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- EMDB-39162: CryoEM structure of M. tuberculosis ClpC1P1P2 complex bound to bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39162
タイトルCryoEM structure of M. tuberculosis ClpC1P1P2 complex bound to bortezomib, conformation 1
マップデータ
試料
  • 複合体: CryoEM structure of M. tuberculosis ClpC1P1P2 complex bound to bortezomib, conformation 1
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Beta-casein
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL)-L-PHENYLALANINAMIDE
キーワードMycobacterium tuberculosis / Caseinolytic protease system / Activation / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


response to 11-deoxycorticosterone / response to dehydroepiandrosterone / negative regulation of lactation / potassium channel inhibitor activity / endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / antioxidant activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity ...response to 11-deoxycorticosterone / response to dehydroepiandrosterone / negative regulation of lactation / potassium channel inhibitor activity / endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / antioxidant activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein folding chaperone / peptidoglycan-based cell wall / response to progesterone / regulation of blood pressure / Golgi lumen / negative regulation of inflammatory response / response to estradiol / ATPase binding / response to heat / serine-type endopeptidase activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / extracellular space / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Casein, beta / Casein, alpha/beta / Casein / Casein alpha/beta, conserved site / Caseins alpha/beta signature. / UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpP, Ser active site ...Casein, beta / Casein, alpha/beta / Casein / Casein alpha/beta, conserved site / Caseins alpha/beta signature. / UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / Clp, repeat (R) domain / Clp repeat (R) domain profile. / : / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp, N-terminal domain superfamily / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / ClpP/crotonase-like domain superfamily / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-casein / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2 / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1 / ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) / Bos grunniens (ヤク)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Zhou B / Zhao H / Gao Y / Chen X / Zhang T / He J / Xiong X
資金援助 中国, 9件
OrganizationGrant number国
Other government2021YFA1300903
Other government2021YFA1300904
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32300152 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81973372 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32170189 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32241021 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82341085 中国
Other government2022A1515110505
Other government2022M723164
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Activation mechanism of caseinolytic chaperone-protease system in Mycobacterium tuberculosis by the anti-cancer drug bortezomib
著者: Zhou B / Zhao H / Gao Y / Chen X / Zhang T / He J / Xiong X
履歴
登録2024年2月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月19日-
マップ公開2025年3月19日-
更新2025年3月19日-
現状2025年3月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39162.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39162.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.71 Å/pix.
x 512 pix.
= 363.52 Å		0.71 Å/pix.
x 512 pix.
= 363.52 Å		0.71 Å/pix.
x 512 pix.
= 363.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.71 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.077104285 - 0.5467951
平均 (標準偏差)0.0028973012 (±0.015890343)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 363.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_39162_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39162_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39162_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CryoEM structure of M. tuberculosis ClpC1P1P2 complex bound to bo...

全体名称: CryoEM structure of M. tuberculosis ClpC1P1P2 complex bound to bortezomib, conformation 1
要素
  • 複合体: CryoEM structure of M. tuberculosis ClpC1P1P2 complex bound to bortezomib, conformation 1
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Beta-casein
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL)-L-PHENYLALANINAMIDE

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超分子 #1: CryoEM structure of M. tuberculosis ClpC1P1P2 complex bound to bo...

超分子名称: CryoEM structure of M. tuberculosis ClpC1P1P2 complex bound to bortezomib, conformation 1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

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分子 #1: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1

分子名称: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) / 株: H37Rv
分子量理論値: 73.270336 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SLVLDQFGRN LTAAAMEGKL DPVIGREKEI ERVMQVLSRR TKNNPVLIGE PGVGKTAVVE GLAQAIVHGE VPETLKDKQL YTLDLGSLV AGSRYRGDFE ERLKKVLKEI NTRGDIILFI DALHTLVGAG AAEGAIDAAS ILKPKLARGE LQTIGATTLD E YRKYIEKD ...文字列:
SLVLDQFGRN LTAAAMEGKL DPVIGREKEI ERVMQVLSRR TKNNPVLIGE PGVGKTAVVE GLAQAIVHGE VPETLKDKQL YTLDLGSLV AGSRYRGDFE ERLKKVLKEI NTRGDIILFI DALHTLVGAG AAEGAIDAAS ILKPKLARGE LQTIGATTLD E YRKYIEKD AALERRFQPV QVGEPTVEHT IEILKGLRDR YEAHHRVSIT DAAMVAAATL ADRYINDRFL PDKAIDLIDE AG ARMRIRR MTAPPDLREF DEKIAEARRE KESAIDAQDS EKAASLRDRE KTLVAQRAER EKQWRSGDLD VVAEVDDEQI AEV LGNWTG IPVFKLTEAE TTRLLRMEEE LHKRIIGQED AVKAVSKAIR RTRAGLKDPK RPSGSFIFAG PSGVGKTELS KALA NFLFG DDDALIQIDM GEFHDRFTAS RLFGAPPGYV GYEEGGQLTE KVRRKPFSVV LFDAIEKAHQ EIYNSLLQVL EDGRL TDGQ GRTVDFKNTV LIFTSNLGTS DISKPVGLGF SKGGGENDYE RMKQKVNDEL KKHFRPEFLN RIDDIIVFHQ LTREEI IRM VDLMISRVAG QLKSKDMALV LTDAAKALLA KRGFDPVLGA RPLRRTIQRE IEDQLSEKIL FEEVGPGQVV TVDVDNW DG EGPGEDAVFT FTGTR

UniProtKB: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1

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分子 #2: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2

分子名称: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO / EC番号: endopeptidase Clp
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) / 株: H37Rv
分子量理論値: 19.869652 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
SNPYNKLFEE RIIFLGVQVD DASANDIMAQ LLVLESLDPD RDITMYINSP GGGFTSLMAI YDTMQYVRAD IQTVCLGQAA SAAAVLLAA GTPGKRMALP NARVLIHQPS LSGVIQGQFS DLEIQAAEIE RMRTLMETTL ARHTGKDAGV IRKDTDRDKI L TAEEAKDY GIIDTVLEYR KLS

UniProtKB: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2

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分子 #3: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1

分子名称: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO / EC番号: endopeptidase Clp
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) / 株: H37Rv
分子量理論値: 19.383111 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
SLTDSVYERL LSERIIFLGS EVNDEIANRL CAQILLLAAE DASKDISLYI NSPGGSISAG MAIYDTMVLA PCDIATYAMG MAASMGEFL LAAGTKGKRY ALPHARILMH QPLGGVTGSA ADIAIQAEQF AVIKKEMFRL NAEFTGQPIE RIEADSDRDR W FTAAEALE YGFVDHIITR

UniProtKB: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1

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分子 #4: Beta-casein

分子名称: Beta-casein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos grunniens (ヤク)
分子量理論値: 2.624252 KDa
配列文字列:
MKVLILACLV ALALARELEE LNVP

UniProtKB: Beta-casein

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 7 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #6: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 7 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #7: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #8: N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL...

分子名称: N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL)-L-PHENYLALANINAMIDE
タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 14 / 式: BO2
分子量理論値: 384.237 Da
Chemical component information

ChemComp-BO2:
N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL)-L-PHENYLALANINAMIDE / ボルテゾミブ / 薬剤, 抗がん剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6vgq

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 95184
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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