[日本語] English
万見
- EMDB-37243: Structure of the human ATP synthase bound to bedaquiline (membran... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37243
タイトルStructure of the human ATP synthase bound to bedaquiline (membrane domain)
マップデータ
試料
  • 複合体: human ATP synthase
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
  • リガンド: x 1種
キーワードATP synthase / Human / cryo-EM / Membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of ATP by chemiosmotic coupling / Cristae formation / ATP biosynthetic process / Mitochondrial protein import / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / oxidative phosphorylation / response to copper ion / : / : / : ...Formation of ATP by chemiosmotic coupling / Cristae formation / ATP biosynthetic process / Mitochondrial protein import / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / oxidative phosphorylation / response to copper ion / : / : / : / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / : / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / response to hyperoxia / proton transmembrane transport / Mitochondrial protein degradation / substantia nigra development / aerobic respiration / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / nuclear membrane / mitochondrial inner membrane / hydrolase activity / mitochondrial matrix / lipid binding / mitochondrion / RNA binding / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
ATP synthase, F0 complex, subunit G, mitochondrial / ATP synthase, F0 complex, subunit E, mitochondrial / ATP synthase subunit ATP5MJ, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase subunit g, animal / Mitochondrial ATP synthase g subunit / ATP synthase E chain / Mitochondrial proteolipid / ATP synthase protein 8, metazoa / Mitochondrial F1-F0 ATP synthase subunit F, predicted / ATP synthase protein 8, mammals ...ATP synthase, F0 complex, subunit G, mitochondrial / ATP synthase, F0 complex, subunit E, mitochondrial / ATP synthase subunit ATP5MJ, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase subunit g, animal / Mitochondrial ATP synthase g subunit / ATP synthase E chain / Mitochondrial proteolipid / ATP synthase protein 8, metazoa / Mitochondrial F1-F0 ATP synthase subunit F, predicted / ATP synthase protein 8, mammals / ATP synthase protein 8 / Mitochondrial F1F0-ATP synthase, subunit f / : / Metazoan delta subunit of F1F0-ATP synthase, C-terminal domain / ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit B/MI25 / ATP synthase, F0 complex, subunit B / Mitochondrial ATP synthase B chain precursor (ATP-synt_B) / ATP synthase, F0 complex, subunit D, mitochondrial / ATP synthase D chain, mitochondrial (ATP5H) / ATP synthase, F0 complex, subunit D superfamily, mitochondrial / ATP synthase, F0 complex, subunit A, bacterial/mitochondria / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit, mitochondrial / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit superfamily, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase epsilon chain / ATP synthase, F0 complex, subunit A / ATP synthase, F0 complex, subunit A, active site / ATP synthase, F0 complex, subunit A superfamily / ATP synthase A chain / ATP synthase a subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit, N-terminal / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, beta-sandwich domain / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit conserved site / ATP synthase gamma subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit superfamily / ATP synthase / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP synthase subunit d, mitochondrial / ATP synthase subunit g, mitochondrial / ATP synthase subunit a / ATP synthase protein 8 / ATP synthase F(0) complex subunit C1, mitochondrial / ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial / ATP synthase subunit delta, mitochondrial / ATP synthase subunit gamma, mitochondrial / ATP synthase subunit f, mitochondrial / ATP synthase subunit ATP5MJ, mitochondrial ...ATP synthase subunit d, mitochondrial / ATP synthase subunit g, mitochondrial / ATP synthase subunit a / ATP synthase protein 8 / ATP synthase F(0) complex subunit C1, mitochondrial / ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial / ATP synthase subunit delta, mitochondrial / ATP synthase subunit gamma, mitochondrial / ATP synthase subunit f, mitochondrial / ATP synthase subunit ATP5MJ, mitochondrial / ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial / ATP synthase subunit e, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Lai Y / Zhang Y / Gong H
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81520108019 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32100976 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82222042 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Mycobacterium tuberculosis ATP synthase
著者: Zhang Y / Lai Y / Liu F / Rao Z / Gong H
履歴
登録2023年8月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月1日-
マップ公開2024年5月1日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_37243.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37243.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.73 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.47485363 - 0.75829154
平均 (標準偏差)0.00009921204 (±0.016136695)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 373.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_37243_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_37243_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : human ATP synthase

全体名称: human ATP synthase
要素
  • 複合体: human ATP synthase
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase F(0) complex subunit C1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit gamma, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit delta, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit d, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit a
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit ATP5MJ, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase protein 8
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit f, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit g, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit e, mitochondrial
  • リガンド: Bedaquiline

+
超分子 #1: human ATP synthase

超分子名称: human ATP synthase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: ATP synthase F(0) complex subunit C1, mitochondrial

分子名称: ATP synthase F(0) complex subunit C1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.610954 KDa
配列文字列:
DIDTAAKFIG AGAATVGVAG SGAGIGTVFG SLIIGYARNP SLKQQLFSYA ILGFALSEAM GLFCLMVAFL ILFAM

UniProtKB: ATP synthase F(0) complex subunit C1, mitochondrial

+
分子 #2: ATP synthase subunit gamma, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit gamma, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.207752 KDa
配列文字列: ATLKDITRRL KSIKNIQKIT KSMKMVAAAK YARAERELKP ARIYGLGSLA LYEKADIKGP EDKKKHLLIG VSSDRGLCGA IHSSIAKQM KSEVATLTAA GKEVMLVGIG DKIRGILYRT HSDQFLVAFK EVGRKPPTFG DASVIALELL NSGYEFDEGS I IFNKFRSV ...文字列:
ATLKDITRRL KSIKNIQKIT KSMKMVAAAK YARAERELKP ARIYGLGSLA LYEKADIKGP EDKKKHLLIG VSSDRGLCGA IHSSIAKQM KSEVATLTAA GKEVMLVGIG DKIRGILYRT HSDQFLVAFK EVGRKPPTFG DASVIALELL NSGYEFDEGS I IFNKFRSV ISYKTEEKPI FSLNTVASAD SMSIYDDIDA DVLQNYQEYN LANIIYYSLK ESTTSEQSAR MTAMDNASKN AS EMIDKLT LTFNRTRQAV ITKELIEIIS GAAALD

UniProtKB: ATP synthase subunit gamma, mitochondrial

+
分子 #3: ATP synthase subunit delta, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit delta, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.029817 KDa
配列文字列:
AEAAAAPAAA SGPNQMSFTF ASPTQVFFNG ANVRQVDVPT LTGAFGILAA HVPTLQVLRP GLVVVHAEDG TTSKYFVSSG SIAVNADSS VQLLAEEAVT LDMLDLGAAK ANLEKAQAEL VGTADEATRA EIQIRIEANE ALVKALE

UniProtKB: ATP synthase subunit delta, mitochondrial

+
分子 #4: ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 5.790779 KDa
配列文字列:
MVAYWRQAGL SYIRYSQICA KAVRDALKTE FKANAEKTSG SNVKIVKVKK E

UniProtKB: ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial

+
分子 #5: ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial

分子名称: ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.658586 KDa
配列文字列: PVPPLPEYGG KVRYGLIPEE FFQFLYPKTG VTGPYVLGTG LILYALSKEI YVISAETFTA LSVLGVMVYG IKKYGPFVAD FADKLNEQK LAQLEEAKQA SIQHIQNAID TEKSQQALVQ KRHYLFDVQR NNIAMALEVT YRERLYRVYK EVKNRLDYHI S VQNMMRRK ...文字列:
PVPPLPEYGG KVRYGLIPEE FFQFLYPKTG VTGPYVLGTG LILYALSKEI YVISAETFTA LSVLGVMVYG IKKYGPFVAD FADKLNEQK LAQLEEAKQA SIQHIQNAID TEKSQQALVQ KRHYLFDVQR NNIAMALEVT YRERLYRVYK EVKNRLDYHI S VQNMMRRK EQEHMINWVE KHVVQSISTQ QEKETIAKCI ADLKLLAKKA QAQPVM

UniProtKB: ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial

+
分子 #6: ATP synthase subunit d, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit d, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.383982 KDa
配列文字列:
AGRKLALKTI DWVAFAEIIP QNQKAIASSL KSWNETLTSR LAALPENPPA IDWAYYKANV AKAGLVDDFE KKFNALKVPV PEDKYTAQV DAEEKEDVKS CAEWVSLSKA RIVEYEKEME KMKNLIPFDQ MTIEDLNEAF PETKLDKKKY PYWPHQPIEN L

UniProtKB: ATP synthase subunit d, mitochondrial

+
分子 #7: ATP synthase subunit a

分子名称: ATP synthase subunit a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.833102 KDa
配列文字列: MNENLFASFI APTILGLPAA VLIILFPPLL IPTSKYLINN RLITTQQWLI KLTSKQMMTM HNTKGRTWSL MLVSLIIFIA TTNLLGLLP HSFTPTTQLS MNLAMAIPLW AGTVIMGFRS KIKNALAHFL PQGTPTPLIP MLVIIETISL LIQPMALAVR L TANITAGH ...文字列:
MNENLFASFI APTILGLPAA VLIILFPPLL IPTSKYLINN RLITTQQWLI KLTSKQMMTM HNTKGRTWSL MLVSLIIFIA TTNLLGLLP HSFTPTTQLS MNLAMAIPLW AGTVIMGFRS KIKNALAHFL PQGTPTPLIP MLVIIETISL LIQPMALAVR L TANITAGH LLMHLIGSAT LAMSTINLPS TLIIFTILIL LTILEIAVAL IQAYVFTLLV SLYLHDNT

UniProtKB: ATP synthase subunit a

+
分子 #8: ATP synthase subunit ATP5MJ, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit ATP5MJ, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.673053 KDa
配列文字列:
MLQSIIKNIW IPMKPYYTKV YQEIWIGMGL MGFIVYKIRA ADKRSKALKA SAPAPGHH

UniProtKB: ATP synthase subunit ATP5MJ, mitochondrial

+
分子 #9: ATP synthase protein 8

分子名称: ATP synthase protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.000634 KDa
配列文字列:
MPQLNTTVWP TMITPMLLTL FLITQLKMLN TNYHLPPSPK PMKMKNYNKP WEPKWTKICS LHSLPPQS

UniProtKB: ATP synthase protein 8

+
分子 #10: ATP synthase subunit f, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit f, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.804686 KDa
配列文字列:
ASVGECPAPV PVKDKKLLEV KLGELPSWIL MRDFSPSGIF GAFQRGYYRY YNKYINVKKG SISGITMVLA CYVLFSYSFS YKHLKHERL RKYH

UniProtKB: ATP synthase subunit f, mitochondrial

+
分子 #11: ATP synthase subunit g, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit g, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.309226 KDa
配列文字列:
AQFVRNLVEK TPALVNAAVT YSKPRLATFW YYAKVELVPP TPAEIPRAIQ SLKKIVNSAQ TGSFKQLTVK EAVLNGLVAT EVLMWFYVG EIIGKRGIIG YDV

UniProtKB: ATP synthase subunit g, mitochondrial

+
分子 #12: ATP synthase subunit e, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit e, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.947215 KDa
配列文字列:
MVPPVQVSPL IKLGRYSALF LGVAYGATRY NYLKPRAEEE RRIAAEEKKK QDELKRIARE LAEDDSILK

UniProtKB: ATP synthase subunit e, mitochondrial

+
分子 #13: Bedaquiline

分子名称: Bedaquiline / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: BQ1
分子量理論値: 555.505 Da
Chemical component information

ChemComp-BQ1:
Bedaquiline / ベダキリン / 薬剤, 抗生剤*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8h9f

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 84037
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る