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- EMDB-36974: CryoEM structure of LonC protease S582A open pentamer with lysozyme -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36974
タイトルCryoEM structure of LonC protease S582A open pentamer with lysozyme
マップデータCryoEM map of LonC S582A open pentamer with lysozyme
試料
  • 複合体: CryoEM structure of LonC protease S582A open pentamer with lysozyme, AGS
    • タンパク質・ペプチド: Endopeptidase La
  • リガンド: Monothiophosphate
キーワードLon proteases / chaperone / open pentamer / lysozyme
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase La / ATP-dependent peptidase activity / protein catabolic process / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Lon protease, AAA domain / LonB-like, AAA domain / LonB, AAA+ ATPase LID domain, archaeal-type / Archaeal LonB, AAA+ ATPase LID domain / Lon proteolytic domain profile. / Peptidase S16, Lon proteolytic domain / Lon protease / Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Meiothermus taiwanensis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Li M / Hsieh K / Liu H / Zhang S / Gao Y / Gong Q / Zhang K / Chang C / Li S
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government 中国
引用ジャーナル: Fundam Res / 年: 2024
タイトル: Bifurcated assembly pathway and dual function of a Lon-like protease revealed by cryo-EM Analysis
著者: Li M / Liu H / Hsieh KY / Zhang S / Gao Y / Gong Q / Zhang K / Chang CI / Li S
履歴
登録2023年7月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月7日-
マップ公開2024年8月7日-
更新2024年8月7日-
現状2024年8月7日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36974.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36974.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM map of LonC S582A open pentamer with lysozyme
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 336 pix.
= 275.52 Å		0.82 Å/pix.
x 336 pix.
= 275.52 Å		0.82 Å/pix.
x 336 pix.
= 275.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.5300903 - 0.8892305
平均 (標準偏差)0.0043644467 (±0.030031098)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 275.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: CryoEM map of LonC S582A open pentamer with lysozyme

ファイルemd_36974_additional_1.map
注釈CryoEM map of LonC S582A open pentamer with lysozyme
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: CryoEM map of LonC S582A open pentamer with lysozyme

ファイルemd_36974_half_map_1.map
注釈CryoEM map of LonC S582A open pentamer with lysozyme
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: CryoEM map of LonC S582A open pentamer with lysozyme

ファイルemd_36974_half_map_2.map
注釈CryoEM map of LonC S582A open pentamer with lysozyme
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CryoEM structure of LonC protease S582A open pentamer with lysozy...

全体名称: CryoEM structure of LonC protease S582A open pentamer with lysozyme, AGS
要素
  • 複合体: CryoEM structure of LonC protease S582A open pentamer with lysozyme, AGS
    • タンパク質・ペプチド: Endopeptidase La
  • リガンド: Monothiophosphate

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超分子 #1: CryoEM structure of LonC protease S582A open pentamer with lysozy...

超分子名称: CryoEM structure of LonC protease S582A open pentamer with lysozyme, AGS
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Meiothermus taiwanensis (バクテリア)
分子量理論値: 400 KDa

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分子 #1: Endopeptidase La

分子名称: Endopeptidase La / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO / EC番号: endopeptidase La
由来(天然)生物種: Meiothermus taiwanensis (バクテリア)
分子量理論値: 80.542352 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRLSYEALEW RTPIENSTEP VSLPPPPPFF GQERAREALE LAIRGGFHAY LVGPPSLGKH EALLAYLSTQ SVETPPDLLY VPLSERKVA VLTLPSGQEI HLAEAVEGLL LEVNRLDELF RQGSFLREKT QLEARFKEAR EQQLEALRRE AQEAGFALST N GERLELTG ...文字列:
MRLSYEALEW RTPIENSTEP VSLPPPPPFF GQERAREALE LAIRGGFHAY LVGPPSLGKH EALLAYLSTQ SVETPPDLLY VPLSERKVA VLTLPSGQEI HLAEAVEGLL LEVNRLDELF RQGSFLREKT QLEARFKEAR EQQLEALRRE AQEAGFALST N GERLELTG PGPVPAELSA RLEEVTLGSL AASAELEVAL RRLRRDWALH YLNNRFEPLF QRFPQARAYL EALRARLARY AE TGEPLDP AQWRPNLLTS SSSGTPPPIV YEPYATAPRL FGRLDYLVDR GVWSTNVSLI RPGAVHRAQG GYLILDALSL KRE GTWEAF KRALRNGQVE PVTEPQAPAG LEVEPFPIQM QVILVGTPEA FEGLEEDPAF SELFRIRAEF SPTLPASPEN CTAL GGWLL AQGFQLTQGG LTRLYDEARR MAEQRDRMDA RLVEIRALAE EAAVLGGGLL TAESVEQAIA AREHRSFLSE EEFLR AVQE GVIRLRTTGR AVGEVNSLVV VEAAPYWGRP ARLTARAAPG RDHLISIDRE AGLGGQIFHK AVLTLAGYLR SRYIEH GSL PVTISLAFEQ NYVSIEGDAA GLAELVAALS AIGNLPLRQD LAVTGAVDQT GKVLAVGAIN AKVEGFFRVC KALGLSG TQ GVILPEANLA NLTLRAEVLE AVRAGQFHIY AVETAEQALE ILAGARMEGF RGLQEKIRAG LEAFARLEEG HDKEDREK L AAALEHHHHH H

UniProtKB: endopeptidase La

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分子 #2: Monothiophosphate

分子名称: Monothiophosphate / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: TS6
分子量理論値: 114.061 Da
Chemical component information

ChemComp-TS6:
Monothiophosphate / チオりん酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 951053
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 76024
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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