NPNSFDGHGN YSVGFREQSV FPEIKPEIVG KARGMDVCIT T TAKTDKEA YKLLSLMGMP FREGSGPSTL VRKKKLKSHH FDAKKGRRY

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L6, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L6, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 19.132213 KDa
配列文字列:
GKQPITVPAN VAIAMEGQDL KVKGPLGELS ITYPREVLVE KQESGFLRVR KAVETRRANQ MHGLFRTLTD NMVVGVSKGF EKKLQLVGV GYRATVEGKD LILSLGFSHP VRMAIPDELQ VKVEENTKVT VSGRDKSVVG QFAATIRSWR PPEPYKGKGV R YVDEVVRR KEGK

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L9, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L9, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 5.212397 KDa
配列文字列:
KKVKKIRKII LKEDIPDLGK KGQLLDVRAG FLRNFLLPLG KAEVVT

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L13, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L13, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 22.991586 KDa
配列文字列: KSTSASTKCT EEWRQLKEAV KKEFAIPHVP LDQRWMFTLE EATGPDIWNT TWYPKSADHV PTDKKWYVVD ATDLILGRMA STIAIHIRG KNLASYTPSV DMGAFVIVVN ADKVAVSGKK RTQKLYRRHS GRPGGLKEET FDQLQKRIPE RIIEHAVRGM L PKGRLGRY ...文字列:
KSTSASTKCT EEWRQLKEAV KKEFAIPHVP LDQRWMFTLE EATGPDIWNT TWYPKSADHV PTDKKWYVVD ATDLILGRMA STIAIHIRG KNLASYTPSV DMGAFVIVVN ADKVAVSGKK RTQKLYRRHS GRPGGLKEET FDQLQKRIPE RIIEHAVRGM L PKGRLGRY LFNHLKVYKG AEHPHQAQQP IDLPLRDKRI RV

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L14, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L14, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 13.484741 KDa
配列文字列:
MIQPQTHLNV ADNSGARELM CIRIIGASNR RYARIGDVIV AVIKEAIPNT PLERSEVIRA VVVRTCKELK RDNGMIIRYD DNAAVIIDQ EGNPKGTRIF GAIARELRQK FAKIVSLAPE VL

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L15, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L15, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 20.063504 KDa
配列文字列:
TRFRLDNLGP QPGSRKKGKR KGRGHAAGQG GSCGFGMRGQ KSRSGPGIMR GFEGGQMPLY RRIPKLRGIA GGMRAGLPKY VPINLRDIE VAGFKEGEEV SLESLKAKGI INPSGRERRL PLKILGEGEL STKLQIKARA FSGSAKEKLE AAGCSVTVLP G RKKYIKES VRKNLARADE YFAKKR

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L16, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L16, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 15.271018 KDa
配列文字列:
MLSPKRTRFR KQHRGRMKGI SYRGNRICFG RYALQALEPA WITSRQIEAG RRAMTRNARR GGKIWVRIFP DKPVTVRPAE TRMGSGKGS PEYWVAVVKP GRILYEISGV AENIARRAVA IAASKMPIRT QFIIS

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L17, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L17, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 13.466902 KDa
配列文字列:
MKHGRKIHRL SRPADQRRAL LRGLTTQLLK HGRIKTTRAK ASAMRKYVDK MITLAKEGSL HKRRQALGFI YEKQIVHALF AEVPERYGD RNGGYTRIIR TLPRRGDNAP MAYIELV

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L18, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L18, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 13.601682 KDa
配列文字列:
AHTRREDRTA RHVRIRKKVE GTPERPRLCV FRSNKHLYVQ VIDDTKMHTL AAASTMQKAI SENIDYSAGP TVEVAQKIGE MIAKSCLEK GITKVAFDRG GYPYHGRVKA LADAAREHGL VF

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L19, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L19, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 13.544164 KDa
配列文字列:
QRVKLGDIMG ILNKKAVHAA EELRPVPGIR TGDIVQIRLE VPENKRRLSV YKGIVISRQN AGIHTTIRIR RIIAGVGVEI VFPLYSPNI KEIKVVSHRK VRKARLYYLR DKLPRLSTF

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L20, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L20, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 14.098663 KDa
配列文字列:
TRVKRGYIAR RRRKKIRFFA SSFRGAHSRL TRTIAQQKIR ALVSAHRDRD RQKRDFRRLW ITRINAAIRE RGVYYNYSKF IHDLYKRQL LLNRKILAQI AILNPNCIYM IYNEII

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L21, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L21, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 18.752543 KDa
配列文字列:
FEEFQRPPNQ KPQLSDVLPD DFQAPEPGTP EYNDIINQFL PKKGPPPPRE EIFAVVVIGS RQYIVIPGRW IYTQRLKGAT VNDKIVLNK VLLVGTKAST YIGTPIVTNA AVHAVVEEQL LDDKVIVFKY KKKKNYRRNI GHRQPITRIK ITGITGYEDY P ASTLE

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 19.826543 KDa
配列文字列:
EPGKCDEITT RGYSISMSVD KARRVIDQIR GRSYAETLMI LELMPYRACY PIFKLIYSAA ANASHNKQFN KANLIISKAE VNKGITLKK VKPRARGRSY MIKRPTCHIT IVLRDITHFD SYDKFLESLT PKKLIALLGL MSTGRRRELL CGRFRENHKI K SFLYKIAL FKR

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L23, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L23, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 10.576451 KDa
配列文字列:
KYPRRILDVY QILQSPIITE AAIKNIADEN SLLFTVDVRA DKKMIREAIS NFFGVKVRKV NTLIRPDGTK KAYIMLNKEY NASELAKKI GIF

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L24, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L24, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 14.487927 KDa
配列文字列:
IKRWERKDCK PNSLPKLHKM HVKVGDTVKV ISGGEKGKIG EISKIHKHNS TVIIKDLNLK TKHVKSKEEG EQGQIIKIEA AIHSSNVML YSKEQEVASR VGHKILEDGR KVRYLIKTGE IVDTPDRW

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L27, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L27, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 12.970976 KDa
配列文字列:
KKGAGSTKNG RDSKGQRLGV KIYGDQVAKP GAIIIRQRGT KFHPGKNVGI GKDHTIFALI DGLVKFEKYG PDKKKVSVYP REIQPENPN SYRARKRENF RLQREKKKAR REGYS

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L28, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L28, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 8.887555 KDa
配列文字列:
RRICPFTGKK SNKANRVSHS NHKTKRLQFV NLQYKRVWWE AGKRFVKLRL STKALKTIEK NGLDAVAKKA GIDLRK

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L29, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L29, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 11.900054 KDa
配列文字列:
VKKEDELKEL RTKTNEQLNE EILQLKGELF MLRLQRSARE NFKPSDFGRM RKRVARMLTV KREREIEQGV GKRLSRKLDK AWKRSIVVR PPPSLKKLQE

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L31, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L31, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 7.622525 KDa
配列文字列:
RKSDIHPEFR EDAKVYCNGE LVMTTGGTQK DYTVEVWSGN HPFYLGNRSA LLLDADQVEK FRKKYG

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L32, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L32, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 5.604751 KDa
配列文字列:
AVPKKRTSIY KKRIRKNIWK KKGYWAALKA FSLAKSLSTG NSKSFFVR

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L33, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L33, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 7.021255 KDa
配列文字列:
DVRVKVILEC TGCVRKSVNK GSRGVSRYIT QKNRHNTPSR LELRKFCPYC YKHTIHGEIK

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L34, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L34, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 6.789144 KDa
配列文字列:
GKAALCLTKR SRSRKSLART HGFRLRMSTT SGRALLKRRR AKGRKILCTK TNPSSGKRAS P

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L35, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L35, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 8.388086 KDa
配列文字列:
KGYKMKTHKA SAKRFRVTGK GKIVRRRAGK QHLLAKKNTK RKNRLSKLIQ VDRSDYDNVI GALPYLKVNR KV

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L36, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L36, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 4.414462 KDa
配列文字列:
MKIRASVRPI CEKCRLIRRR GRIIVICSNP KHKQRQG

+
分子 #30: 50S ribosomal protein 6, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein 6, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 5.316233 KDa
配列文字列:
SSRPQKKGTA HHMKTRPKKT ARWDIKRGPA VYPPLPPLPA EWTIVSS

+
分子 #31: 50S ribosomal protein 5 alpha, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein 5 alpha, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 6.093794 KDa
配列文字列:
SKLQLKLEQK IKMKMAKKIR LRRNRLMRKR KLRKRGAWPP SKMKKLKNV

+
分子 #33: Ribosome-recycling factor, chloroplastic

分子名称: Ribosome-recycling factor, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 21.643707 KDa
配列文字列: ATMEEVEAEK SLIETNTKQR MEKTIETIRS NFNSVRTNRA SPTMLDRIEV EYYGTPVSLK SIAQISTPDA SSLLISPYDK SSLKAIEKA IVTSQLGVSP NNDGEVIRLS LPPLTSDRRK ELAKVVSKLA EEGKVAVRNI RRDALKSYEK LEKEKKLSED N VKDLSADL ...文字列:
ATMEEVEAEK SLIETNTKQR MEKTIETIRS NFNSVRTNRA SPTMLDRIEV EYYGTPVSLK SIAQISTPDA SSLLISPYDK SSLKAIEKA IVTSQLGVSP NNDGEVIRLS LPPLTSDRRK ELAKVVSKLA EEGKVAVRNI RRDALKSYEK LEKEKKLSED N VKDLSADL QKLTDEYMKK VESIYKQKEQ ELM

+
分子 #35: 30S ribosomal protein S2, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S2, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 24.166172 KDa
配列文字列: HGTRKWNPRM SPYISAKCKG IHIINLTRTA RFLSEACDLV FDASSRGKQF LIVGTKNKAA DSVARAAIRA RCHYVNKKWL GGMLTNWST TETRLHKFRD LRMEQTAGRL ARLPKRDAAV VKRQLSHLQT YLGGIKYMTG LPDIVIIVDQ QEEYTALREC I TLGIPTIC ...文字列:
HGTRKWNPRM SPYISAKCKG IHIINLTRTA RFLSEACDLV FDASSRGKQF LIVGTKNKAA DSVARAAIRA RCHYVNKKWL GGMLTNWST TETRLHKFRD LRMEQTAGRL ARLPKRDAAV VKRQLSHLQT YLGGIKYMTG LPDIVIIVDQ QEEYTALREC I TLGIPTIC LIDTNCNPDL ADISIPANDD AIASIRLILT KLVFAICEGR SSYIRNP

+
分子 #36: 30S ribosomal protein S3, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S3, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 24.833961 KDa
配列文字列: GQKINPLGFR LGTTQSHYSL WFSQPKNYAE GLQEDQKIRD CIKNYVQKNT KTSSGVEGIA RIEIQKRIDL IQVIIHMGFP KLLIENRPQ GVEDLKINVQ KELNCVNRKL NIAITRIAKP YGDPNILAEF IAGQLKSRVS FRKAMKKAIE LTEQADTKGI Q IQIAGRID ...文字列:
GQKINPLGFR LGTTQSHYSL WFSQPKNYAE GLQEDQKIRD CIKNYVQKNT KTSSGVEGIA RIEIQKRIDL IQVIIHMGFP KLLIENRPQ GVEDLKINVQ KELNCVNRKL NIAITRIAKP YGDPNILAEF IAGQLKSRVS FRKAMKKAIE LTEQADTKGI Q IQIAGRID GKEIARIEWI REGRVPLQTI RAKIDYCAYT VRTIYGVLGI KIWIFMGEE

+
分子 #37: 30S ribosomal protein S4, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S4, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 23.323332 KDa
配列文字列: SRYRGPRFKK IRRLGALPGL TNKRPRAGSD LRNQSRSGKR SQYRIRLEEK QKLRFHYGIT ERQLLKYVRI ARKAKGSTGQ VLLQLLEMR LDNILFRLGM APTIPGARQL VNHRHILVNG RIVDIPSYRC KPQDTIMARD EQKSIALIQN SLDLSPREEL P KHLTLNPF ...文字列:
SRYRGPRFKK IRRLGALPGL TNKRPRAGSD LRNQSRSGKR SQYRIRLEEK QKLRFHYGIT ERQLLKYVRI ARKAKGSTGQ VLLQLLEMR LDNILFRLGM APTIPGARQL VNHRHILVNG RIVDIPSYRC KPQDTIMARD EQKSIALIQN SLDLSPREEL P KHLTLNPF PYKGLVNQII DSKWVGLKIN ELLVVEYYSR QT

+
分子 #38: 30S ribosomal protein S5, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S5, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 16.990775 KDa
配列文字列:
GFEENVVQVR RVTKVVKGGK HMRFRAIVVV GDKKGQVGVG VGKAKEVVSA VQKAAVDARR NIITVPMTKY LTFPHRNEAD YGAARVMLR PAAPGTGVIA GGAVRTVLEM AGVENALGKQ LGSNNALNNA RATIVAVQTM RQFSDVARDR GIPMEELWK

+
分子 #39: 30S ribosomal protein S6 alpha, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S6 alpha, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 12.974879 KDa
配列文字列:
PQCPPGLRQY ETMAVLRPDM TEDERLTLTQ KYEELLVAGG AMYVEVFNRG VIPLAYSIKR KNKAGETNNY LDGIYLLFTY FTKPESISP LEAALVTDDD VIRSSSFKIR KRKY

+
分子 #40: 30S ribosomal protein S7, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S7, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 16.804596 KDa
配列文字列:
SRRGTVEEKT AKSDPIYRNR LVNMLVNRIL KHGKKSLAYQ ILYRAVKKIQ QKTETNPLSV LRQAIRGVTP DIAVKARRVG GSTHQVPIE IGSTQGKALA IRWLLGAARK RPGRNMAFKL SSELVDAAKG SGDAVRKKEE THRMAEANRA FA

+
分子 #41: 30S ribosomal protein S8, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S8, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 15.527256 KDa
配列文字列:
MGKDTIADII TCIRNADMNR KGTVRIVSTN ITENIVKILL REGFIENARK HQERNKYFLV LTLRHRRNKK GPYLNTFHLK RVSRPGLRI YSNYQRIPRI LGGMGIAILS TSRGIMTDRE ARLEGIGGEI LCYIW

+
分子 #42: 30S ribosomal protein S9, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S9, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 15.479046 KDa
配列文字列:
EKFVKSRLPG GFAAQTVIGT GRRKCAIARV VLQEGTGKFI INYRDAKEYL QGNPLWLQYV KTPLATLGYE TNYDVFVKAH GGGLSGQAQ AISLGVARAL LKVSASHRAP LKQEGLLTRD SRIVERKKPG LKKARKAPQF SK

+
分子 #43: 30S ribosomal protein S10 alpha, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S10 alpha, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 11.355478 KDa
配列文字列:
KIRIKLRSYW VPLIEDSCKQ IMDAARTTNA KIMGPVPLPT KKRIYCVLKS PHVHKDARFH FEIRTHQRLI DILYPTAQTI DSLMQLDLP AGVDVEVKL

+
分子 #44: 30S ribosomal protein S11, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S11, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 11.844781 KDa
配列文字列:
VIHVQASFNN TIVTVTDVRG RVVSWASAGT CGFRGTKRGT PFAAQTAAGN AIRTVVEQGM QRAEVMIKGP GLGRDAALRA IRRSGILLS FVRDVTPMPH NGCRPPKKRR V

+
分子 #45: 30S ribosomal protein S12, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S12, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 13.663064 KDa
配列文字列:
PTIKQLIRNT RQPIRNVTKS PALRGCPQRR GTCTRVYTIT PKKPNSALRK VARVRLTSGF EITAYIPGIG HNLQEHSVVL VRGGRVKDL PGVRYHIVRG TLDAVGVKDR QQGRSKYGVK KPK

+
分子 #46: 30S ribosomal protein S13, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S13, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 13.077212 KDa
配列文字列:
VRVGNVEIPN NKRVEYSLQY IHGIGRSRAR QILCDLTLEN KLTKELSEDE LLQVRDEVTK YMIEGDLRRF NAIAIRRLKE IQCYRGVRH IQGLPCRGQR TKNNCRTLKR GK

+
分子 #47: 30S ribosomal protein S14, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S14, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 11.728654 KDa
配列文字列:
ARKSLIQREK KRRNLEQKYH LIRRSSKQEI RKVTSLSDKW EIHGKLQSPP RNSAPARLHR RCFLTGRPRA NYRDFGLSGH ILREMVHTC LLPGATRSSW

+
分子 #48: 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S15, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 8.623268 KDa
配列文字列:
NKGSVEFQVF CFTNKIRRLT LHLELHKKDY SSQRGLRKTL GKRQRLLAYL LKINGVRYKE LISKLNIREL KT

+
分子 #49: 30S ribosomal protein S16, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S16, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 9.607287 KDa
配列文字列:
MVKLRLKRCG RKQRAVYRIV AIDVRSRREG RDLQKVGFYD PIKSQTYLNV PAILDFLEKG AQPTETVYDI LKRAEVFKEF R

+
分子 #50: 30S ribosomal protein S17, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S17, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 9.686324 KDa
配列文字列:
MRSMQGKVIC ATNDKTVNVE VVRLAPHPKY KRRVRKKKKY QAHDPDNQFK VGDWVQLDKC RPISKTKTFL AVAPEGRQSS ATRP

+
分子 #51: 30S ribosomal protein S18, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S18, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 6.281497 KDa
配列文字列:
RIDYRNMSLI SRFISEQGKI LSRRVNRLTL KQQRLITSAI KQARILSLLP FLN

+
分子 #52: 30S ribosomal protein S19, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S19, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 52 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 9.28199 KDa
配列文字列:
LKKNPFVANH LLRKIEKLNK KAEKEIIVTW SRASTIIPTM IGHTIAIHNG REHLPIYITD RMVGHKLGEF APTLNFRGHA K

+
分子 #53: 30S ribosomal protein S20, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S20, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 53 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 11.668623 KDa
配列文字列:
LKKADSAAKR TRQAETRRLR NKARKSEVKT RMRKVFEALD ALKKKSGAST EELVPIDNLI AEAYSAIDKA VVKGTLHRNT AARRKSRLA RNKKVVEIHH GWY

+
分子 #54: 30S ribosomal protein S21, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S21, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 54 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 7.353333 KDa
配列文字列:
AYNVQVLVDD NENEERLLNR FRREVMRAGV IQECKRRRYF ENKQEEKKRK HREAAKRNS

+
分子 #55: Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic

分子名称: Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 55 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 11.938726 KDa
配列文字列:
SSVKLILQGR NLEVSDNVRS HVEDKVGKSV AKHSHLVREV DVRLSARGGD LSKGPKLRRC EVTLFTKRHG VIRAEEDAES LYSSIDLVS SIIQRKLRKI KDKVSDH

+
分子 #56: 30S ribosomal protein S31, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S31, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 56 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 4.104751 KDa
配列文字列:
GRGDRKTAKG KRFNHSFGNA RPKNKNKGRG PPKAPIF

+
分子 #57: bS1c

分子名称: bS1c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 57 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 14.485838 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #58: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 58 / コピー数: 343 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #59: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 59 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 4.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 130300
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6eri:
Structure of the chloroplast ribosome with chl-RRF and hibernation-promoting factor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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