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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37228 | |||||||||
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タイトル | Structure of African swine fever virus topoisomerase II in complex with dsDNA | |||||||||
マップデータ | map | |||||||||
試料 |
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キーワード | topo 2 / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / host cell cytoplasm / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Jingyuan C / Yuhui X / Xuemei L / Chen Y | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of African swine fever virus topoisomerase II in complex with dsDNA 著者: Jingyuan C / Yuhui X / Xuemei L / Chen Y | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37228.map.gz | 96.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37228-v30.xml emd-37228.xml | 13.4 KB 13.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_37228_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_37228.png | 59.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37228.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_37228_half_map_1.map.gz emd_37228_half_map_2.map.gz | 79.5 MB 79.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37228 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37228 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8kgoMC 8kglC 8kgmC 8kgnC 8kgpC 8kgqC 8kgrC 8kgsC 8kgtC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37228.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.65 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: map
ファイル | emd_37228_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: halfmap
ファイル | emd_37228_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | halfmap | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : pP1192R
全体 | 名称: pP1192R |
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要素 |
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-超分子 #1: pP1192R
超分子 | 名称: pP1192R / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: dimer |
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由来(天然) | 生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) |
-分子 #1: DNA topoisomerase 2
分子 | 名称: DNA topoisomerase 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) |
分子量 | 理論値: 138.093359 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: EFATMEAFEI SDFKEHAKKK SMWAGALNKV TISGLMGVFT EDEDLMALPI HRDHCPALLK IFDEIIVNAT DHERACHNKT KKVTYIKIS FDKGVFSCEN DGPGIPIAKH EQASLIAKRD VYVPEVASCH FLAGTNINKA KDCIKGGTNG VGLKLAMVHS Q WAILTTAD ...文字列: EFATMEAFEI SDFKEHAKKK SMWAGALNKV TISGLMGVFT EDEDLMALPI HRDHCPALLK IFDEIIVNAT DHERACHNKT KKVTYIKIS FDKGVFSCEN DGPGIPIAKH EQASLIAKRD VYVPEVASCH FLAGTNINKA KDCIKGGTNG VGLKLAMVHS Q WAILTTAD GAQKYVQHIN QRLDIIEPPT ITPSREMFTR IELMPVYQEL GYAEPLSETE QADLSAWIYL RACQCAAYVG KG TTIYYND KPCRTGSVMA LAKMYTLLSA PNSTIHTATI KADAKPYSLH PLQVAAVVSP KFKKFEHVSV INGVNCVKGE HVT FLKKTI NEMVVKKFQQ TIKDKNRKTT LRDSCSNIFI VIVGSIPGIE WTGQRKDELS IAENVFKTHY SIPSSFLTSM TKSI VDILL QSISKKDNHK QVDVDKYTRA RNAGGKRAQD CMLLAAEGDS ALSLLRTGLT LGKSNPSGPS FDFCGMISLG GVIMN ACKK VTNITTDSGE TIMVRNEQLT NNKVLQGIVQ VLGLDFNCHY KTQEERAKLR YGCIVACVDQ DLDGCGKILG LLLAYF HLF WPQLIIHGFV KRLLTPLIRV YEKGKTMPVE FYYEQEFDAW AKKQTSLANH TVKYYKGLAA HDTHEVKSMF KHFDNMV YT FTLDDSAKEL FHIYFGGESE LRKRELCTGV VPLTETQTQS IHSVRRIPCS LHLQVDTKAY KLDAIERQIP NFLDGMTR A RRKILAGGVK CFASNNRERK VFQFGGYVAD HMFYHHGDMS LNTSIIKAAQ YYPGSSHLYP VFIGIGSFGS RHLGGKDAG SPRYISVQLA SEFIKTMFPA EDSWLLPYVF EDGQRAEPEY YVPVLPLAIM EYGANPSEGW KYTTWARQLE DILALVRAYV DKDNPKHEL LHYAIKHKIT ILPLRPSNYN FKGHLKRFGQ YYYSYGTYVI SEQRNIITIT ELPLRVPTVA YIESIKKSSN R MTFIEEII DYSSSETIEI LVKLKPNSLN RIVEEFKETE EQDSIENFLR LRNCLHSHLN FVKPKGGIIE FNTYYEILYA WL PYRRELY QKRLMREHAV LKLRIIMETA IVRYINESAE LNLSHYEDEK EASRILSEHG FPPLNHTLII SPEFASIEEL NQK ALQGCY TYILSLQARE LLIAAKTRRV EKIKKMQARL DKVEQLLQES PFPGASVWLE EIDAVEKAII KGRNTQWKFH ENLY FQGHH HHHHHH UniProtKB: DNA topoisomerase 2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |