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万見
- EMDB-38020: Radial spoke head-neck dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38020
タイトルRadial spoke head-neck dimer
マップデータRS head-neck dimer composite map
試料
  • 複合体: Radial spoke head-neck dimer
    • タンパク質・ペプチド: DPY30 domain containing 2
    • タンパク質・ペプチド: DnaJ homolog subfamily B member 13
    • タンパク質・ペプチド: Radial spoke head protein 3 homolog B
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoside diphosphate kinase homolog 5
    • タンパク質・ペプチド: Radial spoke head 1 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Radial spoke head protein 4 homolog A
    • タンパク質・ペプチド: Radial spoke head protein 9 homolog
キーワードradial spoke / cilia / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


radial spoke head 1 / radial spoke head 2 / radial spoke head 3 / radial spoke assembly / maintenance of ciliary planar beating movement pattern / outer dense fiber / axonemal central apparatus assembly / radial spoke head / radial spoke / mating ...radial spoke head 1 / radial spoke head 2 / radial spoke head 3 / radial spoke assembly / maintenance of ciliary planar beating movement pattern / outer dense fiber / axonemal central apparatus assembly / radial spoke head / radial spoke / mating / kinocilium / cilium movement involved in cell motility / epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement / : / 9+2 motile cilium / cilium movement / motile cilium assembly / axoneme assembly / flagellated sperm motility / ventricular system development / Set1C/COMPASS complex / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / motile cilium / meiotic spindle / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / axoneme / chaperone cofactor-dependent protein refolding / spermatid development / cilium assembly / sperm flagellum / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / 3'-5' exonuclease activity / meiotic cell cycle / condensed nuclear chromosome / establishment of localization in cell / response to reactive oxygen species / cilium / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / extracellular region / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Nucleoside-diphosphate kinase-like NDK-H5 / Radial spokehead-like protein / Radial spoke 3 / Radial spokehead-like protein / Radial spoke protein 3 / Sdc1/DPY30 / Dpy-30 motif / Dpy-30 motif / Possible plasma membrane-binding motif in junctophilins, PIP-5-kinases and protein kinases. ...: / Nucleoside-diphosphate kinase-like NDK-H5 / Radial spokehead-like protein / Radial spoke 3 / Radial spokehead-like protein / Radial spoke protein 3 / Sdc1/DPY30 / Dpy-30 motif / Dpy-30 motif / Possible plasma membrane-binding motif in junctophilins, PIP-5-kinases and protein kinases. / HSP40/DnaJ peptide-binding / Chaperone DnaJ, C-terminal / DnaJ C terminal domain / MORN motif / MORN repeat / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / DnaJ domain / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DnaJ homolog subfamily B member 13 / Radial spoke head protein 4 homolog A / Radial spoke head 1 homolog / Nucleoside diphosphate kinase homolog 5 / DPY30 domain containing 2 / Radial spoke head protein 9 homolog / Radial spoke head protein 3 homolog B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å
データ登録者Meng X / Cong Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Multi-scale structures of the mammalian radial spoke and divergence of axonemal complexes in ependymal cilia.
著者: Xueming Meng / Cong Xu / Jiawei Li / Benhua Qiu / Jiajun Luo / Qin Hong / Yujie Tong / Chuyu Fang / Yanyan Feng / Rui Ma / Xiangyi Shi / Cheng Lin / Chen Pan / Xueliang Zhu / Xiumin Yan / Yao Cong /
要旨: Radial spokes (RS) transmit mechanochemical signals between the central pair (CP) and axonemal dynein arms to coordinate ciliary motility. Atomic-resolution structures of metazoan RS and structures ...Radial spokes (RS) transmit mechanochemical signals between the central pair (CP) and axonemal dynein arms to coordinate ciliary motility. Atomic-resolution structures of metazoan RS and structures of axonemal complexes in ependymal cilia, whose rhythmic beating drives the circulation of cerebrospinal fluid, however, remain obscure. Here, we present near-atomic resolution cryo-EM structures of mouse RS head-neck complex in both monomer and dimer forms and reveal the intrinsic flexibility of the dimer. We also map the genetic mutations related to primary ciliary dyskinesia and asthenospermia on the head-neck complex. Moreover, we present the cryo-ET and sub-tomogram averaging map of mouse ependymal cilia and build the models for RS1-3, IDAs, and N-DRC. Contrary to the conserved RS structure, our cryo-ET map reveals the lack of IDA-b/c/e and the absence of Tektin filaments within the A-tubule of doublet microtubules in ependymal cilia compared with mammalian respiratory cilia and sperm flagella, further exemplifying the structural diversity of mammalian motile cilia. Our findings shed light on the stepwise mammalian RS assembly mechanism, the coordinated rigid and elastic RS-CP interaction modes beneficial for the regulation of asymmetric ciliary beating, and also facilitate understanding on the etiology of ciliary dyskinesia-related ciliopathies and on the ependymal cilia in the development of hydrocephalus.
履歴
登録2023年11月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月7日-
マップ公開2024年2月7日-
更新2024年2月7日-
現状2024年2月7日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38020.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38020.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RS head-neck dimer composite map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.854 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.14
最小 - 最大0.0 - 2.163842
平均 (標準偏差)0.0006550103 (±0.01457182)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 478.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Radial spoke head-neck dimer

全体名称: Radial spoke head-neck dimer
要素
  • 複合体: Radial spoke head-neck dimer
    • タンパク質・ペプチド: DPY30 domain containing 2
    • タンパク質・ペプチド: DnaJ homolog subfamily B member 13
    • タンパク質・ペプチド: Radial spoke head protein 3 homolog B
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoside diphosphate kinase homolog 5
    • タンパク質・ペプチド: Radial spoke head 1 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Radial spoke head protein 4 homolog A
    • タンパク質・ペプチド: Radial spoke head protein 9 homolog

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超分子 #1: Radial spoke head-neck dimer

超分子名称: Radial spoke head-neck dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: DPY30 domain containing 2

分子名称: DPY30 domain containing 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 18.235326 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MYPYDVPDYA ENLYFQGAAA MDTAYLKNCF GTGLTQALAE VARVRPSDPI EYLAHWLYHY RSITVAEEKR RQEELQLKEA RDRSAEEAK TTEMLKEEGY QIQQKCEKCH QELPSTSFSS DKTPALQEDT APLEEKTMRQ ESQPGASRVI SEMPQRAIPS

UniProtKB: DPY30 domain containing 2

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分子 #2: DnaJ homolog subfamily B member 13

分子名称: DnaJ homolog subfamily B member 13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 40.119445 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKENLYFQG AAAMGLDYYA VLQVTRNSED AQIKKAYRKL ALKNHPLKSS EPGAPEIFKQ IAEAYDVLS DPVKRGIYDK FGEEGLKGGI PLEFGSQTPW TTGYVFHGNP DKVFHEFFGG DNPFSEFFDA EGNDIDLNFG G LWGRGVQK ...文字列:
MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKENLYFQG AAAMGLDYYA VLQVTRNSED AQIKKAYRKL ALKNHPLKSS EPGAPEIFKQ IAEAYDVLS DPVKRGIYDK FGEEGLKGGI PLEFGSQTPW TTGYVFHGNP DKVFHEFFGG DNPFSEFFDA EGNDIDLNFG G LWGRGVQK QDPPIERDLY LSLEDLFFGC TKKIKISRRV LNEDRYSSTI KDKILTIDVR PGWRQGTRIT FEKEGDQGPN II PADIIFI VKEKLHPRFR REHDNLFFVY PIPLGKALTC CTVEVKTLDD RLLNIPINDI VHPKYFKIVP GEGMPLPENP SKK GDLFIF FDIQFPTRLT PQKKQMLRQA LLT

UniProtKB: DnaJ homolog subfamily B member 13

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分子 #3: Radial spoke head protein 3 homolog B

分子名称: Radial spoke head protein 3 homolog B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 45.23427 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTDRNPRTAE ASGLYTYSSR PRAVACQRRR HRDSILQPVE EPMSYGNIMY DRRVIRGNTY ALPTGQVPGQ PDPLELQRQQ QARRRALAR KRAQEQLKPR TPEPVEGRKH VDIQTELYLE EIADRIVEVD MECQTDAFLD RPPTPLFIPA KTGKDVATQI L GGELFDFD ...文字列:
MTDRNPRTAE ASGLYTYSSR PRAVACQRRR HRDSILQPVE EPMSYGNIMY DRRVIRGNTY ALPTGQVPGQ PDPLELQRQQ QARRRALAR KRAQEQLKPR TPEPVEGRKH VDIQTELYLE EIADRIVEVD MECQTDAFLD RPPTPLFIPA KTGKDVATQI L GGELFDFD LEVKPMLEVL VGKTIEQSLL EVMEEEELAN LRARQYAYEE IRNVELAEVQ RLEEQERRHR EEKERRKKQQ WE IVHKRNE TLQKISALIF ARQYLANLLP SVFDKLRNSG FFYDPIERDI EVGFLPWLMN EVEKSMEHSM VGRTVLDMLI RDV VERRIN DYEHKEAMPP GQKTNVINGP NTVTDPSVTT LHTQKPVLDR VSSQPAPSQE RKPVEEGGHL MAE

UniProtKB: Radial spoke head protein 3 homolog B

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分子 #4: Nucleoside diphosphate kinase homolog 5

分子名称: Nucleoside diphosphate kinase homolog 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.547516 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEQKLISEED LGSGMEVSMP LPQIYVEKTL ALIKPDVVDK EEEIQDIILG SGFTIIQRRK LHLSPEHCSN FYVEQYGKMF FPNLTAYMS SGPLVAMILA RHKAISYWKE LMGPSNSLVA KETHPDSLRA IYGTDELRNA LHGSNDFAAS EREIRFMFPA V IIEPIPIG ...文字列:
MEQKLISEED LGSGMEVSMP LPQIYVEKTL ALIKPDVVDK EEEIQDIILG SGFTIIQRRK LHLSPEHCSN FYVEQYGKMF FPNLTAYMS SGPLVAMILA RHKAISYWKE LMGPSNSLVA KETHPDSLRA IYGTDELRNA LHGSNDFAAS EREIRFMFPA V IIEPIPIG QAAKDYINLY VAPTLLQGLT ELCKEKPPDP YLWLADWLMK NNPNKPKLCH FPVTEEP

UniProtKB: Nucleoside diphosphate kinase homolog 5

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分子 #5: Radial spoke head 1 homolog

分子名称: Radial spoke head 1 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 35.592766 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MWSHPQFEKG SGMSDLGSEE LEEEGENDLG EYEGERNEVG ERHGHGKARL PNGDTYEGSY EFGKRHGQGT YKFKNGARYT GDYVKNKKH GQGTFIYPDG SRYEGEWADD QRHGQGVYYY VNNDTYTGEW FNHQRHGQGT YLYAETGSKY VGTWVHGQQE G AAELIHLN ...文字列:
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UniProtKB: Radial spoke head 1 homolog

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分子 #6: Radial spoke head protein 4 homolog A

分子名称: Radial spoke head protein 4 homolog A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 80.214102 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MENSTSLKQE KENQEPGEAE RLWQGESDVS PQEPGPPSPE YREEEQRTDT EPAPRMSPSW SHQSRVSLST GDLTAGPEVS SSPPPPPLQ FHSTPLNTET TQDPVAASPT EKTANGIADT GTPYSDPWES SSAAKQSTSH YTSHAEESTF PQSQTPQPDL C GLRDASRN ...文字列:
MENSTSLKQE KENQEPGEAE RLWQGESDVS PQEPGPPSPE YREEEQRTDT EPAPRMSPSW SHQSRVSLST GDLTAGPEVS SSPPPPPLQ FHSTPLNTET TQDPVAASPT EKTANGIADT GTPYSDPWES SSAAKQSTSH YTSHAEESTF PQSQTPQPDL C GLRDASRN KSKHKGLRFD LLQEEGSDSN CDPDQPEVGA SEAAQSMLEV AIQNAKAYLL STSSKSGLNL YDHLSKVLTK IL DERPADA VDIIENISQD VKMAHFNKKL DTLHNEYEML PAYEIAETQK ALFLQGHLEG ADSELEEEMA ESSLPNVMES AYY FEQAGV GLGTDETYRV FLALKQLTDT HPIQRCRFWG KILGLEMNYI VAEVEFRDGE DEEEVEEEGI AEERDNGGSE AGEE EEEEL PKSLYKAPQV IPKEESRTGA NKYVYFVCNV PGRPWVRLPS VTPAQIVTAR KIKKFFTGRL DAAVISYPPF PGNES NYLR AQIARISAGT HVSPLGFYQF GEEEGEEEEV EGGRDSYEEN PDFEGIQVID LVESLSNWVH HVQYILPQGR CNWFNP IQK DEDEEEEEEE DEEKGEEPDY IEQEVGPPLL TPISEDLGIQ NIPSWTTQLS SNLIPQYAIA VLRSNLWPGA YAFSNGK KF ENFYIGWGHK YCVENYTPPS PPPVYQEYPS GPEITEMNDP SVEEEQAFRM TQEPVALSTE ENEGTEDEDE DDED

UniProtKB: Radial spoke head protein 4 homolog A

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分子 #7: Radial spoke head protein 9 homolog

分子名称: Radial spoke head protein 9 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 31.365902 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDADSLLLSL ELASGSGQGL SPDRRASLLT SLMLVKRDYR FARVLFWGRI LGLVADYYIA QGLSEDQLAP RKTLYSLNCT EWSLLPPAT EEMAMQISVV SGRFMGDPSH EYEHTELQKV NEGEKVFDEE VVVQIKEETR LVSIIDQIDK AVAIIPRGAL F KTPFGVTH ...文字列:
MDADSLLLSL ELASGSGQGL SPDRRASLLT SLMLVKRDYR FARVLFWGRI LGLVADYYIA QGLSEDQLAP RKTLYSLNCT EWSLLPPAT EEMAMQISVV SGRFMGDPSH EYEHTELQKV NEGEKVFDEE VVVQIKEETR LVSIIDQIDK AVAIIPRGAL F KTPFGVTH VNRTFEGLPL SEVRKLSSYF HFREAIDLKN KTLLEKSDLE PSLDFLDSLE YDIPRGSWSI QMERGNALVV LR SLLWPGL TFYHAPRTKN YGYIYVGTGE KNMDLPFML

UniProtKB: Radial spoke head protein 9 homolog

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 338084
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る