- PDB-8kgt: Structure of African swine fever virus topoisomerase II in comple... -
+
データを開く
IDまたはキーワード:
読み込み中...
-
基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 8kgt
タイトル
Structure of African swine fever virus topoisomerase II in complex with dsDNA
要素
DNA topoisomerase 2DNAトポイソメラーゼ
キーワード
VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / topo 2
機能・相同性
機能・相同性情報
DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / host cell cytoplasm / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase II, eukaryotic-type / C-terminal associated domain of TOPRIM / C-terminal associated domain of TOPRIM / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site ...DNA topoisomerase II, eukaryotic-type / C-terminal associated domain of TOPRIM / C-terminal associated domain of TOPRIM / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold 類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA topoisomerase 2 類似検索 - 構成要素
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 20799 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.2 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 14.22
反射 シェル
解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.945 / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / Num. unique obs: 996 / CC1/2: 0.629 / CC star: 0.879 / % possible all: 99.4
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
PHENIX
5.8.0405
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
PHASER
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→42.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 7.478 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.31 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.24593
988
4.8 %
RANDOM
Rwork
0.19314
-
-
-
obs
0.19559
19793
99.56 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK